PURIFICATION AND PRIMARY STRUCTURES OF DUCK FIBRINOPEPTIDES A AND B

Duck fibrinopeptides A and B were purified by Dowex 50 W×2 ion exchange resin and DEAE-Sepharose CL-6B. The complete primary structures of duck fibrinopeptides A and B were determined by nianual Edman Sequence determination. The primary structure of duck fibrinopeptide A is pyr. Asp. Gly. Lys. Ser. Set. Phe.Gln. Lys. Glu. Gly, G]y. Gly, Val. Arg., and that of duck fibrinopeptide B is Pyr. Ala, Ser, Thr, Asp, Tyr. Asp. Asp. Glu. Asp. Glu. Ser. Thr. Val. Pro. Glu. Ala. Arg.     

我国产绿臭蛙的皮肤中一个新的速激肽——绿臭蛙激肽的分离和结构

本文利用Sep—Pak C_(13)和HPLC,从我国产绿臭蛙的皮肤甲醇提取物中分离到一个新的14肽——绿臭蛙激肽。此肽结构经分析定为:Asp—Asp—Ala—Ser—Asp—Arg—Ala—Lys—Lys—Phe—Tyr—Gly—Leu—Met—NH_2,且为化学合成所证明。此肽是两栖动物速激肽中最长的一个,其N-端氨基酸与速激肽类其它肽的相应部分有很大区别。此外,简要讨论了纯化过程中绿臭蛙激呔亚砜的形成及其色谱峰的分裂。     

人参中氨基酸及多肽的研究

氨基酸及多肽是人参中重要成分之一。田中治,Gstirner等对人参根中氨基酸分析表明,主要有Arg、Lys、Ala、Ser、Tyr、Pro、Gly、Glu、Thr、Leu、Ile、Val、AspPhe、His等,也曾确定含半胱氨酸。我们分析了吉林省集安边条参各部位的氨基酸(见表1)表明,芦头和花蕾各检出16种;根检出15种;侧根、须根和叶各检出14种。     

球状蛋白质分子中氨基酸紧密接触对性质的研究

采用CSU软件 (Contactsofstructuralunits) ,对 61种球状蛋白质分子中氨基酸紧密接触对 (Residue residuecontact)进行了研究 .重点研究了不同氨基酸在形成远程紧密接触对 (Long rangecontact)和近程紧密接触对 (Short rangecontact)时的不同能力 .发现氨基酸Leu,Val,Ile,Met,Phe,Tyr,Cys,Trp(疏性氨基酸 ,H)比较容易形成远程紧密接触对 ,氨基酸Glu,Gln ,Asp ,Asn,Lys,Ser,Arg,Pro(亲水氨基酸 ,P)比较难形成远程紧密接触对 ,而氨基酸Ala,Gly,Thr,His(中性氨基酸 ,N)在形成远程紧密接触对时能力一般 .它们平均每个氨基酸可形成 6 0 3 ,3 64和 4 43个远程紧密接触对 .同时它们在形成近程紧密接触对时能力非常接近 ,平均每个氨基酸可形成的近程紧密接触对数目在 2 3 4～ 2 85变化 ,差别非常小 .亲水氨基酸 (P) ,中性氨基酸 (N)和疏水性氨基酸 (H)在蛋白质分子结构稳定性上起着不同的作用     

修饰核糖核酸酶A的酶促合成模型研究

为研究Leu¹²¹-核糖核酸酶A(Leu¹²¹-RNaseA)的半合成制备了C-端去HAsp Ala SerValOH四肽核糖核酸酶A即RNase A(1—120),用固相合成法合成了C-端四肽的类似物HLeu Ala Ser Val OH及C¹⁴标记Leu(记为Leu^*)的四肽HLeu^* Ala Ser Val OH。在设计的小肤模型中,以Boc Val Phe OH和HLeu Ala OMe为底物,在含50%乙二醇,pH 4.50的醋酸缓冲溶液中,在胃蛋白酶的作用下成功地得到了四肤Boc Val Phe Leu Ala OMe,并研究了温度对宵蛋白酶酶促反应的影响。在RNase A(1-120)与H Leu Ala Ser Val OH四肤的胃蛋白酶酶促反应的初步研究中,用HPL C检测反应出现一个新峰。此峰的保留时间与预期产物的保留时间相一致。同位素标记酶促合成试验在高压纸电泳上出现一个新的同位素点,估计为预期的产物。本文还对酶促合成的一些问题进行了讨论。     

A COMPARISON OF THE DETERMINATION OF STABILITY CONSTANTS OF COMPLEXES OF Cd(Ⅱ)WITH AMINO ACIDS AND SIMPLE PEPTIDES USING MICRO—pH—METRIC TITRATIONS AND CYCLIC VOLTAMMETRY

This paper reports the determination of stability constants for complexes of Cd(Ⅱ)with Gly,Ala,Val,Asp,Gly—Asp,Asp Gly,Gly—Gly and Gly—Gly—Gly using both micro—pH—metric titra-tions and the application of convolution—deconvolution cyclic voltammetry at 25℃ and I=0.10 mol·dm~(-3)(KNO_3).Stability constants were calculated from pH—metric data using the SUPERQUAD com-puter program and cyclic voltammograms were collected,stored and manipulated using the EG and GCONDECON 300 software.A considerably larger ligand:metal ratio(e,g.50:1)was possible usingvoltammetry.Evaluation of results from the two techniques suggests that stability constants for thespecies[CdL_2]and[CdL_3]are reliable when calculated fromvoltammetry while those for[CdL]are morereliable when determined by pH-metric titration.     

THE DISTRIBUTION FUNCTION OF RESIDUE-RESIDUE CONTACTS IN PROTEIN MOLECULES

In protein molecules each residue has a different ability to form contacts.In this paper,we calculated the number of contacts per residue and investigated the distribution of residue-residue contacts from 495 globular protein molecules using Contacts of Structural Units(CSU)software.It was found that the probability P(n)of amino acid residues having n pairs of contacts in all contacts fits Gaussian distribution very well.The distribution function of residue-residue contacts can be expressed as:P(n)=P_0+aexp[-b(n-n_c)~2].In our calculation,P_0=-0.06,α=11.4,b=-0.04 and n_c=9.0.According to distribution function,we found that those hydrophobic(H)residues including Leu,Val,Ile,Met,Phe,Tyr,Cys,and Trp residues have large values of the most probable number of contact n_c,and hydrophilic(P)residues including Ala,Gly,Thr, His,Glu,Gln,Asp,Asn,Lys,Ser,Arg,and Pro residues have the small ones.We also compare with Fauchere-Pliska hydrophobicity scale(FPH)and the most probable number of contact n_c for 20 amino acid residues,and find that there exists a linear relationship between Fauchere-Pliska hydrophobicity scale(FPH)and the most probable number of contact n_c, and it is expressed as:n_c=a+b×FPH,here α=8.87,and b=1.15.It is important to further explain protein folding and its stability from residue-residue contacts.     

非对称二甲基精氨酸二甲胺水解酶-2的理论研究

利用同源模建的方法,构建了DDAH-2的三位结构.并与L-瓜氨酸、L-高半胱氨酸分别进行对接研究.其中,Asp77,Gly269,Glu27和Arg96是与L-瓜氨酸相互作用较强的残基,Asp77,His171,Asp125和Ala270是与-L高半胱氨酸相互作用较强的残基.尤其Asp77是在两种复合物中同时起重要作用的氨基酸,并且它与抑制剂之间都形成了氢键.     

SYNTHESIS OF DELTA SLEEP-INDUCING PEPTIDE(DSIP) AND ITS PHYSIOLOGICAL ACTIVITY

Protected nonapeptide—Delta Sleep-Induclng Peptide(DSIP)(Boc·Trp·Ala·Gly·Gly·Asp·Ala·Ser·Gly·Glu-OBu~t) has been synthesized by classical method. The product has been treated with TFA and purified on DEAE-Sephadex-A25 coltunn, pure free nonapeptide obtained and a to β transposition of Asp-residue found to be absent. It has been assayed by electrophoresis at pH 3.8, microcrystallinecellulose TLC and HPLC. The physiological activities of synthetic DSIP are performed on rabbits by using intravenous administration or mesodiencephalic ventricular infusion. Its function Of intensifying δ and σ waves on rabbit's electroencephalogram(EEG) is evident. There is no concomitant increase of δ- and σ-enhancing effect following mesodiencephalic ventricular infusion of 10 or 20 times higher than 5 μg/rabbit doses. Results of 6-day consecutive intravenous administration(50μg/kg) indicate that there is no obvious sign of adaptation to DSIP. Results suggest that the physiological function of endogenous sl     

STATISTICAL PROPERTIES OF LONG-RANGE CONTACTS IN GLOBULAR PROTEINS

The analysis of residue-residue contacts in protein structures can shed some light on our understanding of the folding and stability of proteins. In this paper, we study the statistical properties of long-range and short-range residue-residue contacts of 91 globular proteins using CSU software and analyze the importance of long-range contacts in globular protein structure. There are many short-range and long-range contacts in globular proteins, and it is found that the average number of long-range contacts per residue is 5.63 and the percentage of residue-residue contacts which are involved in long-range ones is 59.4%. In more detail, the distribution of long-range contacts in different residue intervals is investigated and it is found that the residues occurring in the interval range of 4-10 residues apart in the sequence contribute more long-range contacts to the stability of globular protein. The number of long-range contacts per residue, which is a measure of ability toform residue-residue contacts, is also calculated for 20 different amino acid residues. It is shown that hydrophobic residues (including Leu, Val, Ile, Met, Phe, Tyr, Cys and Trp) having a large number of long-range contacts easily form long-range contacts, while the hydrophilic amino acids (including Ala, Gly, Thr, His, Glu, Gln, Asp, Asn, Lys, Ser, Arg, and Pro) form long-range contacts with more difficulty. The relationship between the Fauchere-Pliska hydrophobicity scale (FPH) and the number of short-range and long-range contacts per residue for 20 amino acid residues is also studied. An approximately linear relationship between the Fauchere-Pliska hydrophobicity scale (FPH) and the number of long-range contacts per residue CL is found and can be expressed as     

基于氨基酸成分分析与化学计量学的当归品质评价北大核心CSCD

采用全自动氨基酸分析仪测定30批不同产地当归药材中16种氨基酸的含量,结合主成分分析、聚类分析及判别分析评价当归中氨基酸含量的差异及其品质优劣。称取粉碎过筛后的样品1 g,加入0.1 mol·L^(-1)盐酸溶液30 mL,超声,冷却至室温后,用水定容至100 mL;分取1 mL,于50℃真空浓缩至近干,然后加入10 mL样品稀释液(pH 2.20),涡旋溶解,过0.22μm水系滤膜,按照仪器工作条件测定其中天冬氨酸(Asp)、苏氨酸(Thr)、丝氨酸(Ser)、谷氨酸(Glu)、甘氨酸(Gly)、丙氨酸(Ala)、缬氨酸(Val)、甲硫氨酸(Met)、异亮氨酸(Ile)、亮氨酸(Leu)、酪氨酸(Tyr)、苯丙氨酸(Phe)、赖氨酸(Lys)、组氨酸(His)、精氨酸(Arg)、脯氨酸(Pro)的含量。结果表明:16种氨基酸标准曲线的线性范围均为1~200μmol·L^(-1),检出限(3S/N)为0.02~0.04 mg·L^(-1),加标回收率为90.4%~98.2%,测定值的相对标准偏差(n=6)为1.3%~4.1%;30批当归样品中16种氨基酸总量为4.86%~10.70%,必需氨基酸总量为0.37%~2.71%,差异氨基酸为Gly和Met;采用主成分分析对16种氨基酸含量降维,共提取了5个主成分,累积方差贡献率为80.895%,30批当归样品的综合得分为-2.44~2.42,综合得分最高的是样品13^(#),最低的是样品29^(#);在此基础上分别进行了聚类分析和判别分析,聚类分析将30批当归样品聚为3类,样品28^(#)(云南)为一类,样品29^(#)(陕西)为一类,其余样品(四川、甘肃与青海)聚为一类,利用判别分析建立的典则判别函数模型对30个样品进行回判验证,正确判别率为100%。     

谷氨酰胺结合蛋白的分子动力学模拟和自由能计算

谷氨酰胺结合蛋白(Glutamine-binding protein, GlnBp)是大肠杆菌透性酶系统中一个细胞外液底物专一性结合蛋白, 对于细胞外液中谷氨酰胺(Gln)的运输和传递至关重要. 本文运用分子动力学(Molecular dynamics, MD)模拟采样, 考察了GlnBp关键残基与底物Gln之间的相互作用和GlnBp两条铰链的功能差别; 并采用MM-PBSA方法计算了GlnBp与底物Gln的结合自由能. 结果表明: Ph13, Phe50, Thr118和Ile69与底物Gln的范德华相互作用和Arg75, Thr70, Asp157, Gly68, Lys115, Ala67, His156与底物Gln的静电相互作用是结合Gln的主要推动力; 复合物的铰链区85～89柔性大, 对构象开合提供了结构基础; 而铰链区181～185柔性小, 其作用更多是在功能上把底物Gln限制在口袋中; 自由能预测值与实验值吻合. 本研究很好地解释了GlnBp结构与功能的关系, 为进一步了解GlnBp的开合及转运Gln的机制提供了重要的结构信息.     

Furcatin 水解酶的三维结构模建和与furcatin 的对接研究

利用同源模建和动力学模拟方法，模建了furcatin水解酶（FH）的三维结构．并在这基础上，分析了活性位点的组成和结构．研究了furcatin与FH的对接．结果表明，Ser84，Arg146，Thr189，Thr234和Gly372在复合物的形成过程中起重要的作用．其中，Ser84，Argl46和Thr189是在FH的活性口袋的二糖部分的亚单位一1中重要的氨基酸，Thr234和Gly372是亚单位-2中重要的氨基酸．     

小肽修饰的PAMAM树枝状化合物的生物活性

合成了甘氨酸 (Gly) 天冬氨酸 (Asp)组成的肽链Gly Asp、Gly Asp Gly Asp、Gly Asp (Gly Asp) 2 .分别将天冬氨酸及上述合成的肽链引入到聚酰胺 胺型树枝状化合物 (PAMAM)的表面 .对所得化合物进行了分子模拟 ,结果表明Gly Asp (Gly Asp) 2 肽链在PAMAM表面可形成接近于 β sheet的构象 .由实验得知 ,经Asp、Gly Asp、Gly Asp Gly Asp、Gly Asp (Gly Asp) 2 修饰的PAMAM树枝状化合物对抗坏血酸还原FeⅢ 细胞色素C(cytc)的反应有干扰作用 ,导致该反应速率下降 .这说明所合成的化合物与cytc有较好的结合能力 .特别是Gly Asp (Gly Asp) 2 修饰的PAMAM ,其与cytc的结合常数为 1 6ⅹ 1 0 5.     

血管紧张素转换酶与抑制肽结合模式的分子动力学研究

应用分子模拟方法研究了血管紧张素转换酶(Angiotensin-converting enzyme,ACE)C端结构域(C-domain)与两种抑制肽(RIGLF/AHEPVK)的结合机制,预测了两个体系的结合模式,提出在C-domain-RIGLF中His353,Asp377,Asp453,Phe457,His513,Tyr523和Phe527为RIGLF主要结合残基,而在C-domainAHEPVK中Gln281,His353,Ser355,Glu384,Lys511,His513和Tyr523等残基起关键作用.应用结合自由能计算比较了两个体系的结合能力,结果表明,RIGLF和AHEPVK均与C-domain活性位点残基存在较强作用,且AHEPVK对C-domain的结合能力较强,与实验结果一致.     

抗原肽与MHC分子相互作用QM/MM分子动力学模拟研究

在MHC I类(major histocompatibility complex class I)分子抗原加工提呈过程中抗原蛋白在抗原提呈细胞(antigen-presenting cells, APC)的胞浆中被蛋白酶体(proteasome)裂解成短肽peptide, 由转运相关蛋白(transporter associated with antigen processing, TAP)将蛋白酶体裂解产生的短肽片段从胞浆转运至内质网腔. 短肽peptide在内质网中与新生成的MHC I类分子结合, 形成peptide-MHC复合体被提呈到APC细胞表面, 与T细胞表面抗原受体(T cell receptor, TCR)特异性识别结合, 使得CTL细胞开始活化、增殖、分化, 进而对肿瘤细胞进行特异性杀伤. 目前对CTL细胞如何识别抗原肽-MHC复合物分子及抗原短肽peptide如何与主要组织相容性复合体MHC分子的相互作用识别结合的机理还不是很清楚. 传统的预测CTL细胞表位的方法没有考虑受体与配体结合过程中电子结构的变化, 电子结构的变化需要用量子力学方法来处理. 本文采用QM/MM多尺度生物大分子的分子动力学模拟方法, 以天然抗原肽TAX (LLFGYPVYVYU)与HLA-A*0201分子结合的晶体结构为模板, 替换抗原肽“锚点”氨基酸, 将口袋氨基酸残基的原子极化电荷在空间形成的静电势用电多极矩分量表示. 用箱线图分析每个口袋氨基酸分子静电势变化和功能, 确定Pocket B的Glu63和Lys66的功能是精细识别氨基酸和一级结合氨基酸, Pocket F的Asp77, Tyr84的功能是精细识别氨基酸, 而Asp77, Lys146是一级结合氨基酸, 表明QM/MM方法在提取抗原肽与MHC I类分子识别结合特异性信息是可行的, 这对了解免疫识别机理和指导肿瘤疫苗的开发都具有指导意义.     

铜Ⅱ化合物水解肌红蛋白活性位点的质谱研究

以铜(Ⅱ)化合物为金属模拟酶,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳研究它们对肌红蛋白的水解作用,利用高效液相色谱-电喷雾质谱的测量方法替代传统的N端氨基酸序列分析结合基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱或电喷雾质谱方法来检测得到的多肽片断分子量,据此确定水解反应的活性位点.结果得到分子量为10093.0,10388.0,6876.0和6581.0的4个片段,分别对应于Gly1-91,Gly1-Ala94,Ser92-Gly153和Thr95-Gly153, 表明Cu2+通过与肌红蛋白中His93的侧链配位,水解断裂位于其前后沿的第2个肽键,即:Gln91-Ser92和Ala94-Thr95,水解反应具有很高的选择性.位于His93前沿的活性位点特征与过去的研究结果一致,而His93后沿的活性位点,即His93-Ala94-Thr95序列中Thr95 N端是一个新位点.     

脂肪酰胺水解酶催化三联体膦酰化失活的机理：一个模型体系的理论研究

甲基花生四烯基氟代膦酸酯(MAFP)是脂肪酰胺水解酶(FAAH)的一个抑制剂. FAAH的丝氨酸241(Ser241)-丝氨酸217(Ser217)-赖氨酸142(Lys142)催化三联体被MAFP膦酰化后将导致FAAH失活. 本文采用B3LYP/6-311G(d,p)和MP2/6-311G(d,p)方法及一个简化的计算模型体系对这个膦酰化抑制反应进行理论研究. 考虑了两种反应途径. Path A涉及FAAH的催化三联体的所有残基, 是一个分步的加成-消除过程, 形成两性离子的三角双锥中间体, 其中第一步反应是决速步骤. 在这个反应途径中, Ser217和Lys142对亲核试剂Ser241起到碱催化活化的作用, 而Ser217充作Lys142和Ser241之间的桥梁. 此外, 溶剂中的一个水分子作为Lys142和MAFP间的“氢桥”具有关键的作用, 通过给出和接收质子促进了长距离的质子转移. Path B是催化三联体中的残基Lys142被突变为丙氨酸以后的膦酰化反应, 也是一个分步过程. 水的本体溶剂效应通过极化连续介质模型(PCM)估算. 计算结果显示膦酰化反应的Path A是优势途径, 在水溶液中其决速步骤的活化能垒为64.9 kJ·mol-1. FAAH催化三联体中残基Lys142的变异会降低膦酰化反应的速率, 这与实验结果相一致.     

分析测试新方法(197~203)毛细管电泳-间接紫外法用于太子参中的非衍生化氨基酸检测

建立了一种简单、快速测定赖氨酸(Lys)、脯氨酸(Pro)、亮氨酸(Leu)、丙氨酸(Ala)、组氨酸(His)、苏氨酸(Thr)、蛋氨酸(Met)、丝氨酸(Ser)和甘氨酸(Gly)的毛细管电泳-间接紫外检测方法.通过研究缓冲液的种类和浓度、缓冲液的p H等分离条件对被测组分分离度和灵敏度的影响,从而优化了分析条件.实验结果表明,用0.1mol/L氢氧化钠溶液调节14 mmol/L的对氨基苯磺酸至p H为11.2做为运行缓冲液,当分离电压为20 k V时,9组分在12 min内实现了完全分离.实验结果表明,方法能成功用于不同产地太子参药材中9种氨基酸的含量测定.方法重现性良好,迁移时间和峰高的RSD分别小于2.6%和4.5%(n=7).     

N-叔丁氧羰基-β-环己基天冬氨酸苄酯的合成

天冬氨酸侧链环己酯Boc Asp(OcHex) OBzl(Ⅰ)较苄基酯对酸稳定10倍以上,适于长链肽的合成;且可用甲磺酸温和脱除(0℃/1h);可承受温和的皂化、肼解及氢解反应;可显著降低含有天冬氨酸序列(如Asp Gly、Asp Ser等)的肽在合成过程中形成天冬酰亚胺(aspartimide)(即β 肽)的可能性[1]。我们从价廉易得的L Asp出发,经环己基化和Boc酰化制得Ⅱ[2],将Ⅱ苄基化,得到目标分子Ⅰ[1～6]。Ⅲ的酰化,用四氢呋喃(THF)、水为反应溶剂;Ⅱ的苄基化,试用过(1)PhCH2Br/THF/TEA/10～19℃(2)hCH2Br/EtOAc/TEA/reflux(3)PhCH2OH/DCC/HOBt/T…