RM07 DNA片段在嗜盐古生菌中的启动子功能研究

以二氢叶酸还原酶基因(dhfr)和β-半乳糖苷酶基因(bgaH)为报告基因，利用启动子探针检测技术研究了在大肠杆菌和酵母菌中均具有启动子活性的RM07DNA片段在嗜盐古生菌中的功能，结果从mRNA转录和蛋白质表达水平证明RM07片段在嗜盐古生菌中同样具有启动子功能．缺失分析进一步定位了RM07片段中启动子活性必需的重要功能区，启动子缺失突变分析的结果与序列结构特征分析的结果相吻合．     

嗜盐古菌Haloterrigena thermotolerans JCM 11050Tbop基因序列研究

对标准菌株Haloterrigena thermotolerans JCM 11050^T，其编码螺旋C至螺旋G的细菌视紫红质（bacteriorhodopsin，BR）蛋白基因（bop基因）片断采用PCR方法进行了扩增，TA克隆并测定了其核苷酸序列．对翻译出的氨基酸序列进行亲水性分析，表明该菌株的BR蛋白与已报道相应序列具有类似的二级结构．蛋白序列聚合比对结果表明，该菌株BR蛋白与Natrinema属的BR蛋白具有一定相似性．在这一Haloterrigena属的标准菌株中证实bop基因，进一步丰富了bop基因资源．     

一株嗜盐严格厌氧细菌S191的分离与系统发育分析

采用Hungate滚管法,从东北太平洋结壳区深海沉积物中分离纯化得到中度嗜盐、严格厌氧发酵细菌S191,通过扩增及测定其16S rDNA基因序列,利用“Clustalx”和“Mega”软件对该序列作同源性分析及系统发育分析,建立了嗜盐严格厌氧细菌属的系统发育树,表明菌株S191的16S rDNA基因序列与Halanarobium属菌株的最高同源性为98．5％,革兰氏染色呈阴性、直杆状、0．3～0．6μm×1．8～3．0μm、无运动、不产生芽孢,生长NaCl质量浓度为5％～25％,最适NaCl质量浓度为7．5％～10％,生长PH值6．0～8．9,最适pH值为7．8～8．0,生长温度15～42℃,最适温度为32～37℃,最佳条件下代时约3．2h,初步鉴定为Halanarobium属内的一个新成员．     

极端嗜盐菌色素的研究

嗜盐菌色素是一种从微生物（嗜盐菌）中提取精制成的天然红色素（菌红素）。我们对新疆发现的ｗｙ－２ａ极端哮盐菌所产生的色素进行了分离，提纯，理化性质，结构和分子量的测试。主要色素成份色素甲分子量为５７２，次要组分色素乙分子量为４０７，是属类胡萝卜素化合物，该类胡萝卜素与文献报道有所差异。     

舟山地区嗜盐菌的分离和产胞外多糖菌株的筛选

对浙江舟山地区近海和盐田的样品进行分离检测．从11份泥样和16份水样中共分离纯化120株嗜盐菌，其中多数为中度嗜盐菌或耐盐菌，颜色以白色为主，其次是红色和黄色，细胞形态多为杆状或球状，革兰氏阴性菌株占81．6％．研究表明，嗜盐菌在该地区具有广泛的分布和一定的多样性．以分离菌株为材料筛选产胞外多糖的菌株，发现19株能产生胞外多糖，其中菌株HS239产量较高．     

阿牙克库木湖嗜盐菌的分离及功能酶的筛选

从新疆阿尔金山国家自然保护区阿牙克库木湖采集的泥样和水样中,分离培养了90株嗜盐菌,其中多数为中度和极端嗜盐菌,颜色以红色和白色为主,细胞形态多为杆状、球状,97％呈革兰氏阴性,研究结果表明该湖有着丰富的嗜盐微生物资源．对分离菌株进行了几种重要工业用酶的筛选,发现其中淀粉酶产生菌有4株,菌株AJ225和AJ243淀粉酶活性较高;蛋白酶产生菌有7株;脂肪酶生产菌有13株,菌株AJ238和AJ265具有较高的酶产量;在分离菌株中未检测到纤维素酶和木聚糖酶活性．     

舟山地区抗Mn~(2+)、Cr~(6+)和产功能酶嗜盐菌的筛选

以浙江舟山地区近海和盐田样品中分离纯化的120株嗜盐菌为材料,筛选产功能酶的菌株,发现其中淀粉酶产生菌有8株,蛋白酶产生菌有5株,脂肪酶产生菌有23株,其中HS238和HS225产量较高,在分离菌株中未检测到纤维素酶活性.选取其中13株进行金属敏感性实验,结果显示菌株HS223,HS239,HS254可以抗2mg·mL-1Mn2+,所有菌株都耐受培养基中10μg·mL-1Cr6+,但没有筛选到产表面活性剂的菌株.     

新疆伊吾湖嗜盐菌bop基因多样性

为了研究新疆中部地区伊吾湖嗜盐微生物和细菌视蛋白基因（bop）资源，分离纯化了95株嗜盐和耐盐菌．并从中挑选了10株红色的菌株，采用PCR和TA克隆的方法，扩增出bop基因螺旋C到螺旋G的核心序列，测定了基因的核苷酸序列．基于bop基因序列的同源性比较和系统发育学分析，发现9个序列分布在同一分支下，表明伊吾湖嗜盐菌bop基因具有一定的多样性和明显的自身地域性．     

极端嗜盐菌冻干保藏及其质检稳定性的研究

采用优化组合保护剂冷冻干燥２０株极端嗜盐菌，于４℃冷库保存２年，经复水测定，全部菌株保持较高存活性．用ＴＥＮＳ法对其中９株菌Ｒ１，ＲＦ１，Ｊ７，Ｓ９，Ｔ４～１，Ｊ６，Ｒ６～１，Ｒ６～７和Ｒ６～５作质粒稳定性检测，含质粒的菌株ＲＦ１，Ｊ７，Ｓ９，Ｔ４～１，Ｒ６～５于４℃保存２年后，质粒稳定存在；而菌株Ｒ１，Ｊ８，Ｒ６～１和Ｒ６～７冻干保存前后均末检测到质粒．结果表明：优化组合保护剂不仅能有效地用于极端嗜盐菌的冷冻干燥保藏，还能保持宿主质粒的稳定性．     

嗜盐古菌中氯视紫红质基因序列的遗传分析

采用PCR方法扩增了嗜盐古菌AB19、AB30和AJ5编码螺旋C至螺旋G的氯视紫红质（halorhodopsin，HR）蛋白基因片断和168rRNA基因（168rDNA），测定了它们的核苷酸序列，与已报道的，hr基因序列差异显著．获得AJ5 HR蛋白基因序列在Halobiforma属中尚属首次．对hr基因序列进行的遗传分析，包括GC含量、转换与颠换的比值、密码子使用偏好，表明hr基因面临进化选择和偏倚突变压的双重制约，是一类进化程度较高的基因．对比br基因编码蛋白螺旋C到G的序列发现它们具有相似的种属特征．采用BR和HR蛋白螺旋C到G序列构建系统发生树比传统的168rDNA序列具有优势，BR和HR可以作为两种新型的分子指标．     

山东威海海藻中细菌分离和多样性分析

从我国东部沿海城市威海金海滩(北纬36°41′～37°35′,东经121°11′～122°42′)采取海藻样品.采用可培分析方法得到55株菌.基于16SrDNA序列分析,发现这55株菌共分为5个纲,14个属.其中芽孢菌纲(Bacilli),γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)为优势种群,分别占总数的20%和56.4%.此外还分离获得2株具有琼胶降解活性的菌株,都属于海杆菌属(Marinimicrobium).部分菌株比已报道菌株相似度低,表明海藻样品具有较好的细菌多样性,并蕴藏着巨大的微生物资源.     

一株新属紫色非硫光合细菌的初步鉴定

利用特异性培养基对采自宁波象山地区养殖虾池底泥样品进行富集、分离和纯化，得到了一株紫色非硫细菌（PNSB），依据形态特征观察、无机碳源利用、活细胞吸收光谱测定、pufM基因检测及16SrRNA基因序列分析等实验，初步鉴定其为comamonadaceae科中一新属．     

虾肝肠胞虫感染病理特征、18S rRNA基因序列及系统进化树分析

为调查浙江省部分地区虾肝肠胞虫(Enterocytozoon hepatopenaei,EHP)暴发来源及与其他宿主来源的微孢子虫进化关系,本研究利用形态学特征和分子鉴定,尝试对引起浙江多地凡纳对虾生长缓慢综合征的病原进行探究.同时基于18S rRNA基因序列分析该病原与其他地区及其他宿主来源微孢子虫的进化关系.结果显...     

几种饵料微藻基因组DNA的提取及其特异性引物的设计

用改良CTAB法提取我国沿海东南部滩涂贝类常见的4种饵料微藻的基因组DNA,结果发现提取的DNA产率高、完整性好,认为是一种简便而高效的微藻基因组DNA提取方法.对其18S rRNA 基因(18S rDNA)进行克隆与测序,并利用序列比对软件 MEGA 5.0对各微藻的18S rDNA序列进行两两比对,设计出了能够用于快速区分此4对饵料微藻的特异性PCR引物(Cha.F/Cha.R、Iso.F/Iso.R、Pla.F/Pla.R及Nan.F/Nan.R). PCR扩增验证实验结果显示,4对引物均具有很强的特异性,无交叉扩增现象.扩增片段大小范围为100~200 bp,满足实时荧光定量PCR的实验要求,在检测滩涂贝类对此4种饵料微藻的摄食选择性研究方面具有重要意义.     

泥蚶线粒体COI和16S rRNA基因片段序列研究

采用PCR技术扩增了泥蚶线粒体DNA的COI和16S rRNA基因片段,PCR产物经T载体连接后进行克隆、测序,用MEGA version 3.0软件计算这2个基因片段序列碱基组成.结果显示：COI和16S rRNA基因删除引物序列后分别得到660bp和548bp的核苷酸序列,T,C,A和G碱基含量分别为40.4%,14.7%,20.6%,24.3%和23.2%,25.9%,30.3%,20.6%.COI和16S rRNA基因片段对泥蚶不同地理种群的遗传分化的研究具有一定的应用价值.     

西瓜、苦瓜与罗汉果染色体的rDNA定位及其核型分析

利用荧光原位杂交技术将45SrDNA和5SrDNA定位在了葫芦科的3种作物：西瓜（Citrullus lanatus）、苦瓜（Momordica charantia L。）与罗汉果（Siraitia grosvenorii（Swingle）C。Jeffrey）的中期染色体上，并对它们进行了基于rDNA定位结果的核型分析。3种作物的杂交结果显示西瓜和苦瓜均具有2对45SrDNA位点，一对5SrDNA位点。罗汉果具有3对45SrDNA位点和一对5SrDNA位点。通过比较染色体组中rDNA分布的情况，对葫芦科几种植物种间的亲缘关系、罗汉果的分类等进行了分析和讨论。     

江西7种蛇类基于16S rRNA基因的DNA条形码构建

采用新设计CO1、16S、CR3种线粒体基因(位点)的简并引物,对江西地区常见蛇类(2科6属7种)共20个个体样本进行了DNA条形码分析的初步尝试,将实验结果结合GenBank部分蛇类序列数据分析表明,在本实验涉及的蛇类个体及类群的识别上,16S rRNA基因片段合乎通用条码标记的序列的要求;且本实验设计的16S简并引物有适用性强、宽容度大的优势.其次,本研究结果支持"16S rRNA基因至少应该作为脊椎动物标准条码标记--线粒体COI基因不可缺少的补充"观点;提示当前对DNA条形码在不同生物类群的应用方面,尚待在更大的标本样品数量及更多不同基因片段序列数据的支撑.     

太平洋多金属结核区深海沉积物细菌多样性分析

从太平洋多金属结核区东区两个站点沉积物中直接提取环境总基因组,通过PCR及TA克隆分别构建了16S rRNA基因文库．经序列分析结果表明,2个文库共93个克隆分属13个类群,包括α变形菌纲、β变形菌纲、γ变形菌纲、δ变形菌纲、浮霉菌门、酸杆菌门、噬纤维菌-黄杆菌-拟杆菌群、硝化螺旋菌门、放线菌门、绿弯菌门、厚壁菌门、异常球菌-栖热菌门和OP11类群．其中,γ变形菌纲的细菌在2个站点沉积物中都是优势种群,变形菌纲、浮霉菌门、放线菌门、噬纤维菌-黄杆菌-拟杆菌群、硝化螺旋菌门是2个站点共有的细菌类群．DOTUR和LIBSHUFF数据分析结果表明,两个站点的沉积物均具有丰富的细菌多样性,并且物种组成具有显著性差异．