距离边数矢量与分子相似度的计算

化学环境编码算法;分子相似度计算;距离边数矢量与分子相似度的计算     

DNA序列编码及相似度计算

将DNA的一级序列如β-球蛋白基因的第一个外显子(Exon)转化为分子“结构图”, 然后由所得“结构图”提取图的不变量, 如分子连接性指数. 以图的不变量作为自变量, 再由相似度计算公式或距离公式进行相似度计算, 其相似度的大小显示不同物种间亲缘关系的远近程度. 运用这种方法对人、 猴及鼠等8个物种的β-球蛋白基因的第一个外显子的相似度进行计算, 所得结果与生物学中的进化树符合得较好.     

空间距离在三维分子相似度计算中的应用

采用Tripos公司的MOPAC模块计算分子的空间距离,所得距离矩阵用带有约束条件的空间距离方法计算分子的相似度,同时通过4组化合物的计算,与纯空间距离方法进行比较,得到了较为满意的结果。     

基于相似系统理论的相似度计算方法的改进

针对常用的相似度方法对色谱指纹图谱数据的相对差异响应不灵敏,本文对基于相似系统理论的改良程度相似度的计算方法进行了改进。模拟数据和乳块消片色谱指纹图谱数据计算结果表明,改进后的新改良程度相似度q′可区分与参照样本的总差异相同,但差异分布不同的样本。在共有峰峰面积差异不超过100%的情况下,新改良程度相似度q′计算方法能够更灵敏地反映两样本的峰面积的相对差异。本研究的新改良程度相似度q′能突出组分群中某些组分对既定配比的较大偏离,适用于中药成分群配比波动的控制和中药过程质量控制。     

利用样本成分耗散物的非线性化学指纹图谱原理及相似度计算与评价

在恒温恒压条件下,以丙酮和样本中底物作为主要耗散物的不同成分的样本对非线性化学反应机理产生不同影响,从而引起反应体系电位-时间曲线形状不同变化为特征的B-Z化学振荡体系为例,就非线性化学指纹图谱原理进行了详细研究和讨论,并提出了计算非线性化学指纹图谱系统相似度的通用方法.利用系统相似度和欧氏距离、相关系数及夹角余弦对不同生产批次古汉养生精和18种其他样本的非线性化学指纹图谱的相似度进行了计算与分析.结果表明,相关系数和夹角余弦都不能用来作为评价非线性化指纹图谱相似度的指标.利用欧氏距离公式计算指纹图谱的非参数型相似度时,能正确反映指纹图谱的特征差异,但用其计算参数型相似度时,则有时不能正确反映样本非线性化学指纹图谱特征差异的相对程度.系统相似度能最真实反映样本指纹图谱之间差异程度,是4种相似度计算方法中最好的,可用于非线性化学指纹图谱相似度计算与评价.成功提出了一种经济、简便、易行和有效的鉴别样本真伪与评价其质量的科学方法.     

相似系统理论定量评价中药材色谱指纹图谱的相似度

研究相似系统理论定量评价中药材提取物液相色谱指纹图谱的相似度。以相似系统理论对栀子药材提取物高效液相色谱指纹图谱的相似度评价,发现相似系统理论对数据的差异比较敏感,而且相似度的计算结果能够反映样品的相对差异。相似系统理论可以作为一种评价中药色谱指纹图谱相似度的新方法。     

分子轨道计算应用于核化学与同位素化学

随着量子化学计算技术的发展,用量子化学来定量地处理和解决科学问题的对象愈加广泛。本文简单地介绍了分子轨道(简称MO,下同)计算应用于核化学、放射化学和同位素化学,诸如对萃取剂性能的理论分析、放射核素衰变对分子稳定性的影响、同位素效应的计算和在核药物化学中的应用。     

DNA编码序列的图形表示及相似度计算

将DNA编码序列转化为图,然后计算得图的不变量-分子连接性指数,由所得的拓扑指数对DNA编码序列进行相似度比较以确认其同源性,得到了较好的结果.     

相似系统理论用于中药色谱指纹图谱的相似度评价

研究了中药色谱指纹图谱相似度的评价方法,提出了改良的程度相似度的计算方法。以模拟数据和实验数据研究了相关系数、夹角余弦和改良程度相似度的优劣,发现相关系数和夹角余弦对数据的差异不够敏感,经预处理之后仍然不灵敏;采用改良的程度相似度可以反映数据的差异,因此可以将其用于评价中药色谱指纹图谱共有峰的相似度。     

Molecular Similarity Based on Super-Ball Algorithm

IntroductionIn recent years, the studies about mo1ecular similarity has become an active research fieldand there has been an upsurge of interest in the use of the molecular similarity method fordrug design, the selection of analogs for chemicals, and the estimation of properties['--'J.There is a long-standing axiom in the molecular similarity method, depending on whichmolecules which are structura1ly similar, by specified criteria, tend to have similar chemicaland biological activities. In mol…     

化学指纹图谱的相似性测度及其评价方法

提出化学指纹图谱相似性测度概念,并以峰数弹性、峰比例同态性和峰面积同 态性为评价指标,用于多角度评价化学指纹图谱相似性测试优劣,根据这些评价指 标,用计算机仿真方法研究比较了6种相似性测度,结果表明夹角余弦测试用于度 量指纹图谱间谱峰比例的波动较适宜,峰匹配测度可较灵敏地检测小峰个数波动, 而欧氏距离测试则具有较好的综合评价能力。最后,采用实测的参麦注射液色谱分 析谱图。研究考察了上述计算机仿真实验结果,证明仿真结果符合实际情况,这表 明本研究方法可用于评价化学指纹图谱相似性测度。     

光纤化学传感器分子探针的固定方法

本文综述分子探针在光纤化学传感器探头上的固定方法,按照其结合方式可分为物理方法和化学方法,分别综述了它们的特点及实际。引用文献２４篇。     

Using Molecular Quantum Similarity Measures as Descriptors in Quantitative Structure-Toxicity Relationships

Abstract

In this paper molecular quantum similarity measures (MQSM) are used to describe molecular toxicity and to construct Quantitative Structure-Toxicity Relationships (QSTR) models. This study continues the recently described relationships between MQSM and log P values, which permits to use the theoretical MQSM as an alternative to the empirical hydrophobic parameter in QSPR studies. In addition a new type of MQSM is presented in this work: it is based on the expectation value of electron–electron repulsion energy. The molecular properties studied here, as application examples are aquatic toxicity, toxicology on Bacteria and inhibition of a macromolecule employing four different molecular sets.     

基于情境相似性原理的化学反应速率教学研究*

基于改进的微量化学反应速率测定实验,依据情境相似性原理将该实验测定的数据,开发为仿真实验探究软件。为课堂教学中模拟化学反应速率的测定,数据记录、数据分析、整合、图像绘制等过程提供帮助。在情境相似中让学生体验科学研究的过程,挖掘化学实验数据分析的教学价值,理解并建立v=Δc/Δt的关系,体会各种变化曲线的来源。     

Generation of Molecular Fields, Quantum Similarity Measures and Related Questions

A straightforward discussion on how to generate molecular fields is developed within the postulates of quantum mechanics. The theoretical formalism points towards the generalization and extension of the well-known molecular field forms, associated to density function and electrostatic molecular potential (EMP), including another category of fields associated to quantum molecular similarity measures. The results show that the new formalism can be easily applied to obtain an unlimited number of new information about molecular behavior.