棉浆黑液生物处理系统中嗜碱细菌的多样性

以棉浆黑液为细菌分离培养基,从某化纤厂黑液生物处理系统中分离到16株嗜碱细菌,对其形态及生理生化等特征的研究结果表明,所分离的嗜碱细菌以产芽孢的革兰氏阴性细菌占优势,在个体形态和生理生化特性方面具有丰富的多样性.扩增rDNA限制性分析(ARDRA)结果表明,棉浆黑液中的嗜碱细菌分为2大类群,不同菌株之间的酶切图谱具有较大的差异.测定黑液生物处理系统中6株占优势的嗜碱细菌的16S rDNA序列,与国际上已报道的细菌的16S rDNA序列进行比较,结果表明:它们的序列与芽孢杆菌属(Bacillus)或副球菌属(Paracoccus)中的参比菌株的同源性达到98%以上.以16S rDNA序列为基础的Bacillus属嗜细菌的系统发育分析结果显示,其中3个菌株与B.halodurans和B.wakoensis的相似性大于99%.     

中国东海及南海近海4采样点海水可培养细菌的多样性研究

采用不同的培养方法从中国东海和南海近海海水样品中分离得到105株细菌,探讨了不同海区可培养细菌的物种多样性和群落组成特点.16SrDNA序列分析结果表明,东海分离菌株分属于2个细菌门的14个种,南海分离菌株分属于3个细菌门的19个种.其中,东海分离菌株中α-变形菌占33.3%,γ-变形菌占57.2%,厚壁菌门细菌占9.5%.南海分离菌株中α-变形菌占41.9%,γ-变形菌占35.5%,拟杆菌门细菌占17.7%,厚壁菌门细菌占4.8%.东海和南海样品的分离菌株在种属水平上的多样性差异明显,后者的多样性指数高于前者.     

我国中部地区热泉嗜热菌的分离及其产酶研究

从我国中部的四川喜德、普格地区以及陕西南部地区分别采集地表热泉和地下热水水样，采用培养方法分离得到47株中度嗜热细菌．16S rRNA基因片段序列的分析和比对结果表明，采集地的嗜热细菌以芽孢杆菌为主，并且主要分布在Anoxybacillus和Geobacillus 2个属中．同时，通过平板法对分离的嗜热菌进行产酶定性实验，发现其在60℃或70℃条件下能够分泌多种耐热的水解酶类，其中60％的菌株能够利用吐温，38％的菌株分泌蛋白酶，29％的菌株能够降解木聚糖，38％的菌株产生淀粉酶．根据筛酶统计结果，所分离的菌株在种间和种内均存有显著的产酶差异．     

山东威海海藻中细菌分离和多样性分析

从我国东部沿海城市威海金海滩(北纬36°41′～37°35′,东经121°11′～122°42′)采取海藻样品.采用可培分析方法得到55株菌.基于16SrDNA序列分析,发现这55株菌共分为5个纲,14个属.其中芽孢菌纲(Bacilli),γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)为优势种群,分别占总数的20%和56.4%.此外还分离获得2株具有琼胶降解活性的菌株,都属于海杆菌属(Marinimicrobium).部分菌株比已报道菌株相似度低,表明海藻样品具有较好的细菌多样性,并蕴藏着巨大的微生物资源.     

太平洋多金属结核区深海沉积物细菌多样性分析

从太平洋多金属结核区东区两个站点沉积物中直接提取环境总基因组,通过PCR及TA克隆分别构建了16S rRNA基因文库．经序列分析结果表明,2个文库共93个克隆分属13个类群,包括α变形菌纲、β变形菌纲、γ变形菌纲、δ变形菌纲、浮霉菌门、酸杆菌门、噬纤维菌-黄杆菌-拟杆菌群、硝化螺旋菌门、放线菌门、绿弯菌门、厚壁菌门、异常球菌-栖热菌门和OP11类群．其中,γ变形菌纲的细菌在2个站点沉积物中都是优势种群,变形菌纲、浮霉菌门、放线菌门、噬纤维菌-黄杆菌-拟杆菌群、硝化螺旋菌门是2个站点共有的细菌类群．DOTUR和LIBSHUFF数据分析结果表明,两个站点的沉积物均具有丰富的细菌多样性,并且物种组成具有显著性差异．     

利用SRAP和ISSR标记分析五节芒(Miscanthus floridulus)的遗传多样性

对41个来自于梁子岛上4个居群的五节芒(Miscanthus floridulus)进行相关序列扩增多态性(se-quence-related amplified polymorphism,SRAP)和简单重复序列区间标记(inter simple sequence repeat,ISSR)分析.利用POPGENE32version1.32软件计算多样性指数,采用NTSYS.2.10e计算软件,得到相似性系数,并用UPG-MA法进行聚类分析.结果显示6条ISSR多态性引物,共扩增出103条DNA条带,其中98条为多态性条带,占95.15%,样品之间的相似系数为0.67～0.95.6对SRAP引物,共扩增出173条DNA条带,其中147条为多态性条带,占84.97%,样品之间的相似系数为0.75～1.00.两种标记均表明五节芒具有较高的遗传多样性.分别以个体为单位及以群体为单位进行聚类分析,2种标记分别得到了相似但并不完全相同的个体聚类图及群体聚类图.研究结果表明五节芒的遗传多样性水平较高.SRAP与ISSR标记均适用于五节芒的遗传多样性分析.     

四川老坛泡菜中乳酸菌的分离与鉴定

老坛泡菜比一般泡菜具有更好的菌种多样性和菌群稳定性. 为筛选乳酸菌菌株, 从四川省眉山市仁寿县新安村农家坛龄达30年以上的老坛泡菜中, 分离得到12株疑似乳酸菌, 进行形态学观察、生理生化实验鉴定, 进一步利用16S rRNA基因序列比对、构建系统发育树, 确定疑似乳酸菌菌种. 分离鉴定出5株植物乳杆菌、3株短乳杆菌、2株肠膜明串珠菌、1株干酪乳杆菌和1株屎肠球菌, 其中以植物乳杆菌数量最多.     

浙江天台山不同海拔高度七子花种群遗传多样性及其与环境因子的相关性分析

采用RAPD技术对浙江天台山3个海拔高度的七子花(Hepatacodium miconioides)天然种群的遗传多样性、遗传分化以及与环境因子的相关性进行了研究.12种随机引物在60株个体中共检测到122个可重复的位点.3个种群多态位点百分率为18.85%～23.77%,平均为21.86%,表明各种群的遗传多样性水平比较低.3个种群Shannon和Nei指数平均为0.132 9、0.092 5,其值较低.虽然3个种群所分布的地理范围小,但种群间存在明显的遗传分化,Shannon指数所显示的总遗传多样性中,种群内占33.58%,种群间占66.42%.Nei指数显示的种群间遗传分化系数为0.654 6.种群间的基因流很小,仅为0.265 6.3个七子花种群间的遗传相似度平均为0.712 6,遗传距离平均为0.341 2.海拔990 m种群与海拔780 m种群的遗传相似度较高,海拔500 m种群与其它两种群的相似度较低.七子花种群内的遗传多样性与土壤总氮呈极显著的正相关.     

嗜盐古生菌AJ6的分离及系统发育分析

从新疆阿尔金山国家自然保护区阿牙克库木湖分离纯化得到嗜盐古生菌AJ6,革兰氏染色呈阴性、杆状、少数球形、菌体大小为0.2～0.6 μm×1.6～4.2 μm,最适NaCl和Mg2+质量浓度分别为15%和0.6%,在pH为6.0～7.0条件下生长良好.在此基础上,进一步通过PCR方法扩增了菌株AJ6的16S rRNA基因(16S rDNA),测定了该基因的核苷酸序列,并利用"Clustalw"软件和"PHYLIP"软件包分析16S rDNA序列,对其进行同源性比较和系统发育学分析,建立了嗜盐古细菌的系统发育树.结果表明菌株AJ6与Nnm.pallidum、Nnm.pellirubrum和Nnm.versiforme分在同一类群中,16S rDNA序列同源性分别为97.47%,96.44%和98.12%,菌株AJ6是Na-trinema属中的一个新成员,命名为Natrinema altuensis.菌株AJ6的1 6S rDNA序列已登陆到GenBank,其序列号为AY277584.     

16S rDNA基因文库技术分析发酵床细菌群落的多样性

细菌群落在养殖发酵床中担负着重要的调节与废物发酵转化作用.直接从不同发酵床层次样品中提取细菌总DNA,构建发酵床不同层次垫料的细菌基因克隆文库.试验表明,发酵床表层45株细菌中未培养微生物占39.5%,剩余细菌分属13个不同种,优势菌不明显;中层发酵床垫料45株细菌中未培养微生物占15.5%,剩余细菌分属10个不同种,优势细菌为Rhodanobacter sp.和Frateuria sp.;深层发酵床垫料中检测到的44株细菌不含未培养微生物,该层细菌主要有14个不同的种,优势细菌为Rhodanobacter sp.占47.7%,其余种属相对较少且数量平均,表明发酵床垫料细菌呈明显的多样性.