皂甙的三维定量构效关系研究

针对目标分子柔性大的特点,在比较分子场分析(CoMFA)方法中采用交叉验证相关系数平方R^2引导的构象选择法。对12个皂甙分子的生物活性进行了三维定量构效关系研究。探讨了几种探针对构效关系结果的影响,并选择了一种较合理的“复合”探针方案。应用该复合探针构建CoMFA模型,发现影响药效的立体场与静电场的贡献分别为40%和40%,其它能量项的贡献为20%。该模型交叉验证的相关系数平方R^2为0.653,非交叉验证的R^2为0.991,方差比F(4,7)值130.195(即置信度99%以上),活性预计的标准偏差与极差比(s/△γ)为4.2%,表明模型具有较好的预测能力。根据该模型,预计在指定位置添加位阻较大的基团活性值提高将会比较明显。     

喹诺酮类N1位定量构效关系研究

氟隆诺酮类化合物是抗菌药中的重要一类，由于它的许多突出特点，已引起越来越多的研究者的关注山．这类化合物骨架见图1．我们对该类化合物进行过一些研究［’‘l自发现诺氟沙星＊以后，几位取代基在寻找高效、广谱峻诺酮类化合物方面起重要作用，但在发现环丙基（1983年）、特丁基（1989年）以后，一直未发现新的有意义的取代基·在NI位定性与定星构效关系的研究中有二种观点：（1）古贺弘等k’］提出的由立体效应决定的观点；（z）Domagala［71、Chu问等主张的立体与电子效应共同起作用的观点·3D－QSAR研究中的比较分子力场分析（Co…     

定量构效关系在化学计量学发展中的作用

介绍定量构效关系及其常用研究方法.叙述了化学计量学在我国近年来的发展,以及定量构效关系作为一门新兴的研究手段对现代化学尤其是化学计量学的发展所起的推动作用.     

紫杉醇衍生物的三维定量构效关系研究

利用比较分子力场分析(CoMFA)方法对98个紫杉醇衍生物的三维定量构效关系(3D-QSAR)进行了分析,发现影响其活性的立体能与静电能之比为61.6/38.4.进一步分析表明,C-13侧链基团的改变对其活性影响较大,尤其是2'-OH对保持活性是至关重要的;而母环其它位置取代基的改变对活性影响较小.该模型交叉验证r_cv²=0.714,非交叉验证r₂=0.901;以此模型对验证组10个化合物活性进行预测,r_pred²=0.812,表明模型具有很好的预测能力,对紫杉醇的改性或新类似物的合成具有指导意义.     

5,7,8位取代的喹诺酮类化合物定量构效关系的量子化学研究

５，７，８位取代的喹诺酮类化合物定量构效关系的量子化学研究俞庆森，朱龙观，林瑞森，蔡国强（浙江大学化学系杭州３１００２７）关键词：氟喹喏酮类，定量构效关系，ＣＮＤＯ／２氟喹诺酮类是一类重要的抗感染化疗药物￣［１］，近十年对其研究进展神速￣［２］，结构...     

定量构效关系研究进展

本文综述了定量构效关系及化学模式识别的研究与进展。     

N－亚硝基化合物的结构／致癌活性的三维构效关系研究

用比较力场分析研究了Ｎ－亚硝基化合物的结构与致癌活性的关系，考察了网络结构和探针原子对结果的影响．结果表明，立体效应和静电作用场是描述其致癌活性和进行结构性能关系研究的最重要的结构参数。     

氯苯胺类化合物对发光细菌毒性的定量构效关系

应用密度泛函理论的BLYP方法,对14种氯苯胺类化合物进行几何构型优化,得到稳定构型下的量子化学参数,研究了该类化合物对发光细菌毒性作用的定量结构-活性关系(QSAR),应用逐步回归方法建立了相关方程.结果表明:该类化合物对发光细菌的毒性作用随分子最低空轨道(LUMO)能级的降低而增大,随分子中氯取代数目的增加而增大.     

多维定量构效关系及药物分子设计研究进展

本文介绍并综述超分子化学，多维定量构效关系及药物分子设计的发展概况与研究进展，为新药创制和医药工业提供了有用信息。     

新型三唑类抗真菌化合物的三维定量构效关系研究

采用比较分子力场分析法(CoMFA)和比较分子相似性指数分析法(CoMSIA), 系统研究了40个新型三唑类化合物抗真菌活性的三维定量构效关系. 在CoMFA研究中, 研究了两种药效构象对模型的影响, 并考察了网格点步长对统计结果的影响. 在CoMSIA研究中, 系统考察了各种分子场组合、网格点步长和衰减因子对模型统计结果的影响, 发现立体场、静电场、疏水场和氢键受体场的组合得到最佳模型. 所建立CoMFA和CoMSIA模型的交叉相关系数q²值分别为0.718和0.655, 并都具有较强的预测能力. CoMFA和CoMSIA模型的三维等值线图直观地解释了化合物的构效关系, 阐明了化合物结构中苯环上各位置取代基对抗真菌活性的影响, 为进一步结构优化提供了重要依据.     

Combretastatins类微管蛋白抑制剂的定量构效关系与结合模式

以Combretastatins的B环改造化合物为研究对象, 采用遗传函数分析方法进行了二维定量构效关系研究. 研究结果表明, Apol, PMI-mag, Dipole-mag, Hbond donor和RadOfGyration等描述符对该系列抑制剂活性的贡献最大. 采用比较分子场分析方法(CoMFA)和比较分子相似因子分析方法(CoMSIA)进行了三维定量构效关系研究, 建立的CoMFA和CoMSIA模型的交叉验证相关系数q2分别为0.630和0.634, 具有较强的预测能力. 利用CoMFA和CoMSIA模型的三维等势图解析了Combretastatins类化合物的构效关系, 阐明了B环上各取代基对抑制微管蛋白聚合活性的影响, 同时应用分子对接方法分析并验证了定量构效关系模型.     

苯环己胺类药物的QSAR研究

采用量子化学密度泛函DFT/B3LYP方法,计算了30个苯环己胺(PCA)类化合物的电子结构参数,结合Chemoffice8.0软件计算的基于距离的拓扑参数,用逐步多元线性回归法建立了其结构参数与药物活性之间的定量结构-活性关系(QSAR).所建模型的复相关系数R=0.9250;用留一法(leave-one-out,L...     

Docking Study and Three‐Dimensional Quantitative Structure‐Activity Relationship (3D‐QSAR) Analyses and Novel Molecular Design of a Series of 4‐Aminoquinazolines as Inhibitors of Aurora B Kinase

The Aurora proteins are critical regulators of major mitotic events and attractive targets for anticancer therapy. 3D‐QSAR studies based on molecular docking were performed on a dataset of 40 4‐aminoquinazolines compounds. The CoMSIA model produced significantly better results than CoMFA model, with q²=0.652 and r²=0.991. The contours analysis provides useful information about the structural requirements for 4‐aminoquinazolines for inhibiting Aurora B. Scaffold hopping method was used to generate new structures based on the maximum common substructure of the training and test set compounds. The ADMET property, binding affinity and inhibitory activity of the new designed compounds were predicted, respectively. Finally 16 compounds were identified as the novel inhibitors for Aurora B kinase.     

苯胺衍生物式电位的QSAR研究

以AM1量子化学半经验分子轨道方法计算22个苯胺衍生物的分子结构参数,用多元线性回归的方法研究了13个式电位已知的苯胺衍生物的氧化式电位与其分子结构参数之间的关系.苯胺衍生物式电位与离子化电势(Ip),N原子上的净电荷(e(N),总的偶极矩(μt)和第四个碳上的净电荷(e(C4))有很好的相关性,回归方程为:E0′=-7.820 5 0.884 9(Ip-3.739(e(N)-0.093 56μt 0.925 1(e(C4)),(R=0.979,SD为0.023 6).依据回归方程合理地预测了其余9个苯胺衍生物的离子化电势和式电位,探讨了取代基性质和取代位置对离子化电势和式电位的影响.     

QSAR models of cytochrome P450 enzyme 1A2 inhibitors using CoMFA,CoMSIA and HQSAR

Quantitative structure–activity relationship (QSAR) studies were conducted on an in-house database of cytochrome P450 enzyme 1A2 inhibitors using the comparative molecular field analysis (CoMFA), comparative molecular similarity analysis (CoMSIA) and hologram QSAR (HQSAR) approaches. The database consisted of 36 active molecules featuring varied core structures. The model based on the naphthalene substructure alignment incorporating 19 molecules yielded the best model with a CoMFA cross validation value q² of 0.667 and a Pearson correlation coefficient r² of 0.976; a CoMSIA q² value of 0.616 and r² value of 0.985; and a HQSAR q² value of 0.652 and r² value of 0.917. A second model incorporating 34 molecules aligned using the benzene substructure yielded an acceptable CoMFA model with q² value of 0.5 and r² value of 0.991. Depending on the core structure of the molecule under consideration, new CYP1A2 inhibitors will be designed based on the results from these models.     

一种新的分子拓扑指数及其在QSPR/QSAR研究中的应用

通过引入量子数、键参数,认为分子的性质与其中各原子的电负性、价电子数、成键电子数、价层主量子数及各化学键的键长有关,提出了一种新的分子拓扑指数mAY.采用该拓扑指数对饱和烷烃、烷基苯、烷氧氯硅烷、卤代苯、含氮杂环化合物、碱金属卤化物及卤化锡的性质/活性进行了相关关系的研究.结果表明,mAY与有机物和无机物的性质/活性间具有良好的相关性.     

Design,Synthesis, Pharmacodynamic and In Silico Pharmacokinetic Evaluation of Some Novel Biginelli-Derived Pyrimidines and Fused Pyrimidines as Calcium Channel Blockers

Some new pyrimidine derivatives comprising arylsulfonylhydrazino, ethoxycarbonylhydrazino, thiocarbamoylhydrazino and substituted hydrazone and thiosemicarbazide functionalities were prepared from Biginelli-derived pyrimidine precursors. Heterocyclic ring systems such as pyrazole, pyrazolidinedione, thiazoline and thiazolidinone ring systems were also incorporated into the designed pyrimidine core. Furthermore, fused triazolopyrimidine and pyrimidotriazine ring systems were prepared. The synthesized compounds were evaluated for their calcium channel blocking activity as potential hypotensive agents. Compounds 2, 3a, 3b, 4, 11 and 13 showed the highest ex vivo calcium channel blocking activities compared with the reference drug nifedipine. Compounds 2 and 11 were selected for further biological evaluation. They revealed good hypotensive activities following intravenous administration in dogs. Furthermore, 2 and 11 displayed drug-like in silico ADME parameters. A ligand-based pharmacophore model was developed to provide adequate information about the binding mode of the newly synthesized active compounds 2, 3a, 3b, 4, 11 and 13. This may also serve as a reliable basis for designing new active pyrimidine-based calcium channel blockers.