利用荧光标记引物和DNA自动测序仪确定DNA的断裂位点

建立了利用荧光标记引物和DNA自动测序仪进行DNA断裂位点分析的新方法, 该方法简便易行、灵敏度高、重复性好、数据分析客观性强、结果可靠, 适用于各种因素造成的DNA断裂位点的分析.     

柔红霉素与DNA作用的序列特异性研究

采用紫外-可见光谱法和紫外-可见光谱电化学法研究了柔红霉素(DNR)与不同寡聚核苷酸之间的相互作用.结果表明,DNR优先作用于寡聚核苷酸的CpG位点,然后是ApG和ApC.因为DNR可与鸟嘌呤之间形成3个氢键.与双链寡聚核苷酸作用时,DNR最先插入的位点是(CpG)₂碱基对之间,其次是(TpG)(CpA)和(GpC)(ApC)碱基对之间.当DNR与存在未配对G碱基的DNA链作用时,因游离的DNR量增加使其电化学活性增加,导致DNA构象和构型的变化,使DNA生理功能受到损伤,DNA碱基增色效应显著上升.此法可用于G碱基未配对DNA链的检测.     

盐酸小檗碱与DNA作用的序列特异性研究

基于分子吸收和发射测量,研究了盐酸小檗碱与特定序列DNA间的相互作用.结果发现双链DNA中含有不配对 G 碱基时,其与盐酸小檗碱作用后产生的光谱特征将明显不同于完全互补的双链DNA.该特征可被用于检测1个错配碱基的双链DNA.利用 Hyperchem Professional 软件包计算了4种寡聚核苷酸的电荷分布情况,并在此基础上进一步探讨了盐酸小檗碱与寡聚核苷酸之间的作用机理.     

基于非特异性蛋白酶连续酶解的蛋白质全序列测定方法

对蛋白质全序列进行测定,有助于分析蛋白质的结构,揭示蛋白质的生物学功能.针对目前基于质谱的蛋白质测序流程中使用特异性蛋白酶酶解产生的肽段种类少、重叠度低、序列拼接困难等问题,发展了一种基于非特异性蛋白酶连续酶解的蛋白质全序列测定方法.构建了连续酶解装置,并使用多种非特异性蛋白酶对蛋白质进行连续酶解.利用非特异性蛋白酶酶解位点的非特异性、不同的酶解时间以及不同种类蛋白酶酶解产生肽段的互补性,提高蛋白质酶解肽段的种类和重叠度,并发展了蛋白质序列拼接算法对液相色谱质谱联用(LC-MS/MS)和从头测序获得的肽段序列进行拼接.将此方法应用于牛血清白蛋白和单克隆抗体赫赛汀的全序列测定,在不考虑亮氨酸和异亮氨酸的情况下,对牛血清白蛋白和赫赛汀轻链的测序准确度达到100%,赫赛汀重链的测序准确度为99.7%.     

离子交换色谱法研究蛋白质与RNA的结合特异性

RNA是以磷酸二酯键相连的核苷酸组成的聚阴离子,而蛋白质在PH小于它的等电点的缓冲溶液中带有正电性.因此,它们在离子交换色谱分子时能出现在差异很大的洗脱组分中.据此.我们设计了用离子交换色谱法研究蛋白质与RNA的结合特异性方法,用以研究位于T细胞核内的具有RNA结合活性的蛋白质人环素33(hCyP33)与不同RNA的结合特性.结果表明,人亲环素33只有ply(A)尾序列结构的mRNA,即poly(A)^ RNA发生特异性结合.     

DNA序列特征的统计分析

介绍了近年来在多种学科领域对DNA碱基序列的研究中发展起来的定量分析符号序列的方法,归纳了将碱基与数字对应起来的规则和进行统计分析的方法．并给予一定的评价。DNA分子包涵了丰富的化学信息和生物信息,对于DNA序列的统计分析显得非常重要。将DNA序列表达成数字信号通常有从一维到四维4种不同维数空间的映射方式,其相应的统计方法有均方根涨落、熵近似方法、傅立叶变换和小波变换等,各种方法从多个角度多个层次来分析揭示了DNA序列的结构规律。     

DNA芯片技术与脱氧核糖核酸序列分析

人类基因组计划的实施,有力地促进了ＤＮＡ序列分析技术的发展。ＤＮＡ芯片综合运用了固相合成化学、照相平版印制技术以及激光共聚焦扫描等技术,能够同时扫描分析多基因乃至基因组,可广泛应用于基因的多态性分析、基因定位、表达水平的监测以及遗传病的诊断等领域,是对传统的ＤＮＡ分析技术的一次重大突破。本文介绍了ＤＮＡ芯片技术的基本原理并对其应用作一简要综述。     

糖-蛋白质特异性识别在生物材料领域的应用

糖类不仅是组成生命体的基本物质之一,还是很多生理和病理过程中分子识别和细胞间相互作用的基础。糖的生物学功能可通过与蛋白质的相互作用来实现。这种可逆的特异性识别在信号传导、细胞粘附、增殖、分化、病菌感染和免疫应答等生命过程中具有重要意义。本文着重介绍了糖-蛋白质相互作用的种类和机理,综述了糖-蛋白质特异性识别作用在生物材料领域的应用进展,包括将糖类作为靶向分子修饰到纳米粒子或载体分子表面进行药物传递和基因转染,利用糖-蛋白质非共价作用力进行分子组装,以及制备糖基化表面用于调控蛋白粘附和细胞行为。由于糖类特殊的生物学性能和种类的多样性,基于糖-蛋白质特异性识别有望用于制备更加实用和智能的生物材料。     

钌配合物断裂DNA及其机理研究

DNA是遗传信息的携带者和基因表达的物质基础,金属配合物与DNA的相互作用研究受到广泛关注,成为生物无机化学的重要研究内容之一.与其他类型金属配合物相比,钌配合物具有良好的热力学稳定性以及丰富的光化学、光物理和氧化还原特性,其作为DNA断裂试剂也引起人们的极大兴趣.以近年一些代表性的研究工作为例,本文对钌配合物在DNA断裂作用机制方面的研究进展进行了综述.     

人工合成小分子识别双螺旋DNA序列

用人工合成的小分子识别特定的ＤＮＡ序列是近年来的一个研究热点。在ＤＮＡ的小沟处结合特定的配体，可以识别ＤＮＡ的序列。由于这种识别的高效性和规律性，它在研究ＤＮＡ的定位识别和功能方面具有重要意义。     

Synthesis of Nitrated Analogs of Distamycin and their DNA Cleaving and Protecting Activities under UV Irradiation

Two nitrated analogs of distamycin were synthesized by a novel haloform reaction and the DCC/HOBT coupling reaction in a convenient and effective way with out amino group protection. Our results have demonstrated that these polyamides show DNA cleaving activity under long UV (LUV 365 nm) irradiation. Furthermore, it is an unexpected discovery that these analogs can prevent DNA dam age under short UV (SUV 302 nm).     

Fabrication of Graphene by Cleaving Graphite Chemically

Graphite was chemically cleaved to graphene by Billups Reaction,and the morphologies and microstructures of graphene were characterized by SEM,Raman and AFM.The results show that the graphite was first functionalized by 1-iodododecane,which led to the cleavage of the graphene layer in the graphite.The second decoration cleaved the graphite further and graphene was obtained.The heights of the graphene layer were larger than 1 nm due to the organic decoration.     

具有切割DNA活性的铬配合物*

铬配合物切割DNA的活性在医学、药学及生物学领域引起了广泛关注。本文综述了具有切割DNA活性的铬配合物的研究进展,介绍了不同价态铬的多种配位模式配合物切割DNA的活性,总结了铬配合物切割DNA的作用机理,展望了不同价态铬配合物的研究和发展方向。     

含对溴苯基的新型DNA切割剂的合成及活性研究

人工合成的光引发活性 DNA切割剂在化学、生物学和医药等领域中具有重要的学术意义和潜在的应用价值 [1,2 ] .DNA切割分子可以在光的引发下切割 DNA,它的优点在于对体系从时间和空间上进行控制 .目前已经成功地合成出芳香族卤化物、醌类、金属络合物、 C60 衍生物等多种光引发活性 DNA切割剂 .将 DNA识别分子与光切割分子相连 ,则可以合成具有识别功能的光引发活性 DNA切割分子 .卤代苯基是一类重要的光活性基团 ,在紫外光引发下 ,生成苯基自由基切割 DNA[3 ] .偏端霉素是含有 3个吡咯环的寡聚酰胺 ,它是一种天然的抗肿瘤抗生素 ,…     

金属配位超分子晶体的结构特性及在催化氧化裂解壳聚糖中的应用

N，N′-二(2-氨丙基)草酰胺(H₂apo)、硫氰酸根与铜(Ⅱ)离子在适宜条件下可通过自组装方式形成配合物 [Cu₂(apo)(NCS)₂]_n，单晶解析结果表明这是一个新型的二维网状结构配位高分子。铜(Ⅱ)由反式双三齿配体apo^2-和硫氰酸根通过μ₂-SCN的方式共同桥连。研究发现该固体在弱酸性溶液中、过氧化氢存在条件下对壳聚糖(一种氨基多糖)具有催化裂解作用     

Endonuclease-based Method for Detecting the Sequence Specific DNA Binding Protein on Double-stranded DNA Microarray

The double-stranded DNA (dsDNA) probe contains two different protein binding sites. One is for DNA- binding proteins to be detected and the other is for a DNA restriction enzyme. The two sites were arranged together with no base interval. The working principle of the capturing dsDNA probe is described as follows: the capturing probe can be cut with the DNA restriction enzyme (such as EcoR I) to cause a sticky terminal, if the probe is not bound with a target protein, and the sticky terminal can be extended and labeled with Cy3-dUTP by DNA polymerase. When the probe is bound with a target protein, the probe is not capable to be cut by the restriction enzyme because of space obstruction. The amount of the target DNA binding proteins can be measured according to the variations of fluorescent signals of the corresponding probes.     

Sequence-Specific Relay Recognition of Multiple Anions: An Interplay between Proton Donors and Acceptors

Ratiometric detection of analyte is highly deserving since the technique is free from background correction. This work reports the design and synthesis of a pyridine-end oligo p-phenylenevinylene (OPV) derivative, 1 and its application in ratiometric dual-mode (both colorimetric and fluorogenic) recognition of dual anions, bisulfate (LOD=12.5 ppb) followed by fluoride (LOD=18.2 ppb) by sequence-specific relay (SPR) technique. The colorless probe turns brown with addition of bisulfate and again becomes colorless with the sequential addition of fluoride ion. In addition to such naked-eye color change, interestingly the ratiometric spectroscopic signals are reversible and evidently, the probe is reusable for several cycles. Besides, in presence of bisulfate, the protonated probe molecules, owing to their larger amphiphilic characteristics, formed self-assembled nanostructures. In addition to colorimetric and fluorescent changes, ¹H NMR titration and systematic DFT study evidently establish the underneath proton transfer mechanisms. Such reusable OPV-based chemosensor particularly with the capability of naked-eye recognition of dual anions using the SPR technique is seminal and possibly the first report in the literature.