利用微卫星标记分析贵州水牛的遗传多样性

通过对贵州水牛的遗传多样性进行分析,为正确评估贵州水牛的资源价值、制定合理可行的保种方案提供理论依据.利用11对多态性较高的微卫星引物对贵州7个水牛群体的有效等位基因数、基因杂合度、多态信息含量和遗传距离进行分析.贵州7个水牛群体的平均有效等位基因数、平均杂合度和平均多态信息含量分别为4.0823～4.8951、0.7450～0.7922和0.7021～0.7605;遗传距离最远的黔南水牛和毕节水牛为0.3084;由UPGMA聚类法将贵州7个水牛群体聚为4类.贵州水牛遗传多样性丰富,具有较好的遗传潜力;对贵州水牛的划分比传统分类法更能反映实际的生态地理环境及其历史形成状况.     

微卫星标记分析籼粳亚种间的遗传多样性

208对引物中具有多态性的引物123对,占所用引物的59．13％,不同染色体的微卫星分析的多态性不同,染色体9,10微卫星的多态性高于其它染色体,染色体12上的微卫星标记的多态性最差,仅为46．15％．聚类分析表明,所有的供试材料可分为两群,即籼稻群和粳稻群,聚类结果与亲本材料亲缘关系基本一致,说明微卫星标记能较好地区分籼稻和粳稻,由于农艺性状是基因表达的结果,易受环境影响,聚类结果不能从整体上充分反应品种间的遗传变异,42份常用杂交水稻亲本材料聚类分析表明,恢复系和不育系遗传基础均较狭窄,但恢复系和不育系之间的遗传距离相对较远,从一定程度上反映了遗传距离与杂种优势正相关。     

基于微卫星标记的中华蜜蜂5个自然群体遗传多样性分析

【目的】分析中国四川阿坝、黄土高原、海南岛、浙闽丘陵、滇南地区等地的中华蜜蜂(Apis cerana cerana)自然群体遗传多样性。【方法】提取样品基因组DNA后进行PCR扩增,并用聚丙烯酰胺凝胶电泳检测。通过计算15对微卫星标记在5个中华蜜蜂自然群体中的等位基因数、多态信息含量、期望杂合度、观测杂合度、遗传距离、遗传相似系数和遗传分化系数,进而评估各中华蜜蜂种群遗传多样性和各种群间遗传分化。【结果】15个微卫星位点共检测到64个等位基因,每个位点的等位基因数平均为4.266 7个,单个位点的等位基因数为2～6个。各群体平均等位基因数为2.6～3.066 7个,平均观测杂合度为0.550 3～0.664 3,平均期望杂合度为0.524 4～0.566 7,平均多态信息量为0.410 3～0.492 7。四川阿坝群体与黄土高原、海南岛、浙闽丘陵、滇南地区等地群体在Acc001,Acc096,Acc131等3个位点上存在明显分化;黄土高原群体与海南岛、浙闽丘陵、滇南地区等地群体在Acc114,Acc121,Acc132等3个位点上表现出一定程度的遗传分化;海南岛群体与浙闽丘陵、滇南地区两地群体在Acc001,Acc002,Acc004,Acc131,Acc132等5个位点上均表现出较强的遗传分化;浙闽丘陵与滇南地区群体间在Acc002,Acc121,Acc131等3个位点上遗传分化极明显。5个中华蜜蜂自然群体之间的遗传距离在0.160 1～0.491 0之间。【结论】5个中华蜜蜂群体遗传多样性丰富,群体间遗传分化明显。     

舟山附近海域3个大黄鱼养殖群体遗传多样性的微卫星分析

利用8个微卫星多态标记分析舟山附近海域3个大黄鱼养殖群体共90个体的遗传多样性。结果显示,8个微卫星位点共检测到等位基因64个,各位点等位基因数(A)范围为5~10个,观测杂合度(Ho)的平均值为0.9111,期望杂合度(He)的平均值为0.8108,多态信息含量(PIC)平均值为0.7800,表明所选择的8个微卫星位点均表现出较高的多态性。群体的遗传多样性分析结果显示,3个群体的平均观测杂合度和平均期望杂合度分别为0.891 7、0.900 0、0.941 7和0.738 4、0.743 2、0.821 3,Shannon多样性指数分别为1.467 0、1.449 0、1.800 9,表明3个群体的遗传多样性处于较高水平。HardyWeinberg平衡检验发现只有LYC0015和LYC0009位点处于平衡状态(PHW0.05),其余6个位点都不同程度地偏离了平衡。3个群体的聚类分析表明,岱山和朱家尖西岙网箱2个养殖群体亲缘关系较近,而与舟山市水产所耐低温F2代群体亲缘关系较远。     

利用微卫星标记分析巢湖鸭群体的遗传多样性

巢湖鸭是我国著名中型蛋肉兼用品种,为了进一步阐明其保种及群体遗传结构状况,通过资源调查摸清了巢湖鸭的外貌特征、生产特性和适宜分布的生态环境,采用26个多态性较好的微卫星标记,检测了巢湖鸭的遗传多样性。结果表明:26个微卫星位点均表现出多态性,总共检测到111个等位基因,平均等位基因数为4.269个;群体多态信息含量为0.526,杂合度为0.610。瓶颈效应分析结果表明:该群体已偏离了突变-漂移平衡,近期可能经历了瓶颈效应,种群数量曾经下降。根据调查结果及遗传多样性检测数据,提出通过原产地保护,从而保护巢湖鸭的建议。     

SSR标记对籼稻品种的遗传多样性分析

利用500多对SSR标记对广陆矮4号、珍汕97B、佳辐占、明恢86和明恢63 5个籼稻亲本品种进行遗传多样性分析.结果表明,佳辐占与明恢63、明恢86、珍汕97B和广陆矮4号之间的相似系数分别为78.1%、76.1%、72.8%和71.7%.相对而言,其相似系数越小,遗传距离越大,因此利用佳辐占与这些品种组配较有希望选育出品质优良、综合优势明显的新品系.同时研究表明,标记间平均距离为10 cM或小于10 cM时,分析所得结果较为可靠.     

中药植物玉竹微卫星标记的筛选及遗传多样性分析

利用磁珠富集法构建玉竹的微卫星文库,用筛选出的微卫星引物对玉竹样品进行遗传多样性分析。根据链亲和素磁珠和生物素特异结合的特性,用3’端生物素标记的探针与两端连接已知序列人工接头的玉竹基因组DNA酶切片段杂交,杂交复合物结合到包被有链亲和素的磁珠上,洗脱并收集吸附在磁珠上的含有微卫星的片段。经过克隆和测序,再根据微卫星两侧的保守序列设计引物,最后利用从中筛选出的微卫星引物对玉竹种群进行遗传学分析。从基因组微卫星富集文库中分离出9个多态微卫星位点,来自3个玉竹种群的40个个体的多态性显示,每个位点的等位基因数从3到6个不等,观察杂合度范围为0000～0.875,预期杂合度范围为0.520～0.760,多态信息含量范围为0.066～0.687。9个多态位点经哈温平衡检测结果显示有5个位点符合哈迪-温伯格(Hardy-Weinberg)平衡,其余4个位点显著偏离哈温平衡(P0.05)。这可能是存在无效等位基因和或近亲繁殖效应的结果,鉴定出的微卫星遗传标记可以在玉竹的遗传多样性和种群遗传结构的评价中具有潜在的应用价值。     

对家畜遗传育种研究中微卫星标记的分析

近年来，微卫星标记以其独特的优点和特点而被广泛应用于家畜遗传育种研究的各个领域。本文分析了微卫星标记的产生卡几粤及其优点，并指出了他在家畜遗传育种研究中的应用。     

应用微卫星标记对海南和广西恒河猴遗传多样性的研究

目的研究微卫星DNA多态性在海南和广西恒河猴遗传多样性中的应用。方法利用11个微卫星位点,对来自这两个地区的恒河猴进行了遗传检测,并通过POPGEN32软件计算各个微卫星座位的等位基因频率、有效等位基因数目(Ne)、多态信息含量(PIC)和遗传杂合度(H)。结果所选择的11个微卫星位点均存在高度的遗传多态性,H为0.6848~0.8785;PIC为0.5826~0.8345;Ne为3.0000~7.1553。以11个微卫星标记为测度,广西恒河猴的Ne、PIC和H的平均值均高于海南猴,分别为4.2583、0.7090、0.7706(广西恒河猴)和4.2054、0.7025、0.7656(海南恒河猴)。结论这种差别可能与地域来源有关。这些研究为微卫星标记分析恒河猴遗传多样性提供理论基础。     

微卫星标记及其在畜禽遗传育种中的应用

微卫星是近十多年来发展起来的一种新型的分子遗传标记。它具有在基因组中数量大、分布广、多态性丰富、易于检测、呈孟德尔共显性遗传等优点,因此被广泛应用于基因定位、构建基因组图谱、个体及亲缘关系鉴定、群体遗传结构与遗传关系的分析、监测育种和遗传操作效应、标记辅助选择及杂种优势预测等方面。综述了微卫星DNA标记及其在畜禽遗传育种中的应用。     

利用微卫星座位研究蓝孔雀的遗传结构

利用7对鸡的微卫星引物对蓝孔雀基因组进行种间扩增,其中4对引物能扩增出特异性条带。4个微卫星座位在蓝孔雀群体内均具有遗传多样性,基因杂合度分别为0．8775、0．7325、0．5000、0．7288,多态信息含量分别为0．8751、0．7239、0．3750、0．7123,有效等位基因数为8．1633、3．7383、2．0000、3．6866。4个微卫星座位在蓝孔雀群体中属于多态性座位,可以作为蓝孔雀群体遗传多样性的标记辅助选择位点。     

利用ISSR分子标记研究樱桃李野生类型的遗传多样性及亲缘关系

利用ISSR分子标记技术对产于中国天山的40个樱桃李(Prunus divaricata Ldb.)野生类型遗传多样性进行研究。通过遗传多样性研究及UPGMA聚类分析显示,野生樱桃李种下类群间遗传多样性有差异,平均多样性指数(I)为0.488,遗传相似系数(Hs)介于0.504~0.851之间,平均为0.678,遗传距离(GD)的范围在0.127 0~0.604 2之间,等位基因数(Na)和有效等位基因数(Ne)分别为1.908和1.571,而平均Nei基因多样性指数为0.17,平均Shannon信息指数(I)为0.22则显示其群体遗传多样性较低;分子标记下的聚类结果,可将中国天山产的40个樱桃李野生类型归为4大类,结合形态学特征分析,研究表明中国天山的40个野生樱桃李可划分为4个变种,即矮生樱桃李P.divaricata var.humila(N.R.Cui et L.Wang)D.F.Cui,comb.nov.、黑果樱桃李P.divaricata var.nigrooarp(N.R.Cui et L.Wang)D.F.Cui,comb.nov.、红果樱桃李P.divaricata var.phoenicea(Z.Xu)D.F.Cui,comb.nov.和黄果樱桃李P.divaricata var.luteola(N.R.Cui)D.F.Cui,comb.nov.。     

AFLP分子标记在鹀属遗传多样性分析中的初探

利用扩增片断长度多态性（AFLP）技术分析了鹀属(Emberiza)4种鹀(三道眉草鹀Emberi za cioides, 白头鹀Emberiza leucocephala, 白眉鹀Emberiza tristrami, 灰头鹀Emberiza spodocephala)基因组DNA的多态性. 在选取的39对引物中, 有11对能得到重复性好的多态性扩增条带, 每对引物扩增带数为27~76. 共得到535个标记位点, 其中429个为多态位点, 多态位点 比率达801%; 在UPGMA聚类关系图中, 4种鹀聚成一大类, 三道眉草鹀与白头鹀、 白眉鹀与灰头鹀分别两两相聚. 结果表明, AFLP可用于分析鹀属遗传多样性.     

基于转录组测序的波纹巴非蛤微卫星标记研究

应用MISA软件对波纹巴非蛤转录组测序数据进行分析,共获得7378个微卫星标记,从中选取95个位点设计引物,并在一个野生波纹巴非蛤群体中进行分析验证,结果显示:95个位点中能够扩增出清晰条带的位点有30个,其中15个位点表现为单态,15个位点呈现多态.使用15个多态位点进行波纹巴非蛤群体的遗传多样性分析,结果表明:这15个位点的等位基因数为2~9,平均等位基因数为4.733,平均有效等位基因数为2.438,平均观测杂合度和平均期望杂合度分别为0.270、0.516,平均多态信息含量为0.457.     

尼罗罗非鱼选育家系的遗传多样性研究

近年来,微卫星标记技术因其引物通用性强、检测快速、多态信息含量高等优点发展并成为各种物种基因组作图的首选标记。本文利用11个微卫星标记分析14个尼罗罗非鱼家系的遗传多样性,研究尼罗罗非鱼群体的遗传多样性和家系间的遗传关系。结果表明,11个微卫星位点扩增产物具有多态性,每个位点平均等位基因数为8.36;14个尼罗罗非鱼家系的平均多态信息含量、平均杂合度、平均有效等位基因数分别为0.499 3、0.558 3、2.608 0,表现为较高的遗传多态性。对14个尼罗罗非鱼家系间的遗传距离分析发现,家系NT207与NT213遗传距离最小,为0.204 4;家系NT208与NT210遗传距离最大,为0.760 9。14个尼罗罗非鱼家系间的平均遗传相似性指数为0.649 6,平均遗传距离为0.440 2。UPGMA系统树分析结果表明,家系NT215、NT218、NT210与NT211构成一个分支;家系NT214、NT203、NT206、NT207、NT213、NT217、NT209与NT216构成另一个分支;而家系NT208、NT201与其他家系的遗传距离则较远,分别构成独立的分支。     

鱼类遗传标记研究进展

随着生物技术的发展,遗传标记也从早期的表型遗传标记发展到分子遗传标记.在水产业中,目前常用的遗传标记主要是生化遗传标记和DNA标记.本文对这两种标记进行概述.     

我国药用价值地方鸡种的遗传多样性研究

通过选用30个多态性较好的微卫星标记,检测了9个药用价值地方鸡品种:郧阳白羽乌鸡、乌蒙乌骨鸡、盐津乌骨鸡、腾冲雪鸡、余干乌骨鸡、兴文乌骨鸡、石棉草科鸡、沐川乌骨鸡、泸宁鸡的遗传多样性。利用等位基因频率计算各群体平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和群体间的遗传距离(Ds)。结果表明:30个微卫星位点中有24个微卫星位点在9个鸡群体中PIC均为高度多态,可作为有效遗传标记用于各鸡品种的遗传多样性和系统发生关系的分析。在9个品种中,杂合度最低的是郧阳白羽乌鸡,为0.640;杂合度最高的是腾冲雪鸡,为0.690。因此药用价值地方品种鸡的H都偏高,据分析可能是这些药用价值地方品种鸡都产于交通闭塞的山区,形成了家禽品种的多种多型,而且杂合度的高低与PIC值的大小体现了较高的一致性;对Ds的计算表明:体格较大的泸宁鸡与萁它品种距离较远;用UPGMA法进行聚类分析,结果9个鸡品种被聚为3类:郧阳白羽乌鸡、沐川乌骨鸡、盐津乌骨鸡和腾冲雪鸡聚为一类;余干乌骨鸡、兴文乌骨鸡、乌蒙乌骨鸡和石棉草科鸡聚为一类;泸宁鸡独自聚为一类。这与几个鸡品种的来源、分化、选育历史及地理分布是一致的。     

拟穴青蟹群体遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR技术对拟穴青蟹（Scylla paramamosain）3个地理群体：福建群体（FJ）、广西防城港群体（FC）和北海群体（BH）的遗传多样性进行检测。用10对ISSR引物对90个个体进行PCR扩增,用POPGENE32计算遗传参数,并用ARLEQUIN软件进行AMOVA分子变异分析。结果共检测到63个位点,多态位点数为56。福建、防城港和北海群体Nei＇s基因多样性指数（He）分别为0.2670、0.1819和0.2257,Shannon＇s信息指数（I）分别为0.3945、0.2708和0.3371,遗传多样性水平从高到低依次为FJ〉FC〉BH。He和I在群体水平上分别为0.2248和0.3341,在物种水平上分别为0.3186和0.4337。拟穴青触32.34%的变异发生在群体间,67.66%的变异发生在群体内,3个群体间的遗传分化系数为0.1542,产生了一定的遗传分化。     

利用SSR及ISSR分子标记研究苜蓿属及其近缘植物的亲缘关系

利用30对SSR引物和12个ISSR引物对苜蓿属(Medicago)及其近缘植物共11个物种的亲缘关系进行研究。通过遗传多样性研究及UPGMA聚类分析显示,"阔荚类群"(subgen.Platycapos)的4个种在两种分子标记下都聚为一支,符合其相似的形态学特征;"阔荚类群"在SSR分子标记中与胡卢巴属(Trigonella)聚成一支,网脉胡卢巴(T.cancellata)在ISSR分子标记中聚在"阔荚类群"中;两种分子标记中,"紫花苜蓿复合体"(Medicago sativa complex)3个种间的遗传距离都最短;南苜蓿(M.polymorpha)在两种分子标记下的聚类结果有所不同,SSR分子标记下与胡卢巴属的亲缘关系更近。研究说明苜蓿属与胡卢巴属具有很近的亲缘关系,苜蓿属内不同物种与胡卢巴属的亲缘关系有远有近,其中苜蓿属中的"阔荚类群"与胡卢巴属的关系最近,苜蓿属中其他物种与胡卢巴属的亲缘关系较远。