球状轮藻叶绿体全基因组的组装与特征分析

为揭示球状轮藻叶绿体全基因组的特征以及探究其在轮藻科内的系统发育关系,本研究基于高通量测序技术对其叶绿体全基因组进行组装和序列分析.结果表明:球状轮藻叶绿体基因组全长180 652 bp, GC含量26.6%,具有典型的四分体环状结构,与普生轮藻十分类似;球状轮藻叶绿体基因组共注释出137个基因,其中包括94个蛋白质编码基因、37个tRNA基因和6个rRNA基因,比无色丽藻多2个蛋白质编码基因和3个tRNA基因,与高等植物相比具有rpl12、trnL(gag)、rpl19、ycf20四个特殊基因;球状轮藻叶绿体全基因组共检测出87个SSR位点且绝大部分由A和T构成;此外,球状轮藻共包含24 989个密码子且密码子使用更偏好A和T,亮氨酸(Leu)是编码氨基酸最多的密码子;通过邻近法(NJ)对包括球状轮藻在内的5个种的叶绿体全基因组构建系统发育树显示,球状轮藻的亲缘关系与普生轮藻更为接近.本研究对球状轮藻叶绿体全基因组进行了解析,利用现有数据确立其系统发育学地位.     

天山雪莲叶绿体基因组密码子偏好性分析

分析天山雪莲叶绿体(cp)基因组密码子使用偏倚的一般模式和影响因素,为提高转基因植物外源基因的表达效率以及了解药用植物雪莲的基因功能研究提供了理论基础。利用生物信息学方法从雪莲叶绿体基因组中筛选出50条长度大于300 bp且以ATG为起始的蛋白编码基因为对象,找出导致密码子偏倚的影响因素。结果表明：第三位的GC平均含量为27.70%,有效密码子数(ENC)变化范围35.59～57.43之间;同义密码子相对使用度(RSCU)>1的密码子有30个,其中29个以A/U结尾;中性绘图显示GC₃和GC₁₂的相关系数为0.062,相关性不显著,回归曲线斜率为0.094 6;ENC-plot分析显示ENC比值位于-0.1～0.1区间的基因有37个,大部分基因沿抛物线轨迹分布,但也有几个低ENC的基因分布于曲线下方;奇偶偏好图(PR2-plot)分析显示,第3个碱基的密码子使用不平衡;对应分析结果表明,第1轴贡献率为17.61%,第2、3、4轴贡献率分别为11.59%、7.97%和5.8%,且第1轴与密码子适应指数(CAI)、密码子偏爱指数(CBI)呈...     

毛茛铁线莲叶绿体全基因组解析及系统发育分析

为了解析药用植物毛茛铁线莲的叶绿体全基因组特征及系统发育位置,利用高通量测序技术对毛茛铁线莲叶片样品进行测序,并对毛茛铁线莲叶绿体基因组进行组装、注释和特征分析,采用最大简约法(MP)、最大似然法(ML)及贝叶斯法(BI)构建分子系统发育树.结果表明,毛茛铁线莲的叶绿体基因组为典型的四分体结构,全长159 741 bp,共编码112个基因,包括79个蛋白编码基因、29个tRNA基因和4个rRNA基因;毛茛铁线莲叶绿体基因组共含有84个简单重复序列,以单核苷酸重复基序居多,共57个;毛茛铁线莲叶绿体基因组使用频次最高的氨基酸是亮氨酸;基于叶绿体全基因组构建的MP,ML和BI树,拓扑结构基本一致;铁线莲属是明显的单系类群,与银莲花属关系最近,毛茛铁线莲与绣球藤亲缘关系最近.     

基于叶绿体基因组序列对50种菊科植物亲缘关系分析

菊科为双子叶植物纲的第一大科,其科内等级划分和系统学研究存在巨大挑战.叶绿体基因组具有高度的保守性和较慢的进化速率,其在植物系统发育和物种进化研究中应用广泛.对菊科20个属50种植物叶绿体基因组序列进行亲缘关系分析,基于叶绿体基因组编码序列(coding sequence,CDS)、rbcL基因序列、rbcL+matK...     

浙江近无柄雅榕古树叶绿体基因组特征分析

以一株浙江近无柄雅榕古树为研究对象,通过Illumina HiSeq测序平台对其叶绿体基因组进行了测序,分析了其叶绿体基因组结构特征及其近缘种间关系。结果表明:近无柄雅榕叶绿体DNA全长160 292 bp,具有典型的环状结构,由4个区域组成,包括1个大单拷贝区(large single copy,LSC)、1个小单拷贝区(small single copy,SSC)和一对分开的反向重复区域(inverted repeat,IR),LSC、SSC、IR的长度分别为88 565、20 145和25 791 bp;共注释出118个基因,其中包括4个rRNA基因、31个tRNA基因和83个蛋白质编码基因;共检索到68个SSR,其中包括11个复合型SSR、52个单碱基重复、4个二碱基重复和1个三碱基重复;与蛋白质编码基因对应的密码子偏好使用A/T碱基,在所有密码子中编码亮氨酸(Leu)的密码子最多;在系统发育树上,近无柄雅榕与已报道的菩提树亲缘关系最近,同源性达99%以上。     

响叶杨（杨属）叶绿体基因组测序与比较分析

本研究中,我们对响叶杨的叶绿体基因组进行测序和组装,并将其与杨属其他11个叶绿体基因组进行比较分析.结果表明,响叶杨叶绿体基因组全长158,591bp,其中两个反向重复序列区(IR)长度均为27,667bp,长单拷贝序列区(LSC)和短单拷贝序列区(SSC)长度分别为84,634和18,623bp.通过对杨属12个物种的叶绿体基因组进行比较,只发现了6个相对较大的插入缺失,因此整体而言,杨属的叶绿体基因组结构是高度保守的.系统发育分析结果显示,杨属中12个物种组成了3个具有高支持率的进化支,响叶杨与其他白杨组物种聚为一支,并且与银白杨的亲缘关系最近.本研究基于叶绿体基因组数据揭示了杨属的进化历史,将有助于进一步开展杨属植物基于叶绿体DNA序列数据的群体遗传学及其他分子生态学研究.     

翘嘴鳜线粒体基因组全序列的克隆与特征分析

通过直接测序的方法获得翘嘴鳜线粒体DNA基因组全序列(GenBank:JF972568).翘嘴鳜线粒体基因组全长为16 496 bp,其包含13个编码蛋白基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个Control region区域.整个翘嘴鳜线粒体DNA利用率非常高,仅仅只有32 bp的基因间隔和35 bp的基因重...     

基于叶绿体基因组全序列分析真叶植物叶绿体基因的适应性进化

 真叶植物包括蕨类、裸子植物和被子植物。迄今已积累有较为丰富的真叶植物叶绿体基因组全序列数据。选取了29种真叶植物的叶绿体基因组全序列,采用PAML 软件基于位点间可变ω模型,分别分析了蕨类、裸子植物和被子植物叶绿体基因的适应性进化。结果显示：① 蕨类、裸子植物和被子植物各有6.5%、7.5%和19.2%的叶绿体基因受正选择作用;被子植物经历正选择的叶绿体基因明显比蕨类和裸子植物为多;② 被正选择作用的叶绿体基因主要是遗传系统和光合系统基因,它们的编码产物涉及叶绿体蛋白质合成、基因转录、能量转化与调节及光合作用等过程。推测叶绿体功能基因可能在真叶植物对陆生生态环境的适应过程中起着重要作用。     

锡金海棠叶绿体基因组结构及密码子偏好性分析

为研究锡金海棠叶绿体基因组结构、明确其叶绿体基因组密码子使用模式,通过NOVOPlasty、geneious和codonW等软件,组装出锡金海棠叶绿体基因组,在注释后分析叶绿体基因组结构,并筛选出53条蛋白编码序列(CDS)用于密码子偏好性分析。结果表明,锡金海棠叶绿体基因组全长160 088 bp, GC含量为36.6%;不同碱基位置GC含量分别为GC1(46.98%)>GC2(39.46%)>GC3(28.30%),表明其密码子末位碱基偏向以A/U结尾;中性图分析表明GC12与GC3未有明显相关性,即密码子第1、2位碱基与第3位碱基存在一定差异;根据ENC-plot和PR2-plot分析,影响密码子偏好性的主要因素是自然选择;最后确定UUG、CUU和AUU等14个密码子为锡金海棠叶绿体基因组的最优密码子。研究结果对今后研究锡金海棠亲缘关系、系统发育、物种鉴定提供了数据支持,对优化目标基因、种源的鉴定及异源表达基因的改造和系统发育分析提供了理论依据。     

鹅耳枥属树种叶绿体基因组结构及变异分析

[目的]了解鹅耳枥属(Carpinus)树种叶绿体基因组基因组成及结构特征,为鹅耳枥属的系统发育及基因组进化研究提供参考.[方法]获取鹅耳枥属16个树种的叶绿体基因组,对其进行基因注释,利用生物信息学方法比较叶绿体基因组间的结构特征与变异程度,并以麻栎(Quercus acutissima)为外类群分析了鹅耳枥属的系统...     

秀丽四照花光合特性和叶绿体超微结构的盐胁迫响应

研究盐胁迫对秀丽四照花（Cornus hongkongensis subsp. elegans)幼苗的生物量分配、光合特性和叶绿体超微结构的影响,探讨植物体对盐胁迫的响应机制。     

Isolation and Characterization of a New Subspecies of Aeromonas salmonicida （ Aeromonas salmonicida subsp, flounderacida subsp. nov. ） from Stone Flounder（ Kareius bicoloratus L. ）

Biological properties were studied to appropriate pathogenic bacteria which were isolated from diseased (or dead) stone flounder (Kareius bicoloratus L. ) which expressed bacterial septicaemia, including morphological characteristics, colony characteristics, physiological and biochemical characteristics and serum homology of isolates, the results showed that the isolates belonged to a new subspecies of A. salmonicida. In addition, the representative strains have been re-checked and detected the mol% G C ratio of the DNA by China Center for Type Culture Collection (CCTCC), the examined strains were also regarded as a new subspecies of A. salmonicida, and designated as Aeromonas salmonicida subsp, flounderac/da subsp, nov. by its isolated fish (Kareius bicoloratus ). Molecular identification of analysis of the nucleotide sequence of the 16S rRNA gene were applied, the results showed high similarity (99%) with the 16S rRNA gene of Aeromonas salmonicida from GenBank database. Cluster analysis of phylogenetic tree revealed that the representative strain formed separately bootstrap-supported cluster.     

Ancestral chloroplast genome in Mesostigma viride reveals an early branch of green plant evolution

Sequence comparisons suggest that all living green plants belong to one of two major phyla: Streptophyta (land plants and their closest green algal relatives, the charophytes); and Chlorophyta (the rest of green algae). Because no green algae are known that pre-date the Streptophyta/Chlorophyta split, and also because the earliest diverging green algae show considerable morphological variation, the nature of the unicellular flagellate ancestor of the two green plant phyla is unknown. Here we report that the flagellate Mesostigma viride belongs to the earliest diverging green plant lineage discovered to date. We have sequenced the entire chloroplast DNA (118,360 base pairs) of this green alga and have conducted phylogenetic analyses of sequences derived from this genome. Mesostigma represents a lineage that emerged before the divergence of the Streptophyta and Chlorophyta, a position that is supported by several features of its chloroplast DNA. The structure and gene organization of this genome indicate that chloroplast DNA architecture has been extremely well conserved in the line leading to land plants.     

华南虎和东北虎血清同功酶的研究

对华南虎（Ｐａｎｔｈｅｒａｔｉｇｒｉｓａｍｏｙｅｎｓｉｓ）和东北虎（Ｐａｎｔｈｅｒａｔｉｇｒｉｓａｍｕｒｅｎｓｉｓ）血清酯酶、过氧化物酶、乳酸脱氢酶、苹果酸脱氢酶、山梨醇脱氢酶和谷氨酸脱氢酶的同功酶进行了测定．结晶表明，所测的两亚种在酶谱上未显示差别存在     

紫椴种子休眠的影响因素

以吉林省临江市的紫椴种子为材料探讨紫椴种子休眠的影响因素,采用萌发法、称重法、生物鉴定法研究紫椴种子萌发进程、吸水过程、萌发抑制物活性.结果表明:紫椴种子具有休眠特性,但种子透水性不良并不是导致紫椴种子休眠的主要原因;紫椴种子各部位浸提液对白菜种子的芽和胚根生长具有抑制作用,这种抑制作用因部位与浸提液浓度不同呈现差异,...     

Single gene circles in dinoflagellate chloroplast genomes.

Photosynthetic dinoflagellates are important aquatic primary producers and notorious causes of toxic 'red tides'. Typical dinoflagellate chloroplasts differ from all other plastids in having a combination of three envelope membranes and peridinin-chlorophyll a/c light-harvesting pigments. Despite evidence of a dinoflagellete satellite DNA containing chloroplast genes, previous attempts to obtain chloroplast gene sequences have been uniformly unsuccessful. Here we show that the dinoflagellate chloroplast DNA genome structure is unique. Complete sequences of chloroplast ribosomal RNA genes and seven chloroplast protein genes from the dinoflagellate Heterocapsa triquetra reveal that each is located alone on a separate minicircular chromosome: 'one gene-one circle'. The genes are the most divergent known from chloroplast genomes. Each circle has an unusual tripartite non-coding region (putative replicon origin), which is highly conserved among the nine circles through extensive gene conversion, but is very divergent between species. Several other dinoflagellate species have minicircular chloroplast genes, indicating that this type of genomic organization may have evolved in ancestral peridinean dinoflagellates. Phylogenetic analysis indicates that dinoflagellate chloroplasts are related to chromistan and red algal chloroplasts and supports their origin by secondary symbiogenesis.     

暴马丁香大孢子发生及雌配子体发育的研究

暴马丁香(Syringa reticulata var. mandshurica)子房2室,每室2个倒生胚珠,中轴胎座,具单珠被,薄珠心.大孢子母细胞减数分裂形成的4个大孢子呈直线形排列,其中合点端的大孢子具备继续发育的功能,胚囊发育为蓼型.