拟南芥AtJ70的组织特异性表达及亚细胞定位

以野生型和PAtJ70∶GUS转基因拟南芥为材料,以定量PCR和GUS染色方法研究了拟南芥J-蛋白AtJ70的组织特异性表达.结果显示AtJ70基因在根、茎、叶、花和果实中都有表达,花和叶中表达最高,长角果和根中次之,茎中最低.此外,以AtJ70-mGFP4转基因拟南芥为材料,使用激光共聚焦显微镜研究了AtJ70的亚细胞定位.结果显示,AtJ70主要定位于细胞核中.     

雌激素受体α亚细胞定位及其与细胞生长的相关性

雌激素受体（Estrogen Receptor，ER）是核受体（Nucleus Receptor，NR）超家族成员，能够被其配体雌二醇（Steroid hormone17-β-estradiol，E2）激活．ER有两种亚型，ERα和ERβ，由4个不同的功能域组成．通过构建ERα的不同缺失突变体（ER△LBD、ER△DBD和ER△Hinge）来研究不同功能域对细胞增殖及在E2刺激下对ERα亚细胞定位的影响．结果表明，ERα呈核多浆少的分布，ER△LBD为核定位．ER△DBD为核多浆少分布，ER△Hinge则主要分布在胞浆．进一步分析表明，E2诱导的ERα入核是核定位序列（Nuclear Location Signal，NLS）依赖性．此外，我们还发现，ERα能够增强293T细胞增殖，且这种促增殖效应可能依赖于ERα在细胞核与胞浆的正常转运．     

小鼠蛋白质亚细胞定位预测

在构建小鼠蛋白质亚细胞定位和小鼠跨膜蛋白类型数据库的基础上,利用离散增量结合协变判别函数分别对小鼠蛋白质亚细胞定位和小鼠跨膜蛋白类型进行了预测.对小鼠蛋白质亚细胞定位数据库,Self-consistency检验和Jackknife检验预测成功率分别达到99.0%和75.6%;对小鼠跨膜蛋白类型数据库,Self-consistency检验和Jackknife检验预测成功率分别达到85.6%和77.5%.     

蛋白质亚细胞定位预测研究进展

蛋白质的功能与其在细胞中的定位有着密切的联系,新合成的蛋白质必须处于适当的亚细胞位置才能正确的行使其功能．预测蛋白质的亚细胞定位,在确定一个未知蛋白质的功能,了解蛋白质相互作用等方面有着重要的意义．机器学习方法在蛋白质亚细胞定位研究中扮演着一个重要的角色．笔者从数据集的构建、蛋白质序列特征提取方法、蛋白质亚细胞定位预测算法以及预测算法的性能评估等四方面总结了过去十几年间机器学习方法在蛋白质亚细胞定位研究中的应用情况,系统阐述了蛋白质亚细胞定位预测研究的进展．     

蛋白质亚细胞定位的序列分析

对SWISSPROT(2002年)数据库中经过筛选得到的12类亚细胞序列的氨基酸单个出现的概率、紧邻出现的概率进行统计和比较,结果表明,除个别类之间氨基酸单个出现的概率、紧邻出现的概率比较接近外,在大多数类之间氨基酸单个出现的概率、紧邻出现的概率是有明显区别的.     

水稻OsRRK1蛋白的进化分析及其亚细胞定位

水稻(Oryza sativa L.)OsRRK1(Rop-interacting receptor-like kinase 1)蛋白,属于类胞质受体激酶RLCK VI家族成员。通过将水稻的OsRRK1蛋白序列与小米、高粱、玉米、二穗短柄草、葡萄、苜蓿、大豆、棉花和拟南芥等9个物种的同源蛋白序列进行比对,发现OsRRK1蛋白与大多数植物的同源蛋白序列相似性都很高,特别是单子叶植物,相似性高达75%以上。依据NCBI公布的水稻OsRRK1的ORF(open reading frame)序列设计引物,从水稻籼稻品种Kasalath叶片cDNA中扩增得到目的片段,构建了OsRRK1:GFP融合瞬时表达载体,转化水稻原生质体对其进行亚细胞定位。激光共聚焦观察结果表明,水稻OsRRK1蛋白定位在细胞质中。     

热处理对HeLa细胞微管影响的研究

目的:用HeLa细胞作模型,研究热处理对肿瘤细胞微管的影响.方法:用不同温度(37°C、、40°C43°C和45°C)经不同时间(1h和2h)水浴处理培养的HeLa细胞后,分别即时用SABC法显示其微管.结果:与37°C相比,40°C处理后的HeLa细胞微管变化不大,43°C处理后,微管开始解聚,并随着作用时间的延长而加剧,45°C处理2h,微管组织中心消失.结论:高温能引起HeLa细胞微管呈现渐进式的解聚变化,微管组织中心具有较强的保护作用.     

运用小波分析对蛋白质进行亚细胞定位预测

基于传统的以20种氨基酸在蛋白质序列中的组分来预测蛋白质亚细胞定位的方法,运用了"离散小波变换"(Discrete Wavelet Transform,DWT)的数字信号处理技术,对蛋白质序列中氨基酸排序的特征进行提取,并与氨基酸百分组成相结合,对蛋白质亚细胞定位进行了预测.通过观察预测结果发现,引入氨基酸的排列顺序特征后,蛋白质亚细胞定位的预测正确率有了显著的提高.     

基于概率神经网络的蛋白质亚细胞定位

文章通过对氨基酸词频的分析，应用概率神经网络来自动地进行蛋白质亚细胞定位．对于真核生物蛋白质的预测精度达到了82％。对于原核生物的预测精度则达到了92%．而且对于蛋白质序列N端缺失的情况有很好的鲁棒性．     

马铃薯StHb1蛋白的亚细胞定位

为了研究马铃薯StHb1蛋白的亚细胞定位情况,采用RT-PCR技术克隆到马铃薯StHb1基因cDNA序列,并成功构建了StHb1基因与绿色荧光蛋白基因的融合表达载体pBI121-StHb1-GFP.利用农杆菌介导法将重组载体转化洋葱内表皮细胞,通过荧光显微镜观察融合蛋白的瞬时表达以确定StHb1蛋白在细胞内的分布.结果表明StHb1蛋白主要分布于细胞核中.     

超氧化物歧化酶的亚细胞定位及模拟研究

超氧化物歧化酶(简称SOD)是生物体内一种重要的自由基清除剂,文章综述了SOD研究的一些新进展:外周胞质SOD与细胞外SOD的生理功能及其亚细胞定位以及SOD的模拟研究.     

文昌鱼感光细胞中环核苷酸磷酸二酯酶的亚细胞定位

本文用电镜细胞化学的方法,在文昌鱼感光细胞中定位环核苷酸磷酸二酯酶(cNt-PDE).根据反应产物的沉淀颗粒分布特征,很明显该酶主要分布在微绒毛膜、管状结构膜和线粒体膜上;少量散布于细胞质的液相中.用无底物、无碱性磷酸酶或再加抑制剂的反应液作对照,证明所用的方法有特异性.愈远离微绒毛区,酶的反应产物愈少.在靠近微绒毛的色素细胞膜上也有串珠状的沉淀颗粒分布.感光细胞的突触末端也有较强的阳性反应.此外,还讨论了cNt-PDE亚细胞定位和意义.     

胡杨ARGONAUTE1基因克隆与亚细胞定位

以杨树基因组数据库为背景,采用逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)法,从胡杨中克隆得到了与拟南芥AGO1(At AGO1)基因同源的全长开放阅读框。测序结果表明:该基因开放阅读框为3 180 bp,编码由1 059个氨基酸残基组成的蛋白质。该蛋白质与At AGO1氨基酸相似性为79.51%,命名为Pe AGO1。推导Pe AGO1等电点和分子质量分别为9.45和117 ku,不含信号肽序列,推测Pe AGO1不是分泌蛋白。系统进化分析表明:胡杨Pe AGO1蛋白在进化上与桃(Prunus persica)、葡萄(Vitis vinifera L.)、巨桉(Eucalyptus grandis Hill ex Maiden)等木本植物亲缘关系较近,与单子叶植物玉米(Zea mays L.)、水稻(Oryza sativa)等亲缘关系较远。构建细胞定位检测载体35S∷GFP-Pe AGO1,采用原生质体转化法将其瞬时表达于84K杨树叶片中。激光共聚焦显微镜观察结果表明:Pe AGO1蛋白定位于细胞核中。     

革兰氏阴性菌中蛋白质亚细胞定位预测

根据革兰氏阴性菌蛋白不同亚细胞位置、其一级结构中氨基酸含量、氨基酸的关联性及亲疏水性的不同，利用最小离散增量的方法，分别以20个氨基酸组份、400个氨基酸二联体组份及氨基酸亲疏水性在蛋白质上的分布为参数构成离散源，对革兰氏阴性菌蛋白的5类亚细胞定位进行预测，分别用self—consistency方法和Jack-knife方法预测，均取得了较高的预测成功率．     

T细胞亚群及负调节因子对再障发病的影响

综述T淋巴细胞亚群的分布与活化异常、Th1/Th2细胞分布平衡及负调节因子IFN-γ、TNF-ɑ活化水平的改变与再生障碍性贫血发病的关系.     

EB1蛋白在调节微管动态、纺锤体定位和染色体稳定性中的作用

EB1(the end-binding protein 1)蛋白家族是一群广泛存在且高度保守的微管相关蛋白,存在于从酵母到人类的广泛的生物体中.它与微管正极和中心体结合,参与了绝大部分基于微管的生理过程,包括:维持细胞极性,调节染色体稳定性,有丝分裂纺锤体的定位,将微管锚定到成核位点.自从1995年,Su等人在人细胞中发现了EB1基因,各种生物体中EB1的同源物质被相继报道.十年来,人们通过对不同生物体的研究,试图揭开EB1在细胞中的分布以及它的生理功能.然而到目前为止,对于EB1的了解还非常有限.本文结合国外的研究成果,对EB1蛋白在调节微管动态、纺锤体定位和染色体的稳定性方面以及它与APC(the adenomatous polyposis coli)之间的相互作用作以综述.     

基于多特征融合的细胞特异性lncRNA的亚细胞定位预测

长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)在细胞生物学过程和疾病发展中扮演着关键性角色。由于lncRNA的亚细胞定位和其生物学功能密切相关,因此确定lncRNA的亚细胞定位具有重要意义。目前已有一些基于机器学习的方法来识别lncRNA的亚细胞位置,但在识别人类lncRNA的细胞特异性定位方面的相关工作仍然有限。该模型对人类细胞系lncRNA亚细胞定位问题进行了研究,提取了k-mer、CKSNAP、SRS和TSS特征信息,并对各类特征信息进行了融合,基于XGBoost和LightGBM结合的算法来预测人类细胞系lncRNA的亚细胞位置,并通过10倍交叉检验对模型进行了评估。结果表明,该模型预测人类细胞系lncRNA亚细胞定位的方法与现有的预测方法相比,预测成功率均有一定改进,其基准数据集的AUROC值最高达到92.26%。     

PCA方法在蛋白质亚细胞定位中应用

蛋白质的亚细胞定位与其生物功能密切相关,蛋白质数据库急剧膨胀,迫切需要设计出功能强大的高吞吐量的算法来预测蛋白质的亚细胞位置.许多预测工具都是基于伪氨基酸组成构建而成,应用一种数据分析方法——主成分分析(PCA)法,确定能反映序列次序效应的最优λ值.首先让λ取最大以包含尽可能多的序列次序信息,然后利用主成分分析法提取关键主特征.实验结果表明此方法能解决确定最优λ值困难的问题,且性能优于已有的预测工具.     

用离散量方法预测蛋白质亚细胞定位

根据蛋白质的亚细胞定位，将蛋白质分为四类，用离散量的数学理论，提出了预测蛋白质的亚细胞定位理论方法，利用蛋白质中氨基酸组分，通过计算离散增量和离散有限系数预测蛋白质的亚细胞定位，用self—consistency和Jackknife两种方法测试均获得较高的预测成功率。结果表明：蛋白质类中包含的蛋白质数越多，预测成功率越高。     

七鳃鳗PHB2的真核表达与亚细胞定位

以东北七鳃鳗心肌总RNA 反转录得到的cDNA为模板,PCR扩增 PHB2基因全长CDS区,并将其定向克隆至真核表达载体 pEGFP‐N1上,构建真核重组载体pEGFP‐N1‐Lm‐PHB2．提取重组质粒,去除内毒素,利用脂质体介导的方法转染CHL、HeLa和MCF‐7细胞,通过Western Blot检测转染后 Lm‐PHB2是否表达,Confocal观察EGFP融合蛋白在细胞中的表达及亚细胞定位．结果表明：PCR扩增片段与预期结果相符,双酶切和测序证明真核表达载体构建成功;Western Blot检测到Lm‐PHB2蛋白条带,Confocal观察到绿色荧光蛋白GFP ,证明真核重组载体成功表达;Lm‐PHB2蛋白主要定位在CHL细胞的细胞核,少量存在于基质和线粒体中,而在 HeLa和MCF‐7细胞中,Lm‐PHB2蛋白集中定位在细胞核中．本研究为七鳃鳗Lm‐PHB2的功能研究奠定了重要基础．