背瘤丽蚌繁殖特征及钩介幼虫形态

2004～2007年间,对鄱阳湖背瘤丽蚌(Lamprotula leai)种群组成、繁殖特性和钩介幼虫形态进行了研究。从背瘤丽蚌种群壳长组成看,优势壳长组为41～70mm,占总个体数的74.93%,年龄范围3～6龄。和历史资料比较,鄱阳湖背瘤丽蚌种群趋于小型化,低龄化。背瘤丽蚌主要繁殖特征为:雌雄异体,自然种群性比为11;最小性成熟个体雄性38mm,雌性34mm。繁殖周期为1年1次,繁殖期为2月中旬至5月,3～4月初为妊娠高峰期。繁殖力为115～504千粒/个(均值(328.09±145.73)千粒/个)。背瘤丽蚌育儿囊为四鳃型,钩介幼虫侧面观为半椭圆形,无壳钩,具4对感觉毛。     

三角帆蚌钩介幼虫体外培养及变态稚贝的形态变化

以超纯水为对照,利用普通温控培养箱,在(24.0±1.0)℃条件下对三角帆蚌钩介幼虫进行了15d的体外培养实验.结果显示:钩介幼虫排出体外24h内存活率显著下降为50.7%(p=0.006);A组(MEM高糖)、B组(RPMI1640)、C组(MEM 199)幼虫变态率分别为(7.5±3.9)%、(13.3±12.0)%、(42.1±10.0)%;D组(L-15)的幼虫变态率最高,为(66.1±3.8)%,极显著高于C组(p=0.007).相关分析表明,培养液中葡萄糖含量与钩介幼虫变态率存在显著负相关(r=-0.886).利用光镜和扫描电镜对体外培养变态发育的稚贝形态观察发现:稚贝双壳表面圆形凹陷数量和深度比幼虫显著减少,双壳边缘外套膜增厚,在外套膜、斧足表面分布有大量乳状突起,但形态不同.体外培养稚贝的外部形态和内部器官均发生了显著改变,完成了变态发育过程.     

浙江沿海大弹涂鱼、弹涂鱼的线粒体COI基因序列差异及其系统发育

为探讨浙江沿海大弹涂鱼和弹涂鱼线粒体细胞色素氧化酶I号(COI)基因序列差异及其系统发育, 对两者进行了COI扩增、测序和分析. 结果显示: 扩增得到大弹涂鱼、弹涂鱼COI基因序列长度分别为1554bp和1556bp; 大弹涂鱼和弹涂鱼COI基因序列中, 所占比例(分别为55.8%和56.0%)均高于 所占比例(分别为44.2%和44.0%); 大弹涂鱼和弹涂鱼的种内平均遗传距离分别为0.002和0.003, 两者的种间遗传距离为0.183. 构建的系统发育树显示, 大弹涂鱼与红狼牙虾虎鱼、孔虾虎鱼、犬齿背眼虾虎鱼聚为一簇(大弹涂鱼COI序列与三者的同源性分别为91.0%、92.0%和88.0%), 弹涂鱼与青弹涂鱼聚为一簇(两者COI序列同源性为99.0%)后与大弹涂鱼所在的簇相聚. 研究结果可为探讨大弹涂鱼、弹涂鱼的系统发育及建立基于COI序列的弹涂鱼类鉴定方法提供参考资料.     

泥蚶线粒体COI和16S rRNA基因片段序列研究

采用PCR技术扩增了泥蚶线粒体DNA的COI和16S rRNA基因片段,PCR产物经T载体连接后进行克隆、测序,用MEGA version 3.0软件计算这2个基因片段序列碱基组成.结果显示：COI和16S rRNA基因删除引物序列后分别得到660bp和548bp的核苷酸序列,T,C,A和G碱基含量分别为40.4%,14.7%,20.6%,24.3%和23.2%,25.9%,30.3%,20.6%.COI和16S rRNA基因片段对泥蚶不同地理种群的遗传分化的研究具有一定的应用价值.     

蛙虹彩病毒一个晚期基因的鉴定

从沼泽绿牛蛙虹彩病毒(Rana grylio virus,RGV)基因组中克隆了十四烷基化膜蛋白(myristylated membrane protein,MMP)基因的全部编码区,序列分析表明,RGV romp基因全长972 bp,编码一个长为323 aa,分子量为35×103的蛋白.氨基酸同源性比对分析,与同为蛙病毒属的其他病毒的相应蛋白同源性都在64%以上.构建重组表达载体,进行了原核表达,获得一条约53×103的融合蛋白,并制备出抗血清.通过RT-PCR和Western blot分析确定了RGV感染过程中mmp基因的表达时序,检测到感染4 h有转录,感染6 h有表达,且持续到感染48 h.用蛋白合成抑制剂放线菌酮(CHX)和DNA复制抑制剂阿糖胞苷(AraC)分别作为蛋白合成和病毒DNA复制的抑制剂进行药物抑制实验,鉴定出mmp是蛙虹彩病毒RGV的一个晚期基因.     

果蝇heix基因启动子的分析及其转录活性鉴定

采用生物信息学的方法,综合运用启动子预测工具Promotor Scan1.7和BDGP(neural network pro-moter prediction)分析了目标序列的启动子特征,以果蝇基因组DNA为模板扩增出heix基因启动子候选序列连接至pMD19T载体,构建了荧光素酶报道基因重组质粒pHeixpromoter-Luc,转染果蝇S2细胞表达荧光素酶,并测定了荧光素酶的活性.预测出4个候选的heix基因启动子序列,发现存在ATF、MLTF、c-fos_US5等多种转录因子调控基序;成功构建了pMD19T-Heixpromoter和pHeixpromoter-Luc重组质粒.与肌动蛋白启动子(actinp romoter)相比,pHeixpromoter-Luc表达出的荧光素酶也有较强的活性.本研究找到了果蝇heix基因启动子候选序列,并发现多种转录调控元件,其荧光素酶报告基因实验说明果蝇heix基因启动子与肌动蛋白启动子有相当的转录活性.     

基于线粒体co I 基因探讨无尾目10个科的分子系统关系

运用PCR技术和相关生物软件，对大头蛙Limnonectes kuhlii和脆皮大头蛙Limnonectes fragilis的线粒体coⅠ基因全序列进行了测定与分析．结合GenBank上已公布的无尾目10个科22个物种的同源序列，以爬行纲楔齿蜥Sphenodon punctatus和密河鳄Alligator mississippiensis为外群，基于核苷酸序列（选取前两位密码子）和氨基酸序列两种数据形式，分别构建NJ树和MP树．结果表明：系统树将无尾目10个科分为两大支，一支为新蛙亚目Neobatrachia的5科15个物种，一支为古蛙亚目Archaeobatrachia的5个科9个物种（其中包括锄足蟾科Pelobatidae和负子蟾科Pipidae），并推测这两个亚目均为单系群．古蛙亚目一支内的盘舌蟾科Discoglossidae与铃蟾科Bombinatoridae亲缘关系较近；新蛙亚目内蟾蜍科Bufonidae与雨蛙科Hylidae，蛙科Ranidae与树蛙科Rhacophoridae两两亲缘关系较近．蛙科中泽陆蛙Fejervarya limnocharis与大头蛙属3个种首先形成姐妹群，表明其较近的亲缘关系，同时推断大头蛙与福建大头蛙Limnonectes fujianensis亲缘关系近于脆皮大头蛙．     

池蝶蚌(Hyriopsis Schlegelii)线粒体DNA COII基因的序列分析

用细胞色素氧化酶Ⅱ基因特异性引物,对人工选育后的F3代池蝶蚌的线粒体细胞色素氧化酶Ⅱ基因进行PCR扩增和双向测序,在10个个体中均得到序列一致的细胞色素氧化酶Ⅱ基因序列,长度为681bp;A、T、G、C含量分别为19.4%(132个)、30.4%(207个)、38.9%(265个)和11.3%(77个),A+T含量(58.3%)明显高于G+C(41.7%)含量,与其它淡水珠蚌科种类相同基因片段的碱基含量相似;密码子上4种碱基使用出现偏倚性,密码子第1位上碱基G使用率高达38.8%,碱基T为29.5%;密码子第2位上碱基T的使用率为38.8%,碱基C的使用率低至15.9%;密码子第3位上碱基T的使用率高达48.5%,而碱基C的使用率仅为4%;第3位碱基T的使用率比第二位高,这种递增现象也出现在高等无脊椎动物昆虫的COⅡ上。BLAST结果显示池蝶蚌COⅡ与三角帆蚌具有较高的同源性,相似性为95%,MP法构建的分子系统进化树表明这两种淡水珍珠育珠蚌的亲缘关系最近。     

LTB-hpaA融合基因原核表达产物的鉴定及其免疫保护作用

分别从幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)临床菌株Y06和大肠杆菌44851株DNA中扩增ltB和hpaA基因,构建ltB-hpaA融合基因及其原核表达系统,鉴定其表达产物的免疫原性、佐剂活性及其对Hp SS1株感染小鼠的保护作用.采用PCR分别从上述菌株DNA中扩增hpaA基因和ltB基因片段,构建ltB-hpaA融合基因,T-A克隆后测定核苷酸序列.采用质粒pQE32和宿主菌E.coli M15构建ltB-hpaA融合基因表达系统,并用不同浓度的IPTG诱导表达.采用western blot和GM1-ELISA鉴定表达产物的抗原性、免疫反应性和佐剂活性.建立HpSS1株感染BALB/c小鼠模型,检测rLTB-HpaA的免疫保护效果.采用ELISA检测125例胃、十二指肠粘膜活检标本尿素酶阳性患者血清中HpaA抗体和41株Hp临床菌株HpaA表达情况.与GenBank登录的相关序列比较,所构建的ltB-hpaA融合基因核苷酸序列同源性分别为94.25%～99.71%和95.38%～99.19%.所构建的表达系统pQE32-ltB-hpaA-M15的目的重组蛋白(rLTB-HpaA)表达量高达细菌总蛋白的1/3左右.rLTB-HpaA能与Hp全菌抗体发生结合反应,免疫家兔能产生特异性抗体.GM1-ELISA结果显示rLTB-HpaA能与牛GM1结合.rH-paA免疫小鼠的保护率仅为66.7%,rLTB-HpaA免疫小鼠的保护率可增至83.3%.81.6%患者血清(102/125)HpaA抗体检测结果阳性,所有菌株均含有HpaA.本文成功地构建了itB-hpaA融合基因高效原核表达系统,所表达的rLTB-HpaA有良好的免疫原性和佐剂活性,并对Hp感染小鼠有较强的免疫保护作用.     

ltB-ureB融合基因原核表达系统的构建及其产物免疫性和佐剂活性的鉴定

构建ltB-ureB融合基因原核表达系统并对其表达产物的免疫性和佐剂活性进行鉴定.采用PCR和T-A克隆法从幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)临床菌株Y06和大肠杆菌44851株DNA中获得了ureB和ltB全长基因扩增片段及其克隆,并构建了ltB-ureB融合基因及其原核表达系统pET32a-ltB-ureB-E.coli BL21DE3.在E.coli BL21DE3宿主菌中用不同浓度的IPTG诱导表达,并用Hp全菌抗体的Western blot、ELISA以及GM1ELISA分别证实了目的重组蛋白(rLTB-UreB)的免疫性和佐剂活性.与报道的相关序列比较,所克隆的ureB和ltB核苷酸序列同源性分别为96.88%～97.82%和99.12%～99.71%,氨基酸序列同源性为99.65%～99.82%和97.58%～99.19%.0.1～1.0 mmol/L的IPTG均能有效地诱导目的重组蛋白rLTB-UreB的表达,该蛋白主要以包涵体形式存在,其产量约为细菌总蛋白的35%.Western blot结果证实rLTB-UreB不仅能与商品化的Hp全菌抗体结合,免疫家兔后也能产生特异性抗体,表明rLTB-UreB有良好的免疫反应性及抗原性.GM1-ELISA结果显示rLTB-UreB能与牛GM1结合,表明rLTB-UreB有佐剂活性.以兔抗rLTB-UreB为一抗,发现所检测的109株Hp临床分离菌株均表达UreB;以rLTB-UreB为包被抗原,发现所检测的125例Hp感染者血清中均存在UreB抗体;表明UreB广泛存在于不同的Hp菌株中,并有很强的抗原性,也提示rLTB-UreB确有自然表达UreB的抗原特异性.本文成功地构建了LTB-UreB融合基因原核高效表达系统,所表达的LTB-UreB融合蛋白有良好的免疫性和佐剂活性,为Hp基因工程疫苗的产业化奠定了坚实的基础.     

弯弓蚌螨(Unionicola arcuata)线粒体12 S rRNA基因的序列分析

用线粒体12 S rRNA基因特异性引物,对鄱阳湖地区褶纹冠蚌内弯弓蚌螨的线粒体12 S rRNA基因进行PCR扩增和双向测序,经校对拼接后,获得全长为648 bp的弯弓蚌螨12 S rRNA基因全序列。A、T、G、C 4种碱基的平均含量分别为49.1%、25.6%、8.5%、16.8%,平均A+T含量(74.7%)明显高于G+C     

基于群智能和冲突规避策略的基因-基因交互作用检测方法

针对当前检测基因-基因交互作用方法中存在的一些缺陷,提出一种基于群智能和冲突规避策略的基因-基因交互作用检测方法（DEIBSC）.以SNP（single nucleotide polymorphism）为研究对象,从大量SNP中选出具有显著基因-基因交互作用的SNP组.初始化多个SNP组作为初值,同时产生多条搜索路径,利用得分单调递增原则寻找问题的解,通过冲突规避策略和群智能动态调整搜索路径的方向,使得到的解更能反映基因-基因交互作用在基因组范围内分布的情况.在仿真数据和真实数据上的实验证实,本文方法在统计能力上可以和SNPHarvester方法相比,在效率上有明显优势,得到的结果能够更广泛地代表基因-基因交互作用在基因组的分布.     

5种体色瓯江彩鲤线粒体COII基因的序列差异和遗传标记研究

利用PCR方法扩增获得瓯江彩鲤（Cyprinus carpio var．color）线粒体DNA的COⅡ基因,测定该基因片段序列．分析了瓯江彩鲤“全红”、“粉玉”、“粉花”、“麻花”和“大花”共20只个体的序列核苷酸位点差异和遗传多态性．结果表明,“大花”和“全红”遗传多样性最为丰富,“粉花”的遗传多样性相对贫乏．在长度为604bp的基因片段中,共检测到9个多态性核苷酸位点（占1．49%）,20只个体具有4种基因型,5种体色各自的平均核苷酸位点差异分别为0．38％、0．2％、0、0．13％和0．47％．UPGMA分子系统聚类树显示,“粉花”、“麻花”和“粉玉”的遗传关系接近;“全红”相对独立成一支,与其他4种体色瓯江彩鲤的遗传关系较远．COⅡ基因可以作为区分三分支群体的遗传标记．     

5种体色瓯江彩鲤线粒体COⅡ基因的序列差异和遗传标记研究

利用PCR方法扩增获得瓯江彩鲤（Cyprinus carpio var．color）线粒体DNA的COⅡ基因,测定该基因片段序列．分析了瓯江彩鲤“全红”、“粉玉”、“粉花”、“麻花”和“大花”共20只个体的序列核苷酸位点差异和遗传多态性．结果表明,“大花”和“全红”遗传多样性最为丰富,“粉花”的遗传多样性相对贫乏．在长度为604bp的基因片段中,共检测到9个多态性核苷酸位点（占1．49%）,20只个体具有4种基因型,5种体色各自的平均核苷酸位点差异分别为0．38％、0．2％、0、0．13％和0．47％．UPGMA分子系统聚类树显示,“粉花”、“麻花”和“粉玉”的遗传关系接近;“全红”相对独立成一支,与其他4种体色瓯江彩鲤的遗传关系较远．COⅡ基因可以作为区分三分支群体的遗传标记．     

基于基因序列的乙型肝炎病毒基因分型方法的比较

采用3种不同的生物信息分析法对HBV S基因序列进行分析以鉴定HBV基因型,并比较分析各方法的优缺点。采集10例HBV慢性感染者血清,抽提HBV DNA,PCR扩增HBV S基因并测序。分别采用Clustal X软件和Bioedit软件计算S基因核苷酸和氨基酸同源性;DNAstart软件、Clustal X软件和Mega 4软件绘制S基因遗传进化树;以及在线Genotyping软件,将10例S基因序列与不同型及亚型HBV S序列比较以鉴定基因型及亚型。S基因核苷酸和氨基酸同源性计算结果显示1,3,4,5,7,8,9,10号标本与B2AF121243同源性最高,核苷酸同源性分别是98.0%,99.0%,98.8%,99.1%,99.2%,99.5%,99.5%,99.6%,而2号标本与C2 M38636同源性最高,核苷酸同源性为97.7%,6号标本与C4GQ377630同源性最高,核苷酸同源性为97.3%;构建系统树法鉴定结果为1,3,4,5,7,8,9,10号标本与B2AF121243进化距离最近,而2号标本与C2M38636进化距离最近,6号标本与C4GQ377630进化距离最近;Genotyping比对发现1,3,4,5,7,8,9,10号标本属于B基因型,2,6号标本属于C基因型。结论S基因核苷酸及氨基酸同源性的计算法可有效用于乙型肝炎病毒基因分型,是对现有分型方法系统树构建法以及在线Genotyping法的补充。     

表达5aG株狂犬病毒糖蛋白基因的重组痘苗病毒的构建及鉴定

采用同源重组的方法，将５ａＧ株狂犬病毒糖蛋白基因插入天坛株痘苗病毒基因组ＴＫ区段，置于痘苗病毒晚期启动子Ｐ１１控制之下，通过筛选，得到一株重组病毒ＶＶａＧ，实验结果表明：该株病毒可表达５ａＧ株糖蛋白基因，表达产物位于感染细胞膜表面，分子量６４×１０３，并可与抗狂犬病毒糖蛋白单抗特异结合，用ＶＶａＧ免疫小鼠，可诱导机体产生抗狂犬病毒中和抗体，抵抗致死剂量狂犬病毒的攻击，中和抗体滴度在免疫后１４ｄ达到高峰，为１５６０．     

金属离子和热激处理对菊芋(Helianthus tuberosus L.)类金属硫蛋白基因htMT2表达的影响

使用不同金属离子及热激对菊芋进行了处理，并对菊芋不同组织器官中类金属硫蛋白基因(htMT2)mRNA水平的变化进行了研究．结果表明，htMT2在根中不表达，而且其表达不受金属离子的影响．Cu^2 降低叶中htMT2的表达，Cu^2 浓度与茎、叶中的htMT2 mRNA水平呈负相关性．在低浓度范围内，Zn^2 浓度与茎、叶中的htMT2 mRNA水平呈正相关性，而在高浓度范围内，Zn^2 浓度与htMT2 mRNA水平呈负相关性．Ca^2 对叶中htMT2表达的影响与Zn^2 的作用相似，但Ca^2 诱导茎中htMT2 mRNA水平升高．热激处理对不同组织中htMT2的表达无显著影响．研究的结果表明，htMT2表达受金属离子影响的特征与植物MT基因一致，进一步证实了我们前期工作中分离到的htMT2是一个新的植物MT基因．     

基于线性残差独立性测试的致病基因检测

使用因果推断相关的机器学习方法辅助检测致病基因时,作为因果推断的核心工具,条件独立性(CI)测试算法在高维生物数据场景中往往存在时间复杂度高以及准确性低等问题。为此,提出一种融合偏相关测试与线性残差独立性测试算法,压缩CI测试条件集的搜索空间,同时提高准确率。设计一种因果推断策略,在减少冗余CI测试的同时结合V结构与因果函数模型的优点,在应用于真实癌症数据的致病基因检测场景中可以区分Markov等价类,找到真正的因果关系。实验结果表明,提出的算法有较好的致病基因检测性能。     

浙江省患病凡纳对虾副溶血弧菌的分离、鉴定及毒力基因分析

对浙江省发病凡纳对虾进行了弧菌分离、鉴定, 对分离菌株进行了API-20E生化鉴定, 不耐热毒素基因tlh、致病基因tdh、trh和毒力基因pir的PCR检测, 以及高致病性副溶血弧菌对小鼠致病性研究结果显示, 150个分离菌株中共检出tlh基因菌株61株(40.67%), ap阳性菌株21株(14.00%); 189个固定样品中检出副溶血弧菌阳性样品108个(57.14%), ap阳性样品24个(12.70%); 所有tlh阳性样品中均未检出tdh、trh毒力基因; ap阳性副溶血弧菌灌胃小鼠死亡率为20%, 且其培养上清液有弱溶血效价. 表明副溶血弧菌在浙江省凡纳对虾弧菌感染中占有重要地位, 高致病性副溶血弧菌在副溶血弧菌中占较高比例, ap阳性副溶血弧菌对小鼠具有一定毒力和溶血性.     

基于全相位频谱分析的基因识别算法研究

为对未知基因序列的编码区进行预测, 利用基因编码区存在的频谱3-周期性质, 在传统的固定窗口长度滑动窗算法的基础上, 提出了一种改进型的基因识别算法. 新算法将全相位谱分析技术与多采样率数字信号处理技术相结合, 有效地降低了传统滑动窗算法中存在的截断效应, 减少了计算量并且可实现流水线操作. 最后通过计算机仿真将该算法所得结果与其他识别算法所得结果相比较, 结果表明该算法在核苷酸水平上有较高的预测准确性.