Taibaihenryiin C的构型、构象及晶体结构

从太白山产的鄂西香茶菜中分离得到新骨架的二萜类化合物TaibaihenryiinC,对其进行X射线衍射晶体结构分析,确定其分子中各取代基的相对构型、环构象及晶体结构.研究表明,C-3位的羟基和C-11位的乙酰氧基以C-20位的甲基为参考均位于β位;分子中的A环为椅式构象,B,C环接近于船式构象,D环接近于信封式构象.特别是在D环中存在较大的扭转角,使D环中有内应力存在,这表明该化合物具有潜在的生理活性.TaibaihenryiinC的晶体结构属正交晶系,P2₁2₁2₁空间群,晶胞参数a=0.6162(1)nm,b=1.2730(1)nm,c=2.5193(3)nm,Z=4.在晶体中分子间通过C-3位的-OH氢与C-11位的乙酰氧基上的羰基氧形成分子间氢键,使分子在晶体中沿a轴呈螺旋结构排列.     

细胞毒活性二萜Wangzaozin A的晶体结构

采用单晶X射线衍射技术对对映-贝壳杉烷化合物WangzaozinA的晶体结构进行了研究.研究结果表明,在最小不对称单元中存在两个构象稍有差异(键长和键角不同)的分子,其中两者的3个六元环均为椅式构象,而五元环为扭曲信封式构象.WangzaozinA晶体结构属正交晶系,P2₁2₁2₁空间群,晶胞参数a=0.66485(8)nm,b=2.5796(4)nm,c=1.0473(2)nm,Z=4.分子通过分子内氢键O₃-H₃0…O₂和O₃'-H₃0'…O₂'以及分子间氢键O1-H10…O₃,O1'-H10'…O₃',O₂-H₂0…O₄'和O₂'-H₂0'…O₄形成网络结构,并在晶体中沿c轴排列.体外抗肿瘤实验证实,标题化合物具有显著的细胞毒活性,由SRB法测试其抗Bel-7402及HO^-8910细胞株的IC₅₀值分别为(5.32±0.79)和(4.10±1.00)μmol/L.     

3,4′,5-三甲氧基-1,2-二苯乙烯合成、晶体结构与量子化学研究

利用Wittig-Horner反应制备了抗癌保健药物白藜芦醇的前体化合物3,4′,5-三甲氧基-1,2-二苯乙烯,单晶结构解析结果表明,该晶体属于三斜晶系,空间群P1,晶胞参数:a=0.9960(12)nm,b=1.0040(12)nm,c=1.6194(19)nm,α=90.702(2)°,β=105.515(2)°,γ=111.815(2)°,V=1.6194(3)nm3,Dc=1.249Mg/m3,结构基元分子数Z=2.对晶体结构的结构基元进行了量子化学研究,计算结果表明,3,4′,5-三甲氧基-1,2-二苯乙烯晶体结构基元与组成结构基元分子两种不同构象能量和的差值为ΔEBSSE=5.51kJ/mol.因此,晶体结构基元中两种构象之间存在π-π堆积相互作用.     

N-[2-(4-甲基)嘧啶基]-N′-2-硝基苯磺酰脲的合成、晶体结构、生物活性及其与酵母AHAS的分子对接

合成了磺酰脲化合物N-[2-(4-甲基)嘧啶基]-N′-2-硝基苯磺酰脲,用元素分析、红外、核磁共振氢谱对产物进行了表征,培养并测定了其晶体结构.晶体属三斜晶系,P1空间群,晶胞参数a=0.54159(1)nm,b=1.1533(3)nm,c=1.1857(4)nm,α=83.907(6)°,β=81.048(5)°,γ=77.637(4)°,V=0.7126(4)nm3,Dc=1.572g/cm3,Z=2,F(000)=348,R=0.0659,wR=0.1217.在晶体结构中,杂环上的一个N原子与脲桥上邻近的N原子上的H构成分子内氢键.测定了对酵母AHAS的离体抑制活性,其抑制常数Ki为(2.48±0.35)×10-7mol/L.用分子对接方法,将目标化合物晶体结构对接到靶酶酵母AHAS的活性位点,发现对接完毕目标化合物的构象与复合物晶体中的磺酰脲分子构象接近,并得到了合理的生物活性预测值.该研究为进一步理解磺酰脲类的分子结构、药物活性并设计新的分子提供了帮助和指导.     

3,4',5-三甲氧基-1,2-二苯乙烯合成、晶体结构与量子化学研究

利用Wittig-Horner反应制备了抗癌保健药物白藜芦醇的前体化合物3,4',5-三甲氧基-1,2-二苯乙烯, 单晶结构解析结果表明, 该晶体属于三斜晶系, 空间群P1, 晶胞参数: a=0.9960(12) nm, b=1.0040(12) nm, c=1.6194(19) nm, α=90.702(2)°, β=105.515(2)°, γ=111.815(2)°, V=1.6194(3) nm3, Dc=1.249 Mg/m3, 结构基元分子数Z=2. 对晶体结构的结构基元进行了量子化学研究, 计算结果表明, 3,4',5-三甲氧基-1,2-二苯乙烯晶体结构基元与组成结构基元分子两种不同构象能量和的差值为ΔEBSSE=5.51 kJ/mol. 因此,晶体结构基元中两种构象之间存在π-π堆积相互作用.     

反式-1,2-双[5-(2,5-二甲基苯基)(口恶)唑-2-基]-环丙烷的晶体结构与构象

合成了标题化合物并测定其晶体结构.晶体属P2₁/c空间群,a=1.3465(2)nm,b=0.8021(1)nm,c=1.9277(37)nm;β=105.99(1)°,Z=4.分子力学法计算与测定结果一致,环丙烷环与噁唑环间呈g式构象,与噁唑环π体系间有共轭效应,讨论了构象对紫外光谱的影响.     

超分子体系中轴－轮状D.D.主体分子的立体异构现象

组装了轴一轮状主体分子1,1,6,6-四基乙－2,4－二炔-1,6二醇(1)与天然主物异补骨脂素(2)。茴香醚(3)形成的两种超分子异构体的包结物晶体,它们的主客体分子摩尔比分别为1：2和2：1单晶X射线衍射分析了游离主体分子以及超分子包结物晶体的结构,结果表明在主客体分子摩尔比1：2的晶体中,主体分子与异补骨脂素形成氢键,主体分子采取对位交叉式构象;在主客体分子摩尔比为2：1的晶体中,主体分子这间形成氢键,主体分子采取邻位交叉式构,主体分子所取的构象取决于客体分子的性质,当客体分子为氢键好的受体时,可与主体分子生成1：2的包结物;当客体分子为氢键差的受体时,生成2：1有包结物,本文还对三种晶体是的主体分子的立体构苯环两面角,C(1)和C(6)所连基团的夹角和能量变化规律进行了比较和分析。     

四(4,4′,4″,4N,N-二乙氨基)四苯乙烯光致发光与分子的构象效应

利用还原偶联方法合成出新化合物四 (4,4′ ,4″ ,4 N ,N 二乙氨基 )四苯乙烯 (TDETE) .通过测定该化合物在溶液、掺杂聚合物中及晶体粉末的稳态 -瞬态荧光光谱、荧光量子产率和辐射衰变速率常数等 ,讨论了分子的构象效应等因素对TDETE光致发光行为的影响 .在一定浓度下TDETE溶液存在着三个发光带 ,分别为全扭曲构象分子 (位于 3 4 5nm附近的发光I带 )、半扭曲构象分子 (位于 43 0nm附近的发光II带 )和激基缔合物 (53 0nm发光III带 )的辐射衰变所致 .在聚合物(PMMA)中 ,一方面由于分子单键的自由旋转扭曲受到遏制 ,表现为II带的辐射衰变速率常数 (kf 值 )增大、同时非辐射衰变速率常数 (knf值 )减小 ;另一方面 ,TDETE分子之间相互作用得到加强而有利于缔合物形成 ,结果 ,使发光II带和III带合二为一出现了强而宽的发射峰 ,荧光量子产率从溶液中的 0 0 55提高到 0 855.此外 ,在PMMA介质中观测到TDETE分子聚集体在 62 6nm处的发光带 (IV) ,粉末态中聚集体IV带的强度骤增 ,峰值波长红移至 650nm     

混配配合物中配体间芳环堆砌作用研究(Ⅰ)——[Cu(C10H8O4)(C10H8N2)(H2O)]·2H2O配合物合成、晶体结构和红外光谱

合成了Cu(bipy)[BMA]·3H2O混配配合物单晶(BMAH2为苄基丙二酸),测定了其晶体结构.该晶体属于正交晶系,空间群为Pbca,晶胞参数:a=1.659 3(3)nm,b=1.467 3 nm,c=1.674 7(3)nm,Z=8.R和Rw分别为0.037和0.038.晶体结构表明分子间芳环堆砌作用和分子间氢键作用是此晶体形成的主要作用力.晶胞中的分子间芳环堆砌作用不同于已往的文献报道,具有分子识别的特点.     

二水合氯精氨酸的构象变化

以X光衍射实验对二水合氯酸的晶体结构进行了研究,重点讨论了影响精氨酸构象变化的主要因素并比较了在不同阴离子存在条件下精氨酸构象的变化情况。该晶体为单斜晶系,P21/c,a=11.0490(18);b=8.4876(13);c=11.2261(17);β=91.386(2);°Z=4;Dx=1.443Mg.m-3。精氨酸分子以顺式和反式两种构象沿C轴方向交错排列而羧基氧原子和相邻分子中的α-氨基N-H以氢键相连,形成常见的“头尾”相连构型;分子中的结晶水参与氢键的形成,类似“盐桥”作用;氯离子参与电荷平衡并和精氨酸的N-H形成较强的氢键作用和静电吸引力。上述作用使得精氨酸分子晶体形成了三维氢键网状超分子结构。     

光谱法研究尿素对水溶液中血红蛋白构象的影响

应用荧光猝灭法和动态光散射法测定尿素-水混合溶剂中血红蛋白(Hb)与联苯胺的结合距离和Hb的流体动力学半径. 结合Hb的荧光光谱和吸收光谱, 探讨尿素与蛋白质分子在水溶液中相互作用的机理及其对蛋白质构象的影响. 结果显示, 尿素分子取代水分子在蛋白质周围形成溶剂化层, 并与骨架肽链和亲水侧链形成氢键, 从而积聚在蛋白质分子表面. 尿素分子与蛋白质分子之间的直接相互作用对蛋白质的构象具有复杂的影响, 高浓度的尿素-水混合溶剂破坏蛋白质的构象, 而低浓度的混合溶剂则有利于蛋白质形成更紧密的构象. 在高浓度的尿素-水混合溶剂中, Hb血红素疏水空穴失去原有的三级结构后形成一个与熔球态相类似的结构.     

4-(2′-羟基苯甲酰肼)苯亚甲基/亚乙基-5-甲基-2-苯基-2,4-二氢-吡唑啉酮-3超分子化合物的合成与晶体结构

报道了 4 (2′ 羟基苯甲酰肼 )苯亚甲基 5 甲基 2 苯基 2 ,4 二氢 -吡唑啉酮 3 (B1)和 4 (2′ 羟基苯甲酰肼 )亚乙基 5 甲基 2 苯基 2 ,4 二氢 -吡唑啉酮 3 (B2 )的合成、表征及晶体结构分析 ,B1晶体属单斜晶系 ,C2 /c空间群 ,所得晶胞参数为 :a =1.42 0 1(2 )nm ,b =1.65 5 42 (2 )nm ,c =1.845 5 (3 )nm ,β =10 1.3 2 (1)° ,V =4.2 5 41(10 )nm3 ,Z =8,Dc=1.3 44g/cm3 ,μ =0 .0 94mm-1,F(0 0 0 ) =180 8,R =0 .0 44 2 ,wR =0 .10 3 7.该化合物由水分子通过氢键连接成沿ac面无限延伸的二维网络结构的超分子 .B2 晶体属三斜晶系 ,P 1空间群 ,a =1.2 12 0 (2 )nm ,b =1.2 2 2 3 (2 )nm ,c =1.415 9(3 )nm ,α =70 .3 8(1)° ,β =74.91(1)° ,γ =63 .64 (1)° ,V =1.75 49(5 )nm3 ,Z =4,Dc=1.3 2 6g/cm3 ,μ =0 .0 92mm-1,F(0 0 0 ) =73 6,R =0 0 43 6,wR =0 .10 76.此化合物通过分子间氢键形成沿a轴无限延伸的一维链状结构的超分子 ,由于分子间的作用力使其分子又沿b轴呈层状堆积     

采用柔性分子对接技术模拟蛋白质在疏水作用色谱上的保留行为

将蛋白质与疏水作用色谱(HIC)固定相相互作用分为直接非键/构象作用和蛋白质表面疏水效应两个热力学过程, 从而定量给出了处于浓盐析盐水溶液中HIC保留时间与配基/蛋白质结合自由能之间的二元线性关系. 通过ICM柔性分子对接策略及遗传算法(GA)对27个已知晶体结构的蛋白质与疏水配基的可能结合方式进行模拟和分析, 所得结果与实验观测情况吻合良好. 研究表明, 蛋白质局部疏水效应以及配基与蛋白质的非键/构象作用皆对HIC色谱保留行为影响显著, 且作用区域多集中于蛋白质表面突出部位.     

3-(2-羟基苯基)-5-苯基-6-乙氧羰基-2-环己烯酮的合成与晶体结构

合成了3-(2-羟基苯基)-5-苯基-6-乙氧羰基-2-环己烯酮.通过元素分析、红外光谱、紫外光谱、核磁共振氢谱和质谱对其组成和结构进行了表征.利用X射线衍射分析方法测定了它的晶体结构.该化合物的晶体属单斜晶系,空间群P21/c,a=1.41946(17)nm,b=0.58445(7)nm,c=2.1756(3)nm,β=104.795(2)°,V=1.7450(4)nm3,Z=4,Dc=1.280 g·cm-3,F(000)=712,μ=0.088mm-1,R1[I＞2σ(I)]=0.0627,wR2[I＞2σ(I)]=0.1484.晶体结构测定结果表明化合物分子中的环己烯部分为半椅式构象,分子间通过氢键形成具有16元环的二聚体.     

新磺酰脲类化合物的合成、结构及构效关系研究(I)——N-(2''''-嘧啶基)-2-甲酸乙酯-苯磺酰脲的晶体及分子结构

本文在合成标题化合物的基础上,测定了其晶体结构.晶体属单斜晶系,空间群为P2_1/a.晶胞参数a=0.7348(2)nm,b=2.1496(4)nm,c=0.9973(2)nm,β=90.19(2)°,V=1.576nm~3,Z=4.晶体结构由直接法解出,进行全矩阵最小二乘法修正,R=0.059.分子中的嘧啶磺酰脲、苯环及酯基三部分分别形成3个独立的平面共轭体系.S-N原子间形成d-pπ键并参加到第一个共轭体系中.分子中还存在着N与H原子间的分子内氢键.     

5,17——二(N-叔丁基-N-羟胺基)-11,23-二溴-25,26,27,28-四甲氧基杯[4]芳烃的合成、晶体结构及其氧化物的ESR研究

由对-四溴-四甲氧基杯[4]芳烃(Ⅰ)制备得到5,17-二(M叔丁基-M羟胺基)-11,23-二溴-25,26,27,28-四甲氧基杯[4]芳烃(Ⅱ),并对其进行了红外光谱、核磁氢谱、质谱、晶体结构的研究.X射线衍射晶体结构分析表明化合物II为部分锥型构象.晶体属单斜晶系C2/c空间群.a=3.225 5(7)nm,b=1.439 4(3)nm,c=2.175 3(5)nm,β=110.210(9)°,V=9.478(3)nm3,Z=8,R=0.073 8.对位有羟胺基取代的两个苯环为顺式,分子内不同羟胺基之间的N…H接触距离分别为0.201 5 nm和0.190 6 nm,对应的 N…H-O分别为153.5°和150.3°,表明存在着分子内氢键N…H-O.电子顺磁共振(ESR)实验表明空气中化合物Ⅱ在溶液里容易氧化生成相应的双氮氧自由基,分子内存在磁偶极相互作用和较弱的自旋交换相互作用.     

N,N′-双间甲苯基-3,6-二甲基-1,4-二氢-s-四嗪-1,4-二甲酰胺的合成和晶体结构

间甲苯基异氰酸酯与 3 ,6 二甲基 1,6 二氢 s 四嗪反应生成标题化合物 (C2 0 H2 2 N6O2 ,Mr=3 78 44 ) .经X射线单晶结构分析表明 ,此晶体属正交晶系 ,P2 12 12 1空间群 ,晶胞参数分别为 :a =1 160 2 ( 2 )nm ,b =1 5 92 1( 3 )nm ,c=1 3 918( 3 )nm ,V =1 9874( 10 )nm3 ,Z =4,Dc=1 2 65g/cm3 ,μ(MoKα) =0 0 86mm-1,F( 0 0 0 ) =80 0 ,R和wR分别是 0 0 619和 0 14 95 .结果表明该化合物的两个酰胺基接在s 四嗪环的 1,4 位 ,而四嗪环呈船式构象 ,不具有同芳香性 ,分子中存在氢键 .     

蛋白质分子的HNP格点模型

从 6 0种球形蛋白质的结构出发 ,采用Miyazawa Jernigan相互作用矩阵 ,计算了蛋白质分子中氨基酸之间的相互作用能 .发现构成蛋白质分子的 2 0种氨基酸可分成疏水 (Hydrophobic ,H)、中性 (Neutral,N)、亲水(Hydrophilic ,P)基团 .在计算它们之间相互作用能的基础上 ,建立了蛋白质分子的HNP格点模型 .用这个模型计算了二维蛋白质分子在自然态 (Nativestate)时的构象性质 .同时研究了氨基酸序列为HHNHNPNHPP HPNPPHPHPPHHPHNH的折叠过程 ,得到其基态能量为 - 6 4 89RT .这能为研究球形蛋白质的构象性质及折叠过程提供一种更合理的格点模型     

应用分子图形学、分子力学、量子化学及静电势研究农药分子结构与性能关系(XI)──抗植物病毒病药物──胡椒醛肟醚基-4-喹唑啉的结构特征

测定了标题化合物的晶体结构,它是由2个相似结构的化合物分子组成.晶体属单斜晶系,空间群为P2₁,晶胞参数:a=0.8431(3)nm,b=0.7297(1)nm,c=2.1880(7)nm,β=100.90(3)°,V=1.322(1)nm₃,Z=2.应用分子力学程序MMX及逐步旋转单键法探讨了它的构型和其它可能的优势构象.还应用MNDO方法计算了电荷分布及CNDO/2方法计算了静电势.结果表明,在该化合物中存在3个明显的负电区域,此结构与活性密切相关.     

简便的双环化反应合成3,7-二甲基-4a,16-二羟基-1H-苯并[5,6]茚并[2,1-1]氧杂蒽-1,9-二酮化合物及其结构表征

标题化合物C26H26O5以2,3-萘二甲醛和5-甲基-1,3-环己二酮为原料,在醋酸溶剂中,室温下经搅拌多组分一锅法合成得到.其结构通过单晶X-射线衍射法确定,晶体属单斜晶系,空间群P21,相对分子质量Mr=418.47,晶胞参数a=0.990 04(8) nm,b=1.090 98(9)nm,c=1.042 46(11) nm,V=1.087 53(17) nm3,Z=2,晶胞密度Dc=1.278 g/cm3,吸收系数μ=0.088mm-1,单胞中电子的数目F(000) =444.晶体结构用直接法解出,经全矩阵最小二乘法对原子参数进行修正,最终的偏离因子为R1 =0.053 3,wR2=0.129 3.在晶体结构中新形成的吡喃环为半椅式构象,而茚中五元环则为信封式构象.