分子力场进展

分子力学（简称ＭＭ）是近年来化学家常用的一种计算方法。与量子力学从头计算和半经验方法相比，用分子力学处理大分子可以大大节省计算时间，而且，在大多数情况下，用分子力学方法计算得到的分子几何构型参数与实验值之间的差值可在实验误差范围之内。所以，分子力学是研究生物化学体系的有效和可行的手段。分子力学的核心是分子力场。本文介绍了分子力场的量子力学背景、分子力场和光谱力场之间的关系。分子力场的一般形式、分力     

分子力学应用进展

本文总结了近年来分子力学在化学研究中的应用,包括有机化合物的构象分析、化学反应机理、核磁共振谱分析、生物化学、药物分子设计和配位化学诸方面。     

分子力学在有机化学中的应用

本文评述了近年来分子力学在有机化学中的应用,特别是在有机化学反应和核磁共振中的应用。     

分子力场发展的新趋势

分子模拟中的力场方法是用来精确计算分子结构和能量的计算方法,它通过原子核的位置来计算体系能量。最初的分子力场都是针对某一特定体系的,它们的许多参数要由观测数据拟合得到。当时要建立新的分子力场是十分困难的,因为实验归属振动谱带需要花费大量的时间。所以此后大多数工作者都致力于发展涵盖尽可能多体系的“求全”型分子力场,这种趋势一直延续至今。但是随着各个学科研究的不断深入,所需要研究的体系越来越复杂,要求的精度也越来越高。在保证相当精度的条件下,“求全”型的分子力场要想涵盖所有需要研究的体系常常是十分困难的事情。2003年问世的Direct Force Field软件包能够便捷的建立针对某一特定分子体系,并且有相当精度的分子力场。它的出现为分子力场从“求全”转为向“求精”发展提供了可能。     

锂原子簇结构的分子力学研究

本文采用包含Axilord—Teller三体势的分子力学方法,计算了锂原子簇的平衡几何构型,结果表明,锂原子簇的势能面上存在一些近简并的结构。但最稳定结构与从头算的结果基本一致,同时对气相原子簇的生长模式、簇尺寸增大原子簇平均结合能的变化进行了讨论。     

杯芳烃构象的分子力学研究

杯芳烃是对位取代的苯酚与甲醛反应得到的环状缩合物,由于其独特的结构和易于衍生化的特点而受到广泛的关注［１］．杯芳烃中苯酚单元由亚甲基相连,由于酚羟基端可经杯中央翻转而产生多种构象异构体．杯［４］芳烃有４种典型构象：杯式、部分杯式、１,２－交替式和１,...     

三唑烯醇手性识别的分子力学研究

近十几年来 ,解决不同类型手性化合物的分离是手性色谱发展的前沿领域 [1～ 3] ,对手性识别机理的研究也逐渐引起重视 [4 ,5] ,但由于缺乏手性固定相和手性化合物分子复合体的单晶数据 ,有关手性分离机理的通用定量解释方法很不完善 .采用分子模型设计和理论计算方法 ,研究 CSPs与手性化合物复合体的三维结构性质 ,不仅易于获得 CSPs与 R-体、S-体之间能量的差值 ,而且能直观地得出手性识别发生的位置、作用力的性质及其大小 ,这对于新型 CSPs的设计 ,药物动力学研究和药物分子设计具有十分重要的意义 .本文利用分子力学方法研究了手性…     

分子力学和分子动力学方法研究不同变质程度烟煤的分子结构

采用分子力学和分子动力学模拟方法 ,研究了不同变质程度烟煤的三维分子构型和能量参数。结果表明 :随变质程度的增加 ,煤分子内平行的芳香片层结构增大。不同变质程度烟煤分子在团聚前后的成键相互作用能仅略有变化 ,其中扭转能Et 的变化相对较为显著 ,并且扭转能随煤阶的增加呈逐渐减小的趋势。非成键作用能 ,特别是超过三个原子的范德华作用能 ,是煤中的重要相互作用能 ,是模型分子团聚的重要驱动力 ,对于烟煤分子聚集状态的形成起着决定性的作用。同时随煤阶的升高 ,超过三个原子的范德华作用能逐渐增加。模型分子的总势能随煤阶的变化呈两头高、中间低的趋势 ,与煤的一些宏观物理性质有一定的相一致性。     

环糊精及其包络物的分子力学研究

本文用分子力学方法研究了环糊精及其包络物的性质, 探讨了包络过程及其驱动力, 与电化学实验结果对比获得一致性结伦。     

苝醌类光敏剂构象的分子力学研究

用分子力学方法,计算了苝醌类光敏剂竹红菌甲素(HA),乙素(HB)等不同构象的生成热及酚羟基质子解离前后生成热的变化.发现:(1)1(1)HA,HB4种构象导构体的生成热相近,因而室温下即可相互转化;(2)2(2)HA,HB酚羟基质子解离能力有差别,HA强于HB.(3)3(3)HA,HB存在两个分子内氢键,键能均在8kJ/mol左右,而且Ⅰ型构象键能低于Ⅱ型构象,HA低于HB;(4)4(4)当酚羟基键从形成氢键位置扭转180°左右时存在一能量低点,提示这种构象也是可能存在的;(5)5(5)HBMC的酚羟基氢与相邻的氮原子之问也形成分子内氢键,这是HBMC仍有光敏活性的结构基础.     

18－冠－6及其碱金属配合物构象和稳定性的分子力学研究

１８－冠－６及其碱金属配合物构象和稳定性的分子力学研究张士国,李红,杨频（滨州师范专科学校滨州２５６６０４）（山西大学分子所太原０３０００６）关键词分子力学,冠醚,配合物,构象１８－冠－６及其大部分配合物的晶体结构已被测定,但由于存在晶体堆积能而使分...     

硫杂冠醚铜(Ⅱ)配合物构象和性质的分子力学研究

用经改进的分子力学方法MPM对一系列硫杂冠醚铜（Ⅱ）配合物进行了研究．对它们的构象和能量的分子力学计算结果表明，在这类配合物中，五员鳌环比六员鳌环稳定，随冠醚环大小和分子内张力的变化，其配合物的结构和性质有规律地变化     

三唑并嘧啶磺酰胺类除草剂的比较分子力场法分析

用比较分子场分析方法，分析了三唑并嘧啶类化合物对乙酰乳酸合成酶（ＡＬＳ）抑制活性的构效关系，推测其与ＡＬＳ的空间结合模式。     

NMR和分子力学法研究溶液中有机分子结构

在分子力学能量优化项中加入由ＮＭＲ实验得到的几何参数二面角（相应于~３Ｊ_（ＨＨ）耦合常数）及质子间距所构造的约束函数，使分子力学计算得到的能量极小点的分子构象，其耦合常数（~３Ｊ_（ＨＨ））及质子间距同ＮＭＲ实验结果相符合。文中以（±）－３－（４＇－甲苯基）－１－氮杂双环［２．２．２］－３－辛醇为例，采用自编的ＮＭＲ参数约束的分子力学计算程序ＭＭ２ＮＪ对其构象进行了计算。所得结果与Ｘ射线衍射法比较，有较好的一致性     

有机金属化合物中二级化学键的理论研究(V)——二级化学键生成的分子力学研究

用分子力学方法对一些金属汞化合物进行了探讨和研究.通过与参考体系对比以及内旋转势垒计算的方式，说明了在诸如cis-ClHgCHCHCl(Ⅰ)，0-C     

硝酸酯类分子力学参数的确定和应用

运用MM2(85年版)分子力学程序, 以硝酸甲酯、硝酸乙酯的实验结构为参比, 调试确定了硝酸酯类化合物的伸缩力常数(K~s)、弯曲力常数(K~b)和旋转力常数(V~1、V~2、和V~3)。用这套力场参数计算了硝酸甲酯、硝酸乙酯和硝化甘油的平衡几何构型、生成热和偶极矩, 计算结果与实验值和从头计算结果相一致。还用这套参数计算了结构未见报道的异基硝酸酯、丙烯基硝酸酯和苯基硝酸酯, 所得结果与MNDO全优化几何构型相符。     

在微机上实现分子力学模拟B-DNA

DNA是典型的螺旋结构，关于它的模拟方法有很多种，本文将探讨一种能在微机上用分子力学模拟B型DNA的方法，该方法以Cs Chem3D软件包中MM2为支持力场，搭建和几何优化B－DNA，并对模拟B－DNA的构象特征进行详细分析以证实此方法的可行性。     

有机金属化合物中二级化学键的理论研究(Ⅴ)──二级化学键生成的分子力学研究

用分子力学方法对一些金属汞化合物进行了探讨和研究.通过与参考体系对比以及内旋转势垒计算的方式,说明了在诸如cis-ClHgCHCHCl(Ⅰ),o-C₆H₄HgCl₂(Ⅵ),Cl_Hg_CH₂_CH₂_CN(Ⅶa),Cl_Hg_CH₂_CH₂_C₆H₅(Ⅺa)分子中,非相邻的Cl,Hg原子间存在着弱相互作用.     

18-冠醚-6及其碱金属离子配合物的原子电荷及构象能的分子力学研究

本文推导了电负性电荷与静电势电荷的关系, 并把电负性电荷用于分子力学计算。我们的推导和计算结果表明, 电负性电荷也能很好的反映分子中的静电相互作用, 并用于分子力学计算, 从而我们为用电负性作为分子力学力场参数提供了理论根据。