云台山白云岩表层土可培养细菌多样性

运用纯培养法和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析贵州云台山白云岩表层土可培养细菌的多样性.稀释涂布平板分离共获得131株细菌,限制性内切酶HhaⅠ和HaeⅢ对扩增的16S rRNA基因片段进行酶切分型,根据ARDRA酶切图谱划分为40个操作分类单元.16S rRNA基因序列测定和系统发育分析结果显示,这些菌株隶属于包括厚壁菌门(Firmicutes,64.89%)、β-变形菌纲(β-Proterbacteria,3.82%)、γ-变形菌纲(γ-Proterbacteria,17.56%)、放线细菌门(Actinobacteria,11.45%)和拟杆菌门(Bacteroidetes,3.82%)等5大类群,共13个属.优势菌群为芽胞杆菌属(Bacillus,53.44%),亚优势菌群为寡养单胞菌属(Stenotrophomonas,9.16%)、假单胞菌属(Pseudomonas,8.40%)和微小杆菌属(Exiguobacterium,8.40%).15.00%的有效序列与GeneBank已知序列相似性小于等于97%,可能为潜在新类群.研究表明,云台山白云岩喀斯特地区不仅含有较为丰富的细菌物种多样性,且潜藏着许多新的微生物资源.     

利用PCR-DGGE技术分析猪粪堆肥细菌群落结构

采用PCR-DGGE技术对猪粪堆肥升温期、高温期和降温期上、中、下3层共9个堆肥样品的细菌群落结构演替及其多样性进行了分析.结果表明,不同时期、不同高度层堆肥样品中有着比较丰富的细菌多样性,同时存在着明显的优势种群结构变化.因此,不同时期不同高度层堆肥微生物所表现出的多样性,直接为我们提供了梯度效应存在的生物学证据,为诠释和控制梯度效应提供了理论依据.     

黄河故道湿地可培养细菌多样性及产木聚糖酶菌株筛选

研究黄河故道湿地可培养细菌的多样性及其产木聚糖酶的应用潜力.采用稀释平板涂布法从湿地样品中获得119株菌株,形态去重复后对93株进行16SrRNA基因系统发育分析以及利用刚果红染色法进行木聚糖酶活性筛选.结果表明,分离得到的菌株分属于4个门的18个科、21个属,其中优势类群为变形菌门(Proteobacteria)(41株,44%).该地区可培养细菌的Shannon-Wienner多样性指数H′=3.66,Simpson指数D=0.97;Margalef物种丰富度指数dMa=10.59;Shannon物种均匀度指数E=0.94,且样点青龙湖多样性指数高于样点刘寨.93株代表性菌株的木聚糖酶筛选结果显示,11.82%具有木聚糖酶活性,链霉菌和芽孢杆菌在木聚糖酶活性菌株中比例最高.以上结果表明豫北黄河故道湿地蕴含丰富的细菌资源,可为木聚糖酶的研发提供良好的菌种来源.     

劲酒传统发酵过程中可培养功能细菌群落 的动态变化初步研究

运用稀释培养方法,将小曲清香型劲酒传统发酵过程中入池、发酵第四天和出窖时酒醅中的可培养细菌分为九大功能群(蛋白质降解细菌群、淀粉降解细菌群、纤维素降解细菌群、木质素降解细菌群、脂肪降解细菌群、产乙酸细菌群、产乳酸细菌群、产丁酸细菌群和产己酸细菌群),探究小曲清香型劲酒传统发酵过程中各种可培养功能细菌群的组成以及动态变化.结果表明,数量较多的优势功能细菌群为产乙酸细菌群、产乳酸细菌群和产丁酸细菌群.对分离的各功能群的细菌进行核糖体RNA亚基编码基因(16S rDNA)序列分析,发现小曲清香型劲酒传统发酵过程中的可培养细菌主要为乳酸菌和芽孢杆菌两大类,分别属于3个属、10个种.     

虾池沉积物细菌多样性分析和若干可培养技术的优化探讨

为了研究虾池沉积物细菌的多样性,改进培养技术,采用8种培养基培养虾池沉积物细菌,并用变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术对不同培养基平板获得的细菌群落结构进行研究,同时与原位样品的细菌群落结构进行比较.多数细菌在2周内长出,第3周至12周,在VL55、DNB、HM2和DR2A平板上可分离出新的细菌,其他培养基平板上的菌落数目增长不明显.分别使用琼脂和结冷胶作为凝胶剂,结果发现,结冷胶平板和琼脂平板相比,表现出高保湿性、高菌落数和高细菌多样性的特点.变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析结果表明,沉积物样品中的优势细菌约60种,经过不同培养基培养后,得到的细菌多样性为50种左右,约为原来总数的83%,但是细菌群落结构发生较大改变,优势菌群发生转化.测序结果证明了这一点.虾池沉积物中有着较高的细菌多样性.培养基的改进、结冷胶的使用和培养时间的延长有效提高了虾池沉积物中细菌的可培养性.     

热带盐场域近海及潮间带沉积物可培养细菌遗传多样性

为了研究热带盐场域近海及潮间带沉积物可培养细菌遗传多样性,从海南莺歌海盐场域近海及潮间带沉积物中分离可培养细菌,通过16S rDNA序列比对,分析菌株遗传多样性.结果表明,9株分离自近海沉积物的细菌菌株均属于Bacil-lus;8株分离自潮间带沉积物细菌菌株分为5个属,分别为Acinetobacter、Massilia...     

水稻根际细菌群落的生物多样性研究

从云南省５个不同水稻栽培区的水稻根际分离到２４９株细菌，它们分属于９个属和３个类群，以香农指数为群落多样性指标，对５个样品的细菌群落多样性进行了比较和显著差异性检验，结果表明热带地区水稻根际细菌的群落多样性与亚热带地区有明显差异；     

江苏自然湿地的生物多样性特点

江苏自然湿地总面积为 9.97× 10 5hm2 .湿地景观可分为海岸带湿地景观、洲滩湿地景观、湖泊湿地景观、沼泽湿地景观和河流湿地景观 ,面积分别为 3.0 5× 10 5hm2 、4 .6× 10 4 hm2 、4 .2 1× 10 5hm2 、6 .8× 10 4 hm2 和 1.5 7× 10 5hm2 .江苏自然湿地生态系统可分为盐土生态系统、沼泽生态系统、水生生态系统和沙丘湿地生态系统 .湿地内物种丰富 ,高等植物有 4 84种 ,海岸带湿地已记载的鸟类有 2 4 1种 ,湖泊鱼类有 12 1种 (亚种 ) ;其中有 2种国家级珍稀濒危植物 ,31种国家重点保护野生脊椎动物 .江苏自然湿地生物多样性面临着人为干扰、海岸侵蚀、海平面上升、自然灾害加剧等问题 ,为此提出加强管理 ,建立湿地生物多样性生态模型 ,建立湿地生物多样性信息系统的建议 ,以保护江苏自然湿地的生物多样性     

特殊竹林土壤细菌群落结构及多样性研究

为对活竹酒生产区这种特殊环境中的竹林土壤细菌群落进行分析,研究其土壤微生物结构及其多样性,通过16S rDNA测序技术在IonS5TMXL测序平台上完成土壤细菌的高通量测序,对位于竹酒酿造区域的竹林核心区J1、非竹林区J2及竹林边缘区J3土壤进行了细菌群落结构分析。结果表明:样本细菌种类主要集中在酸杆菌门（Acidobacteria）、变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）、绿弯菌门（Chloroflexi）、芽单胞菌门（Gemmatinonadetes）、疣微菌门（Verrucomicrobia）。其中,竹林核心区J1土壤细菌以放线菌门OTUs数占比最高,但其优势菌群为酸杆菌门酸栖热菌属（Acidothermus）;非竹林区J2以酸杆菌门占比最高,优势菌群为其下苔藓菌属（Bryobacter）;竹林边缘区J3处于竹林生境和非竹林生境的交汇地带, 生境不稳定,土壤细菌以变形菌门占比最高,优势菌属主要包括变形菌门鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）、酸杆菌门苔藓菌属（Bryobacter）、芽单胞菌门金雀花属（Gemmatimonas）等,群落内物种较为复杂,但其细菌群落结构仍与竹林核心区J1相似。可见,随着样本从非竹林区逐渐接近竹林核心区,1）细菌群落多样性总体呈现先增加后降低的趋势,可能与竹林单一生境有关;2）个别细菌菌群数理和结构发生了较大变化,活竹酒酿造环境使得竹林土壤放线菌门而非变形菌门数量最多,或与当地独特的竹酒酿造环境相关。     

房干村不同植被下可培养细菌多样性研

利用传统的稀释平板法对房干村不同植被下可培养的异养型好氧性细菌多样性从数量、种类、形态三方面进行动态研究，并利用BIOLOG鉴定系统结合显微观察对部分优势菌株进行了鉴定.结果显示不同植被下可培养好氧性异养型细菌多样性不同，且相同植被下的细菌多样性随时间呈动态变化；可培养的菌落数和土壤微生物生物量之间并不存在显著的线性相关性；不同植被下菌落数与优势菌种类在95％的可信区间（P＜0.05）相关性很好；不同植被下及同一植被下不同时间内优势菌形态、群落结构不同，所占百分比亦不同；对于部分优势菌的鉴定，农田和刺槐样地中可确定为粪产碱菌Alcaligenes faecalis和放射状根瘤菌Rhizobium radiobacter，其余植被下的鉴定到属.     

仁扇舟蛾幼虫肠道可培养细菌群落结构分析

[目的]了解仁扇舟蛾(Clostera restitura)肠道共生细菌的主要类群及其群落结构特征,明确仁扇舟蛾幼虫前、中和后肠可培养细菌的种类及群落结构组成,为进一步研究特异功能细菌的生理生化特征和功能提供基础.[方法]选取仁扇舟蛾5龄幼虫进行肠道解剖,分离前、中和后肠不同肠段,研磨稀释10-1～10-6,分别涂布于...     

不同品种葡萄皮上细菌的多样性分析

以4种市面常见葡萄品种：黑提(H)、玫瑰香(M)、阳光玫瑰(Y)、红提(D)为研究对象,应用高通量测序技术对4种葡萄果皮上细菌的多样性进行分析研究.试验结果表明,细菌门水平上的优势菌群一般是：拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)这4个门类,细菌属水平的优势菌群一般为乳酸菌(Lactobacillus)、拟球菌(Bacteroides)、另枝菌属(Alistipes)、毛螺旋菌科＿NK4A136＿group(Lachnospiraceae＿NK4A136＿group)、链球菌(Streptococcus)、拟普雷沃菌属(Alloprevotella).研究表明：4种葡萄表皮的细菌多样性指数无显著差异,其中玫瑰香与红提的细菌群落相似程度较高.     

崇明岛东滩不同植物覆盖的土壤可培养细菌多样性比较

崇明岛东滩湿地是我国主要的湿地之一.试验对东滩湿地的光滩、海三棱藨草根部土壤和芦苇根部土壤样品用稀释的R2A培养基分别进行培养.通过平板计数得到每克光滩样品、海三棱藨草样品、芦苇样品中的细菌数量分别为8.6×106cfu,1.3×107cfu,1.05×108cfu.对所分离到的84株菌株的16S rRNA基因序列的多样性指数进行分析,结果表明光滩样品的多样性最高.通过与公共数据库中标准菌株序列的比较以及系统发育树分析确定了这些菌株的分类地位,结果表明分离到的菌株分布于γ-变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门、α-变形菌门和放线菌门的30个属,在光滩中分离到8个其他样品中没有的属.     

大连、武汉地区粘细菌物种资源多样性分析

对大连、武汉采集的186份样品进行粘细菌的分离,得到196株粘细菌分离物。对得到的粘细菌分离物进行分类鉴定,依据形态学分类方法鉴定出粘球菌属(Myxococcus)155株,孢囊杆菌属(Cystobacter)28株,侏儒囊菌属(Nannocystis)5株,囊球菌属(Angiococcus)3株,原囊菌属(Archangium)2株,标桩菌属(Stigmatella)2株,珊瑚球菌属(Corallococcus)1株。     

安徽皇甫山太子参群落物种的多样性研究

在安徽皇甫山太子参(Pseudostellaria heterophylla)群落中,根据不同海拔和坡向选择3个样地：弥陀寺后山(Q1)、林场总部西南方向一东西走向的山脊梁上(Q2)、北将军岭东南坡(Q3)进行群落学调查,然后采用物种丰富度指数、物种多样性指数、群落均匀度指数分析太子参群落物种多样性与群落特征的关系。结果表明：Q2物种多样性最高,Q1次之,Q3最低。随着海拔升高,物种多样性呈下降趋势,并受人为干扰影响。各样地草本层物种多样性较高,乔木层、灌木层物种多样性极低。太子参群落物种多样性与太子参的生态环境及其生物学特性直接相关。     

西沙野生诺尼内生细菌群落多样性初步研究

采用构建16S rDNA克隆文库方法,首次对我国海南永兴岛西沙野生诺尼果内生细菌的群落结构和多样性进行初步研究.首次采用Mothur软件对诺尼果内生细菌克隆文库数据进行分析,构建Mothur软件数据分析平台.构建的西沙野生诺尼果内生细菌16S rDNA克隆文库中,93个克隆分属于12个不同可操作分类单元(operational taxonomic units,OTU),序列比对结果表明大部分克隆与已知细菌16S rDNA序列相似性较高.分别属于变形菌门(Proteobacteria)的Alpha、Beta、Gamma亚群,放线菌门(Actinobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes).水库杆菌属(Piscinibacter sp.)细菌为野生诺尼果内生细菌优势菌群.优势菌属分别为水库杆菌属(Piscinibacter sp.)为80.65%,蛋白胨菌属(Peptoniphilus sp.)和链球菌属(Streptococcus sp.)均为3.23%,甲基杆菌属(Methylobacterium sp.)为2.15%.研究结果表明西沙野生诺尼果中存在较为丰富的内生细菌资源,将为进一步研究奠定理论基础.     

3个杂交水稻亲本成熟期种子内生细菌多样性研究

通过传统微生物培养方法,对成熟期的杂交水稻亲本“深08S”、“和620S”及“16A007”种子内生细菌群落结构多样性进行分析。实验表明,处于成熟期的杂交水稻亲本种子内生细菌群落结构具有多样性。“深08S”种子内生细菌含40个分类操作单元(operational taxonomic units, OTU),分属Firmicutes、Proteobacteria、Actinobacteria及Bacteroidetes类群,其中,第一优势菌属为Rhizobium,丰度为15.83%,第二优势菌属为Bacillus,第三优势菌属为Sphingomonas和Curtobacterium。“和620S”种子内生细菌含20个OTU,分属Firmicutes、Proteobacteria及Actinobacteria类群,其中,第一优势菌属为Curtobacterium,丰度为25.33%,第二和第三优势菌属分别为Microbacterium和Pantoea。“16A007”种子内生细菌含24个OTU,分属Firmicutes、Proteobacteria及Actinobacteria类群,其中,第一优势菌属为Pantoea,丰度为35.00%,第二优势菌属和第三优势菌属分别为Micrococcus和Pseudomonas。相比处于灌浆期的水稻种子内生细菌,成熟期的水稻种子内生细菌更丰富,种类更多。由研究可见,种子内生细菌的种类随种子成熟度而变化,成熟期的水稻种子具有丰富的内生菌资源,可为开发新的植物益生菌剂奠定基础,且水稻种子内生细菌的组成与水稻品种有一定的关系。     

三亚临春岭森林公园土壤细菌群落多样性

为探明旅游开发以及旅游干扰活动对三亚临春岭森林公园土壤细菌群落丰度和多样性的影响,为热带地区森林资源的保护与合理开发提供依据,研究选取三亚临春岭森林公园为调查对象,沿登山步道垂直方向由近及远选取三个区域,游人干扰区(0～3 m)、景观绿化区(10～30 m)、人工成熟林区(100～150 m),分别提取土壤总DNA并利用Illumina高通量测序技术分析土壤细菌的群落构成和多样性。三个区域表层土壤共获得134 713条序列,OTU总数为1 936个,其中三个样地的共有OUT数目为424个,约占OUT总数的21.9%。三个区域的土壤细菌可分为13个门类,变形菌门(Proteobacteria)在三个区域中均占绝对优势。人工成熟林区土壤微生物多样性最高,而游人干扰区和景观绿化区微生物分布更相近。