基于稳定同位素标记与质谱分析的蛋白质定量算法研究进展

蛋白质定量研究已成为蛋白质组学的热点,它是疾病相关生物标志物发现的重要途径.基于稳定同位素标记的质谱分析技术是蛋白质定量最常用的方法之一.随着实验方法的发展和改进,定量数据处理方法也在不断更新与完善.一般来说,定量数据处理包括四步:搜库鉴定、图谱定量信息提取与计算、肽段丰度比计算和蛋白质丰度比计算及差异显著性分析,其中后三步是数据处理的核心.目前,后三步中每步都有多种可选算法,这些算法一般都是针对特定实验技术而提出的,缺乏深入的工作对它们进行系统比较和优化.为此,在总结目前主要实验技术方法的基础上,论述了定量算法的现状和存在问题,并针对一些问题提出了可行的解决办法.     

基于多级质谱的蛋白质组定量新方法新技术进展

定量蛋白质组学已经成为蛋白质组学的一个重要分支,以生物质谱为核心的定量蛋白质组方法日益发展。按照定量所依据的质谱信号来源于一级质谱谱图还是多级质谱谱图可以将定量蛋白质组方法分为一级质谱定量和多级质谱定量。本文主要综述基于多级质谱的定量方法和技术进展,分析比较了这些方法的优缺点,并对基于多级质谱的定量方法发展进行了展望。     

基于稳定同位素标记的蛋白质组学定量方法研究进展

定量蛋白质组学已经成为后基因时代的重要研究方向之一。目前该领域的研究主要采用无标记定量方法和稳定同位素标记定量法。其中,基于稳定同位素标记的蛋白质组定量方法发展非常迅速,已为生命科学研究提供了重要的技术支撑。本文分析了基于稳定同位素标记的蛋白质组学定量方法,包括相对定量方法和绝对定量方法,并对其发展进行了展望。     

原位统计分布分析——材料研究及质量判据的新技术

原位统计分布分析系指较大尺度范围内各化学组成及其形态的定量统计分布规律的分析技术.以火花光谱无预燃连续激发高速采集解析技术为基础研究成功的金属原位分析仪能有效地实现金属材料的原位统计分布分析.原位统计定量分布分析技术可以获得的关于材料的许多新信息.例如,各元素在材料中不同位置含量的统计定量分布;材料中各元素的偏析度的准确定量计算;元素在材料中不同含量所占的原位权重比率;材料的疏松度的定量表征;材料中夹杂物的统计定量分布以及材料中不同粒度夹杂物的统计定量分布等.随着金属原位分析仪的推广和应用,将为材料及工艺研究提供更多反映材料内在质量的新判据方法.     

人血清内源性多肽无标记定量分析新策略

多肽组学(Pepti domics)以其在疾病标志物发现中所起的重要作用正受到越来越多的关注.然而,目前尚缺少针对多肽组学的高效定量方法.本文建立了一种基于纳升液相色谱与四极杆飞行时间质谱联用(μLC-Q-TOF-MS/MS)系统的色谱峰面积无标记多肽定量方法.该方法首先对两组样品中的多肽进行相对定量,然后选取相对量大于2或小于0.5的多肽,用纳升液相色谱与串联二级质谱(μLC-MS/MS)的选择性数据依赖模式(DDA)进行序列鉴定.将不同量标准样品牛血清白蛋白(BSA)酶解液加入到相同量的正常人血清样品中,然后用该方法进行定量分析,得到的定量结果平均相对偏差为6.42%.该方法分别被用于健康人血清与肝细胞癌(HCC)以及乳腺癌病人血清中内源性多肽的定量比较分析,并成功鉴定了血清中一些与HCC和乳腺癌相关的内源性多肽.由于Q-TOF-MS/MS的高分辨率和宽质量检测范围,价态高达+5和分子量超过4000的多肽也可被可靠地进行定性和定量分析.实验结果进一步表明在多肽组学分析中μLC-Q-TOF-MS/MS比传统的MALDI-TOF-MS具有更高的检测灵敏度.     

Combretastatins类微管蛋白抑制剂的定量构效关系与结合模式

以Combretastatins的B环改造化合物为研究对象, 采用遗传函数分析方法进行了二维定量构效关系研究. 研究结果表明, Apol, PMI-mag, Dipole-mag, Hbond donor和RadOfGyration等描述符对该系列抑制剂活性的贡献最大. 采用比较分子场分析方法(CoMFA)和比较分子相似因子分析方法(CoMSIA)进行了三维定量构效关系研究, 建立的CoMFA和CoMSIA模型的交叉验证相关系数q2分别为0.630和0.634, 具有较强的预测能力. 利用CoMFA和CoMSIA模型的三维等势图解析了Combretastatins类化合物的构效关系, 阐明了B环上各取代基对抑制微管蛋白聚合活性的影响, 同时应用分子对接方法分析并验证了定量构效关系模型.     

轨道去除方法及其应用

介绍了能对正碳离子及硼烷化合物中的电子离域现象作定量研究和分析的轨道去除方法 .一般的分子轨道方法能得到电子离域体系的波函数 ,而轨道去除方法则能得到电子离域效应被湮灭之后的假想定域体系的波函数 .通过对两者的对比分析 ,可定量而又清晰地了解分子内的电子离域是如何影响分子结构、能量及其他分子性质的 .具体讨论了正碳离子中烷基的超共轭现象和三卤化硼的Lewis酸性 .结果表明 ,轨道去除方法可非常有效地解释一些传统的化学问题     

同步荧光法同时测定苏丹红Ⅱ和苏丹红Ⅲ

开展了苏丹红的荧光分析研究, 为快速检测苏丹红提供了新的方法. 所建立的恒波长同步荧光法可同时对苏丹红Ⅱ和Ⅲ进行定性定量检测. 荧光方法具有很大的应用前景, 有望成为苏丹红的常规、快速、 简便的检测方法.     

看谱法测定铁基合金中铬

提出了用看谱分析方法对铁基合金中铬进行测定,摄制了相应的彩色图谱,研究了分析线和比较线的选取及强度标志制定,方法能够满足铁基合金中铬元素定性和半定量的分析.     

多肽定量构效关系与分子设计

综述了多肽定量构效关系和计算机辅助多肽分子设计方法的最新进展,重点介绍了多肽定量构效关系研究中的化学结构定量描述符和建立数学模型的统计方法,并对模拟肽学和虚拟组合多肽库在多肽分子设计中的应用进行了简要的论述.     

山东省主栽果树生殖器官中稀土与微量营养元素的相关性研究

通过对山东省5大类主栽果树20余个树种的花粉、种子和果实稀土与微量元素自然含量进行分析比较, 认为稀土(RE)与微量元素在各树种花粉中平均含量顺序为Fe＞Zn＞B＞Cu＞Mn＞RE, 种子中B＞Fe＞Zn＞Mn＞Cu＞RE, 果实中Fe＞B＞Zn＞Cu＞Mn＞RE. 各元素在各生殖器官中的自然分布因树种而有很大差异. 但基本规律类同, 即花粉＞种子＞果实. 花粉富集各种微量营养元素的能力都很强. 花粉和果实稀土与微量元素之间绝大多数呈正相关, 种子大多呈负相关, 但相关性均不显著.     

冶金炉料中二氧化硅和碳化硅的联合测定

提出冶金炉料中二氧化硅及碳化硅的联合测定方法，硝酸－氢氟酸－盐酸溶解二氧化硅，用硅氟酸钾容量法测定，残渣经焦硫酸钾溶解杂质，不溶碳化硅以重量法测定，经试样全分析及精密度考证，方法简便、可靠．     

N,O-羧甲基壳聚糖的合成和性质研究

采用多段升温法将壳聚糖改性,合成了取代度为1.84、平均分子量为3.08×105、等电点为7.28的N,O-羧甲基壳聚糖(CMC),分别用紫外光谱、红外光谱、荧光光谱对其结构进行了表征,并对其水溶液的Zeta电位、电导率、表面张力以及水分散体系中羧甲基壳聚糖微粒的粒径分布进行了研究.结果表明, N,O-羧甲基壳聚糖具有表面活性;介质的pH值和浓度对羧甲基壳聚糖溶液的稳定性有很大的影响.     

哒螨灵在苹果和土壤上残留以及降解行为研究

本研究建立了基于高效液相色谱为基础的哒螨灵分析方法,并对哒螨灵在安徽淮北和陕西咸阳两地苹果上的消解和残留行为进行了研究,同时还考察了哒螨灵在两地土壤中的降解和残留行为．哒螨灵在苹果中的消解动态方程：陕西咸阳为C=0．4007e^-0.1535t,半衰期T1/2=4．5天;安徽淮北=0．1096e^-0.1464t,半衰期T1/2=4．7天;在土壤中的消解动态方程：陕西咸阳为C=0．7978e^0.1218t,半衰期T1/2=5．7天;安徽淮北C=1．4024e^-0.0912t,半衰期T1/2=7．6天．在推荐使用高剂量和推荐高剂量1．5倍情况下,施药1-2次,末次药后7天,哒螨灵在苹果中的残留为0．02～0．14mg／kg;药后14天为0．01—0．12mg／kg．试验结果表明,药后7天,苹果中哒螨灵的残留量低于2mg／kg,用药次数1-2次,每次间隔7天的情况下,在苹果上的安全间隔期可定为7天．     

蟹,虾壳微观形貌与结构研究

用Ｘ射线衍射与扫描电镜研究了蟹壳，虾壳的形貌与微观结构，蟹壳中以方解石晶型存在的碳酸钙分布在网状结构的有机质中，网孔的尺寸约５～２５μｍ有机基质脱去蛋白后留下的甲壳质呈片层状结构，它的重复距离为０．９６ｎｍ。     

Physico-chemical aspects of polyethylene processing in an open mixer. Part 17. Effect of oxygen availability

The gas in contact with polyethylene has considerable impact on its oxidation. The rate of oxidation product formation is mostly larger with oxygen blanketing than in air. Similarly, the rate in air is larger than that under nitrogen blanketing. Moreover, the relative effect of the surrounding gas is depending heavily on the particular oxidation product considered. The effect on the alcohol concentration on passing from air to pure oxygen is the same as that on the hydroperoxide concentration. It is only under pure nitrogen that alcohol formation is relatively more affected than hydroperoxide formation. The overall carbonyl groups as well as the ketones show the expected ranking, i.e. faster rate in pure oxygen than in air and faster rate in air than under pure nitrogen. However, carboxylic acids are formed much faster in oxygen than in air. For the acids the results in air and under nitrogen are significantly closer in the initial stages of processing than the results obtained under pure oxygen. This is different for γ-lactones for which formation is faster in oxygen than in air where it is faster than under nitrogen. With trans-vinylene groups the situation is opposite to that observed for carboxylic acids: the rate of formation is close for the experiments performed under air and under oxygen and significantly faster than under nitrogen. The results for hydroperoxides, alcohols and ketones are easily interpreted taking into account the kinetics developed in previous work. Fitting the data to the heterogeneous kinetics shows the effect of the oxygen concentration on this kinetics. It is especially unexpected with respect to its impact on the initiation rate. It is discussed taking into account various possibilities. The only one that is compatible with all the data envisages chain initiation resulting from interaction of oxygen with strained polymer molecules.     

五羰基合铁分子化学键特性的研究

We have found from experimental data that, in the iron pentacarbonyl molecule, the length of Fe-C bond in axial is shorter than that in planar, but the bond is weaker; the bond distances of C-O of both planar and axial are equal, while the bond strengths are different. This is against the traditional view of “the shorter the bond is, the stronger the bond will be”. We have got through calculation and research, that the main cause of such difference is that the effects of the backdonor of Fe atom′s electrons to C-O bonds in axial and planar are different. The shorter the Fe-C bond is, the more effective the backdonor (or transfer) of electrons is. So that the population between Fe and C in axial are less than those in planar, so the bond is weaker, and the C-O bonds have gained more backdonor electrons than those in planar, thus the bond is stronger.     

Generalized doubly symbolic formulation for integral-driven direct configuration interaction method

Summary A direct configuration interaction (CI) scheme using the generalized double symbolism both for the external space and for the internal space is proposed in an integral-driven context. The reason why the double symbolism is used in the present formulation is that the main target is in investigating large molecular systems. The integrals, configuration state functions, and energy expressions are systematically classified in terms of the orbital labels and their mutual relations. Various types of CI wavefunctions can be set up flexibly. The resulting structure of integral processings in the sigma vector construction is complicated. The number of unique loop types for two-electron integrals is 1325. Because the parallel architecture is gaining importance in the recent computational platforms, the parallelism is also addressed.     

铅锡合金准二维电沉积的微结构研究

铅锡合金的准二维电沉积物具有伪共晶-固溶体双层结构.研究表明,这种奇特的结构是由生长界面上电流密度自发变化引起的.当生长界面处于整个沉积物前端时,电流密度大,铅和锡共同沉积形成伪共晶组织;当生长界面处于整个沉积物后端时,电流密度小,铅沉积成为主要反应,此时沉积物是含铅较多的固溶体组织.     

含钪铝镁合金微生物腐蚀行为的研究

采用电化学、微生物学和表面分析的方法，研究了厌氧环境硫酸盐还原菌（subtere ducing bacteria，SRB）溶液中Al-6Mg-Zr添加Sc元素前后的腐蚀行为。结果表明，添加Sc元素后，合金的氧化膜更加致密，具有更好的保护作用，使电极开路电位正移100mV左右，同时Sc元素的加入降低了材料在SRB菌液中的点蚀敏感性，使材料耐微生物腐蚀性能得到提高，但是添加Sc后的合金对SRB更加敏感。显微观察表明添加Sc前后两种铝镁合金的腐蚀特征均为点蚀，能谱分析表明随浸泡时间增加，腐蚀越来越严重，腐蚀产物堆积和阳极金属溶解造成进一步腐蚀。