四个不同来源途径玉米自交系的DNA指纹分析

利用SSR分子标记技术,对不同来源的四个玉米自交系65232、Mo17、P138、917进行DNA指纹检测.检测了75对引物,其中Bnlg1439、Bnlg197、Phi126等8对在谱带位置或数量上已出现差异.分析表明,自交系在使用过程中已发生分化或遗传漂移,在自交系提纯复壮中可以利用这8个标记进行辅助选择育种.     

应用RAPD技术构建绞股蓝DNA指纹图谱

以不同类型绞股蓝(Gynostemma Pentaphyllum,(Thunb)Makino)DNA为模板,进行RAPD反应条件的优化及RAPD结果分析.最终筛选的RAPD反应条件为:20μL PCR反应体系中包括了10×buffer2.0μL,Mg2 2.0 mmol/L,dNTP 0.2 mmol/L,引物0.5 mmol/L,Taq酶1U,模板DNA 50 ng.反应程序为94℃3 min→(94℃30 s→38℃40 s→72℃1 min)45个循环→72℃10min→4℃保持,并从66条随机引物中筛选出5条带型丰富、适合于绞股蓝分析的随机引物.以这5条随机引物对不同类型绞股蓝进行RAPD扩增,识别其特征性多态位点,建立分子标记检索表.     

大熊猫亲子鉴定：DNA指纹技术的应用

以大熊猫１０个家系，２０只个体的被毛为材料，辅以血液，精液，作ＤＮＡ指纹图谱的对比分析，结果表明：在同一大熊猫个体的被毛和血液，被毛和精液，血液与精液组织检测，其ＤＮＡ指纹图谱完全一致；大熊猫多雄配一雌及一雄配一雄，所产任一代个体的ＤＮＡ指纹图谱中，其杂交带都分别来自父亲和母亲，或父母亲，没有新带出现，准确无误地确定了１０个家系子代的真父，排除了非父；三只大熊猫双胞胎中６只子代个体的ＤＮＡ指纹图谱     

伏翼DNA指纹谱探针的筛选

以人工合成的向卫星序列（ＧＴＧ）５、（ＧＴ）８、（ＣＡＣ）５和人源上卫星３３．１５做引物,首次随机扩增了伏翼的基因组ＤＮＡ,从多态性ＤＮＡ片段回收８条特异性片段,即（ＧＴＧ）５ａ、（ＧＴＧ）５ｂ、（ＧＴ）８ａ、（ＧＴ）８ｂ、（ＣＡ）５ａ、（ＣＡＣ）５ｂ、３３．１５ａ和３３．１５ｂ。与被标记过的基础组ＤＮＡ做探针斑点杂交结果表明,８个片段中（ＧＴＧ）５ａ、（ＣＡＣ）５ａ和３３．１５ａ产生了阳性信号,     

两个绵羊品种多位点DNA指纹的研究

利用3种限制性酶HindⅢ,HaeⅢ,HinfⅠ和3种微卫星及小卫星DNA探针(GTG)5,(TG)n,M13检测了2个绵羊品种基因组DNA的多样性.结果表明,具有个体特征的DNA指纹获得依赖于酶/探针的结合.HaeⅢ,HinfⅠ和3种探针都可产生丰富的DNA指纹带谱.DNA指纹表现了高度的个体特异性和多样性,这种多样性表现在带纹的数目、强度和带纹的分布区域上.HindⅢ与3种探针的结合都不能产生清晰的DNA指纹带谱.以特定片段长度区域统计了带纹的相似率,在HaeⅢ/(TG)n组合中,黑头绵羊的平均带纹相似率为0.34,欧洲盘羊为0.50.根据带纹相似率,估算了群体平均杂合度为0.83~0.90.用HaeⅢ/(TG)n组合的指纹相似率,估算了两品种间的相似性指数(0.89)和遗传距离(0.29).     

指纹技术与DNA指纹技术中的问题分析

指纹技术与DNA指纹技术作为个人识别技术,虽在社会各领域发挥着重要作用,但也确实面临一些共同的问题,不应忽视。如赖以评估鉴定结论客观性的统计学基础数据不充分,匹配标准不够客观和统一,削弱了鉴定结论的准确性和客观性;以往研究和数据库中的技术方案及指标不统一、不规范,限制了信息的远程交换,数据库的巨大效应也难以发挥。     

基于优质早籼稻品种佳辐占的遗传图谱的构建

以优质常规稻佳辐占为父本,分别以广陆矮4号和明恢86为母本,构建两个重组自交系(以下简称为“广佳”群体和“明佳86”群体).利用559对简单重复序列(SSR)引物对亲本进行多态性分析,获得佳辐占和广陆矮4号、佳辐占和明恢86亲本间有差异的引物分别201对和186对,多态率分别达35.95%和33.33%.利用这些引物构建了两张水稻遗传图谱,其中广佳图谱包含127对SSR标记,全长约1 015.7 cM,平均标记间距为8 cM;明佳86图谱包含131对SSR标记,全长约1 263.6 cM,标记平均间距为9.6 cM.遗传图谱的构建便于研究佳辐占优质性状的遗传规律、外观品质性状间的内在关系,以期为分子标记辅助选育细长、大粒、优质的水稻新品种打下基础.同时,这是两个基于重组自交系的图谱,可长期用于群体内各种性状的遗传规律分析及QTL定位.     

四川9个黑山羊品种(群体)的DNA指纹分析

以寡核苷酸探针(CA/GATA/TCC)_5/HinfI酶切,研究四川9个黑山羊品种(群体)的DNA指纹图谱。结果表明,在供试黑山羊中,个体平均可检测出18.4±1.18条谱带,未发现有共同的谱带,亦未检出性别特异谱带。9.0kb和2.2kb为建昌黑山羊共有谱带,9.0kb为金堂黑山羊共有谱带,9.0kb、6.2kb和5.5kb为白玉黑山羊共有谱带,其余各黑山羊品种(群体)内无共有谱带。9个黑山羊品种(群体)内相似系数为0.420～0.560;遗传距离为0.380.0.560,其中合江黑山羊、江安黑山羊、自贡黑山羊间(0.380～0.390)、,金堂黑山羊和乐至黑山羊间(0.384)均较小,白玉黑山羊分别与其他8个黑山羊品种(群体)间(0.450～0.560)较大。     

DNA序列拼接中重复序列屏蔽的一种新方法

针对序列拼接中的重复序列问题,提出了一种基于快速沃尔什变换的重复序列屏蔽方法．根据快速沃尔什变换的特点,快速给出重复序列所在的可能位置信息,从而快速识别重复序列且加以屏蔽．该方法不仅识别重复序列的错误率低而且大大降低了cPu运行时间,计算也简单易行,最后给出了模拟分析．     

柴胡与4种伪品的DNA指纹研究

目的建立中药柴胡及其常见伪品数字指纹,并用于柴胡鉴别研究.方法采用改良CTAB法、SDS法和改良SDS法提取柴胡及其伪品基因组DNA,随机引物PCR扩增,琼脂糖凝胶电泳分离PCR扩增产物,对琼脂糖凝胶电泳结果进行数字处理.结果改良SDS法提取DNA纯度优于SDS法和改良CTAB法;琼脂糖凝胶图谱转化成数字指纹.结论运用改良SDS法能够提取到纯度较高的基因组DNA,数字指纹更直观、易懂.     

豇豆SSR标记在豌豆中的可转移性与应用初探

利用豇豆SSR引物筛选在豌豆具通用性的SSR引物。13对豇豆SSR引物中检测出8对引物在豌豆中可扩增,其中5对SSR引物表现出多态性,进而分析11个豌豆品种和5个豇豆品种的遗传多样性与遗传关系。结果表明:平均等位基因数、平均有效等位基因数、平均Shannon指数,在豌豆品种群中分别为2.00、1.64、0.55,豇豆品种群中分别为2.00、1.80、0.53,上述遗传参数反映出供试豌豆品种和豇豆品种具有中等水平的遗传多样性;利用UPGMA聚类分析,能将豌豆品种群和豇豆品种群分为两类,且每个品种群内的各个体之间能进行区分,尤其是两个豌豆品种亚群的聚类结果与其地理来源基本一致。     

基于荧光SSR标记的紫薇遗传多样性分析

【目的】以收集的239份紫薇属(Lagerstroemia)种质和1份黄薇属(Heimia)种质为材料,开展种质种间特征分析和紫薇种内资源的遗传多样性分析,为进一步优化紫薇种质资源收集保存及合理利用提供科学依据。【方法】基于16对荧光引物鉴定样品基因型,利用GeneMarker软件进行基因型数据的读取;对239份紫薇属种质和1份黄薇属种质进行特征位点分析;并利用Popgene、Cervus、NTSYS和GenAlEx软件对227份紫薇种质进行遗传多样性参数估算、聚类分析和主成分分析。【结果】紫薇(L.indica)种内的特征位点信息最为丰富,其中15个引物所体现出的特征位点信息中,紫薇都有其独特的位点区别于其他6个种,而在福建紫薇(L.limii)、川黔紫薇(L.excelsa)和尾叶紫薇(L.caudata)中也有部分特异的特征位点是紫薇中没有的;16对紫薇SSR荧光引物共检测出143个等位基因,平均每个位点有8.938个等位基因,平均有效等位基因数(N_e)为3.600,Shannon’s信息指数(I)均值为1.459,观测杂合度(H_o)均...     

Construction of an electronic physical map of Magnaporthe oryzae using genomic position-ready SSR markers

Magnaporthe oryzae is a model for plant pathogenic filamentous fungi. We have assembled a simple sequence repeat (SSR)-based physical map of the species, using in silico sequence data. A set of 120 SSR markers was developed from the genomic sequence of the reference isolate 70-15. These markers were readily amplified from the genomic DNA of other isolates, and high levels of allelic variation characterised the parental isolates of the two crosses tested. All the markers were locatable to one of the seven M. oryzae chromosomes. An SSR-based physical in silico map was constructed, and pre-existing SSR and RFLP loci were integrated into the map, along with 23 Avr (avirulence) genes and two other genes of importance to the plant/pathogen interaction. This map provides a platform for population genetics and functional genomics studies in the model pathogen, and even in other evolu- tionally related pathogens.     

Studies of new EST-SSRs derived from Gossypium barbadense

Existing cotton EST-SSR markers are mostly derived from Gossypium arboreum and Gossypium hir-sutum, but EST-SSR markers from Gossypium barbadense are scarce. One hundred and nineteen EST-SSRs were developed based on 98 unique ESTs from a cDNA library constructed in our laboratory using developing fibers from G. barbadense cv. Pima3-79. Among the SSRs, trinucleotide AAG appeared at a high frequency of 11.76%. 36 accessions (consisting of 13 diploids of the A genome, 11 diploids of the D genome and 12 allotetraploids of the AD genome) were employed to test new EST-SSRs. 76 EST-SSRs were successfully amplified, and 313 polymorphic fragments were yielded, with an average of 4.11 fragments per primer pair. The PIC ranged from 0.17 to 0.95 with an average of 0.53. Based on Jaccard’s genetic similarity coefficient, these 36 accessions were clustered into three groups. 21 EST-SSRs exhibited polymorphisms in BC1 population ((Emian22 × Pima3-79) × Emian22), 24 polymor- phic loci were generated, while 22 of the 24 polymorphic loci were integrated with our interspecific BC1 backbone genetic linkage map, and anchored in 12 chromosomes. This study effectively proved that EST-SSRs from G. barbadense are valuable for genetic diversity analysis and genetic mapping.     

微卫星标记在人参和西洋参鉴别中的应用

从GenBank中寻找含有简单重复序列(SSR)位点的人参DNA片段序列,设计SSR引物,挑选PCR扩增条带清晰的引物,对人参和西洋参进行PCR扩增及聚丙烯酰胺凝胶电泳分析,选择能够区别2个种的引物.共有来自8个SSR位点的9对引物能扩增出可区分人参和西洋参的特异性片段,其中7对SSR引物在西洋参中能稳定地扩增出特异性...     

基于SSR标记的丛生竹杂种鉴定、遗传分析和指纹图谱构建

[目的]准确鉴定丛生竹杂交种,分析杂种及其亲本的遗传关系,开发可以利用的指纹图谱.[方法]以孝顺竹(Bambusa multiplex)×麻竹(Dendrocalamus latiflorus)、孝顺竹(B.multiplex)×粉单竹(B.chungii)两个杂交群体为材料,从已公布的竹子SSR引物中随机选取30对引...     

Verification and fine-mapping of QTLs conferring days to flowering in soybean using residual heterozygous lines

The results of QTL mapping based on a primary mapping population should be further verified and refined for its real utilization in marker-assisted selection or map-based cloning.The primary mapping population contains 114 BC1F1 plants of the backcross between Essex (maturity group V,MG V) as the donor parent and ZDD2315 (MG II) as the recurrent parent.In this study,a genetic linkage map with 250 SSR markers spanning a total length of 2963.5 cM on 25 linkage groups (LG) was constructed using software MAPMAK...     

Fine mapping of a semidwarf gene sd-g in indica rice（Oryza sativa L.）

The semidwarf gene sd-g which has been usedin indiea rice breeding in southern China is a new one, non-allelic to sd-1. To map sd-g, an F2 population derived fromthe cross between Xinguiaishuangai and 02428 was con-structed. The sd-g was roughly mapped between two mi-crosatellite markers RM440 and RM163, with genetic dis-tances of 0.5 and 2.5 cM, respectively. Then nine new poly-morphic microsatellite markers were developed in this region.The sd-g was further mapped between two microsatellitemarkers SSR5-1 and SSR5-51, with genetic distances of 0.1and 0.3 cM, respectively, while cosegregated with SSR418. ABAC contig was found to span the sd-g locus, the region be-ing delimited to 85 kb. This result was very useful for cloningof the sd-g gene.     

柳杉无性系指纹图谱的构建及遗传多样性分析

【目的】为了构建柳杉无性系的DNA指纹图谱,准确区分柳杉无性系。【方法】利用SSR标记分析了柳杉89个无性系的遗传多样性和指纹图谱。【结果】11对引物共检测出53个等位点,平均每个SSR位点有5个,变化范围为3～6个; 有效等位基因数(N_e)变化范围为1.887 0～4.295 6,平均为3.041 1; Shannon信息指数(I)变化范围为0.774 9～1.556 3,平均为1.208 1。表明SSR标记具有较高的多态性。根据SSR标记特点及引物的顺序,将SSR引物扩增统计的“0”、“1”转换成基因型,通过不同基因型组合,构建了柳杉89个无性系的 DNA 分子指纹图谱,使每个无性系都获得了 1 个 22 位数的指纹图谱号码,同时基于个体间的遗传距离将柳杉89个无性系分为 5 类。【结论】SSR标记适用于柳杉无性系遗传多样性分析及鉴定,柳杉的遗传多态性处于中等偏高水平。