聚合酶键式反应生物芯片/微装置的实时定量荧光检测

以微电子机械系统技术而发展起来的聚合酶链式反应(Polymerase Chain Re-action,PCR)生物芯片/微装置,由于具有所需样品和反应混合物体积少,反应速度快以及集成化程度高等优点而日益引起人们的重视。实时定量PCR是利用能特异标记PCR产物的荧光染料来动态显示PCR产物的累积,从而得到PCR扩增曲线的技术。本文介绍了实时定量检测技术及其在PCR生物芯片/微装置中的应用。     

Taqman-MGB实时荧光PCR定量检测转基因玉米MON863

运用实时荧光聚合酶链式反应技术(polymerase chain reaction,PCR)对转基因玉米MON863进行品种特异性检测和定量分析。通过设计玉米内源基因和外源基因边界序列特异性引物和Taqman-MGB探针,验证了内源基因的物种特异性和外源基因边界序列的品种特异性。利用已知转基因百分含量的MON863玉米作为标准品,进行荧光定量反应,建立定量标准曲线,通过标准曲线对玉米样品MON863玉米成份进行含量分析。结果表明,该方法重复性好,检测特异性强,最低检测限浓度达到0.001 ng/μL,即14个拷贝。由于使用实时荧光PCR技术,检测周期短,操作简便,可广泛运用于转基因玉米MON863的进出口检测和转基因产品的含量分析。     

牛奶α-乳白蛋白基因实时荧光定量PCR检测方法的建立

采用Taqman探针技术,建立食品中牛奶过敏原α-乳白蛋白基因的实时荧光定量PCR检测方法。根据α-乳白蛋白基因序列设计特异性引物及Taqman探针进行PCR扩增,构建质粒,经酶切鉴定测序后,建立拷贝数(copies)-Ct标准曲线。成功克隆α-乳白蛋白目的基因,建立的标准曲线在1.12×103~1.12×108 copies范围内线性关系良好,灵敏度高,液体样品检测限达到1 000copies/mL,特异性强,稳定性好。该法可用于实际商品中牛奶过敏原α-乳白蛋白组分的定量检测。     

血液乙肝病毒基因检测

全世界每年死于乙型肝炎病毒相关疾病的人数已达60万人,应用荧光定量PCR法检测能够提高乙肝病毒基因的检出率,正确掌握该技术方法能够更加有效地进行疾病诊断和预防工作。基于此,研究针对荧光定量PCR法检测乙肝病毒基因的方法进行探讨。     

RT-PCR和RNA干扰方法用于检测卵巢癌iASPP基因的研究

用实时荧光定量PCR方法检测56对人卵巢癌组织及对应的癌旁组织中iASPP(Inhibitor of ASPP fami-ly)mRNA表达水平,应用受试者工作特征曲线(Receiver operating characteristic curve,ROC曲线)分析癌组织与癌旁组织中iASPP mRNA表达水平,探索iASPP在卵巢癌发生中的作用。从细胞水平进一步研究其作用机制,用siRNA干扰的方法使iASPP表达降低后用Hoechst 33342和CCK-8分别检测iASPP沉默后对人类卵巢癌细胞株OVCA420的影响。结果显示,卵巢癌组织中iASPP表达较癌旁组织明显增高;iASPP沉默后,细胞凋亡增多,细胞增殖水平降低。据此推断,iASPP mRNA水平对卵巢癌的临床诊断具有一定价值,可作为卵巢癌治疗的一个重要靶点。     

实时荧光聚合酶链式反应偶联高特异性核酸侵入反应检测单核苷酸多态性

建立了实时荧光聚合酶链式反应( PCR)偶联高特性核酸侵入反应检测单核苷酸多态性( SNP)的方法。优化了体系中flap核酸内切酶1(FEN1酶)和野生型检测探针等用量,确定了最佳反应条件,即FEN1酶用量为1.5 U,野生型检测探针用量为0.125μmol/L,0.5μmol/L Invader突变型检测探针,各0.25μmol/L通用野生型( VIC)和突变型( FAM)荧光共振转移发卡探针,显著降低了野生型样本和突变型样本背景信号,避免了背景信号对检测结果分型的干扰。采用本方法对编码乙醛脱氢酶2( ALDH2)基因ALDH2*2位点21例样本、细胞色素P4502C19基因CYP2C19*2和CYP2C19*3位点各19例样本进行分型检测,结果表明, AL-DH2*2位点GG纯合10例,GA杂合8例,AA纯合3例;CYP2C19*2位点GG纯合9例,GA杂合8例,AA纯合2例;CYP2C19*3位点GG纯合18例,GA杂合1例。使用焦磷酸测序进行验证,两种方法检测结果一致。本方法特异性好、操作简便、耗时短、成本低,可实现对SNP单管闭管无污染的分型检测。     

用于高度降解mRNA样本的非反转录基因表达量测定方法

许多生物样本(如石蜡包埋组织样本)中的mRNA易断裂为小片段,利用传统方法检测较困难。为了测定高度降解的mRNA,本研究针对待测mRNA短片段设计一对探针,当探针与待测模板杂交后,通过连接反应将两条探针5’与3’端相连,连接产物作为PCR扩增模板进行实时荧光定量检测,从而对待测mRNA进行定量测定。以人ACTB基因为待测靶标,通过测定不同浓度的待测靶标及与待测靶标序列不同的RNA片段,分别考察方法的灵敏度与特异性,并检测肺癌石蜡切片样本中ACTB基因的表达量,与传统的反转录定量PCR检测结果进行了对比。本方法的检出限为150 fmol/L,定量线性范围为150 fmol/L～300 pmol/L,并且具有良好的特异性。在对石蜡包埋组织样本中的基因表达量检测时,本方法扩增检测CT值比反转录实时定量PCR小,表明本方法更适合对高度降解的mRNA样本进行定量测定。     

复合式蝎形引物实时定量检测端粒酶延伸产物

针对端粒酶延伸产物中靶基因序列的特殊性,开发了一种可产生荧光的复合式蝎形引物,该引物的5'端带有可特异性检测靶基因的探针序列,PCR阻断剂将其与引物序列连接.当复合式蝎形引物延伸,探针序列与同一分子内的靶基因杂交,荧光信号产生.运用该技术,建立了定量检测端粒酶延伸产物的实时荧光PCR方法.该法可在快速PCR循环条件下,对0.15～1.50×10³ amol/μL范围内的样品进行定量检测,线性相关系数R²=0.9992.该法操作简便,无需PCR后额外的检测步骤.     

分子生物学手段检测转Bt基因棉花中Cry杀虫蛋白的定性和定量方法

建立了转Bt基因棉花中Cry杀虫蛋白的提取、样品前处理以及酶联免疫(ELISA)定量分析方法,并使用凝胶电泳、普通聚合酶链式反应(PCR)和实时荧光定量PCR等分子生物学手段对转基因棉花中的Bt基因进行定性和定量检测.所建立的苏云金芽孢杆菌杀虫晶体蛋白(Cry1Ab蛋白和Cry1Ac蛋白)标准曲线线性关系良好,相关系数r2均大于0.999,相对标准偏差RSD均小于2.0%.方法简单、快速、重现性和精密度好,可为农业食品行业和环境领域科研人员提供一种简便快速地从转基因棉花中检测Bt毒蛋白的分析方法.     

数字PCR技术的发展及应用

数字PCR(Digital PCR, dPCR)是继实时荧光定量PCR(Real-time quantitative PCR, qPCR)之后发展的高灵敏核酸绝对定量分析技术,通过把反应体系均分到大量独立的微反应单元中进行PCR扩增,并根据泊松分布和阳性比例来计算核酸拷贝数实现定量分析。与传统PCR技术相比,数字PCR 技术不依赖于标准曲线,具有更高灵敏度、准确度及高耐受性,可实现对样品的绝对定量分析。近年来,随着微流控技术日臻成熟,基于微流控技术的数字PCR技术得到了快速的发展,在基因突变检测、拷贝数变异检测、病毒微生物检测、转基因食品检测以及测序等方面均得到广泛的应用。本文对数字PCR的原理、技术发展和应用进行了概述。     

芝麻致敏原的实时荧光PCR检测

针对芝麻Sesamum indicum 2S albumin mRNA基因设计引物、探针,在实时荧光PCR仪上进行扩增、检测和分析.结果显示:该组探针和引物对芝麻有很强的特异性,除黑芝麻和白芝麻外,其余6种对照材料均未检测到荧光信号,黑白芝麻成分检测灵敏度达到0.1%.该方法具有灵敏度高、快速、简便的特点,可用于芝麻致敏原成分的定量检测.     

荧光PCR多通道实时定量检测仪研制成功

由科技部组织实施的食品安全重大科技专项荧光PCR多通道实时定量检测仪目前已完成研制工作，并于2005年6月21日经过专家委员会的鉴定。     

数字PCR在食品安全检测中的应用研究进展

聚合酶链反应(PCR)在动植物源掺杂鉴别、转基因成分和致病微生物等食品安全检测领域成为日趋重要的检测技术。从传统PCR、荧光PCR到数字PCR,PCR技术逐渐从定性分析、半定量分析发展到准确定量,不仅提升了准确度和检测效率,同时也扩展了食品检测范围,使食品安全的监管更加精细化。该文总结了近5年来数字PCR在食品安全检测中的研究进展,比较了传统PCR、荧光定量PCR和数字PCR的相关标准制订情况,列举、讨论了数字PCR在不同食品安全领域检测中的技术进展和存在的问题,并对数字PCR未来发展方向进行了展望。     

巴西果仁致敏原的实时荧光PCR检测

针对巴西果仁2Salbumin mRNA基因设计引物、探针,在实时荧光PCR仪上进行扩增、检测和结果分析.结果显示:该组探针和引物对巴西果仁有很强的特异性,除巴西果仁外,其余8种对照树果材料均未检测到荧光信号,巴西果仁成分检测灵敏度达到0.1%.该方法具有灵敏度高、快速、简便的特点,可用于巴西果仁致敏原成分的定量检测.     

用于无创产前诊断的SRY基因高灵敏高特异检测方法研究

通过检测母体外周血中胎儿游离DNA(cffDNA)的SRY基因,确定胎儿性别,可评估胎儿性连锁遗传病的发病风险,降低病儿出生率.本研究建立了高灵敏、高特异、闭管检测不易污染的实时荧光PCR偶联核酸侵入反应方法用于SRY基因的检测.通过优化反应体系中的检测探针浓度、FEN1酶用量、Taq酶用量及预扩增退火温度,确定了最佳的反应条件,即检测探针浓度为250 nmol/L、FEN1酶用量为7.5 U、Taq酶用量为0.5 U、预扩增退火温度为67℃.在最佳反应条件下,实现对含量低至4%(4 copies/μL)的模拟样本的检测,并成功检测两例孕期分别为9周和10周的临床实际样本.结果表明,所建立的方法可用于母体外周血cffDNA的SRY基因检测,为临床开展基于SRY基因的无创产前诊断提供了新方法.     

PFOS对哈维氏弧菌生长及外毒素基因的影响

探讨了全氟辛烷磺酸盐(PROS)对哈维氏弧菌密度及外毒素基因表达的影响.用含有不同浓度PFOS(5、50、500 mmol/L)的培养基培养哈维氏弧菌,分别在6、15、24 h取适量菌液,经4 000 r/min离心,磷酸盐缓冲液(PBS)洗涤3次,制成PBS菌悬液.采用实时荧光定量PCR检测其胞外蛋白酶、溶血素及保守...     

集成核酸提取的实时荧光PCR微全分析系统

集成核酸提取的实时荧光PCR微全分析系统将核酸提取、PCR扩增与实时荧光检测进行整合,在同一块微流控芯片上实现了核酸分析过程的全自动和全封闭,具有试剂用量少、分析速度快、操作简便等优点。本研究采用微机械加工技术制作集成核酸提取微流控芯片的阳极模,使用组合模具法和注塑法制作具有3D通道的PDMS基片,与玻璃基底通过等离子体键合封装成集成核酸提取芯片。构建了由微流体速度可调节(0~10 mL/min)的驱动控制装置、温控精度可达0.1℃的TEC温控平台、CCD检测功能模块等组成的微全分析系统。以人类血液裂解液为样品,采用硅胶膜进行芯片上核酸提取。系统根据设置好的时序自动执行,以2 mL/min的流体驱动速度完成20μL裂解液上样、清洗;以1 mL/min的流体驱动速度完成DNA洗脱,抽取PCR试剂与之混合注入到反应腔。提取的基因组DNA以链上内参基因GAPDH为检测对象,并以传统手工提取为对照,在该系统平台上进行PCR扩增和熔解曲线分析实验。片上PCR扩增结果显示,扩增曲线明显,Ct值分别为25.3和26.9。扩增产物进行熔解曲线分析得到的熔解温度一致,均为89.9℃。结果表明,此系统能够自动化、全封闭的在微流控芯片上完成核酸提取、PCR扩增与实时定量分析。     

基因芯片研究蟾酥急性毒性及配伍减毒机制

利用基因芯片技术研究蟾酥对大鼠心脏的急性毒性和其组方成麝香保心丸后的配伍减毒机制。通过表达谱芯片检测药物作用后的基因表达差异,对差异表达基因进行生物信息学研究并结合实时荧光定量PCR分析。结果表明低剂量蟾酥可以通过干扰离子稳态和肌动蛋白构建影响心脏的收缩,同时还会导致心脏细胞的抗凋亡和脂类代谢等应激反应;高剂量蟾酥除进一步干扰离子稳态和肌动蛋白构建外,还会引发铁离子蓄积,最终可能导致细胞凋亡;且蟾酥对心脏的影响具有剂量依赖性;蟾酥组方成麝香保心丸后,上述的影响均不明显,主要影响到血压调节和心肌修复等作用,体现了中药配伍的减毒作用。     

定量独享——Eppendorf全新荧光定量PCR耗材

Eppendorf最新推出专为定量PCR实验设计的twi n.tec荧光定量PCR板、8联管及MasterclearTM8联管盖。其独特的白孔和嵌入式管盖设计,可以帮您显著提高实验的灵敏度和重复性,并有利于开展微量体系的定量PCR。进行微量体系定量PCR最大的限度往往取决于管内的荧光强度。Eppendorf twi n.tec荧光定量PCR板及8联管的白孔设计,相比普通板或8联管的磨砂孔和透明孔设计,反射荧光的能力更强,可以将荧光信号强度提高10倍,从而提高实验的灵敏度。此外,白孔可以显著减少背景信号的干扰,提高实验结果的重复性和均一性。在定量PCR实验中,使用twi n.tec荧光定量PCR板和8联管,还可以降低探针的使用量,节省实验成本。而采用微量的反应体系,也是节约成本的一个好方法,不仅节省试剂,还可以节省珍贵的样本。Eppendorf MasterclearTM8联管盖为您的定量PCR带来进一步的优势,巧妙的嵌入式管盖设计,防止光学表面被刮伤或污染,并降低反应管的容量,减少蒸发。极薄的管盖设计,使透光率高达90%以上,方便在标准管中开展小反应体系的实验。(中国化工仪器网)定量独享——Eppendorf...     

基于微磁珠分离技术的适配体实时定量PCR检测方法

利用适配体的识别能力和可扩增性, 构建了基于微磁珠分离技术的适配体实时定量聚合酶链式反应(PCR)检测方法. 通过微磁珠偶联的互补链与适配体序列之间的碱基配对结合, 有效除去溶液中未与靶分子结合的适配体序列, 采用实时定量PCR技术测定上清液中结合态的适配体序列浓度, 从而间接实现对靶分子的定量检测. 分别选取代表生物大分子和有机小分子的凝血酶和ATP作为检测对象, 验证了该方法的普适性. 研究结果表明, 在获取特异性适配体序列后, 仅需简单优化其互补链序列, 即可对超低含量的凝血酶和ATP进行准确定量, 检出限分别为50 pmol/L和5 μmol/L. 该方法具有同时适用于高特异性和高灵敏度地检测生物大分子和有机小分子的优势.