甘露聚糖肽的结构鉴定

采用离子交换柱层析和凝胶柱层析从甘露聚糖肽原料中分离纯化得到4种均一糖肽MT1-A,MT1-B,MT2-A和MT2-B;通过单糖组成分析、甲基化分析、氢核磁共振谱(~1H NMR)、红外光谱(IR)和氨基酸组成分析等手段对均一糖肽MT1-A,MT1-B和MT2-B的结构进行了鉴定.结果表明,3种均一糖肽的单糖组成、糖残基的连接方式与MT2-A相同,但是分子量以及氨基酸总量有所不同.测定了不同批次甘露聚糖肽原料的~1H NMR谱,以MT2-A的~1H NMR谱图为标准谱,以异头氢区域为鉴定区域,通过计算不同批次甘露聚糖肽原料以及其它3种均一糖肽与MT2-A的~1H NMR谱的相关系数,定量评价了不同批次甘露聚糖肽原料与4种均一糖肽的相似程度.结果表明,甘露聚糖肽是由糖链结构一致、分子量和氨基酸含量不同的几种均一糖肽构成的混合物.     

十四族卡本衍生物:一类重要的活性中间体

几十年来, 在基础有机化学和理论化学研究领域, 对具有非八隅体电子构型的碳物种的非常规成键特性的研究一直十分活跃. 在这方面, 最近已成功地分离出一种独特的零价碳卡本物种, 并将其定义为“碳双卡宾”或“弯曲的联烯”. 这是继自由基、卡宾、卡拜被合成后, 又一重要的活性中间体. 这种中性的双配位螯合的碳原子中心具有两对孤对电子, 具有很强的配位能力. 本综述简要介绍了卡本的发现历史、基本性质以及相关的配位化学行为; 同时介绍了其相关配合物在催化等方面的应用.     

环脂肽氨基酸顺序的质谱测定

从一株枯草芽孢杆菌的培养液中分离得到一种生物表面活性剂,红外光谱、茚三酮显色及质谱分析表明它是一种具有环状结构的脂肽.质谱显示脂肽的脂肪酸部分为β-羟基脂肪酸;氨基酸分析表明肽部分由4个亮氨酸、1个天门东氨酸、1个缬氨酸和1个谷氨酸组成.利用串联飞行时间质谱测定了环脂肽的分子量及质谱图.根据分子量的氮规则和质谱碎片产生的简单断裂、双氢转移机制、McLafferty等单氢重排机制,直接确定了未水解的环脂肽中脂肪链的长度以及氨基酸连接的顺序.质谱中的峰可以得到合理解释.确定了该环脂肽的环状结构.     

酶解鹿茸肽的制备、纯化及抗氧化活性

利用一种工业用碱性蛋白酶对新鲜梅花鹿鹿茸进行水解制备生物活性肽。首先,考察了酶用量、底物浓度和反应时间对水解反应的影响,确定了最佳水解条件为酶浓度1：150,底物浓度1：13,水解时间60 min。其次,利用硫酸胺分级沉淀法制备了鹿茸多肽粗提液,同时采用缓冲液保护其活性,再经Sephadex G-25凝胶层析柱进行分离纯化,得到了具有最强抗氧化活性的鹿茸肽组分（VAP-B）。最后,利用制备型高效液相色谱柱对VAP-B进一步纯化,得到了分子量在800以内的小肽活性组分（VAP-B1）,其蛋白含量为70.45%。在此基础上,对小肽活性组分VAP-B1进行了理化性质分析,检测其抗氧化活性,包括清除超氧阴离子,羟自由基以及抗脂质过氧化的能力和还原能力。实验结果表明,鹿茸肽VAP-B1浓度为20mg/ml时,对邻苯三酚自氧化的抑制率达到91.9%,有明显的清除超氧阴离子的作用;浓度为10mg/ml时,对羟基自由基的清除作用达到100%,且在一定的浓度范围内呈剂量依赖关系。此外,鹿茸肽VAP-B1具有一定的防止脂质过氧化和还原力作用。     

酶解猪血蛋白中活性肽的纯化和功能研究

利用层析、超滤等生物化学手段纯化猪血胰蛋白酶水解液,得到的目标产物是一种在高压液相色谱水平上的纯品,分子量大约为3000的小肽.利用T淋巴细胞转化实验和E花环形成实验确定目标小肽的存在,并分别采用体内、体外的免疫学和药理学实验,初步确定了目标小肽对机体免疫活性的增强性质.     

人参根中丙二酰基三七人参皂苷-R4的分离及其结构表征

从新鲜人参根中分离得到了1个新化合物, 根据理化性质和谱学方法并与文献报道的相关化合物的数据进行比较, 鉴定其结构为丙二酰基三七人参皂苷-R4(Malonyl-notoginsenoside-R4, 1).     

新型苯丙氨酸三肽衍生物的合成及其抗乙肝病毒活性

以具有抗HBV活性的苯丙氨酸二肽化合物马蹄金素(MTS)为先导化合物,设计并合成了23个新型的苯丙氨酸三肽衍生物（4a~4h, 5, 6a, 6b和8a~8k）,其结构经¹H NMR, ¹³C NMR和MS(ESI)表征。采用HepG2 2.2.15细胞为乙肝病毒载体,评价了目标化合物的抗HBV活性。结果表明：化合物5（IC₅₀=2.98 μM）、 6b（IC₅₀=0.62 μM）和8k（IC₅₀=5.07 μM）对HBV DNA复制的抑制活性优于MTS（IC₅₀=11.16 μM）。     

蛋白质二级结构预测的综合分析

本文提出了一个蛋白质二级结构预测结果的综合分析方法, 它综合了常用的几种二级结构预测法(Chou-Fasman方法、Garnier方法, Cohen方法、疏水性分析法), 取各方法之长, 对由每种方法得到的有差别的结果进行综合分析, 经过这样处理, 可使蛋白质二级结构预测精度提高7%左右。     

多维液相色谱-质谱用于酶解猪血蛋白中活性肽的研究

以强阳离子交换柱（SCX）为一维色谱柱,反相柱（RP）为二维色谱柱,采用在线捕集接口形式,通过10通阀连接一、二维色谱柱,构建了二维液相色谱分离系统。将该系统用于酶解猪血蛋白中对血管紧缩素Ⅰ转移酶（ACE）具有活性抑制作用的肽进行分离、鉴定,共检测出104个组分。收集一维馏分,离线注入LC—MS,鉴定出其中含有SAL、DKF、ESF、STVL及FESF5个小肽。     

多肽序列的结构特征与其MHC限制性

从多肽序列的一级结构出发,基于多肽序列中氨基酸侧链间距离和氨基酸侧链的电性特征,构建了多肽序列特征矢量,简称ζ矢量,选取文献中主要组织相容性复合物(MHC)中的14个A^d限制性和14个非A^d限制性多肽序列作为训练集建立辅助性T细胞(helperTlymphocytc,Th)表位预测的定量模型,为了检验该预报系统的精确性,进行了随机抽样检验和交互检验.结果表明,该预报系统具有稳定性好、预测能力强的特点,该方法可用于人的MHCⅠ和Ⅱ类表位的预测、蛋白质抗原免疫识别、亚单位疫苗分子设计及研制.     

多肽一级结构表征与抗菌肽QSAM建模

从整体上考虑多肽一级结构, 提出了3种仅基于多肽氨基酸序列、 计算简便、 适于不等长肽和可捕获多肽上下文关联特征的多肽新描述子, 即地统计学关联(GS-AA531)描述子、多尺度组分与关联(MSCC)描述子和地统计学关联与多尺度组分(GS-AA531-MSC)描述子. 将其应用于2个抗菌肽体系(等长肽与不等长肽)的结构表征, 并以支持向量回归建立QSAM模型. 模型的拟合、 留一法及独立测试结果表明, 结合特征筛选的新描述子GS-AA531与GS-AA531-MSC的预测精度明显稳定且优于其它参比描述子, 在多肽QSAM研究中具有广泛应用前景.     

Structural Element of Vitamin U-Mimicking Antibacterial Polypeptide with Ultrahigh Selectivity for Effectively Treating MRSA Infections

Antimicrobial peptides (AMPs) exhibit mighty antibacterial properties without inducing drug resistance. Achieving much higher selectivity of AMPs towards bacteria and normal cells has always been a continuous goal to be pursued. Herein, a series of sulfonium-based polypeptides with different degrees of branching and polymerization were synthesized by mimicking the structure of vitamin U. The polypeptide, G₂-PM-1^H+, shows both potent antibacterial activity and the highest selectivity index of 16000 among the reported AMPs or peptoids (e.g., the known index of 9600 for recorded peptoid in “Angew. Chem. Int. Ed., 2020, 59, 6412.”), which can be attributed to the high positive charge density of sulfonium and the regulation of hydrophobic chains in the structure. The antibacterial mechanisms of G₂-PM-1^H+ are primarily ascribed to the interaction with the membrane, production of reactive oxygen species (ROS), and disfunction of ribosomes. Meanwhile, altering the degree of alkylation leads to selective antibacteria against either gram-positive or gram-negative bacteria in a mixed-bacteria model. Additionally, both in vitro and in vivo experiments demonstrated that G₂-PM-1^H+ exhibited superior efficacy against methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) compared to vancomycin. Together, these results show that G₂-PM-1^H+ possesses high biocompatibility and is a potential pharmaceutical candidate in combating bacteria significantly threatening human health.     

依据氨基酸残基的相关性预测蛋白质的结构类型

作为蛋白质的建筑构件,各种类型的蛋白质的20种氨基酸残基之间存在着特定的相互关联,反映了氨基酸残基之间的制约性,并有深刻的物理和化学的内在因素.某些氨基酸残基对之间的相关系数可以作为一种类型的蛋白质区别于其它类型蛋白质的特征,用于蛋白质结构类型的预测.研究了4种类型的蛋白质204个样品的氨基酸残基对的相关性系数,找出了可作为蛋白质结构类型特征的氨基酸残基的相关对,并用于蛋白质结构类型的预测,对于α型、β型、α/β型和α＋β型蛋白质的204个蛋白质样品的交叉测试,正确率分别为94％、89％、79％和89％,平均为88％,高于简单距离法和欧几里德距离法.     

Structural Characterization and Toxicity Prediction of Some Organic Compounds

A new molecular structural characterization(MSC)method called molecular vertexes correlative index(MVCI)was constructed in this paper.The index was used to describe the structures of 45 compounds and a quantitative structure-activity relationship(QSAR)model of toxicity(–lgEC50)was obtained through multiple linear regression(MLR)and stepwise multiple regression(SMR).The correlation coefficient(R)of the model was 0.912,and the standard deviation(SD)of the model was 0.525.The estimation stability and prediction ability of the model were strictly analyzed by both internal and external validations.The Leave-One-Out(LOO)Cross-Validation(CV)correlation coefficient(RCV)was 0.816 and the standard deviation(SDCV)was 0.739,respectively.For the external validation,the correlation coefficient(Rtest)was 0.905 and the standard deviation(SDtest)was 0.520,respectively.The results showed that the index was superior in molecular structural representation.The stability and predictability of the model were good.     

一硼化铪的晶体结构预测与构效关系基因

利用基于进化算法的晶体结构预测软件USPEX,并结合第一性原理方法对HfB的稳定晶体结构进行全局搜索。在基态条件下,新发现2个HfB晶体结构(空间群:P6m2和R3m)。其中,P6m2结构比已报道的Hf B晶体结构(空间群:Pnma、Cmcm、I41/amd和Fm3m)具有最低的基态能量。这些结构中,B原子分别以二维类石墨烯(P6m2和R3m结构),zig-zag链(Pnma、Cmcm和41/amd结构)和孤立原子(Fm3m结构)3种形式存在,从而导致它们具有显著的化学键合特征、高温稳定性和强韧特性差异。     

一硼化铪的晶体结构预测与构效关系基因

利用基于进化算法的晶体结构预测软件USPEX,并结合第一性原理方法对HfB的稳定晶体结构进行全局搜索。在基态条件下,新发现2个HfB晶体结构（空间群：P6m2和R3m）。其中,P6m2结构比已报道的HfB晶体结构（空间群：Pnma、Cmcm、I4₁/amd和Fm3m）具有更低的基态能量。这些结构中,B原子分别以二维类石墨烯（P6m2和R3m结构）,zig-zag链（Pnma、Cmcm和4₁/amd结构）和孤立原子（Fm3m结构）₃种形式存在,从而导致它们具有显著的化学键合特征、高温稳定性和强韧特性差异。     

人参中氨基酸及多肽的研究

氨基酸及多肽是人参中重要成分之一。田中治,Gstirner等对人参根中氨基酸分析表明,主要有Arg、Lys、Ala、Ser、Tyr、Pro、Gly、Glu、Thr、Leu、Ile、Val、AspPhe、His等,也曾确定含半胱氨酸。我们分析了吉林省集安边条参各部位的氨基酸(见表1)表明,芦头和花蕾各检出16种;根检出15种;侧根、须根和叶各检出14种。     

卷烟主流烟气人参皂苷的色谱分析

通过提高卷烟主流烟气中人参皂苷含量可达到增益的目的。研究了人参提取物及人参深加工提取物加入卷烟配方后,采用薄层色谱法检测卷烟吸用时烟气中是否含有人参皂苷,采用高效液相色谱法检测单体人参皂苷在卷烟主流烟气中的含量,同时测定烟气中致癌物质苯并[a]芘、CO以及焦油的含量变化;经检测,添加了人参提取物及深加工提取物的卷烟吸用后,烟嘴及主流烟气中均有人参皂苷存在,且深加工提取物的含量高于一般提取物配方,同时深加工提取物配方烟气中苯并[a]芘含量没有增加,CO以及焦油的含量稍下降,感官质量评价优于空白对照。