云南栽培灯盏花遗传多样性RAPD分析

对采自云南大理、泸西、玉溪等地的12份灯盏花种质资源进行遗传多样性RAPD(random amplified polymorphic DNA)分析和NTSYS2聚类分析.10个RAPD引物在12份灯盏花种质资源种共产生43条DNA片段,其中32条带具有遗传多态性,约占74.41%,12个地方种质资源被聚为2个大类,野生居群被聚为一类,栽培灯盏花聚为一类,其中栽培灯盏花有4大亚类.云南栽培灯盏花种质资源遗传多样性丰富,遗传关系与其采集地的地理分布具有密切关系,但并非严格按地理界限聚在一起.     

赛黑桦matK基因生物信息学分析

matK基因广泛应用于植物亲缘关系和物种鉴定研究.利用生物信息学对赛黑桦matK基因进行开放阅读框、氨基酸组成、蛋白质跨膜结构区、亚细胞定位和结合区分析,预测信号肽、氨基酸亲/疏水性、氨基酸二级结构,利用同源建模构建赛黑桦成熟酶K的三维结构及12种桦木属植物的系统进化树.结果表明:赛黑桦matK基因序列长度为2 524 bp,有13个开放阅读框; matK基因编码的成熟酶K含20种氨基酸,由17. 86%的α螺旋、9.52%的β折叠和72. 62%的无规则卷曲组成,为亲水性蛋白,具有10个蛋白结合区和1个多核苷酸结合区;赛黑桦与白桦、真桦、沼桦、甸生桦、绒毛桦和垂枝桦的亲缘关系较近.研究结果可为赛黑桦苗期的分子鉴定提供参考.     

河南省周口地区瓜类白粉病的分子鉴定与分析

对河南周口地区的瓜类白粉病进行了分子鉴定及分析.分别对黄瓜、甜瓜、葫芦、南瓜白粉病菌进行了扫描电子显微形态观察、核糖体DNA转录间隔区(ITS)克隆、测序及进化树分析.结果表明,周口地区的4种瓜类白粉病菌属于Sphaerotheca fuliginea,系统进化发现瓜类白粉病菌与豆类、美女樱、水母柱树白粉病菌种间差异小,同时发现该地区的瓜类白粉病菌与美洲、日本、澳大利亚、英国白粉病亲缘关系比较近,推测瓜类白粉病菌的进化与地域没有直接关系,而是与其自身的小种进化有关.     

灯盏花ITS2基因克隆及RNA二级结构预测

利用PCR方法扩增灯盏花ITS2基因并克隆,获得ITS2基因序列.用生物软件对ITS2序列进行分析并构建系统进化树和RNA二级结构,得到灯盏花的ITS2核苷酸序列为205 bp,基于ITS序列飞蓬属11种共分为5支,分支与地理分布情况基本一致.ITS2 RNA二级结构在飞蓬属种间表现基本一致,而TS2区结构表现出属间差异.利用r DNA ITS区序列一结构和二级结构相结合达到鉴定药用植物灯盏花分类的目的.     

何首乌的18S rRNA基因序列分析

为探讨野生和种植品种物种间的亲缘关系并为其鉴别提供分子依据,分析了不同产地野生何首乌 Polygonum multiflorum Thunb及种植品种和伪品芭蕉的核基因组18S rRNA序列.何首乌的18S rRNA基因序列长度为l 809 bp,且高度保守,在680、1712和1724位点存在碱基替代.与何首乌基因序列相比较,伪品芭蕉有71个位点发生碱基置换.在284和1537位点上分别插入了C和A碱基,而在135和500位点分别缺失了T和A.通过18S rRNA基因序列的同源性分析,基本可以认为野生品种和种植品种基原一致,说明DNA测序技术是一种准确而有效的何首乌分子鉴定方法.     

苦丁茶植物资源及分子鉴定研究进展

苦丁茶是我国传统的药用及饮用植物,具有多种功效,享有"绿色黄金"的美誉.我国具有丰富的苦丁茶植物资源,主要分布在我国长江以来各省,各地使用的植物类型有很大差别,以冬青科的冬青属和木犀科的女真属最为有名.根据文献报道,从本草考证、植物种类及资源分布、资源特征及分子生物学鉴定等方面,综述了苦丁茶植物资源及分子鉴定的研究进展.     

基于Cytb和COⅠ基因序列的蟒蛇分子鉴定

基于线粒体细胞色素b(Cyt b)和细胞色素c氧化酶亚单元Ⅰ(COⅠ)片段,分析比较了蟒蛇(Python molurus)不同地理种群间的序列差异.通过PCR扩增和序列测定,得到蟒蛇线粒体2个基因片段的总长度分别为1 200 bp(Cyt b)和1 100 bp(COⅠ),其两个基因序列中碱基G含量明显低于其他3种碱基,基因片段的A+T含量都较高.用MEGA4.0软件中的NJ法和UPGMA构建系统树.以红尾筒蛇(Cylindrophis ruffus)作为外群,对福州动物园的5个蟒蛇样品和NCBI上检索的样品进行遗传距离的测算,从遗传距离上来看:有两个群体间的遗传距离很近,一个是Fuzhou1、Fuzhou4和金门蟒蛇种群;另一个是Fuzhou2、Fuzhou3、Fuzhou5、缅甸蟒蛇种群和越南蟒蛇种群;印度蟒蛇种群Python molurus molurus(HM581978)与上述两个群体间遗传距离次之,外群与其他样品距离最远.对5个蟒蛇样品和NCBI上检索的样品物种构建的系统树显示:Cyt b与COⅠ基因所构建的进化树基本一致,Fuzhou2、Fuzhou3、Fuzhou5与缅甸蟒蛇、越南蟒蛇为一支,为东南亚种群,与福建种群Fuzhou4、Fuzhou1、金门蟒蛇种群形成姐妹支,然后与印度种群Python molurus molurus(HM581978)聚到一起,构成大支.实验结果表明福州动物园的蟒蛇是福建本地种群和东南亚种群混养的.     

酶解法制备的鱿鱼墨黑色素鉴定及理化性质

测定酶解法制备的鱿鱼墨黑色素紫外、红外吸收光谱特征,并研究其溶解性、酸碱稳定性、光稳定性、热稳定性理化性质.结果表明:酶解法制备的鱿鱼墨黑色素在紫外区220 nm有特征吸收,红外光谱最强峰在1 617.36 cm-1处,有典型的黑色素红外吸收特点.鱿鱼黑色素具有碱溶酸沉溶解特性,在pH大于9.0条件下色残率高.在自然光下稳定性高,自然光照120 min的色残率为对照的96%以上(P＞0.05),而紫外光照30 min后色残率降至52.1%.低温下加热稳定性高,65℃加热30 min时色残率为对照的95.4%.     

5种新分离细菌的分子鉴定及分类

测定和比较了５种新分离细菌的１６ＳｒＤＮＡ序列,并对其进行分子鉴定和分类．结果表明：Ｆ５７７１和Ａ５６０８为棒杆菌属（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）的２个新种;ＬＣＤＣ８９０５５是１种放线菌,与Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓｐｙｏｇｅｎｅｓ遗传距离较近;而ＬＣＤＣ８７０８０和ＣＤＣｇｒｏｕｐＡＮＦ１ｌｉｋｅ则分别为Ａｎｅｕｉ和Ｔｕｒｉｃｅｌａｏｔｉｔｉｄｉｓ菌的不同菌株．     

甲藻单个细胞DNA的制备及在赤潮藻类分子鉴定中的应用

报导一种赤潮甲藻单个细胞ＤＮＡ的制备方法．该法仅需１或数个甲藻细胞，在常规实验条件下，２０～３０ｍｉｎ即可完成整个过程．此方法的建立，可直接对自然种群进行分子分析，避免了实验室培养种与自然种群的差异，同时，使材料的来源并不依赖于甲藻培养技术的完善．最后，还介绍了该方法在赤潮藻类分子鉴定中的应用     

含笑亚族及其近缘植物matK基因序列分析

测定了木兰科等１４种植物的叶绿体ｍａｔＫ基因的一段长１０３９碱基对的序列．最大同源性分析构建的系统树图建议：①与一般的分类系统的结果一致,含笑属的３个种间具有极高的同源性;②合果木属、观光木属与含笑属之间的同源性也很高,建议它们有可能可以归为同一亚族,甚至归为同一属;③与一般分类系统相反,长蕊木兰属与木兰属的关系较远而与含笑属极接近,故有可能归入含笑亚族．     

拟单性木兰属近缘植物matK基因的序列分析

测定了木兰科（Ｍａｇｎｏｌｉａｃｅａｅ）拟单性木兰属（Ｐａｒａｋｍｅｒｉａ）等１０种（１１个样）植物的叶绿体ＤＮＡｍａｔＫ基因部分序列（１０３９碱基对）．最大同源性分析构建的系统树图建议：①拟单性木兰属与单性木兰属（Ｋｍｅｒｉａ）有极近的同源关系;②木兰属（Ｍａｇｎｏｌｉａ）的玉兰亚属（ＳｕｂｇｅｎｕｓＹｕｌａｎｉａ）与拟单性木兰属和单性木兰属关系亦很近,并形成１个单系分支;而木兰属的２个亚属,木兰亚属（ＳｕｂｇｅｎｕｓＭａｇｎｏｌｉａ）与玉兰亚属之间的关系却较远,木兰属内呈并系演化特征;③木兰亚属,木莲属（Ｍａｎｇｌｉｅｔｉａ）以及玉兰亚属、拟单性木兰属和单性木兰属所组成的分支形成一个单系分支．拟单性栏属、单性木兰属的系统位置,以及它们与栏属之间的关系需要重新考虑     

六种鱼巴亚科鱼类线粒体细胞色素b基因序列分析

 测定了鱼巴亚科云南光唇鱼(Acrossocheilus yunnanensis)、宽头四须鱼巴(Barbodes laticeps)、抚仙金线鱼巴(Sinocyclocheilus tingi)和滇池金线鱼巴(Sinocyclocheilus grahami)4种鱼类线粒体细胞色素b基因DNA序列402bp,结合已知的云南倒刺鱼巴(Spinibarb denticulatus yunnanensis)和细尾长臀鱼巴(Mystacoleucus lepturus)的同源序列,组成1个6种代表鱼巴亚科5属鱼类的数据集.选用已知的云南鲴(Xenocypris yunnanensis)作为外群,采用邻接法、最大简约法和最大似然法构建了分子系统树.结果显示:倒刺鱼巴属(Spinibarbus)和光唇鱼属(Acrossocheilus)有较近的亲缘关系,四须鱼巴属(Barbodes)和长臀鱼巴属(Mystacoleucus)有较近的亲缘关系,而金线鱼巴属(Sinocyclocheilus)和它们的关系不能确定.上述结果与它们的地理分布基本吻合.     

六种鱼巴亚科鱼类线粒体细胞色素b基因序列分析

测定了鱼巴亚科云南光唇鱼(Acrossocheilus yunnanensis)、宽头四须鱼巴(Barbodes laticeps)、抚仙金线鱼巴(Sinocyclocheilus tingi)和滇池金线鱼巴(Sinocyclocheilus grahami)4种鱼类线粒体细胞色素b基因DNA序列402bp,结合已知的云南倒刺鱼巴(Spinibarb denticulatus yunnanensis)和细尾长臀鱼巴(Mystacoleucus lepturus)的同源序列,组成1个6种代表鱼巴亚科5属鱼类的数据集.选用已知的云南鲴(Xenocypris yunnanensis)作为外群,采用邻接法、最大简约法和最大似然法构建了分子系统树.结果显示:倒刺鱼巴属(Spinibarbus)和光唇鱼属(Acrossocheilus)有较近的亲缘关系,四须鱼巴属(Barbodes)和长臀鱼巴属(Mystacoleucus)有较近的亲缘关系,而金线鱼巴属(Sinocyclocheilus)和它们的关系不能确定.上述结果与它们的地理分布基本吻合.       

核盘菌交配型基因mat1-1敲除载体的构建及转化

利用根癌农杆菌介导真菌遗传转化方法对核盘菌的交配型基因mat1-1进行基因同源重组的敲除对比实验,获得了缺失mat1-1基因的转化菌株.先利用PCR方法获得mat1-1基因的左右两侧片段,将测序正确的两个侧翼片段分别重组到农杆菌转化载体PBI-G3C中,并将新霉素抗性标记引入农杆菌转化载体PBI-G3C中,构建成农杆菌介导转化核盘菌的打靶载体ΔPBI-G3CN-mat1-1,再将ΔPBI-G3CN-mat1-1质粒转化至根癌农杆菌EHA105中.利用核盘菌菌丝进行转化,将得到的转化菌株,利用PCR方法进行验证,证实有敲除菌株存在.通过对敲除菌株进行生理表型的测定发现,缺失mat1-1基因的敲除菌株其生长速度与野生核盘菌菌株相比无明显差异,但敲除菌株不能产生菌核与子囊盘.     

小鼠胰岛素样生长因子1(IGF1)基因启动子的生物信息学分析

生物信息学的发展为在线分析软件预测基因启动子的相关信息提供了众多有重要价值的参考信息.采用进化足迹法,结合生物信息学工具,运用在线软件进行分析,分析了小鼠IGF1基因的启动子结构.分析结果表明,在小鼠IGF1基因的启动子保守区内预测出6个转录因子结合部位,为探讨该基因的表达调控机制提供了重要参考.     

葱蝇谷胱甘肽S - 转移酶基因的克隆与序列分析(动物科学)

谷胱苷肽S-转移酶(GST)是昆虫体内广泛存在的一类解毒酶,可以保护机体免受内源性或氧化物的损害。昆虫对一些杀虫剂的抗性与GST表达水平增高有关。GST的研究主要集中在杀虫剂抗性上,可将其作为昆虫的药物靶标,设计和开发新型的杀虫剂。采用RACE的方法,克隆了葱蝇(Delia antiqua)GST基因cDNA的全长序列(GenBank登录号:JQ625502),获得的cDNA全长874bp,其中阅读框ORF 627bp,编码208个氨基酸,推测其相对分子质量为23.9kD,等电点为5.83。通过该基因推导的氨基酸序列与其它物种的GST蛋白进行相似性比较和系统发育分析,发现葱蝇与丝光绿蝇(Lucilia cuprina)的谷胱甘肽转移酶氨基酸序列同源性最高。该结果进一步丰富了GST基因的基础数据,有助于葱蝇的杀虫剂抗性机理和发育机理的相关研究。     

Cloning, sequencing and phylogenic analysis of duck prion gene

Duck prion gene was cloned and sequenced. Similar to mammalian prion protein (PrP), duck prion is encoded by a single exon of a single copy in genome, which was confirmed by Southern blot analysis. All of the structural features of mammalian PrP were also identified in the duck PrP. Compared with mammalian PrP, it exhibited a 30 % of general similarity. When compared with chicken PrP, it showed a higher homology of 97%. A phylogenetic tree was constructed to trace evolution of prion gene in animals.