基于片段的核磁共振筛选方法识别NSD1 SET结构域的全新苗头化合物

包含SET结构域的核受体结合蛋白1（NSD1）是一种组蛋白甲基转移酶,它能够特异性的甲基化组蛋白H3赖氨酸第36位（H3K36）.异常表达的NSD1主要发现于Sotos综合症患者体内,但它同样也能导致其他多种人类疾病的发生.目前已有靶向组蛋白甲基转移酶DOT1L和EZH2的小分子抑制剂报道,然而,靶向NSD1的化学探针分子尚未被发现.本文使用基于片段的核磁共振（NMR）筛选方法寻找到3个以NSD1蛋白作为靶点的苗头化合物,利用化学位移扰动分析技术测定了这些化合物与NSD1的结合亲和力.另外,利用分子对接方法选择获得苗头化合物与NSD1蛋白的最可能的结合模型.结果显示苗头化合物1结合于NSD1天然底物S-腺苷酸甲硫氨酸（SAM）的结合口袋中.我们的研究成果为进一步以结构为指导的从苗头化合物到先导化合物的衍化奠定了基础.     

MRG15与甲基化组蛋白H3K36相互作用研究

人源转录调控因子MRG15（MORF4 related gene on chromosome 15）是在胚胎发育,细胞增殖和衰老过程中具有重要作用的蛋白质. 在分子水平上,MRG15的chromo结构域能够与组蛋白H3甲基化的肽段H3K36me3相互作用. 为了确定二者的作用位点和方式,利用液体核磁共振的方法对MRG15 chromo结构域和H3K36me3多肽进行了研究. 对MRG15 chromo结构域进行归属,用化学位移扰动的方法研究了其与H3K36me3肽段的相互作用,确定了相互作用位点的关键氨基酸为H21,Y46,W49和W53,并计算了解离常数约为1 mmol/L. 研究结果对于阐明MRG15与组蛋白H3的结合和相互作用机制提供了重要的线索.     

1,1-二甲硫基-[1]-烯基丙二酸二甲酯与苯相互作用的1H NMR研究

本文在四氯化碳介质中考察了苯对1,1-二甲硫基-[1]-烯基丙二酸二甲酯的溶剂效应,观察到标题化合物分子内的甲基和溶剂苯的化学位移随着苯的摩尔分数增加而逐渐移向高场,溶剂苯的共振吸收峰是一个尖锐的单峰,同时发现了标题化合物分子中甲基和溶剂苯的化学位移值与混合溶剂苯的摩尔分数呈线性关系.     

1,1-二甲硫基—[1]—烯基丙二酸二甲酯与苯相互作用的~1H NMR研究

本文在四氯化碳介质中考察了苯对1,1-二甲硫基-[1]-烯基丙二酸二甲酯的溶剂效应,观察到标题化合物分子内的甲基和溶剂苯的化学位移随着苯的摩尔分数增加而逐渐移向高场,溶剂苯的共振吸收峰是一个尖锐的单峰,同时发现了标题化合物分子中甲基和溶剂苯的化学位移值与混合溶剂苯的摩尔分数呈线性关系.     

亚磷酸三苯酯臭氧化合物分解产生单重态氧的研究

现在世界上功率最大的短波长化学激光、氧碘化学激光是以亚稳态的O2 (a1△)作为储能分子,通过近共振碰撞传能给碘原子,使碘原子激发而发射激光,因此,O2 (a1△)的发生是其主要关键技术.目前使用的方法是H2 O2 的碱溶(BHP)与Cl2 气反应[1] .它具有化学效率高的优点,但此方法产生的O2 (a1△)中含有水份,而水对碘原子具有强的猝灭作用;另外,BHP不能长期保存;氯气还有毒性.196 1年Thompson发现,在- 78℃时亚磷酸三苯酯(TPP)与O3加成为亚磷酸三苯酯臭氧化合物(TPPO3) [2 ] ,并在高于- 35℃分解产生O2 (a1△) .　(C6 H5O) 3P +O3-78℃(…     

苯对N,N-二甲基甲酰胺化合物~1H NMR的影响研究

本文研究了N,N-二甲基甲酰胺(DMF)在四氯化碳和苯混合溶剂中的~1H NMR。观察到N,N-二甲基甲酰胺(DMF)分子中两个甲基和混合溶剂中苯的共振吸收峰的化学位移随苯的摩尔分数增加而逐渐移向高场,而且两个甲基共振吸收峰向高场移动的程度不同,α甲基较β甲基为甚。DMF分子中两个甲基和混合溶剂中苯的化学位移可以用线性方程表示(δ=A+Bx),这里x是混合溶剂中苯的摩尔分数。相关系数R接近于-1。     

3种单酯型乌头碱的NMR研究

利用3种双酯型乌头碱(乌头碱、新乌头碱、次乌头碱)经水解得到3种单酯型乌头碱,即苯甲酰乌头碱(化合物1)、苯甲酰新乌头碱(化合物2)、苯甲酰次乌头碱(化合物3).应用1D和2DNMR(包括1H-1H COSY、HMQC和HMBC)对这3种化合物的结构进行了分析,纠正了文献对化合物1和化合物2的归属错误,对化合物3的1H和13C化学位移进行了全归属.     

基于结构的O-GlcNAc转移酶抑制剂的虚拟筛选

利用O-GlcNAc 转移酶同UDP-GlcNAc复合物的晶体结构,针对其催化位点,对ZINC库中的7134792个分子和FOG库中的4287550个分子进行三轮(HTVS、SP、XP)虚拟筛选,结果发现具有更好类药性的FOG库中包含更多对接得分更低的小分子,且具有更多新颖的化学片段.ZINC库中具有较低对接得分的分子可分为2类,分别占据UDP-GlcNAc的UDP和GlcNAc的结合位置,在此基础上设计得到的分子具有更好的对接得分.证明FOG分子库具有产生更多对接得分更低的分子,所预测和设计的小分子化合物可以成为潜在的抑制剂药物分子.     

2,4,6-三甲氧基苯-1-O-D葡萄糖苷的核磁共振谱的理论研究

应用规范不变原子轨道GIAO法,分别在HF/6-311+G(2d,p)//B3LYP/6-31G(d)和HF/6-311+G(2d,p)//B3LYP/6-31G(d,p)水平上,计算了从卫茅科南蛇藤属植物苦皮藤中分离鉴定出的2,4,6-三甲氧基苯-1-O-D葡萄糖苷(化合物1)的α和β分子构型的1HNMR和13CNMR的化学位移值,并对理论计算值与实验值的误差进行了统计分析,其中β分子构型的计算值与实验值较为接近,结合α和β分子构型的总能量计算值,预测化合物1分子应择型于β构型,即为2,4,6-三甲氧基苯-1-O-β-D葡萄糖苷,这与根据糖的端基质子化学位移和耦合常数实验值(δH=4.81,J=7.3Hz)推断的结论相吻合,进一步说明理论计算的合理性.     

2D—NMR对皂皮酸—3—氧—葡萄糖醛酸^13C,^1H的完全指定—介绍HMBC和HOHAHA

HMBC是一种测定远程偶合~1H—~(13)C相关的十分灵敏的方法,特别适用于检测和甲基质子远程偶合(~2J,~3J)的碳.HOHAHA谱显示出多次Relay信息,选择适当参数可通过一次实验得到独立自旋体系中所有质子相关信息.本文用HMBC和HOHAHA实验结合同核(~1H)COSY和导核(~(13)C-~1H)COSY确认了Qwhaic acid—3—O—glucuronic acid分子中所有~(13)C和~1H的归属.     

3-氧化木糖与硝基甲烷加合产物的结构确定

以3-氧化木糖为原料,通过Henry反应与硝基甲烷加成,得到两种硝基糖化合物1,2-O-异丙叉基-3-C-硝甲基-5-对甲苯磺酰基-α-D-呋喃核糖(1)和1,2-O-异丙叉基-3-C-硝甲基-4-甲烯基-α-D-呋喃核糖(2),其中化合物2为新型的硝基糖化合物.通过应用1D NMR和2D NMR测试了化合物2的1H NMR、13C NMR、1H-1H COSY、gHSQC和gHMBC,对化合物2的1H和13C进行了全归属.     

2,3-二取代喹唑啉-4(3H)-酮化合物结构和活性的密度泛函理论研究

采用密度泛函理论中的广义梯度近似(DFT/GGA)方法,在PW91/DNP水平上研究了21种2,3-二取代喹唑啉-4(3H)-酮化合物的结构、化学活性和前线轨道.结果表明:此类化合物的能隙E_g大部分都在3.50~3.60 e V之间,其中在喹唑啉环3位上取代甲氧基苄基,或是在8位上取代甲基,化合物的能隙降低,而且甲氧基在苄基的间位比对位降低得更厉害.通过比较还发现,2,3-二取代喹唑啉-4(3H)-酮化合物对水稻纹枯菌(Rhizoctonia solani bacteria)的杀菌活性与哌啶并噻吩并嘧啶酮衍生物对水稻纹枯菌的杀菌活性相当,而哌啶并噻吩并嘧啶酮衍生物比2,3-二取代喹唑啉-4(3H)-酮化合物对苹果轮纹病(Botryospuaeria gregaria bacteria)杀菌活性好.     

天然孕甾烷-17(20)-烯中C-17位双键构型的快速测定

天然孕甾烷-17(20)-烯中C-17位双键的构型对分子的药理性质有重要的影响,但是采用化学位移比较等方法判断其构型存在费时以及区分模糊等缺点. 该文以E-和Z-guggulsterone为模型化合物,利用一维选择性NOE实验来进行天然孕甾烷-17(20)-烯中C-17位双键的构型测定. 由于空间相对位置受到构型影响,选择反转20位的质子时,如果选择性NOE谱中仅能检测到21位甲基氢,表明该化合物为E-构型;如果除了21位甲基氢外,18位甲基氢和12位氢也存在于选择性NOE谱中,则表明该化合物为Z-构型. 实验结果表明该方法具有区分度大,简单快速等优点,可以普遍适用于这些孕甾烷类化合物17位双键构型的确定.     

超分子化合物C11H6N2O·H3PO4·H2O的合成与晶体结构

采用水热反应法合成超分子化合物C11H6N2O·H3PO4·H2O,通过元素分析、红外光谱和X射线单晶衍射对其组成、结构进行分析.该化合物属于三斜晶系,空间群P-1,晶胞参数a=0.73350(6)nm,b=0.74191(7)nm,c=1.15692(14)nm,α=96.395(2)°,β=92.9940(10)°,γ=90.3440(10)°,V=0.62477(11)nm3,Z=2,F(000)=308,Dc=1.585g·cm-3,最终偏差因子R1=0.0521,wR2=0.1282.该化合物的不对称单元由3个独立的分子4,5-二氮芴-9-酮、磷酸和水分子构成,氢键连接分子形成三维超分子化合物.     

β-二氢沉香呋喃倍半萜的~1H和~(13)C化学位移全指定及~(13)C化学位移与立体化学之间的关系(英文)

采用~1H,~(13)C-COSY和COLOC谱,对三个(1-3)β-二氢沉香些喃倍半萜的~1H和~(13)C化学位移进行了全指定.经过考察和比较上述化合物及十九个文献报导化合物的立体化学和C—14化学位移的关系,得出一个新的,非常重要的构型判断方法.     

应用分子梳技术对DNA与组蛋白相互作用的研究

利用分子梳技术对λ DNA和组蛋白的相互作用进行了研究. 通过这种简单有效的方法，我们将λ DNA分子拉伸到26—28 μm，相当于其原长（约162 μm）的16—17倍. 当组蛋白与DNA结合后，DNA分子发生凝聚现象，复合体的拉伸长度明显变短，其峰值分布在10—14 μm之间. DNA 组蛋白复合体的拉伸长度与组蛋白的浓度、与碱基对和荧光染料的比例有显著的关系. 关键词： 分子梳 组蛋白 DNA 荧光显微     

黑芥子苷生物合成中酶催化机理的QM/MM研究

黑芥子苷作为植物中硫代葡萄糖苷最为主要且丰富的类型,在促进健康和昆虫防御方面具有潜在的功能. 黑芥子苷核心结构生物合成的最后一步在硫代葡萄糖苷化合物中具有高度的代表性. 这一步是在硫转移酶的催化作用下,从3-(甲基硫代)丙基脱硫葡萄糖苷转化为3-(甲基硫代)丙基葡萄糖苷的过程. 由于硫转移酶与3-(甲基硫代)丙基葡萄糖苷复合物的晶体结构还未见报道,因此一直以来人们对该磺化反应的细节知之甚少. 幸运的是,黑芥子苷与3-(甲基硫代)丙基葡萄糖苷的结构十分相似,而且结合有黑芥子苷的拟南芥硫转移酶18的晶体结构已经确定. 为了了解此酶的作用机理,本文采用分子动力学模拟以及组合的量子力学和分子力学方法研究了拟南芥硫转移酶18催化脱硫-黑芥子苷转化为黑芥子苷的过程. 计算结果表明,该反应是通过协同解离机理发生的,而且在反应过程中,赖氨酸93、苏氨酸96、苏氨酸97、酪氨酸130、组氨酸155和酶的两条肽链(脯氨酸92-赖氨酸93肽链和谷氨酰胺95-苏氨酸96-苏氨酸97肽链)稳定了过渡态的结构,在定位底物和促进催化反应中发挥了重要的作用,其中,组氨酸155在反应过程中充当催化碱,赖氨酸93充当催化酸. 目前提出的协同解离机理解释了拟南芥硫转移酶18在黑芥子苷生物合成中的作用,并对其他硫转移酶催化葡萄糖苷生物合成的研究具有指导意义.     

355 nm激光作用下质子化丙酮-水团簇的多光子电离质谱

为研究由氢键形成的超分子体系内的质子化构型,利用355 nm多光子电离(MPI)技术结合飞行时间质谱（TOF-MS）得到丙酮和水的系列团簇质谱.实验观察到的主要产物是质子化的丙酮水团簇.其团簇构型归纳为(CH3COCH3)n(H2O)n－2H+,(CH3COCH3)n(H2O)n－1H+和(CH3COCH3)n(H2O)nH+.利用Gaussian 98程序优化了团簇的离子态构型,通过频率验证了构型的稳定性,并给出了相关能量和零点修正能.     

EDTA衍生物冠醚与4′-丹磺酰氨基苯并冠醚的~1H、~(13)C NMR谱线归属

本文测定了N(,N′)-(二)对甲苯磺酰基大环醚双内酯(附图11～6),N,N′-二羧甲基大环醚双内酯和大环胺双内酰胺(图18～2),4′-丹磺酰氨基苯并冠醚(图113～16)等十八个新冠醚的~1H,~(13)C NMR谱并进行了归属。作者发现,随着冠醚环的增大,冠1～6的次甲基b和冠8～11的次甲基a、b、c的~1H化学位移向低场移动,当冠环增大至21～24员时,这种偏移趋于极限。溶剂对8～11化合物的~1H NMR影响表明,次甲基a、b、c的~1H位移随溶剂的极性增大而增大,次序为:CD_3COOD>PY-d_5≥D_2O>>CD_3OD>CD_3CD_2OD>DMF-d_6>DMSO-d_6。     

Na2H的基态结构与势能函数

采用二次组态相关(QCISD)方法对NaH分子进行理论计算,得到它的几何结构、光谱性质,并拟合出它的Murrell-Sorbie势能函数.应用密度泛函(B3LYP)方法,在6-311G(3df,3pd)基组水平上对Na2H分子的基态结构进行优化,并用同样的基组对该分子进行了进一步的频率计算.结果发现Na2H分子的基态稳态结构为C2v构型,采用多体项展式理论导出了它的解析势能函数,其等值势能图准确再现了Na2H分子的结构特征和离解能.并报导了该分子对称伸缩振动等值势能图中存在的两个对称鞍点,对应于反应NaH Na→Na2H,活化能大约为14.56 kJ/mol.