高通量筛选污水中的硝化细菌

为了降低污水中氮元素对环境的污染,利用分离培养基从污水中分离出94株单菌,对单菌进行富集,再利用鉴定培养基、氨氮、亚硝酸盐和硝酸盐快速测定试剂盒初筛出41株硝化细菌,通过功能验证复筛出25株高效的硝化细菌.这25株硝化细菌均可将市政污水中的COD降解到40~60 mg/L,符合污水的COD一级降解标准,氨氮的降解率为70%~90%,也符合污水中氨氮的降解标准.     

定海海区潮间带的放线菌筛选及其抗菌活性

采用不同方法筛选舟山定海海区潮间带放线菌并对分离到的菌株采用纸片扩散法进行拮抗试验。结果表明利用蛋白胨琼脂培养基结合SDS化学法样品预处理可以明显提高放线菌的检出机率;分离到的115株放线菌中,其中相当一部分菌株具有较广的抗菌谱和强抗菌活性;拮抗放线菌主要以抗革兰氏阳性细菌为主(80.7%),抗革兰氏阴性细菌(46.5%)和抗真菌(50.9%)的比例较低。     

蛋白酪氨酸磷酸酶SHP2抑制剂高通量筛选模型的建立和应用

为了建立体外蛋白酪氨酸磷酸酶SHP2抑制剂的高通量筛选模型,筛选潜在的SHP2抑制剂,通过应用大肠杆菌系统克隆表达GST-SHP2融合蛋白,经过GST-Sepharose亲和层析分离得到纯化的GST-SHP2蛋白,建立384孔板的高通量筛选模型,对48000个有明确结构的小分子化合物进行体外筛选,筛选出75个活性化合物对SHP2的抑制作用大于50%,确定3个化合物具有较高的抑制活性。该筛选模型灵敏、稳定,对SHP2抑制剂药物研发打下了基础。     

红树林根际放线菌的组成及生物活性

讨论红树林根际放线菌的数量、组成及其产生生物活性物质的规律。结果表明,放线菌的数量与海滩潮区、红树生长龄及生长密茂程度有关。高潮滩区及生长密茂的红树根际放线菌数量比中潮滩区、幼苗及生长稀疏多,红树植物及其根际与放线菌之间存在着复杂的相互作用关系。与岸边菜园上相比,虽然红树根际放线菌的数量较少,但组成却比较复杂,有6个属,链霉菌有 12个类群,并具有产生抗生素、固氮酶、几丁质酶、α-淀粉酶抑制剂、胃及胰蛋白酶抑制剂的菌株。表明红树林根际放线菌有可能成为新的有效生物活性物质的重要来源。     

一株拮抗纹枯病菌放线菌的筛选及鉴定

从采自金华市各地的68份土样中分离得到了放线菌406株,以水稻纹枯病菌为指示菌,利用平皿对峙法筛选到42株具有较好拮抗作用的放线菌菌株．其中,Sh-43菌株的拮抗作用最强,抑菌带宽度为28．3mm．根据培养特征、形态特征、生理生化特征及16S rDNA序列比对分析,鉴定Sh-43菌株为吸水链霉菌（Streptomyces hygroscopicus）．     

角鲨烯合成酶抑制剂的高通量虚拟筛选

以SQS抑制剂CP 320473为先导物, 在60%结构相似性的基础上, 先通过AutoDock Vina软件进行分子对接, 再选取结合能量最低的新化合物进行分
子对接研究. 结果表明： zinc_8442249比先导化合物CP 320473的抑制效果更好; SQS活性位点的Lys52通过与氢键与抑制剂结合, 在抑制过程中具有重要作用.     

中草药中胰高血糖素受体拮抗剂的高通量细胞筛选

为筛选胰高血糖素受体拮抗剂，建立了一种高通量筛选胰高血糖素受体拮抗剂的细胞模型.利用PCR方法扩增得到人的胰高血糖素受体 cDNA，并连接到哺乳动物细胞表达载体pCDNA3.1上，构成质粒h glucagons-R/pCDNA3.1，将这种质粒与报告基因质粒(3×CRE/3×MRE/SRE-LUC)共转染到HEK293细胞，通过G418筛选，建立稳定的人胰高血糖素受体拮抗剂筛选细胞株.利用胰高血糖素受体内源激动剂探索和优化了筛选条件，筛选方法合理， Z′因子大于0.6，系统稳定，符合胰高血糖素受体拮抗剂的高通量筛选的要求.     

MC1R天然拮抗剂的高通量初步筛选

为了寻找高效稳定的黑色素皮质激素受体1(melanocortin 1 receptor, MC1R)的拮抗剂,利用作者前期工作中建立的高通量筛选方法对 1 000种中草药提取物进行了筛选,并检测了这些提取物对小鼠B16-F1细胞系黑色素生成量的影响.结果表明,补骨脂等10种粗提物具有拮抗促黑激素（MSH）激活MC1R的作用.其中,补骨脂、破茎松萝、桑根和太白树粗提物能明显降低B16-F1细胞的产黑色素能力,但其机制有所不同,补骨脂主要作用于MSH对C1R的激活过程,而其余3种提取物基本上直接作用于cAMP通路.本实验为利用上述中草药调控皮肤细胞中的黑色素生成提供了初步线索.     

蛋白酪氨酸磷酸酶SHP2抑制剂高通量筛选模型的建立和应用

 为了建立体外蛋白酪氨酸磷酸酶SHP2抑制剂的高通量筛选模型,筛选潜在的SHP2抑制剂,通过应用大肠杆菌系统克隆表达GST-SHP2 融合蛋白,经过GST-Sepharose 亲和层析分离得到纯化的GST-SHP2 蛋白,建立384 孔板的高通量筛选模型,对48000个有明确结构的小分子化合物进行体外筛选,筛选出75个活性化合物对SHP2的抑制作用大于50%,确定3个化合物具有较高的抑制活性。该筛选模型灵敏、稳定,对SHP2抑制剂药物研发打下了基础。     

一株产生物活性物质放线菌的分离鉴定

基于16S rRNA序列分析,本文对塔什库尔干县土壤中的放线菌进行了初步分离和鉴定。通过平板培养法,对分离鉴定的放线菌菌株进行活性物质的分析和研究,从塔县土壤中分离得到8株放线菌,其中CT-1产生的活性物质能够抑制Bacillus subtilis。从8株放线菌选出3株16S rRNA的序列分析,推断放线菌CT-1,CT-3和CT-7菌株同属于内芽孢杆菌属(Paenibacillus)。实验表明,这3株放线菌虽然来源相同却有不同的生理生化特性。     

基于机器学习高通量筛选吸附甲烷的金属有机框架材料

采用决策树（DT）模型及其衍生的随机森林（RF）模型、极端随机树（ET）模型和梯度提升树（GBDT）模型,对用于甲烷吸附的金属有机框架材料（MOFs）进行了高通量的计算筛选。利用1 800种材料的特征向量数据,计算了特征向量之间的相关性并进行重要度分析,发现材料的结构特征与化学信息特征的相关性不大,但是结构特征的重要度较高。将数据库中的1 260种材料作为训练集并使用上述4种机器学习模型进行训练,再将剩余的540种材料作为测试集对模型的筛选结果进行比较和评估。接收者操作特征（ROC）曲线和查准率-查全率（PR）曲线结果表明,GBDT模型自身稳定性强且预测结果精度高,因而成为筛选吸附甲烷的高性能金属有机框架材料的最佳模型。针对RF模型和GBDT模型进行参数优化,发现协调单个决策树的个数和决策树节点的分裂特征数量能够有效改善RF模型的性能,而调节回归树的学习速率和迭代次数可有效改善GBDT模型性能。最后基于540种材料的测试集,利用GBDT模型筛选出前20种高性能吸附材料,分析了它们的主要特征向量与甲烷吸附量之间的关系。     

放线菌的多相分类法

随着分子生物学的迅速发展,放线菌的分类鉴定亦从传统的表型分类进入到各种基因型分类水平,如G+Cmol%、DNA杂交、16SrRNA序列分析等。目前,多相分类综合了表型、基因型及系统发育的特征,使分类方法更客观合理,更能反映生物间系统进化关系,是研究各级分类单位最有效的方法。     

基于亲和超滤技术的天然活性物质筛选方法

药效物质与药物靶标的相互作用是其生物活性的基础,利用药物靶标亲和选择性“钩钓”其特异性配体,可以实现复杂提取物中天然活性物质分析的“精准制导”.亲和超滤是一种以上述原理为基础,将亲和捕获与超滤分离相结合以实现化合物高通量筛选的技术,具有快速、简单、高效等特点,常与液质联用等分析技术联合使用,克服了天然活性物质筛选研究面临的诸多问题,近年来被广泛应用于天然活性物质的快速靶向筛选.本文从亲和超滤技术本身的原理、影响因素及与其他分析技术的联用情况等方面,详细综述了亲和超滤技术的特点和应用现状,以期为构建天然活性物质的快速筛选策略提供科学思路和依据.     

海鞘中抗肿瘤活性物质的研究

描述了海鞘的生态特征，并按肽类、生物碱类、聚醚类、大环内酯类、萜类化合物类、多硫化物类等化学结构分类．介绍了国内外对海鞘抗肿瘤活性成分的研究。显示了诱人的研究开发前景，为开发和利用海鞘资源奠定了基础。     

胰升血糖素样肽-1受体激动剂高通量筛选细胞模型研究

为建立GLP-1受体激动剂的高通量筛选方法,将GLP-1受体质粒和报告基因质粒(3×CRE/3×MRE/SRE-LUC/pGL3)按照1∶5的比例共转染到CHO细胞中,建立GLP-1受体激动剂筛选细胞株。利用GLP-1内源激动剂探索和优化每孔细胞接种密度、荧光素酶表达时间、Bright-GloTM试剂用量、DMSO浓度等筛选条件,建立可靠的筛选方法。当细胞数目为4×104个/孔,激动剂孵育时间为8 h,Bright-GloTM试剂4倍稀释,每孔DMSO终质量分数小于1%时,系统Z′-因子为0.75。利用此模型对中药提取物库进行检测,发现有5个样品显示出活性。结果表明,该模型能够用于GLP-1受体激动剂的高通量筛选。     

微生物来源的醛糖还原酶抑制剂F01-195A的研究

利用自建的高通量醛糖还原酶抑制剂的筛选方法,从数千株放线菌和真菌中筛选得到阳性菌株F01-195.对阳性菌株的发酵产物进行有机溶剂提取、硅胶柱色谱和ODS HPLC纯化,得到活性化合物F01-195A,其对醛糖还原酶有较强的特异性抑制活性,IC50为57.2μmol/L.通过对F01-195A的紫外、质谱、核磁等理化数据的分析,鉴定了其化学结构与化合物Flavomannin相同,Flavomannin已被报道作为了抗疟疾药物的先导化学物.     

New approach for screening anti—tumor compounds

A new screening approach for anticancer active compounds is presented.In this method,a target enzyme is incubated with a mixture of compounds,and then the com-plex formed by the target and small molecules is separated from the rest of the mixture by ultra-filtration.The complex that is retained on the membrane is subsequently washed with acid and small molecules that are specifically bound to the target are released and collected,then analyzed by high-performance liquid chromatograph combined with electrospray ionization mass spectrometry (HPLC/ESI-MS) analysis.We have successfully applied this method to screen anti-cancer compounds.DNA topoisomerase Ⅱ is used as a target to capture anti-tumor candidates from a mixture of combinatorial compounds,such as doxorubicin,daunorubi-cin and pravastain.     

杨树菇抑菌活性提取物理化性质的初步研究

研究了杨树菇发酵液抗菌活性物质对温度,紫外线,pH变化及蛋白酶的稳定性;利用pH纸色谱,捷克八溶剂系统纸色谱等方法对抗菌活性物质水溶性,离子特性等性质进行了早期鉴别. 结果表明,该物质为弱酸性,极性较强,能溶于水等极性有机溶剂,对温度,紫外线,pH值及蛋白酶较稳定. 为这一抗生物质的进一步纯化和结构分析奠定了基础．