天花粉蛋白2.6分辨率的晶体学修正

本文报道了用溶剂过滤法改善电子密度图,依据Collins提出的一级结构,重新建立天花粉蛋白分子模型。使用2.6分辨率衍射强度数据和约束参数最小二乘法,对处于晶体学不对称单元中两个天花粉蛋白分子(共3828个非氢原子)进行晶体学修正。修正结果,偏离因子R=0.223,键长根均方误差r.m.s=0.023,新的分子模型和以2F_0-F_o为系数的电子密度图符合甚好。     

天花粉蛋白2.6A分辨率的晶体和分子结构

天花粉蛋白晶体已经在2.6A分辨率进行晶体学修正,本文将详细描述天花粉蛋白的晶体和分子结构,在总结8种核糖体失活蛋白氨基酸顺序规律的基础上,结合天花粉蛋白晶体和分子结构对15个最保守的氨基酸残基进行分析,发现Gin 156,Glul60,Arg 163和Glu189 4个最保守的极性氨基酸残基聚集在大小结构域交界处的分子表面上,构成了蛋白分子的活性中心。     

天花粉蛋白1.73分辨率结构测定及其精化

本文报道了用面探测器收集一套1.73分辨率天花粉蛋白(TCS)正交晶体的X射线衍射数据,利用已知的α苦瓜子蛋白模型,取10—4范围的TCS强度数据,应用分子置换法测定了晶体结构,并且采用限制参数最小二乘法在10—1.73分辨率范围内修正模型结构。修正结果,晶体学R因子为0.186,键长标准偏差为0.013,键角标准偏差为2.48°,一个不对称单位中找到133个水分子。本文详细描述了天花粉蛋白分子的结构、温度因子、氢键、结合水、保守残基的分布以及分子间相互作用。保守残基14Tyr的羟基与157位的羰基氧形成的氢键,对维持活性部位构象有重要作用;保守残基160Glu和它在活性部位的构象对酶的催化活性起着关键性作用。     

1.73分辨率天花粉蛋白晶体中的水结构

本文报道的天花粉蛋白晶体中水的结构模型,包括了133个水分子,其中118个同蛋白的原子成氢键。天花粉蛋白内部有4个分立的水分子,其中2个水分子W251和W252分剔与A5螺旋变形部位的残基156Gln和157Ser的侧链成氢键,对维持活性部位的构象有贡献。晶体中水结构的比较结果表明,核糖体接近蛋白时,会诱导蛋白活性部位残基的构象发生变化,使各催化基团按催化效果最佳的构象排布,并激活一个水分子(W257)直接参与核糖体失活作用。     

1.2分辨率胰岛素晶体结构的修正

在1.2分辨率修正了三方二锌猪胰岛素的晶体结构。采用将广泛的立体化学观测量并入最小二乘方程加以制约的倒易空间修正方法。在对蛋白质非氢原子和氢原子、水及溶剂相分别进行各向同性温度因子的修正和校正之后,对胰岛素二体的全部非氢原子进行了两轮各向异性温度因子的修正.对于1.2范围内的20005个大于1σ的独立反射的最终R因子是0.128,与理想共价键长的均方根偏差是0.021。在最终的电子密度图上有清晰的原子水平的密度表现,硫原子的电子密度的各向异性分布表现明显。经各向异性温度因子修正后,电子密度的拟合情况有明显改善。     

正交晶系天花粉蛋白晶体的X射线研究——5(?)分辨率的三维Fourier综合

本文报道正交晶系的天花粉蛋白晶体系生长自酸性溶液(pH～5.4),其空间群是P_(2_12_12_1),a=38.23,b=76.18,c=79.12。每个不对称单位内含一个分子量为26000,由234个氨基酸残基组成的蛋白分子。用浸泡法获得了两个重原子衍生物:K_2PtCl_4和K_2HgI_4。采用多对同晶置换加反常散射的联合概率法求得母体相角,计算了5分辨率的电子密度图。从图上可分辨出每个独立分子的界面。初步结果表明,与生长自碱性溶液(pH～8.6)的单斜晶体中的分子相比,分子在酸性条件下没有发生剧烈的构象变化。     

1.9分辨率三方四锌牛胰岛素晶体结构测定

牛胰岛素三方四锌晶体属三方晶系,空间群为R3,晶胞参数:a=b=80.8c=37.4,α=β=90°,γ=120°,用同晶差值法在1.9分辨率测定了它的晶体结构,并用立体化学参数制约的倒易空间最小二乘法进行了精化,最后的R因子为0.19,与标准键长的平均偏差为0.052,在此模型基础上对四锌胰岛索长效性的可能结构机理进行了讨论。     

天花粉蛋白低分辨率晶体结构的测定

本文测出:天花粉蛋白分子量为24000,有219个氨基酸残基。晶体属单斜晶系,空间群为C2,晶胞参数a=75.64埃,b=75.52埃,c=88.85埃,β=99.51°,每个不对称单元内含2个分子。 用UO_2Ac_2和K_2Pt(NO_2)_4浸泡获得两个重原子衍生物,按照多对同晶置换加反常散射的联合概率法求得母体相角,计算了5埃和4埃分辨率电子密度图,从图上分辨出两个独立分子的界面,分子大小约为45×40×35埃~3,每个分子中有4段棒状的电子密度更为清晰,可辨认为α-螺旋结构。     

鹤草酚的晶体结构和分子结构

鹤草酚晶体属三斜晶系,空间群为PI,晶胞参数为a=9.901(3),b=11.195(4),c=11.752(4)Å,α=80.74(3),α=75.66(3),γ=76.46(3)°,晶胞内分子数Z=2.用SyntexP3/R3型四圆衍射仪收集到2891个独立衍射强度.以直接法SHELXTL解出晶体结构.结构参数的修正采用了块对角矩阵最小二乘法,最后得偏离因子R=5.7%.晶胞中含有d-,l-两种对映体分子,它们彼此以I连系组成外消旋体.每分子中的两个六环分别同相邻的氧共面,其双面角为14.2°.两个六环通过碳(sp³)桥相连,并由于形成分子内氢键O-H…O(分别为2.705Å和2.745Å)而限制了自由转动.     

2.4分辨率去五肽胰岛素结构的X射线研究——结构的修正

本文报道起始模型对于X射线实验观测量和已知立体化学观测量作约束参数最小二乘修正的结果.经修正和扩展的模型,不仅包括DPI分子的全部非氢原子和一个镉原子,而且还加进49个水分子.由反常散射和模型信息概率相联合得到相角,各项系数按相角可靠性加权,其2F_o-F_c Fourier综合给出清晰的结果,无明显的对试用模型的偏向.最后得到的模型有合理的立体化学,同理想键长的均方根偏离是0.027A;同观测X射线散射相当吻合,对 10—2.4A分辨率的全部数据其偏离因子R=0.182.     

长效胰岛素研究——2分辨率Arg-B31人胰岛素晶体结构测定

本文运用X射线分析技术,在2分辨率测定了Arg-B31-人胰岛素(ABHI)四锌晶型的晶体结构,最后的晶体学R因子为0.189,模型的平均键长偏差为0.018。精化后的结构模型显示,ABHI分子B链羧端构象比天然分子更加稳定,在二聚体内,分子Ⅰ的Arg-B31与分子Ⅱ的Glu-B21之间形成一对新的侧链间离子键,从而在ABHI六聚体表面增加了三对由相邻分子间形成的次级键。ABHI是一种长效胰岛素,上述结构特征揭示了其长效性的主要结构基础:由于Arg-B31的引入使ABHI六聚体增加了三对离子键,从而使其解聚成单体的速率减慢,在体内形成一个持续供应“库”。由此,作用时效得以延长,产生长效特征。这一实验结果证实了作者关于“增加次级键,稳化寡聚体”以产生长效胰岛素的分子设计原理的正确性,以及通过模型拟合和能量优化对ABHI主要结构特征的预测。     

2.1分辨率A1-(L-色氨酸)胰岛素晶体结构研究

本文对A1修饰色氨酸胰岛素进行了晶体学的深入研究。晶体的空间群为R3,晶胞参数:a_H=80.3,c_H=37.5。应用立体化学制约最小二乘法并结合差值Fourier图人工分析对2.1的结构模型进行了多次调整和精化,最终偏离因子R=O.195。独立区两个A1-(L-色氨酸)胰岛素分子A链N端的A1色氨酸残基在电子密度图上表现十分清晰,其中分子ⅠA1色氨酸残基侧链具有两种构象。本文从结构角度推断三方四锌胰岛素分子Ⅱ的结构是一种低活性构象存在于六聚体内。此外,对有关胰岛素结构与功能的一些问题进行了讨论。     

豆荚内酯A的晶体结构和分子结构

本文报道软珊瑚提取物豆荚内酯 A 的晶体结构和分子结构.分子式为 C_(22)H_(30)O_5,M_r=374.5,晶体属正交晶系,空间群为,P2_12_12_1,a=8.753(2),b=8.887(3),c=54.247(14)(?),V=4220(2)(?)~3,Z=8,D_x=1.17Mg·m~(-3),F(000)=1616e.强度数据用 Cu Kα辐射、四圆衍射仪收集,结构用直接法解出.经最小二乘法修正,其偏离因子 R=0.064.分子骨架由无规则的[-+-+-++++-+--]型十三环二烯和“信封式”γ-内酯环组成,两者以顺式稠合.不对称单位两个分子构型基本相同.晶胞中分子堆积较疏松.     

醚酞络合物的分子结构和晶体结构

醚类会被广泛用来改性Ziegler-Natta催化剂,如著名的Solvay型催化剂就是用异戊醚处理β-TiCl_3,国内研制的所谓络合Ⅰ型,或络合Ⅱ型催化剂则是用异戊醚或正丁醚作为络合剂。乙醚与四氯化钛的反应物对3TiCl_3·AlCl_3催化剂有显著的改进,给电子体醚可使铝在催化剂表面富集。因而研究醚与四氯化钛或三氯化钛络合物的结构是一个基本的问题。已知四氯化钛和醚可生成多种络合物,但其分子结构及晶体结构测定甚少,本     

3.0分辨率[L-Met]~(B0)牛胰岛素的晶体结构研究

基于[L-Met]_(BO)牛胰岛素(LMBBI)晶体的对称性和分子密堆积法的基本原理,确定了只使用一维的旋转和一维的平移即可确定分子在晶胞中的位置和取向的结构测定方案,依据此方案,使分子置换法的旋转函数的计算和用R因子搜索法精化旋转平移位置的计算大大简化。运用生物大分子刚体修正技术对模型进行了初步精化,用能量极小化的立体化学制约的最小二乘修正技术并辅以差值Fourier图人工分析对模型进行了调整和精化。在最终的电子密度图上,B链N端加长的L-Met在独立区两个分子中的表现比较清晰,相对于三方二锌猪胰岛素分子,B链N端的构象发生了较大的变化。     

1.9分辨率(D-Ala)~(B_0)猪胰岛素晶体结构的研究

本文应用差值Fourier技术和制约立体化学参数最小二乘技术以二锌猪胰岛素模型为起点测定了1.9分辨率的(D-Ala)~(B0)猪胰岛素晶体结构,R因子为0.211,键长均方差为0.057。B_0残基的电子密度表现清晰。B_0的引入降低了B链N端肽段构象的运动性,使分子在晶体中的堆积更加紧密。(D-Ala)~(B0)猪胰岛素和二锌猪胰岛素结构的主要差异在于分子可能的受体结合表面中部分极性基团的构象和分子IA链两段螺旋的组装。(D-Ala)~(B0)猪胰岛素B链N端晶体学微环境与(Trp)~(B1)猪胰岛素和去B_1牛胰岛素有很大的差异。本文还简单地讨论了胰岛素分子结构与免疫功能的关系。     

大苞雪莲内酯的分子结构和晶体结构

新疆雪莲(Saussurea involucrata Kar. et Kin)为我国西北地区名贵中草药,可用于治疗风湿性关节炎和妇科疾病,从中分离得到一种新的倍半萜内酯的β葡萄糖苷,命名为大苞雪莲内酯(右图),其结晶为无色透明针状,m.p.219～221℃。     

2.4分辨率去五肽胰岛素结构的X射线研究——DPI分子及其同胰岛素的关系

本文描述了单体胰岛素类似物去五肽(B26—B30)胰岛素的结构。同三方二锌胰岛素结构的详细比较说明,DPI虽然在结构上有一些大的改变,但是基本的二级结构单位仍然完整地保持着。像胰岛素的其他晶形那样,DPI结构比较接近于二锌胰岛素结构中的分子Ⅰ。除了结构表面的改变之外,在分子中心还有一些微妙和广泛的改变。分子在晶体中紧密地堆积,有着许多不同的接触,包括蛋白质-镉相互作用的复合网及大量以水为媒介的接触。分子表面大批疏水基团绕蛋白质群集而成一厚带。晶体结构具有良好的有序性,某些侧链的清晰度和水分子的确定性优于在更具活动性的三方二锌胰岛素六体晶体所得的结果。