中国近海8种石首鱼类的线粒体16S rRNA基因序列变异及其分子系统进化

通过PCR扩增出中国近海石首鱼科(Sciaenidae)6属8个代表种的线粒体16S rRNA基因,纯化后直接测序.利用多个生物软件对序列变异和碱基组成进行分析,计算Kimura 2-parameter遗传距离、平均核苷酸变异数、平均每位点核苷酸替代数等遗传信息指数,并结合GenBank上大斑石鲈(Pomadasys maculates)同源序列构建UPGMA,NJ,ME和MP系统树.结果表明,叫姑鱼(Johnius belengerii)为最早分化的一枝,其次为黄姑鱼(Nibea albiflora)和白姑鱼(Argyrosomus argentatus),而黄鱼亚科(包括大黄鱼(Pseudosciaena crocea)、小黄鱼(Pseudosciaena polyactis)、棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)、黑鳃梅童鱼(Collichthys niveatus)和鮸鱼(Miichthys miiuy))分化最晚,这支持了形态学得出的结论.在分子水平上明确了叫姑鱼亚科和黄鱼亚科的系统进化地位,并得出黄姑鱼比白姑鱼更早分化的新推论,但对于形态学上将白姑鱼和黄姑鱼归属于同一个亚科的结论还有待使用多个不同进化速率的基因加以分析考证.为探讨中国石首鱼类分子系统进化做了尝试,并就线粒体16S rRNA基因在该科鱼类系统进化研究的应用潜力进行了剖析.     

基于16S rRNA和16S-23S rRNA基因间隔区序列探讨陆生和水生螺原体菌株的系统发生关系

采集江苏省养殖池塘内发病的中华绒螯蟹、克氏原螯虾和南美白对虾,利用已有螺原体16S rRNA和23S rRNA基因序列保守引物扩增并测序16S rRNA和16S-23S rRNA基因间隔区序列(ISRs).基于已获得的序列和GenBank中下载的螺原体序列分别进行同源性比对,比对的结果分别利用PAUP软件和MrBaye...     

鲟形目线粒体16S rRNA的部分序列变异及系统发生

采用通用引物对3种鲟形目（Acipenseriformes）鱼类,中华鲟（Acipenser sinensis）、俄罗斯鲟（Acipenser gueldenstaedtii）和匙吻鲟（Polyodon spathula）的16S rRNA基因部分片段进行扩增,并与NCBI数据库中获得另外6种鲟形目鱼类相应的16S rRNA序列部分进行比较,探讨鲟形目2个科5个属共9个种之间的遗传变异和亲缘关系.数据合并后用于分析的序列共514 bp,变异位点29个,含简约信息位点16个,单一信息位点13个.以多鳍鱼目（Polypteriformes）多鳍鱼属Polypterus ornatipinnis为外群,采用部分16S rRNA序列基于Kimura双参数模型构建其系统发育关系,结果表明：MP法和NJ法得到系统树基本相同,其科、亚科和属的分化上基本与传统形态学分类相吻合,另外,欧鳇与鲟属鱼类的分化也并不明显.值得注意的是,鲟亚科6个种所划分出的3个分支恰恰分别归属于3个地理区域,欧鳇、闪光鲟和俄罗斯鲟主要集中于黑海和里海流域等地区;中华鲟和达氏鲟分布在西北太平洋,中国长江流域以及朝鲜;而高首鲟则分布于东太平洋.     

基于16S rRNA和POMC基因序列的中国北方林蛙属动物系统发生关系

基于16S rRNA和POMC基因部分序列研究了中国北方林蛙属动物的系统发生关系.利用ClustalX软件对序列进行对位排列后,长度为1148bp,内群变异位点259,简约位点110.利用MP法、ML法和BI法构建系统进化树,结果显示林蛙属物种构成单系群,其中东北种群聚为一支,中国林蛙聚为一支,支持东北林蛙为有效物种.桓仁林蛙和核型为2n=26的林蛙属物种聚为一支,因此不支持核型为2n=24的林蛙形成单系群.桓仁林蛙、昆嵛林蛙、黑龙江林蛙单独聚为一支,表明三者之间的亲缘关系较近.     

大壁虎线粒体12S rRNA基因片段的两种单倍型

通过测定大壁虎５个个体的线粒体１２Ｓ ｒＲＮＡ基因片段序列,发现大壁虎明显地分为两种单倍型。结合染色体组型上的微小差异,这样的种内差异是否可能达到亚种级水平,还有待于进一步研究。     

杂鳞库蚊复组28S rRNA基因5''端序列研究

对我国三带喙库蚊、环带库蚊和伪杂鳞库蚊共计79只蚊虫的28S rRNA基因5′端序列进行测定，获得的序列长度为301bp，3蚊种的该段序列相同。为设计杂鳞库蚊复组近缘种的PCR鉴别方法打下基础。     

唐松草及近缘植物ITS序列和5S rRNA基因间隔区序列的分析

通过对毛茛科的唐松草(Thalicrum L.)及其近缘植物黄连、毛莨和芍药科的牡丹等植物的ITS序列和5SrRNA基因间隔区的克隆、扩增及构建系统发育树的分析研究,结果显示,唐松草扩增后ITS序列长607 bp,5SrRNA基因基因间隔区序列长323 bp;系统树证明唐松草属与黄连属和毛茛属的亲缘关系较近,结合形态学与化学等其它学科证据,本研究结论支持唐松草和黄连在进化上更接近,为含木兰花碱生物碱及毛茛甙植物的鉴别以及毛茛科相关植物的亲缘关系初步提供了分子依据.     

淡水豚类mtDNA 16S rRNA基因的系统发生

ｍｔＤＮＡ １６Ｓ ｒＲＮＡ基因我分析支持将现生淡水豚４个属归入不同的科,即白暨豚科（Ｌｉｐｏｔｉｉｄａｅ）、恒河豚科（Ｐｌａｔａｎｉｓｔｉｄａｅ）、亚河豚科（Ｉｎｉｉｄａｅ）和弗西豚科（Ｐｏｎｔｏｐｏｒｉｄａｅ）。基于邻接法的系统发生分析显示淡水豚类由白暨豚＋恒河豚和弗西豚＋亚河豚两个单系组成,但两个单系之间并无姊妹关系。淡水豚类是并系的。１６Ｓ ｒＲＮＡ基因的系统发生树与ｍｔＤＮＡ细胞色素ｂ基     

中国明对虾与5种虾类线粒体16S rRNA和COI基因片段的序列比较及其系统学初步研究

采用PCR扩增和序列测定等技术,对中国明对虾（Fennerpenaeus chinem如）线粒体DNA16S rRNA和细胞色素氧化酶I（COI）基因片段进行了初步研究,分别得到16S rRNA和COI 2个基因片段的碱基序列,其中16S rRNA基因片段的大小为515bp,碱基A＋T,G＋C的组成分别为66．47％和33．53％;COI基因片段的大小为472bp,碱基A＋T,G＋C的组成分别为62．50％和37．29％．在2种基因片段中,AT的组成明显高于GC的组成,这与果蝇、虾类、蟹类等无脊椎动物的16S rRNA和COI基因片段的研究结果相似．通过对中国明对虾16S rRNA和COI 2个基因片段遗传特征的研究,16S rRNA只有8处核苷酸的碱基在4个群体间表现出差异,COI基因片段中共检测出24个多态性核苷酸位点,其种内变异较低。另外,将本研究所得序列与GenBank中对虾科5个种的16S rRNA基因片段序列进行比较后,发现其聚类关系与传统分类相一致．     

杂鳞库蚊复组28S rRNA基因5′端序列研究

对我国三带喙库蚊、环带库蚊和伪杂鳞库蚊共计79只蚊虫的28SrRNA基因5′端序列进行测定,获得的序列长度为301bp,3蚊种的该段序列相同。为设计杂鳞库蚊复组近缘种的PCR鉴别方法打下基础。     

Phylogeny and divergence time estimation of cheilostome bryozoans based on mitochodrial 16S rRNA sequences

The mitochondrial 16S rDNA sequences of 40 species of cheilostome bryozoans including those of 24 species newly determined were used to reconstruct the phylogenetic tree using neighboring-joining and maximum-parsimony methods. By applying molecular clock technique on the basis of the appropriate phylogeny and the fossil record, the divergence times of the two main cheilostome groups, Anasca and Ascophora sensu stricto, were estimated. The results show that the molecular phylogeny of the higher taxonomic groups (superfamilies and higher taxa) of cheilostome bryozoans is mostly in conflict with the morphology-based phylogenetic trees; the divergence of the extant groups of Anasca and those of Ascophora sensu stricto is estimated to have happened about 263 Ma (Permian Guadalupian Epoch) and 183 Ma (Early Jurassic), respectively.     

后生动物起源与进化的分子系统学研究进展

后生动物的起源与进化问题一直是动物学、古生物学和进化生物学研究的重要课题,传统上,对其系统发生和亲缘关系的探讨主要是基于比较形态学和比较胚胎学的证据,然而,随着分子遗传学和分子发育生物学的不断进展及其在相关研究领域的普遍运用,从遗传基础和发育机理上追踪动物各分类群间的系统发生关系已经成为可能。本文就近年来后生动物高级分类群（主要为“门”一级）的分子系统发生研究及其研究中存在的一些问题作了较为系统的综述,同时就后生动物系统发生研究的前景作了展望。     

杂鳞库蚊复组28S rRNA基因5''端序列研究

对我国三带喙库蚊、环带库蚊和伪杂鳞库蚊共计79只蚊虫的28S rRNA基因5‘端序列进行测定,获得的序列长度为301bp,3蚊种的该段序列相同.为设计杂鳞库蚊复组近缘种的PCR鉴别方法打下基础.     

似然比检验和贝叶斯推论在雉科分子系统学中的应用

应用似然比检验和贝叶斯推论进行雉科分子系统学研究．所用的56条纫胞色素b基因全序列代表了雉科24属50种以及作为外类群的6个相关属．等级制似然比检验表明该数据集的最佳进化模型为GTR I——G。建立在坚实的统计学基础上的贝叶斯系统树表明雉科可以分为3个分支．特别是包括角雉、松鸡、火鸡和gallopheasant等在内的第3分支的单系群性质得到了充分的支持．深层分支格局的高分辨率和高支持率说明将雉科划分为雉族和鹑族是人为的．结果表明，似然比检验和贝叶斯推论是分子系统学研究的强有力工具．     

Mitochondrial 16S rRNA sequence variations and phylogeny of the Chinese sisorid catfishes

Partial sequences of mitochondrial 16S rRNA gene were obtained by PCR amplification for comparisons among nine species of glyptosternoid fishes and six species of non-glyptosternoids representing 10 sisorid genera. There are compositional biases in the A-rich unpaired regions and G-rich paired regions. A-G transitions are primarily responsible for the Ts/Tv bias in unpaired regions. The overall substitution rate in unpaired regions is almost two times higher than that in the paired regions. Saturation plots at comparable levels of sequence divergence demonstrate no saturation effects. Phylogenetic analyses using both maximum likelihood and Bayesian methods support the monophyly of Sisoridae. Chinese sisorid catfishes are composed of two majorlineages, one represented by (Gagata (Bagarius, Glyptothorax)) and the other by “glyptosternoids Pseudecheneis“. The glyptosternoids may not be a monophyletic group. A previous hypothesis referring to Pseudecheneis as the sister group of monophyletic glyptosternoids, based on morphological evidence, is not supported by the molecular data. Pseudecheneis is shown to be a sister taxon of Glaridoglanis. Pareuchiloglanis might be paraphyletic with Pseudexostoma and Euchiloglanis. Our results also support the hypothesis that Pareuchiloglanis anteanalis might be considered as the synonyms of Pareuchiloglanis sinensis, and genus Euchiloglanis might have only one valid species, Euchiloglanis davidi.     

28S核糖体RNA基因D3区序列在两种甲螨中的测定及其系统学意义

利用引物D3A和D3B扩增出姬三皱甲螨Rhysotritia ardua和棒菌甲螨Schelooribates妇砸的28S rDNA D3区序列,结合GenBank检索得到蛛形纲的8个相关序列,采用MP法构建分子进化树．发现蜘蛛目分化较早,前气门亚目、甲螨亚目首先聚合,再与中气门亚目聚为一类;但蝎目比蛛蛛目进化晚．说明28S rDNA D3区对于蛛形纲分子系统分类有一定的意义．