转录因子Skn-1a激活人乳头瘤病毒18 E6基因表达的分析

用脂质体介导真核表达质粒pcDNA3-skn-1a转染Hela细胞,实时定量PCR检测HPV18 E6基因的表达量,以探讨转录因子Skn-1a对HPV18 E6基因表达的调控.结果显示Skn-1a能够显著激活HPV18 E6基因表达,为高发宫颈癌E6基因调控的分子机理探讨提供理论依据.     

σ~(70)因子抗体能特异性地识别其他转录因子

通过免疫印迹法研究了抗大肠杆菌ＲＮＡ聚合酶σ７０因子的抗体对产气杆菌、金黄色葡萄球菌和不同生长阶段的天蓝色链霉菌细胞内蛋白质的免疫识别作用．结果表明，抗大肠杆菌ＲＮＡ聚合酶σ７０因子抗体能特异性地识别上述微生物细胞内的一些蛋白质．对这些蛋白质的属性作了讨论，认为它们是ＲＮＡ聚合酶的转录因子．本研究还发现，抗大肠杆菌ＲＮＡ聚合酶σ７０因子抗体识别的产气杆菌细胞内的蛋白质，在数量和种类上几乎完全与大肠杆菌相同．     

基于动态因子和共享适应度的改进粒子群算法

为提高粒子群算法的收敛速度和优化性能,避免陷入局部最优,提出了一种基于动态学习因子和共享适应度函数的改进粒子群算法.在惯性权重w随着迭代次数非线性减少而动态调整学习因子的基础上,引入共享适应度函数.当算法未达到终止条件而收敛时,利用粒子和最优解间距离挑选一批粒子重新初始化形成新群体,并用共享适应度函数对新群体进行评价,新旧2个群体分别追随自己的局部最优解直至迭代结束.对4个典型多峰复杂函数的测试结果表明,该改进算法不仅加快了寻得最优解的速度,而且提高了粒子群算法全局收敛的性能.     

RING3表达沉默细胞系的构建及其对Cyclin A的诱生

应用RNA干扰技术，建立了RING3 （ really interesting gene3）表达沉默的细胞系，研究了RING3内生水平的表达与其可能的靶基因CyelinA之间的关系．结果表明，在血清饥饿的成纤维细胞NIH／3T3中，用血清刺激后会引起细胞周期蛋白CyelinA的表达；当用RNAi技术使RING3表达抑制后，CyclinA的表达受到相应影响，可见CyclinA的表达受到RING3的调节，其转录激活受到RING3和E2F-1等因子的共同调控，表明RING3与肿瘤发生之间的关系可能与CyclinA的表达有关．     

m重对角因子循环矩阵求逆和广义逆的Euclid算法

利用多项式Euclid算法给出了非奇异m重对角因子循环矩阵求逆的一个新算法,并将该算法推广至求m重对角因子循环矩阵的群逆和Moore-Penrose逆,及给出了具体的求逆步骤.     

ATO:一种基于OIL的本体论近似翻译算法

本体论翻译在语义Web、知识联网和分布的协同工作等领域有重要作用.提出了一种基于OIL的本体论近似翻译算法ATO,旨在通过比较源、目标本体论所属对象类之间属性的相似度来实现近似翻译:将源本体论中的类翻译到目标本体论中和它最相似的类.     

置换因子循环线性系统求解的快速算法

给出了一类置换因子循环线性系统求解的一种快速算法．当置换因子循环矩阵非奇异时，该快速算法可求出该线性系统的唯一解；而当置换因子循环矩阵奇异时，该快速算法可求出该线性系统的通解．     

一种新的降低内容寻址网络节点间延迟的方法

为了降低内容寻址网络CAN（content-addressable network）节点间的延迟,建立了数学模型,引入求静态图最短路径的Dijkstra算法,并以重叠网络中的节点为图的顶点,相邻节点以边连接,相邻节点间的延迟为边的权值构建节点间的动态延迟图.本文的算法能在任意两个节点间的多条路径中找到一条延迟最小的路径.使用P2Psim对该方法和选择延迟最小的邻居节点作为下一跳的方法进行对比测试,结果表明本文的方法能更有效地降低CAN中节点间的延迟.     

果蝇heix基因启动子的分析及其转录活性鉴定

采用生物信息学的方法,综合运用启动子预测工具Promotor Scan1.7和BDGP(neural network pro-moter prediction)分析了目标序列的启动子特征,以果蝇基因组DNA为模板扩增出heix基因启动子候选序列连接至pMD19T载体,构建了荧光素酶报道基因重组质粒pHeixpromoter-Luc,转染果蝇S2细胞表达荧光素酶,并测定了荧光素酶的活性.预测出4个候选的heix基因启动子序列,发现存在ATF、MLTF、c-fos_US5等多种转录因子调控基序;成功构建了pMD19T-Heixpromoter和pHeixpromoter-Luc重组质粒.与肌动蛋白启动子(actinp romoter)相比,pHeixpromoter-Luc表达出的荧光素酶也有较强的活性.本研究找到了果蝇heix基因启动子候选序列,并发现多种转录调控元件,其荧光素酶报告基因实验说明果蝇heix基因启动子与肌动蛋白启动子有相当的转录活性.     

基于贝叶斯方法的水位流量关系——以东江干流为例

以东江干流(珠江流域支流)河源、岭下和博罗3个测站水位-流量数据为例,运用贝叶斯方法拟合水位流量关系曲线中的幂律模型.以东江干流历年实测数据构建合理的先验分布为基础,结合似然函数,导出后验分布,并用马尔科夫链蒙特卡洛(MCMC)算法估计后验分布中的参数.结果表明:贝叶斯方法能够合理推断水位流量关系曲线中的幂律模型并结合MCMC算法进行参数估计,且能够提供拟合的水位流量关系曲线的95%置信区间;相比最大似然估计法,贝叶斯方法在曲线的外延性表现更好.     

菜茵衣藻（Chlamydomonas reinhardtii）cbn1和cao突变基因的对比分析及CAO基因的分子定位

用电击法将带有CAO基因片段的Psp109-E8质粒转入到莱茵衣藻cbnl-48mt^＋基因突变株中后．转化子中出现了叶绿素b的恢复性表达，初步验证了丧失合成叶绿素b能力的cbn1和cao突变基因具有等位性的属性；将1641-1b（cbn1-43mt^＋）和CC-1354（cbn1-48mt^＋）突变株分别与CBS5（cao5mt^-）突变株的分离子CBS5-c1和CBS5-c5进行杂交．并通过随机分析方法分离获得1842个减数分裂后代分离子．经检测其中均没有发现有野生性表型的分离子．初步证明cbn1和cao4突变基因问有着非常紧密的连锁性；从上述杂交系分离获得的50多个四分子中也没有检测发现显示野生性表型的分离子．进一步证明了cbn1和cao突变基因具有等位性的属性；根据CAO基因的DNA序列，从5＇-端和3’-端设计两个探针，分别与莱茵衣藻核基因组I号染色体上GBP1和RB47分子标记之间的21个BAC克隆进行的点杂交实验结果显示．该两个探针序列与21号BAC克隆（莱茵衣藻BAC文库序列号33e2）片段均有同源区的特性，此项DNA杂交实验初步证明．CAO基因的位点是在cbml突 变基因左右两侧的GBP1和RB47两个分子标记之间的33e2 BAC克隆片段区．     

莱茵衣藻(Chlamydomonas reinhardtii)cbn1和cao突变基因的对比分析及CAO基因的分子定位

用电击法将带有CAO基因片段的P sp109-E 8质粒转入到莱茵衣藻cbn1-48m t 基因突变株中后,转化子中出现了叶绿素b的恢复性表达,初步验证了丧失合成叶绿素b能力的cbn1和cao突变基因具有等位性的属性;将1641-1b(cbn1-43 m t )和CC-1354(cbn1-48 m t )突变株分别与CBS5(cao5 m t-)突变株的分离子CBS5-c1和CBS5-c5进行杂交,并通过随机分析方法分离获得1842个减数分裂后代分离子,经检测其中均没有发现有野生性表型的分离子,初步证明cbn1和cao 4突变基因间有着非常紧密的连锁性;从上述杂交系分离获得的50多个四分子中也没有检测发现显示野生性表型的分离子,进一步证明了cbn1和cao突变基因具有等位性的属性;根据CAO基因的DNA序列,从5′-端和3′-端设计两个探针,分别与莱茵衣藻核基因组Ⅰ号染色体上GBP 1和RB 47分子标记之间的21个BAC克隆进行的点杂交实验结果显示,该两个探针序列与21号BAC克隆(莱茵衣藻BAC文库序列号33e2)片段均有同源区的特性,此项DNA杂交实验初步证明,CAO基因的位点是在cbn1突变基因左右两侧的GBP 1和RB 47两个分子标记之间的33e2 BAC克隆片段区.     

bop基因及其上游启动子的克隆与表达

应用重组PCR的方法，直接从盐沼盐杆菌(Halobactrium salinarium)S9的基因组DNA上扩增到了编码细菌视紫红质(bacteriorhodopsin)的基因——bop基因及其启动子部分(1196bp)，并将其克隆到表达载体pXLNovR后，在宿主菌株中得到了表达．测序结果表明，扩增得到的片段与NCBI数据库中的bop基因及启动子的序列完全相同，且其表达产物的分子量与野生型BR蛋白的分子量一致，并且在568nm处表现出BR蛋白特征吸收峰．本方法与其他方法(如逆转录PCR，建立基因文库后从中调取等方法)相比具有操作简便，成功率高的优点．     

腺病毒载体与肿瘤基因治疗

基因导入系统是恶性肿瘤基因治疗中急需解决的问题．由于腺病毒作为载体介导外源效应基因在肿瘤细胞中的高效表达,使其应用日趋增多．用于肿瘤基因治疗的腺病毒可分为复制缺陷型和复制型．常用的效应基因包括：抑癌基因,前药转换酶基因,核酶基因和细胞因子基因等     

基于全相位频谱分析的基因识别算法研究

为对未知基因序列的编码区进行预测, 利用基因编码区存在的频谱3-周期性质, 在传统的固定窗口长度滑动窗算法的基础上, 提出了一种改进型的基因识别算法. 新算法将全相位谱分析技术与多采样率数字信号处理技术相结合, 有效地降低了传统滑动窗算法中存在的截断效应, 减少了计算量并且可实现流水线操作. 最后通过计算机仿真将该算法所得结果与其他识别算法所得结果相比较, 结果表明该算法在核苷酸水平上有较高的预测准确性.     

甜瓜抗病基因同源序列的克隆与分析

为了获得新的甜瓜抗病基因同源基因(RGA),我们根据NBS-LRR类抗病基因保守区设计兼并引物组合,以抗病甜瓜品种基因组DNA为模板进行PCR扩增,经筛选、分类与基因测序,获得7个甜瓜RGA序列,其中821与324两个RGA为本研究首次发现.将得到的序列与已知甜瓜RGA序列进行分析、比对,将重复的RGA合并,通过对不同RGA序列同源分析,发现甜瓜CC-NBS-LRR类与TIR-NBS-LRR类RGA的不同分布特征与不同RGA之间的相互关系,如MRGA10与MRGH5可能起源于同一基因.通过对RGA的遗传分析与比较基因组学分析,发现甜瓜RGA序列与抗病基因之间的对应关系,如抗枯萎病基因Fom-1和抗番木瓜环斑病基因Pry存在于nbs47-3(MRGH11)与MRGH21之间,其中候选抗病基因MRGH8推测为Fom-1;候选抗病基因MRGH9、MRGH10之一为Prv.     

抑癌基因FHIT的克隆和序列分析

用 Ｐ Ｃ Ｒ 方法,从人脑ｃ Ｄ Ｎ Ａ 文库中克隆 Ｆ Ｈ Ｉ Ｔ 基因扩增得到５５３ ｂｐ 片段克隆于ｐ Ｇ Ｅ Ｍ Ｔ 载体,测定了其 Ｄ Ｎ Ａ 序列该序列包括 Ｆ Ｈ Ｉ Ｔ ｃ Ｄ Ｎ Ａ 编码区全部４４４ ｂｐ,以及５′端５２ ｂｐ 和３′端５７ ｂｐ 非编码区序列编码区有二处位点发生突变：第９２位密码子中的 Ｃ突变成 Ｇ,是同义突变,不导致氨基酸改变;第１１２位密码子中的 Ｃ也突变成 Ｇ,导致由 Ｔｈｒ变为 Ｓｅｒ到目前为止尚未发现有 Ｆ Ｈ Ｉ Ｔ 基因编码区内部点突变导致氨基酸改变的报导     

表达猪瘟病毒E2基因和gfp报道基因的伪狂犬病病毒双基因转移载体的构建

将以PRVgG为启动子，SV40plyA为加尾信号的CSFV E2表达盒克隆于包含伪狂犬病病毒（PRV）tk基因和gH基因片段的重组质粒pTK2.5,替换掉tk基因的SalⅠ与XhoⅠ酶切位点之间的序列，构建了携带CSF E2基因的转移载体pTKE2。免疫荧光检测证实，转染BHK21细胞pTKE2在感染PRV的情况下，能表达E2蛋白，采用特异性引物PCR方法扩增gfp表达盒，对酶切位点进行改造，将其克隆到pTKE2的SalⅠ位点，构建了利用PRV gG启动子和HCMV IE启动子分别控制E2基因和gfp基因表达，两基因取向相反的双基因转移载体pTKE2.EFP.将双基因转移载体pTKE2.GFP转染BHK21细胞中，12h后在荧光显微镜下观察到呈绿色荧光的GFP表达，表达的GFP不引起细胞毒性。     

一种具高活性的酪氨酸酶基因启动子片段的分离

利用大肠杆菌启动子探测质粒ｐＫＫ２３２－８为载体,经ＨｉｎｄⅢ－ＢａｍＨⅠ完全消化后与ＨｉｎｄⅢ－ＢａｍＨⅠ部分消化的嗜麦芽假单胞菌染色休ＤＮＡ进行体外连接,转化Ｅ．ｃｏｌｉＨＢ１０１感受态细胞,在含氨苄青霉素（Ａｐ）和氯霉素（Ｃｍ）的选择平板上筛选转化子．从随机挑选的５４株转化子中,获得一株抗氯霉素水平达１０００ｍｇ／Ｌ的转化子Ｅ．ｃｏｌｉＰＡＳＩ,所含重组质粒被命名为ｐＡＳＩ．经限制性酶切分析和杂交分析表明,ｐＡＳＩ质粒上插入了一段来源于嗜麦芽假单胞菌染色体的ＤＮＡ片段,其大小为１．４ｋｂ．ＳＤＳ－ＰＡＧＥ分析表明转化子Ｅ．ｃｏｌｉＰＡＳＩ在含Ｃｍ的培养基上,额外表达了一条２２×１０３的ＣＡＴ蛋白质带．将重组质粒ｐＷＳＹ上的嗜麦芽假单胞菌ｍｅｌ基因亚克隆到ｐＡＳＩ上１．４ｋｂ启动子功能片段下游,构建成Ｅ．ｃｏｌｉＡＷＳ工程菌株,使黑色素产率提高了７０．６％．