纳升级电喷雾离子源-四极杆-飞行时间质谱中磷酸化肽的离子抑制作用

目前磷酸化蛋白质组学研究中的主要技术是蛋白质酶解产生的磷酸化肽的质谱检测。但是实际样品中的磷酸化肽(特别是多磷酸化肽)很难被检测到。其原因普遍认为是由于质谱检测时,非磷酸化肽抑制磷酸化肽。但也有认为非磷酸化肽对磷酸化肽没有抑制作用。另外磷酸化肽之间是否存在离子抑制作用还没有报道。本文采用相同氨基酸序列的标准磷酸化肽和非磷酸化肽,将其单独和混合进行质谱检测,通过对比混合前后磷酸化肽的信号强度,证明了非磷酸化肽对磷酸化肽有离子抑制作用;单磷酸化肽对二磷酸化肽有一定的抑制作用,但不太显著;单磷酸化肽对三磷酸化肽、二磷酸化肽对三磷酸化肽均有显著的离子抑制作用。该研究为今后单磷酸化肽和多磷酸化肽的分段富集和检测提供了有力的证明。     

合成受体与模型磷酸化肽的相互作用机理

为了研究基于Zn2+-二甲基吡啶胺及胍羰基吡咯基团的配位型受体Zn Dpa G与磷酸化肽的相互作用机制,选取具有不同序列的磷酸化肽作用模型,采用等温滴定微量热法考察了Zn Dpa G与磷酸化肽的结合常数,研究了模型肽中磷酸基团的数量、密度及位置等因素对多肽与受体间结合强度的影响.结果表明,Zn Dpa G受体对双磷酸化肽结合能力显著高于单磷酸化肽,其结合常数可提高10~40倍,2个磷酸基团的距离越近,结合作用越强;而磷酸基团的位置显著影响受体与单磷酸化肽的结合强度.本研究结果为进一步优化磷酸化肽受体结构设计,实现肽与受体间高选择性识别提供了一定的理论依据.     

基于细胞穿膜肽的药物递送研究进展

从细胞穿膜肽(CPP)的分类、内化机制、与货物的连接和应用四个方面讲述目前人们在对细胞穿膜肽的研究上已经取得的成果。细胞穿膜肽是一种能穿过细胞膜的短肽,可分为阳离子型肽、两亲性肽和疏水性肽。细胞穿膜肽的内化机制主要有内吞作用、直接渗透、依赖于糖蛋白的内化机制和依赖于浓度的内化机制等。近年来,人们合成了多种有实际应用价值的CPP-货物复合物,在细胞穿膜肽的应用上,取得了很多进展和突破。科学家们主要研究将细胞穿膜肽应用于药物递送和细胞成像。     

样品制备方法对高效液相色谱-串联质谱分析人乳内源肽的影响

人乳内源肽是乳蛋白在乳腺中被降解形成的具有生理功能的肽,是人乳的重要组成部分,研究人乳内源肽对于婴儿健康具有重要的意义.高效液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)联用技术的应用,促使人乳内源肽的研究取得了突破性的进展.人乳中内源肽含量低、干扰组分多,样品制备方法是影响分析结果的关键步骤.为了研究样品制备方法对分析结果的...     

计算肽学

肽作为重要的生理活性物质一直受到相关领域的广泛关注。近年来,由于肽在细胞信号转导中所扮演的中心角色以及作为生物药物靶向蛋白质相互作用网络等特殊性质的发现,再次唤起了人们对肽的浓厚兴趣。与之相伴的是,肽的理论和计算研究工作快速增长,并取得了长足进展。本文以“计算肽学”为主题系统概括了该领域的研究范畴和研究特点,并分别从肽的数据库构建、功能活性预测、分子对接、动力学模拟、结构数据分析、分子设计修饰以及系统生物学行为等几方面分类介绍了计算肽学的主要研究方向和当前发展状况。重点在于探讨采用计算化学和生物信息学方法剖析肽与蛋白质识别和相互作用的分子机制和理化基础,进而为肽类药物设计提供理论指导。此外,本文还提出了计算肽学在肽类纳米材料及生物表面活性剂等领域的潜在应用前景。     

合成受体与短肽相互作用研究进展*

由于在蛋白质分离,生物传感器,疾病诊断和治疗以及基础的生物医药研究等领域的潜在重要应用,合成受体与短肽（3－20氨基酸残基）相互作用的研究已引起了人们的关注。本文综述了近年来合成受体与短肽相互作用的研究进展,介绍了小分子受体与个别氨基酸残基的相互作用,小分子受体对短肽的序列选择性识别,小分子受体对短肽二级结构的诱导与识别以及高分子受体与短肽的相互作用,并对短肽受体的设计进行了建议与展望。     

酪氨酸四肽与ct-DNA的相互作用

采用Fmoc固相合成法合成了酪氨酸四肽(YYYY),经液相色谱-高效液相色谱(RP-HPLC)纯化,并用电喷雾质谱(ESI-MS)表征后,得到纯度大于90%的四肽,利用紫外光谱、圆二色光谱和荧光光谱研究了肽YYYY与ct-DNA的相互作用。结果表明,随着肽浓度的增加,ct-DNA的紫外吸收产生明显的增色效应,荧光猝灭显著,圆二色光谱发生红移。研究推测酪氨酸四肽以沟槽方式与ct-DNA发生相互作用,且酪氨酸四肽与ct-DNA的作用强于酪氨酸。     

类乳腺癌易感基因BRCA1肽的设计、合成及与抑癌基因蛋白RAD51肽段的相互作用

乳腺癌易感基因BRCA1肽对抑制女性乳腺癌病发有积极作用,其与乳腺癌细胞内抑癌基因蛋白RAD51相互作用的研究是乳腺癌药物发现的重要部分.通过Discovery Studio模拟类BRCA1肽与RAD51对接过程,利用R-DOCK评价系统从结果中筛选出4条评分较高的类BRCA1肽,采用固相逐步合成法制得.通过荧光光谱、圆二色光谱等方法研究了其与RAD51肽段(Pep158-180、Pep181-200、Pep241-260)的相互作用,发现4条类BRCA1肽的作用都强于BRCA1肽,这与模拟的结果相一致,其中BRCA1-3与RAD51的两个关键肽段(Pep158-180、Pep241-260)的相互作用明显强于BRCA1肽和其他类肽.该研究结果为乳腺癌药物分子设计提供了依据.     

NMR和肽在溶液中的构象

了解肽在溶液中的构象一直是多肽化学家们极感兴趣的一个研究领域,这是因为,肽在溶液中的构象同生物功能之间很可能存在着某种联系,而要了解这种联系,首先必须知道某个肽在溶液中的真实构象。但是,在NMR光谱产生以前,肽在溶液中的构象的研究一直停留在定性的水平上。直到六十年代,高分辨NMR     

磷酸化肽富集新方法研究进展

对组成复杂的生物样品中的低丰度磷酸化肽进行预富集,能够消除高丰度非磷酸化肽等干扰组分,从而提高磷酸化肽在质谱分析中的灵敏度,获得更好的检出和鉴定结果.在磷酸化肽富集过程中,对磷酸化肽具有选择性亲和作用的富集材料是实现对磷酸化肽特异高效富集的关键,多种具有不同类型亲和作用的富集材料已在磷酸化肽富集研究中得到了应用;而在材料形貌、富集操作形式、磷酸化肽富集特异性等方面,研究者们也不断在现有磷酸化肽富集材料的基础上进行多样化的改进.本文分别从不同类型亲和作用的磷酸化肽富集材料以及磷酸化肽富集方法改进两方面,对近年来磷酸化肽富集方法的研究进展进行了评述.     

两亲性聚(L-谷氨酸γ-苄基酯)-聚乙二醇接枝共聚物的自组装行为和载药性能研究

由氨基酸及其衍生物聚合形成的聚肽,因其独特的结构和性能,近年来在蛋白质结构模拟、分子链构象研究、生物医学等领域备受关注．其中两亲性聚肽共聚物的自组装行为,为开发具有生物相容性、可控释、可降解性的新型药物载体创造了条件．目前对聚肽共聚物自组装及载药性能研究主要集中于聚肽嵌段共聚物胶束,     

温度对设计肽稳定性及自组装性能的影响

作为目前热门的研究领域,新型设计肽因具备优良的自组装性能及广泛的潜在应用而备受关注,但该类肽的热稳定性却一直未见相关报道。本文采用原子力显微镜(AFM)、圆二色(CD)对新型设计肽AC-Pro-SerPhe-Cys-Phe-Lys-Phe-Glu-Pro-NH2的热稳定性进行了研究。圆二色结果表明,设计肽的圆二色强度随着温度的升高而降低,到80℃谱图转变为典型的无规卷曲。二级结构含量分析发现,随着温度升高,β-转角和规则α-螺旋结构含量明显降低,而无规卷曲和不规则α-螺旋结构含量增加。实验发现肽溶液温度由90℃回复到室温后,设计肽的二级结构在30min内能够恢复。AFM结果显示,在低于80℃时,温度的升高不影响设计肽的自组装形成纤维结构。温度高于80℃时,设计肽形成不规则聚集体。但当温度回复到室温时,设计肽自组装纤维形貌自行恢复。研究表明该类设计肽具有优良的耐热性及快速的自我修复能力。     

从组合化学肽库中筛选亲和配基

在亲和色谱研究中 ,建立适合于某种分离对象的亲和色谱体系的关键是寻找适合的亲和配基 .小肽亲和配基具有性质稳定、合成简单、价格低及生物相容性好等特点[1] ,但这类配基也存在着亲和力弱或选择性低的缺点 .因此 ,如何寻找小肽配基以及如何提高小肽配基的亲和力和选择性的问题引起了人们的关注与重视 [1～ 3 ] .组合化学法是一种快速制备大量相关或同类化合物的革新性的方法 [4 ] ,组合肽库包括噬菌体展示肽库和合成肽库 ,这两类肽库均可用于小肽配基的筛选与优化 [1,5] .组合化学法尽管有效 ,但以小肽为目的物进行筛选时 ,往往因肽 -肽…     

Rink Amide树脂结构对多肽合成的影响研究

研究了Rink Amide树脂取代度、溶胀度及肽链的长度不同对肽合成收率的影响,并对影响Rink Amide树脂溶胀度的因素进行了研究,结果表明,合成长肽时低取代度、高溶胀度的Rink Amide树脂能获得较好的肽收率。     

类肽与金属蛋白酶抑制剂类抗肿瘤药物研究进展

类肽作为天然活性肽的结构或功能模拟物,具有3个优点：一是能够保留天然肽的底物功能,二是可改善其代谢性质,三是可提高其作用的靶向专一性等特点．高活性的类肽分子设计可通过构象限定、结构改造和非肽模拟物设计的构思等多种手段实现．目前肿瘤化疗药物开发的研究热点已由细胞毒药物转向靶向治疗药物,在肿瘤发生发展过程中起关键作用的许多蛋白酶和肽酶陆续被发现,因此类肽作为潜在的肿瘤化疗药物已倍受关注,而如何设计具有抗肿瘤活性的小分子类肽酶抑制剂则已成为研究的热点．本课题组多年来一直致力于研究开发APN、MMPs及HDACs的小分子类肽抑制剂作为靶向抗肿瘤药物先导物．这三种锌离子依赖性金属蛋白酶在肿瘤的生长侵袭转移、血管生成和基质降解等发展进程中起着关键作用,靶向于该类生物靶点的小分子类肽抑制剂具有开发成为高选择性抗肿瘤药物的巨大潜力．     

磷酸化肽段质量数的分布特征

基于双向电泳和液相色谱的蛋白质鉴定是蛋白质组最常用的技术,质谱谱图的好坏对鉴定的成功率起决定性作用。其中,某些不确定的修饰和非蛋白污染物是影响谱图质量的难以忽略的因素。Mann等曾经建立过"肽的可能的质量列表",并指出存在"肽质量禁区MFZ(MassForbiddenZone)",其研究的质量范围为0～2000u。本文在此基础上,编写了基于Web的肽段质量数分析统计软件PMFstat,研究了0～5000u质量范围的胰蛋白酶酶切肽段的质量分布,并特别考察了磷酸化肽段的质量数特征。结果表明:磷酸化效应导致"肽质量禁区"明显变窄和肽质量分布峰值左移。     

不同的引导肽对丝状噬菌体基因8蛋白展示外源多肽的影响

为了研究不同的引导肽对在基因8蛋白上展示外源多肽的影响,利用基因工程方法将一短肽插入基因8蛋白的N端,并将引导多肽去除或用基因3蛋白的引导肽序列替代基因8的引导肽序列.采用放射性脉冲追踪技术检测不同的引导肽对在基因8蛋白上展示外源多肽的作用.结果表明,无引导肽序列的引导,蛋白前体无法向成熟蛋白转化.基因3蛋白的引导肽可以引导展示有外源多肽的基因8蛋白,完成从前体向成熟蛋白的转化,但转化率明显下降.研究结果对阐明噬菌体外壳蛋白在大肠杆菌中的跨膜机制具有重要的意义.     

新型等点聚焦系统用于蛋白质组样本的预分离方法研究

对蛋白质或多肽的高效分离,将有利于降低肽段信号之间的干扰,保证规模化的蛋白质组学深度覆盖鉴定,并提高定量蛋白质组分析的准确性。本研究采用一种新型的等电聚焦预分离系统(OFFGEL),考察系统对293T细胞在蛋白质与肽段水平的分级分离效果,在OFFGEL系统中聚焦后的蛋白质或肽段可以从溶液中直接回收,与下游的LC-MS/MS肽段鉴定流程兼容。实验结果表明,肽段的分离效果明显优于蛋白质的分离,分级分离后各馏分对应的等电点位置与肽段的理论等电点分布高度一致,每个馏分中单独鉴定的肽段比例超过90%,显示了该系统对肽段的高分辨分离能力,结合生物质谱技术,在293T细胞中实现6727个蛋白质的规模化鉴定,表明该系统在复杂体系蛋白质组研究中的应用潜力。     

残基突变对P53-DNA结合域肽段构象影响的分子动力学模拟

基于分子动力学模拟方法研究了R249S、R248W 和G245S 突变对P53-DNA 结合域肽段(残基230-258)结构的影响. 采用GROMACS 软件包和GROMOS 43A1分子力场, 分别对野生型wtP53肽段、单点突变型P53-R249S肽段、两点突变型P53-R249S/R248W肽段和三点突变型P53-R249S/R248W/G245S肽段进行了4组独立的分子动力学模拟, 每组体系模拟时间为500 ns. 研究结果表明: R249S单残基突变影响肽段残基形成二级结构的情况, 但不改变肽段三维结构的模式, 同时使该肽段结构相对稳定; R249S和R248W两残基同时突变会加剧R249S突变对肽段的影响, 同时导致三维结构发生较大变化, 构象弯曲呈现双turn 结构, 肽段稳定性进一步增大; G245S突变对肽段的影响与R249S和R248W同时突变对其结构的影响相反, 在两残基突变的基础上, G245S突变会使原突变引起的变化减弱甚至消失, 同时使得该肽段结构稳定性减小. 该研究对认识肿瘤致病分子机制和设计新药物有重要意义.     

Caspase抑制剂的结构及合成

Caspase在细胞凋亡中起着关键作用,因此Caspase抑制剂的研究成为当今生命科学领域的重要课题之一。人工合成的Caspase抑制剂主要分为肽类和非肽类。本文着重介绍了常见肽类和非肽类Caspase抑制剂的结构及合成方法,并介绍了相关高活性抑制剂的活性数据。