模拟退火方法研究线性肽构象与环化的关系

采用蒙特卡罗模拟退火方法对一系列线性五肽进行了构象分析，探索了线性肽的优势构象与其环化产率之间的关系．构象分析所得到的预测结果与实验结果吻合．     

群多普利溶液构象的NMR研究

采用1D和2D NMR技术对血管紧张素转化酶抑制剂群多普利在CDCl₃溶液中存在的两种构象进行了结构解析, 并结合分子动力学和密度泛函理论方法对其进行了结构的几何优化和能量计算. 结果表明, 群多普利因分子中酰胺键的旋转而形成反式构象A和顺式构象B, 两种构象的能量差为6.35 kJ/mol, 且顺式构象为该药物的优势构象.     

高分子链空间构象分布的复杂性——条件下能量与尺寸的分布

通过高分子链的模型的计算来研究高分子链构象的尺寸与能量的分布。结果表明，高分子的链构象在小尺寸范布居数增多；高分子的链构象在小尺寸范围存在比较稳定的链构象状态；在小尺寸范围比较稳定的链构象多具有类似棒状等非球形结构；高分子的链构象的尺寸与能量的分布显示熵弹性具有不对称性。     

溶液中N—乙酸基取代氮氧杂大环的构象及其配合物的NMR研究

用~1HNMR方法研究了溶液中大环化合物1,12-二氮杂-3,4:9,10-二本并-5,8-二氧杂环十五烷-N,N’-二乙酸盐的构象.NMR变温实验表明,在溶液中大环与Zn(Ⅱ)、Ni(Ⅱ)、Co(Ⅱ)的配合物环上醚氧不参与配位,其中Ni(Ⅱ)配合物为低自旋反磁性的平面四方形配位.     

高分子链空间构象分布的复杂性——Θ条件下能量与尺寸的分布

通过高分子链的模型的计算来研究高分子链构象的尺寸与能量的分布．结果表明，高分子的链构象在小尺寸范围布居数增多；高分子的链构象在小尺寸范围存在比较稳定的链构象状态；在小尺寸范围比较稳定的链构象多具有类似棒状等非球形结构；高分子的链构象的尺寸与能量的分布显示熵弹性具有不对称性．     

聚劳酯液晶硬核的构象与键级的理论研究

液晶已有一百年的历史了。液晶化学,液晶物理,液晶材料方面的科学都有了相当丰富的积累与长足的发展。十三年前Chandrase khar发现了碟形液晶,它具有特征的二维有序的柱状液晶相。从学术上讲,该发现对液晶科学的一些概念有一定的冲击,传统的有关液晶的分类(向列型、胆甾型、近晶型)正在被更加合理的从液晶分子聚集结构的几何特性而进行的分类(向列相、层状相、柱状相)所取代。这些进展鞭策着人们去追本求     

应用分子图形学、分子力学、量子化学及静电势研究农药分子结构与性能的关系(Ⅲ)——一种获得有机分子优势构象的简单方法

通常可采用分子力学计算来得到有机分子的优势构象,但平常使用分子力学程序,由优化分子的构象得到的优化能,往往并不是分子的最低能量,而与分子的最初输入构象有关,是分子的初始输入构象附近的极小值,这给实际应用带来了困难.目前较为常规的求分子最优几何构象的方法是统计方法(Monte Carlo方法),通过模拟退火(The Simulated Annealing)来处理.开始“温度”较高的分子位于能量较高的位置上,这时分子的构象处于少数几个极小区     

讨论乙烷的稳定构象

利用Gaussian98对乙烷的两种典型构象——交叉式和重叠式进行结构几何优化、频率分析和能量计算，通过计算结果的比较分析确定其稳定构象；并对导致稳定构象原因进行简单讨论。     

α-单取代环十二酮构象间相互转换的理论研究

在CVFF力场下,DMSO氛围中,通过分子动力学常温模拟研究α-单取代环十二酮的构象,常温优势构象为α-边外取代[3333]-2-酮,环骨架为[3333],羰基位于C2位置,取代基位于α-边外向位.动态分析带有不同取代基的α角顺取代和α-边外取代[3333]-2-酮构象的相互转化的结果表明,它们的转换路径基本一致,转换能垒随着取代基体积的增大而升高.氯和溴取代环十二酮转换过程中最高能垒分别为43.9和44.3kJ/mol,相应的构象为α-边外取代[31233]-2-酮;甲基、乙基和叔丁基取代环十二酮最高转换能垒达53.9kJ/mol,相应的构象为α-边外取代[31233]-2-酮;存在活泼质子的氨基和羟基环十二酮转换能垒中最高能量构象为α-边外取代[31323]-1-酮;苯硫基和苄基取代环十二酮除出现α-边外取代[3333]-2-酮构象外,转换过程中还出现了较α-角顺取代[3333]-2-酮构象更稳定的α-边外取代[4233]-3-酮构象.     

从对接结构中挑选近天然构象的新方法

分析了包含静电能(ΔEele)、去水化自由能(ΔGACE)以及范德华能(ΔEvdw)的打分函数在蛋白质－蛋白质对接中评价近天然构象的能力.对17种蛋白质复合物对接体系进行打分的结果表明，包含范德华能的打分函数（ΔEele＋ΔGACE＋ΔEvdw）比通常的打分函数（ΔEele、ΔGACE、ΔEele＋ΔGACE、ΔEele＋ΔEvdw、ΔGACE＋ΔEvdw）具有更好的区分近天然构象的能力.进一步的研究表明，优化（EM）对接体系后再进行打分，上面几种打分函数对对接结构的评价效果都有不同程度的改善，其中打分函数（ΔEele＋ΔGACE＋ΔEvdw）有更明显的改善.为了进一步确定候选结构中的近天然构象，以一种蛋白质复合物为例，对候选结构进行分子动力学（MD）模拟，根据MD轨迹中构象相对于初始构象的平方平均偏差（MSD）随时间的变化来辅助打分函数排除错误构象，得到了较好的结果.     

磁场对大分子构象的影响研究进展

对近年来有关磁场对大分子构象的影响研究进展进行了较全面综述.     

环酮的构象研究进展

综述了30多年来环酮（n=8，9，10，11，12，13，14，15，16）及对称的偶数 环二酮（n=8，10，12，14，16，18，20，22，24，26）的构象研究进展。     

Circular Dichroism and Absolute Conformation: Application of Qualitative MO Theory to Chiroptical Phenomena

Although chiroptical methods have been used in chemistry for some 150 years, and the basic theory was developed by Rosenfeld 50 years ago, their success in determining absolute conformation rests mainly on empirical rules. Some of these can be proved theoretically; however, in the case of more complex molecules this is not yet always possible. In what follows, an attempt is made to bridge the wide gap between theory and empiricism: “qualitative MO-theory”, which has already been successfully used to explain reaction mechanisms, the shape of molecules, or photoelectron spectra, can also be applied to circular dichroism (CD). In general we shall have to be content with a reasonable interpretation of the experimentally determined sign correlation, but even this will be of great value since it can yield general relations between the geometry of molecules and the sign of CD. Such relations become particularly important when only a few examples of a given chromophore are known. If first and second sphere of a molecule are achiral then sector rules can be put forward, and in other cases helicity or chirality rules.     

味觉化合物的构象与活性的关系

味觉化合物的构象与活性的关系许禄,姚喻元（中国科学院长春应用化学研究所应用谱学开放实验室,长春,１３００２２）关键词味觉化合物,分子力学,构象分析分子结构和味觉的相关性是一个非常活跃的研究领域,许多人从不同的侧面进行这方面的研究,并总结出一定的规律［...     

截短胰高血糖素样肽-1的构象研究

截短胰高血糖素样肽-1(sGLP-1)不仅具备刺激胰岛β细胞增生和降低血糖的功能, 而且半衰期较长, 具有非常好的新药开发前景. 为了阐明sGLP-1的功能, 本文运用圆二色光谱和荧光光谱探究了sGLP-1在不同条件下的构象, 结果表明, sGLP-1在磷酸盐缓冲液中主要呈无规则构象, 螺旋含量很低; 在含十二烷基硫酸钠或三氟乙醇的磷酸盐缓冲液中主要呈螺旋构象. 溶液pH值和温度变化对sGLP-1的构象影响显著. sGLP-1保留了结合并激活受体的关键残基, 在受体的诱导下, 在体内形成正确构象, 从而结合并激活受体, 发挥它的功能. 研究结果表明, 适当缩短GLP-1 C端片段, 能获得作用时间长、效力高的GLP-1类似物.     

金属离子在蚕丝蛋白构象转变中的作用机理研究

蚕丝的优异力学性能及其在纺织、生物技术、医疗、精细化工及军用材料等方面的应用一直是科学们关注的课题,许多年来科学工作者不断探索蚕的吐丝机理、丝素蛋白的结构和性能的关系,以及如何合成性能兼具天然丝和合成高分子性质的新型材料。近年来在蚕丝蛋白结构及其构象方面的研究取得了一定的进展,本文讨论了几种金属离子在蚕腺体中和液态丝素中含量变化及其在丝蛋白构象转变中的作用。介绍了金属离子在丝素蛋白构象转变研究中的最新研究进展,并提出设想展望。     

三螺旋多糖的链结构与功能研究进展

三螺旋多糖是自然界中存在的具有特殊链结构的一类生物大分子,它不仅具有较高的生物活性,而且具有特殊的分子识别能力以及其他多糖无法比拟的功能特性。本文主要概述三螺旋多糖的链结构及其构象转变,分析其变性和复性过程中分子链间的相互作用,阐明三螺旋结构形成和形态变化的科学规律。同时,综述了三螺旋多糖的链构象与其生物活性之间的构效关系,以及基于螺旋构象转变构建的多糖基功能材料的最新研究进展。     

LB膜技术对葡萄糖氧化酶分子构象的影响

利用π－Ａ曲线、布儒斯特角显微镜（ＢＡＭ）及ＣＤ光谱对葡萄糖氧化酶（ＧＯＤ）的甲醇溶液铺展在ＣｄＣｌ２水溶液和纯水表面上形成的单分子膜进行了研究，以了解ＧＯＤ分子的自组和折叠情况，发现甲醇或者ＣｄＣｌ２都能ＧＯＤ分子更加疏水，易形成单分子膜，铺展在ＣｄＣｌ２溶液上比铺展在纯水上更加能使ＧＯＤ的单分子膜排列紧密，在表面压较高时，能观察到形成了第二层膜，并且使ＧＯＤ分子的构象从β－折叠片向α－螺旋转变