分子模拟法研究高性能树脂——聚苯撑苯并二噻唑分子链的构象与堆砌

分子模拟法研究高性能树脂──聚苯撑苯并二噻唑分子链的构象与堆砌刘跃，杨小震（中国科学院化学研究所高分子物理开放实验室，北京１０００８０）“分子模拟”是在原子水平上描述分体系的结构与行为的计算机模拟，是一个很新的领域。它的方法有：量子力学法、分子力学法...     

分子动态模拟研究聚丙烯单链的玻璃化转变

用分子动态模拟法对单链高分子固体微粒的玻璃化转变与主链骨架键的构象态跃迁进行了模拟研究，发展了一种表征单链高分子固体微粒玻璃化转变过程的新方法．     

中药补气与活血分子作用机理的计算机模拟

采用分子相似性分析、分子对接和生物网络技术等计算机模拟方法对治疗冠心病的中药活血与补气的分子作用机理进行研究. 结果表明, 计算机模拟方法可以体现化合物的结构差异, 并提示中药中化学成分与相关靶标相互作用的分子机理, 而生物网络的构建和分析可以将化学成分的聚类、差异, 以及有效成分与相关靶标的复杂分子作用机理可视化.     

"分子的性质"软件用于高分子科学教学实验

近年来,由计算机主宰的能够模拟真实发展体系的结构与行为的方法形成了一个全新的领域,这就是“分子模拟”。随着计算机技术的迅速发展,已有大量计算机软件用于高分子科学中的链结构、凝聚态结构、ＭｏｎｔｅＣａｒｌｏ模拟以及聚合物材料设计等。但至今还没有用计算机软件开设高分子教学实验的报道。作者认为,与传统的动手实验相比,高分子教学中的计算机实验无疑将在直观性和兴趣性方面有它独特之处。本文介绍作者用“分子的性质”（简称ＭＰ）软件开设的两个高分子实验。１　用“分子的性质”软件构建全同立构聚丙烯分子、聚乙烯分子…     

分子模拟软件INSIGHTⅡ及其在化学教学中的应用

计算机分子模拟技术在科技发达国家正越来越广泛地用于科研生产、教学的各个相关领域,它不仅使分子、原子等微观粒子的结构形象化、可视化［１］,而且通过结构信息分析、模拟、数据处理一体化技术,从微观角度揭示结构与性质的关系,预示各种化学现象、生命现象、物理现象的模型,解释物质的微观至宏观的各种性质,进行各种材料如合金、陶瓷的优化与设计,药物的合理设计等等。这些应用反过来又推动了计算机分子模拟技术的发展。一些科研机构、公司不断结合国际上有关先进技术、信息资料推出了一些优秀的软件产品,分子模拟软件Ｉｎｓｉｇ…     

光谱法结合分子模拟分析乳铁蛋白与药物恩诺沙星的互作分子机理

利用光谱实验结合计算机模拟技术研究了药物恩诺沙星(Enrofloxacin,EFLX)与牛乳铁蛋白(Bovine lactoferrin,BLF)的相互作用机理。测定反应体系的结合参数、能量转移参数及热力学函数,考察EFLX对BLF分子构象的影响,并模拟EFLX-BLF结合反应的分子模型。结果表明,药物分子与牛乳铁蛋白的相互作用表现为动态结合过程,结合强度适中,EFLX与BLF分子的结合距离r值较小,说明发生了能量转移现象。EFLX影响BLF的结构域微区构象,降低结合位域的疏水性。荧光相图技术解析出EFLX与BLF反应构象型态的变迁为"二态模型"。EFLX-BLF的热力学参数表明两者间是以氢键和范德华力为主的分子间作用。分子建模结果显示,EFLX与BLF的相互作用主要为氢键和范德华力,兼有疏水作用力。计算机分子模拟与实验测试获得了一致性结果。     

计算机辅助蛋白质分子理性设计:从肌红蛋白到一氧化氮还原酶

计算机辅助蛋白质分子理性设计在解决化学及生物学重要问题中被证实十分有效。在NOR本身三维结构未知的情况下通过计算机分子模拟,使用肌红蛋白(Mb)作为蛋白质分子模型,设计了结构功能型一氧化氮还原酶(NOR),所设计的NOR蛋白质模型——Fe_BMb一年后被天然NOR的晶体结构所证实。本文综述了设计Fe_BMb, I107E Fe_BMb以及Fe_BMb(-His)的研究过程及其设计合理性,评述了通过使用计算机分子模拟,获得Mb处于双组氨酸配位的非天然状态的原子层次结构信息,而这些信息很难通过实验方法来获得。计算机辅助蛋白质分子理性设计的广泛应用将会为生物体系提供更深刻的内涵。     

计算机分子模拟在分子印迹技术中的应用

传统的分子印迹技术对模板分子、功能单体、交联剂、致孔剂等的筛选往往依靠经验,常通过反复实验对合成条件进行优化,存在实验周期长、耗材量大等问题。计算机分子模拟技术的应用在实验过程中起到可预见性指导作用,可以实现精准识别位点的裁制、识别驱动力的设计,通过结合能等物化特征参数计算优化识别体系的稳定性,从而合理选择模板分子、功能单体、交联剂、致孔剂,优化聚合条件,以提高聚合物识别特异性和亲和力,缩短实验周期,更符合绿色化学的理念。本文简单介绍了计算机分子模拟技术,重点对其在分子印迹技术中的指导作用进行了综述,并对其在分子印迹技术中的应用进行了展望。     

识别手性六螺烯分子的计算机模拟

手性拆分分子与手性分子间的短程相互作用会形成非对映异构体的接触对,从而导致的立体选择作用很难传统实验方法进行研究^[1]。蛋白质－核酸识别机理和研究表明,计算机模拟可以很好地研究这个问题^[2]。用高分子分离性分子的计算机模拟尚未见报道。     

MOLMO：建立在个人计算机上的交互分子图形软件

一、引言计算机分子图形学已成为化学研究的一种十分新颖且有效的研究手段。它使化学家可以建立和操作分子三维模型,并模拟分子的物理、化学性质,推断已知或未知的化学物质的物性,