蓝舌病毒HbC3株S7基因5′非编码区序列分析

根据已发表的蓝舌病毒(bluetongue virus,BTV)10型标准株S7基因设计合成一对与其5′-NCR (noncoding region)序列同源的引物, 经反转录-聚合酶链反应 (RT-PCR) 扩增出 HbC3株和10型标准株长度分别为277 bp和290 bp的S7基因5′非编码区cDNA片段, 以建立起dsRNA体外扩增系统.将扩增的BTV-HbC3毒株的S7基因5′非编码区片段通过粘端连接克隆到pUCm-T载体中, 用PCR技术和限制性内切酶分析鉴定, 表明获得重组质粒pUCm-T-BTV-HbC3-S7.通过核苷酸序列分析方法分别将2个毒株的S7基因5′非编码区与呼肠孤病毒-3 (reovirus-3) 型比对, 发现BTV-HbC3株与呼肠孤病毒-3 L2基因5′非编码区基因具有完全的同源性.将BTV-HbC3毒株接种在不同细胞系如猴肾传代细胞(Vero)、人肝癌细胞(Hep-3B)和小鼠成纤维细胞(L929)等细胞株上,比较BTV-HbC3在不同种系细胞上的增殖特征,并且用双向免疫扩散试验证实BTV-HbC3和BTV-10型之间的血清学关系.结合本实验室的研究结果提示BTV-HbC3株可能是蓝舌病毒的一个新的基因型.     

棉铃虫核型多角体病毒朝鲜分离株BamHI-Ⅰ片段的核苷酸序列分析

对在朝鲜首次分离得到的棉铃虫核型多角体病毒朝鲜株(HaSNPV-KO)基因组BamHI-Ⅰ片段的全序列进行了测序与分析．该片段全长1．895kb．包括p26基因．p10基因及p74基因的3′末端序列．p26基因位于户10基因的上游．排列方向与p10基因相同，该基因的编码区大小为803bp，编码267个氨基酸，p10基因的编码区大小为261bp，编码87个氨基酸．p74基因的排列方向与p10和p26基因相反．棉铃虫核型多角体病毒朝鲜株与棉铃虫核型多角体病毒中国株(HaSNPV-g4株)的p26基因序列的同源性为99．8％，两个分离株的p10基因序列完全相同，而p74基因3′末端序列的结果有99．4％的同源性．朝鲜株与美洲株(HzSNPV)的p26和p10基因序列的同源性分别为98．8％，98．7％，而p74基因3′末端序列有97．9％的同源性．     

文山松毛虫质型多角体病毒(DpwCPV)多角体蛋白基因的cDNA克隆及序列分析

通过对文山松毛虫质型多角体病毒的增殖 ,纯化 ,获得一株单一类型的质型多角体病毒 提纯的病毒粒子经SDS 酚抽提 ,琼脂糖凝胶电泳分离基因组dsRNA ,低熔点琼脂糖电泳法回收纯化编码多角体蛋白的第十片段S10 S10经DMSO变性 ,逆转录合成cDNA第一条链 ,PCR扩增后 ,克隆在PMD18 T载体上 ,克隆片段全长 76 3bp 起始密码AUG位于第 3～ 5位碱基 ,终止密码UGA位于第 74 7～ 74 9位碱基 推测DpwCPV多角体蛋白基因编码一段由 2 4 9个氨基酸组成的多肽 ,分子质量为 2 84 39.4 4× 10 3 与舞毒蛾质型多角体病毒 (LdCPV)多角体蛋白基因比较 ,两者核苷酸序列的同源性为 97% ,它们各自编码的多角体蛋白的氨基酸同源性为 99% ;与家蚕质型多角体病毒(BmCPV)多角体蛋白基因相比较 ,两者核苷酸序列的同源性为 88% ,它们各自编码的多角体蛋白的氨基酸同源性为 97%     

琼脂糖蛋白质A反向免疫共沉淀法纯化蓝舌病毒HbC3

用高效液相色谱(HPLC)、透射电镜检测琼脂糖蛋白质A反向免疫共沉淀法纯化蓝舌病毒湖北株(BTV-HbC3)的效果，组织培养半数感染量(TCID50)比较其纯化前后的生物学活性．结果显示，纯化过程对病毒生物学活性无明显影响，透射电镜下，纯化病毒背景清晰，HPLC解析出纯化物仅单一病毒峰．本纯化体系用于提纯BTV-HbC3效果显著，操作简便，具备高通量高活性纯化病毒的潜能，为建立大量纯制高活性蓝舌病毒用于实验室靶向性抗癌研究和生产实践奠定技术平台．     

RACE法克隆黑曲霉NCU-317中α-L-鼠李糖苷酶基因与生物信息学分析

实验室前期筛选得到一株能够产α-L-鼠李糖苷酶的黑曲霉NCU-317,但由于其完整产酶序列未知,通过逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)技术和改良cDNA末端快速扩增(RACE)法,以克隆得到的黑曲霉NCU-317 cDNA为模板,成功克隆得到其α-L-鼠李糖苷酶基因全长。克隆得到α-L-鼠李糖苷酶基因共3 018 bp,其中含有2 748 bp的完整开放阅读框,5’非编码区长为216 bp,3’非编码区长为54 bp。经过对序列的生物信息学分析显示:编码蛋白由915个氨基酸组成,预测理论分子量为103.94 kD,等电点为5.59;蛋白质二级结构以无规则卷曲为主;将氨基酸序列输入UniProt比对后发现,黑曲霉NCU-317的产酶序列与黑曲霉A0A254UAG7同源性最高,达到了99.6%。     

马尾松毛虫CPV基因组第7片段的cDNA克隆及序列分析

利用琼脂糖凝胶电泳分离马尾松毛虫质型多角体病毒(DpCPV)基因组dsRNA,并回收纯化第7片段(S7).经逆转录和PCR扩增,获得2个亚克隆片段并测序.再根据已测序列设计引物,利用RNA连接酶介导的RACE法得到S7两端克隆并测序.通过拼接可得到DpCPVS7全序列.经过序列分析发现,S7全长1502bp,5′端具有CPV 1型末端保守序列AGTAA,3′端具有保守序列GTTAGCC.起始密码子ATG位于25～27残基,终止密码子TAG位于1373～1375残基,推测S7片段编码448个氨基酸多肽,分子量约为5.0×107.与舞毒蛾质型多角体病毒(LdCPV 1)和家蚕质型多角体病毒(BmCPV)第7片段相比较,核苷酸同源性分别为99%和86%.     

伪狂犬病毒糖蛋白H基因片段的克隆、序列测定和分析

对伪狂犬病毒湖北地方株(PRVHB株)糖蛋白H基因片段进行了扩增、克隆、序列测定和分析,比较了该序列与PRVKa株及NIA-3株三者之间的同源性.结果显示,克隆片段长1396bp,G+c含量75.6%,包括糖蛋白H(gH)N端283个氨基酸编码区及上游调控序列和胸苷激酶(TK)C端136个氨基酸编码区.gH基因ORF上游调控区存在有TATA框和CAT框的真核启动子特征结构.PRVHB株gH基因片段序列与PRVKa株和N1A-3株相应序列的核苷酸同源性相同,为99.6%.推导的gH多肽N端第1～30位氨基酸组成的肽段富含疏水性氨基酸,具有真核信号肽的序列特征.     

褶纹冠蚌热休克蛋白HSP70基因的克隆及表达研究

运用兼并引物结合RT-PCR方法从褶纹冠蚌(Cristaria plicata)血细胞中克隆出热休克蛋白70(HSP70)的cDNA序列。用半定量PCR方法研究了HSP70mRNA在褶纹冠蚌不同组织的表达情况。结果表明:HSP70cDNA全长为2 664bp,5’非编码区364个核苷酸,3’非编码区383个核苷酸,开放阅读框为1 917     

人巨细胞病毒UL131A,UL130,UL128基因在先天感染患儿临床株中的变异

对18株临床低传代分离株和5株未传代的人巨细胞病毒（HCMV）临床标本分别进行HCMV UL131A，UL130，UL128基因全序列PCR扩增，并进行序列测定及分析．对23株HCMV临床株的UL131A，UL130，UL128基因编码区域进行比较，结果显示此3个基因核苷酸及其编码蛋白是高度保守的，3个基因的核苷酸同源性为96．2％，95．8％，96.0％，编码蛋白的同源性为97．2％，96．6％，96．9％．不同临床症状患儿的HCMV UL131A，UL130，UL128基因及其编码蛋白具有相似的结构．临床株HCMV UL130和UL128基因编码蛋白具有趋化因子的相似结构．所有结果表明临床株中的UL131A，UL130，UL128序列的保守性可能与HCMV在上皮细胞的增殖有关，也与HCMV转移到白细胞和树突状细胞相关．HCMV UL130和UL128基因编码蛋白具有趋化因子的相似结构可能与HCMV的感染相关．     

褶纹冠蚌热休克蛋白HSP7O基因的克隆及表达研究

运用兼并引物结合RT-PCR方法从褶纹冠蚌(Cristaria plicata)血细胞中克隆出热休克蛋白70(HSP70)的cDNA序列.用半定量PCR方法研究了HSP70 mRNA在褶纹冠蚌不同组织的表达情况.结果表明:HSP70cDNA全长为2664 bp,5’非编码区364个核苷酸,3’非编码区383个核苷酸,开放阅读框为1917 bp,编码638个氨基酸组成的蛋白质,该蛋白理论等电点为5.61,分子量为70.3 kD.HSP70基因不含内含子.氨基酸序列分析发现,推导的氨基酸序列含有HSP70家族的3个标签序列(I10 DLGTTYS17,V198 FDLGGGTFDVSIL211和V336VLVGGSTRIPKV QK350).氨基酸序列同源性比较显示HSP70与紫贻贝(Mytihcs galloprovincialis)和美洲牡蛎(Crassostrea virginica)氨基酸序列同源性分别为79.47％和77％.半定量PCR分析显示在正常褶纹冠蚌血液、外套膜、鳃、闭壳肌和肝胰腺5种组织中均能检测到HSP70的基因表达.经过热休克或病原菌刺激后,蚌各组织中HSP70 mRNA的表达显著增加,其中热休克处理后,蚌的鳃和血液中HSP70 mRNA表达量增加最为显著;而嗜水气单胞菌刺激后蚌的肌肉和鳃组织中HSP70 mRNA表达量增加最明显.     

半滑舌鳎两种Aquaporinl同源基因的克隆与表达分析

克隆了半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)AQP1o和AQP1基因的全长cDNA序列,并对其序列和表达模式进行了分析.结果表明,AQP1o cDNA全长为993 bp,包括120 bp的5'非翻译区,789 bp的开放阅读框,84bp的3'非翻译区,编码262个氨基酸的蛋白质,分子质量为28.3×103.AQP1的cDNA全长为1 335 bp,包括63bp的5'非翻译区,786 bp的开发阅读框,486 bp的3'非翻译区,编码261个氨基酸的蛋白质,分子质量为27.4×103.聚类分析表明半滑舌鳎AQP1o蛋白与金头鲷和塞内加尔鳎等海洋鱼类在卵巢中特异表达的AQP1o聚为一类,而AQP1与非卵巢特异表达的AQP1聚为一类,表明该两类基因为不同类型的AQP1同源基因.RT-PCR分析表明两个基因具有不同的表达模式,AQP1o主要在卵巢中表达,提示其在卵巢中具有特定的生理功能、而AQP1则在雌雄鱼的多种组织中表达.     

青花菜抗坏血酸过氧化物酶基因BoAPX的克隆与表达分析

根据NCBI基因数据库提供的抗坏血酸过氧化物酶(Ascorbate Peroxidase,APX)基因序列设计简并引物,以青花菜(Brassica oleracea var.italica)叶片cDNA和DNA为材料进行PCR扩增,基因定名为BoAPX(Gen-Bank登录号:HQ871864).BoAPX的基因组全长为1 394bp,具7个内含子,编码区全长为753bp,编码250个氨基酸残基.序列分析结果表明,BoAPX的N端中没有信号肽序列,为胞质型APX,BoAPX与已知APX具有较高的同源性.RT-PCR结果表明,BoAPX的表达受霜霉菌(Hyaloperonospora parasitica)诱导,在96h时达最大值,说明BoAPX与霜霉菌抗性相关.以pBI121为植物表达载体,BoAPX为目的基因,成功构建了重组表达载体pBI121-BoAPX.     

新城疫病毒HB 92株M基因的克隆和序列分析

采用RT-PCR方法扩增了新城疫病毒(NDV)无毒耐热株(HB92株)M基因，将其克隆于pGEM-T载体，并进行了序列测定和分析．结果显示，测定的M基因长1223个核苷酸。包含一个1095个核苷酸的开放阅读框(ORF)，编码364个氨基酸．与已报道的10株NDVM基因比较，核苷酸同源性为88．4％～95．8％，氨基酸同源性为89．8％～95．3％。HB92株与V4株M基因核苷酸的同源性最高(达95．8％)．NDVM蛋白分子中有9对碱性氨基酸。在多肽的第117～120位有一个含4个氨基酸CKKS的特征性结构．这些结果为揭示NDV HB92株的分子生物学背景，了解NDV的分子进化和遗传变异机理，进而开发利用HB92株奠定了基础，也为将NDV另列为副粘病毒亚科的一个新属提供了理论支持．     

一株H5N1亚型禽流感毒的分离鉴定与基因组序列分析

对一株于2005年从浙江省分离获得的禽流感病毒株（A／Chicken／zhejiang／24／2005）进行了鉴定、全基因组序列测定、分析和致病性研究．经血凝抑制试验和神经氨酸酶抑制试验证实，此分离病毒株为H5NI亚型．对该毒株的全基因组序列测定和分析显示，HA蛋白在HA1和HA2连接处，含有连续多碱性氨基酸模体（-RRKKR-）．进化分析结果表明，A／Chicken／zhejiang／24／2005（H5N1）7个基因来源于2004～2005年湖南地区流行株，但PB1基因来源于未知野禽毒株．动物实验结果显示，Ck／ZJ／24／05对鸡和鸭均具有高致病性，对小鼠无致病性，与HA的序列特征相符合．     

离子注入改良纤维分解细菌及其机理研究

对纤维分解细菌HY2进行不同剂量离子束注入诱变。通过研究离子注入对纤维素酶活性的影响。筛选出纤维素酶活性高的突变菌株HY2-3．通过聚合酶链式反应PCR技术扩增得到纤维素酶高产菌株Bacillus sp．HY2-3以及原始菌株Bacillus sp．HY2的纤维酶基因chy2-3和chy2．经过克隆和序列分析表明。所得到的突变型和野生型纤维素酶基因编码区均为1500bp．同时发现．经过离子束诱变得到的高产菌株和野生菌株的纤维素酶基因序列存在差别．这些碱基突变引起氨基酸序列的改变有可能导致两个菌株纤维素酶产量上的不同．     

一株鸭细小病毒的分离鉴定与ns基因序列分析

采用余姚某鸭场濒死鸭肝组织悬液，接种鸭胚尿囊腔增殖病毒，蔗糖梯度离心法纯化病毒，电镜观察见直径约20nm的球形病毒粒子，免疫琼脂扩散实验结果显示与鸭细小病毒（duck parvovirus，DPV）抗血清有明显沉淀线；SDS-PAGE电泳可见3条结构蛋白带，与DPV毒株一敛；参照GenBank DPVns基因序列979～1566bp设计引物，PCR扩增反应获得其目的片段．克隆到载体pMD18-T后测序，该序列与GenBank中的番鸭细小病毒（Muscovy duck parvovirus，MDPV）以及巴比里鸭细小病毒（Barbarie duck parvovirus，BDPV）的ns基因序列同源性为98％．病鸭肝组织匀浆液雏鸭感染试验显示雏鸭发病症状及剖解病理变化明显，死亡率为75％．利用血清学实验与鸭肝炎Ⅰ型、禽流感和新城疫病毒感染举别．由此确定引起本次鸭场疫病的病原为DPV，命名为04NY株．     

虹鳟腺苷酸转移酶基因2(ant2)cDNA克隆与蛋白结构分析

腺苷酸转移酶(ANT)是位于线粒体内膜上参与能量分子传导的转运蛋白,在细胞凋亡调控网络中发挥重要作用.以虹鳟鱼(Oncorhynchus mykiss)为研究材料,使用RT-PCR和RACE法分离和克隆了虹鳟鱼ant2基因cDNA的全长序列(GenBank登录号:FJ591153).该序列全长1276 bp,其中5'端非翻译区长66 bp,3'端非翻译区长316 bp,开放性阅读框长894 bp,编码297个氨基酸.该蛋白具有3个保守的线粒体穿膜功能结构域和3个转膜区.通过与其他脊椎动物腺苷酸转移酶蛋白序列的比较,发现该基因具有高度保守性,氨基酸序列的同源性均在90%左右.同源模建显示其与牛的线粒体ADP/ATP载体,chain A蛋白有相同的孔洞(cavity)结构.     

乌龟线粒体细胞色素b基因片段的初步研究

于2004年3月从浙江省级中华草龟良种场采集5只乌龟（Chinemys reevesii）．参照鱼类的线粒体细胞色素b基因序列设计合成1对引物，扩增了乌龟的细胞色素b基因片段，并对扩增产物进行序列测定分析．结果在5个个体中都获得序列相同的细胞色素b基因片段，长度为408bp，其中A、T、G、C含量分别为125bp（30．6％）、113bp（27、7％）、51bp（12．5％）、119bp（29．2％），与其他水生动物相同基因片段碱基序列含量相似．     

猪瘟病毒全长突变型cDNA克隆的构建及其在细胞水平的恢复

通过序列比对发现猪瘟病毒的强毒株和疫苗株在毒力基因Erns中存在两个差异氨基酸,据此在猪瘟病毒标准强毒sh im en株全长感染性cDNA克隆的基础上,(1)将疫苗株的Erns基因置换sh im en株的相应片段,构建嵌合型全长cDNA克隆;(2)对Erns基因进行定点突变,使293位和311位的丝氨酸和酪     

桔全爪螨几丁质合成酶基因克隆与序列

以桔全爪螨Panonychus citri(MeGregor)为研究对象,利用RT-PCR和SMART RACE技术克隆获得其几丁质合成酶基因的全长cDNA序列(命名为PcCHS,GenBank登录号为KM242063),并利用生物信息学方法对序列进行分析。结果表明:桔全爪螨几丁质合成酶PcCHS基因的cDNA全长为4 925bp,其中5’非翻译区(5’-UTR)为155bp,3’非翻译区(3’-UTR)为345bp,开放阅读框(ORF)包含4 425bp,编码1 474个氨基酸,预测其蛋白质分子质量约为168.43kD,理论等电点为6.83。其包含EDR和QRRRW这2个几丁质合成酶基因的标签序列。ExPASy在线分析表明,PcCHS具有15个跨膜螺旋、4个糖基化位点。推导的氨基酸序列同源性分析结果表明:桔全爪螨与二斑叶螨相似度为89%,其次为西方盲走螨,相似度为55%。分子系统进化的结果也表明桔全爪螨与二斑叶螨和西方盲走螨的进化关系最近。