一种同时检测多个单核苷酸多态性位点的新方法

对人类基因组中的单核苷酸多态性进行快速而准确的定位和分型是人类基因组计划的重要内容。本文利用SNaPshot试剂盒，建立了一种以多重引物延伸为基础、可同时对多个已知单核苷酸多态性位点进行快速而准确的遗传分型的方法。利用这一方法检测了20例大肠癌病人肿瘤组织中错配修复基因hMLHl和抑癌基因P53的8个单核苷酸多态性位点(包括5个突变热点)，其中一例发现错配修复基因hMLHl的384位密码子处发生GTT→GAT的杂合性突变。对该基因外显子的直接测序结果与SNaPshot检测结果完全吻合，充分证明了该方法的可靠性。     

人类基因组的单核苷酸多态性及其研究进展

对单核苷酸多态性(SNP)的概念及特性作了简要说明,介绍了14种检测SNP的方法,讨论了各种方法的原理及优缺点,并对目前SNP在遗传图的绘制、遗传病致病基因的搜寻、药物设计及法医学等方面的应用及其研究进展进行了综述。引用文献29篇。     

一种基于磁性颗粒和通用连接子扩增技术的单核苷酸多态性分型方法

提出了一种应用磁性颗粒和通用连接子扩增技术(Linker-PCR)的多位点单核苷酸多态性(SNP)分型方法. 该方法首先通过酶切将样本基因组DNA打断, 然后将通用连接子通过T4 DNA连接酶与各个酶切片段连接, 利用生物素标记的通用引物将样本进行全基因组扩增. 扩增后, 将生物素标记的Linker-PCR扩增产物固定到亲合素修饰的磁性颗粒表面, 通过与双色荧光标记的等位基因特异性探针杂交, 对待测位点进行分型. 利用该方法, 我们对10个样本MTHFR基因上的2个SNP位点进行了分型, 分型结果准确、正错配信号比大于3. 由于利用Linker-PCR技术来实现对靶序列的全基因组扩增, 该方法非常适用于大量样本的多基因多位点的SNP分型研究.     

基于微流控芯片的72重单核苷酸多态性族群推断系统的构建

建立了常染色体单核苷酸多态性（SNPs）复合检测芯片体系,用于未知个体的族群来源推断。基于前期筛选的74-SNPs组合,采用竞争性等位基因特异性聚合酶链式反应（PCR）的原理构建SNPs的扩增体系,在微流控芯片的每个反应孔内完成一个SNP的检测,通过高通量PCR微流控芯片实现了其中72个SNPs的同步检测。芯片的扩增由平板PCR仪完成,反应孔的荧光信号通过激光共聚焦扫描仪检测,最终通过提取的荧光值进行结果分析。使用该芯片检测获得52份样本的SNPs分型,分型结果的准确率为100%。以57个人群的3628个样本为参考人群数据库,进行20份样本的族群来源推断,推断结果与样本的实际来源一致。本研究建立的常染色体72个SNPs微流控芯片体系可以有效地进行SNP多态性分析检测,基于参考数据库,20份检测样本族群推断的准确性为100%。     

外源野生大豆DNA导入栽培大豆及RAPD分子验证

报道了利用大豆自花受粉后形成的花粉管通道,将外源高蛋白野生大豆总DNA直接导入栽培大豆的实验结果及对导入转化后代的分子验证。 结果显示:在D_1代所获7个单株中有1株发生明显变异,其结荚习性、株型、叶型、花色等与受体基本相同:百粒重、种皮色及茎杆强度介于双亲之间:单株荚数明显增多,连续3年测定蛋白质含量比受体提高12.5％,从D_1代起已稳定遗传3个世代。对该组合的受体、供体及转化后代进行RAPD分析,从150个引物中找到24个引物检测出DNA的多态性,证明外源DNA导入受体后引起后代基因组的显著变异,并推测大片段外源DNA同源重组可能是变异的主要原因。     

基于引物延伸反应进行SNP基因分型的电化学方法

引物延伸反应的高特异性使其成为单核苷酸多态性(SNP)基因分型的最常用方法. 本文利用引物延伸反应, 通过二茂铁标记的dUTP将二茂铁引入到延伸的产物中, 用一条捕获探针将延伸产物捕获到电极表面, 用差分脉冲伏安法对电极表面的二茂铁进行检测, 从而实现了SNP基因分型. 考察了延伸反应的退火温度、聚合酶用量以及DNA杂交温度等因素的影响. 应用该方法对β-地中海贫血基因密码子28位单碱基突变进行检测, 获得了满意的基因分型结果. 该方法检测限可达到0.86 fmol/L, 是一种简便、快速且灵敏的SNP分型方法.     

长期低剂量饲喂稀土对大白鼠体重及基因组DNA的影响

利用Operon公司C ,D ,E 3组共 60个引物对饲喂不同浓度稀土的大白鼠基因组DNA进行了RAPD分析 ,共获得了 1 71个DNA片段 ,其中有 4个片段呈多态性。实验表明这些片段均与饲喂稀土无关 ,提示稀土对大白鼠基因组DNA并不造成影响 ;但是大白鼠体重测定显示 ,高浓度时大白鼠增长明显低于对照组 ,说明稀土具有一定的毒性。     

基于核酸脱碱基位点的铽离子荧光增强型单核苷酸多态性识别研究

基于核酸脱碱基(AP)位点构建了无机配体稀土铽离子(Tb^3＋)荧光增强型单核苷酸多态性(SNP)识别方法. 在目标链靶标碱基对应的探针链上相应位置引入AP位点, 发现Tb^3＋可以选择性地结合在AP位点, 光激发时发生从DNA碱基到结合的Tb^3＋的能量转移, 使Tb^3＋特征荧光显著增强. 这种荧光增强作用与靶标碱基及AP位点侧翼碱基类型密切相关. 当靶标碱基和侧翼碱基为G时, 荧光最强. 该方法可用于区分肿瘤抑制基因p53密码子177位的C/G碱基变异.     

基于磁性颗粒微阵列与双色荧光杂交的单核苷酸多态性分型方法研究

基于磁性颗粒微阵列与双色荧光杂交,建立了单核苷酸多态性(Single nucleoitide polymorphism,SNP)分型方法。将利用不对称扩增得到的含有待检测位点生物素标记的单链PCR产物固定在链亲和素修饰的金磁纳米颗粒(Gold magnetic nanoparticles,GMNPs)表面;将ssDNA-GMNPs混合物点样在底部固定有磁铁的载玻片上构建磁性颗粒微阵列,然后在基因框中与双色荧光探针杂交;杂交完全后,充分洗涤,通过扫描获得分型结果。通过优化不对称PCR的扩增条件,直接扩增出产量较高的单链DNA作为靶序列用于分型。利用本方法对24个样本MTHFR基因的C677T位点多态性进行了检测。实验证明,本方法步骤简单,易实现自动化操作、非常适用于分子诊断与法医鉴定。     

SNP的电喷雾串联质谱研究

采用电喷雾串联质谱技术对两组单核苷酸多态性(SNP)样品进行了研究,初步研究结果显示应用串联质谱可快速鉴定SNP分型以及确定SNP位点。采用16.3 mmol/L三乙胺(TEA)-400 mmol/L六氟异丙醇(HFIP)缓存溶液,电喷雾负离子模式下,长度为20 bp的寡核苷酸的MS扫描谱图显示其母离子呈较宽的多电荷态分布。选择低电荷态[M-4H]4-母离子,碰撞能为54 eV时,MS/MS扫描得到丰富的碎片离子,通过鉴定特征离子碎片(w和a-B离子系列)可确定其序列。     

微流控芯片电泳-多重聚合酶链反应法同时测定多个单碱基多态性位点

以微流控芯片电泳为检测平台,建立了多重PCR扩增法同时测定多个单碱基多态性(SNP)位点的方法。先通过PCR扩增得一段含所有待测SNP位点的长片段;用限制性内切酶消化成短片段,再将酶切反应产物与脱氧核糖核酸适配器(DNAadapter)相连;以连接产物为模板,分成两管,分别用n条等位基因特异性引物和一条通用引物进行n重PCR扩增;最后用微流控芯片电泳法分离PCR扩增产物,根据两管扩增产物的芯片电泳图谱中扩增片段的大小判断SNP的类型。以细胞色素P4502D6(CYP2D6)基因中的5个SNP位点(100C>T、1661G>C、1758G>T、2470T>C和2850C>T)为检测对象,考察了各等位基因特异性引物之间的相互影响和扩增反应的特异性,采用微流控芯片电泳法成功测定了20名健康中国人的CYP2D6基因中5个SNP位点的基因多态性,与聚合酶链反应-限制性片段长度多态性法(PCR-RFLP)测定结果完全一致。     

法医学中脱氧核糖核酸片段长度多态性的毛细管电泳分析

在法医学中,常利用脱氧核糖核酸(DNA)片段的长度多态性进行个人识别和亲缘关系鉴定,主要分析以4个核苷酸为重复单位的短串联重复序列(shorttandemrepeats,STR)位点。其片段长度集中在100～400bp。目前在法医学中主要使用无胶筛分 光栅 CCD(chargecoupleddevice)成像进行DNA片段长度多态性的分析。1　实验部分1.1　仪器与试剂　　ABI310基因分析仪、ProfilerPlusPCRAmplificationKit(PCR扩增试剂盒)、去离子甲酰胺、Rox 500内标(包含100,139,150,160,200,250,300,340,350,400bp等片段)、POP 4型高分子化合物溶液及相应电泳缓…     

毛细管电泳——基因突变及多态性分析新方法

着重介绍基因突变及多态性分析方法以及毛细管在电泳在该领域中的应用。主要包括单链构象多态性分析,变性梯度及温度梯度电泳,杂合子分析,限制性片段多态性分析,等位基因特异性扩增,核酸杂交,引物扩展及小卫星和微卫星分析。     

焦测序技术及其在遗传分析中的应用

焦测序技术是一种新的实时DNA测序技术。它在DNA聚合酶、三磷酸腺苷硫酸化酶、荧光素酶和三磷酸腺苷双磷酸酶4种酶的协同作用下,使引物延伸聚合脱氧核糖核酸(dNTP)释放焦磷酸盐(PP i)、PP i转换三磷酸腺苷(ATP)、ATP产生荧光信号与dNTP和ATP的降解等化学反应偶联起来,检测结果准确可靠。本文综述了焦测序技术的基本原理、操作步骤和它在单核苷酸多态性(SNP)研究、微生物的分型鉴定和基因甲基化检测等遗传分析中的应用,并对焦测序技术的发展作了展望。     

银额果蝇自然群体中的mtDNA多态性研究——Ⅰ.银额果蝇自然群体内存在丰富的mtDNA多态性

本文运用限制性内切酶对银额果蝇自然群体进行了mtDNA的限制性片段长度多态性(RFLP)分析。发现银额果蝇自然群体中存在极为丰富的mtDNA多态性,从82个单雌系中,共检测到34种限制性类型。对这一现象的效应和成因进行了探讨。认为银额果蝇拥有保持mtDNA多态性的机制,其群体内高度的mtDNA多态性能够掩盖群体间的差异程度。此外,通过对每一个酶切位点所作的酶谱定位,发现在其进化历程中,银额果蝇的mtDNA分子在碱基组成和功能区域两方面都受到选择压力的影响。     

指数线性聚合酶链式反应法制备焦磷酸测序反应的单链模板

建立了一种简单的焦磷酸测序用单链模板制备方法,以包含SNP6位点一段78bp序列为对象,采用非热启动Taq酶进行指数线性PCR扩增,通过加入甘油、BSA等PCR增强剂增加反应的效率和特异性,设计反应液A和B处理PCR产物中干扰焦测序的限制性引物、未完全反应的产物、焦磷酸和dNTPs等杂质, 处理后1～2 μL PCR产物就可直接用于焦测序检测.测定了BRCA1基因中5个乳腺癌相关的SNP位点,获得的图谱无非特异性信号,测得序列与参考序列一致,能够进行SNP分析,表明本方法可以制备高质量焦测序单链模板,且使焦测序的成本显著降低,操作更为简便,减少了操作过程中样本间的交叉污染,有利于焦测序样品预处理的自动化.     

结直肠癌组织中K-ras基因突变的毛细管电泳检测

通过对PCR扩增的76例结直肠癌组织及癌旁正常组织DNA基因组共152个样本纯化变性后,采用毛细管电泳-激光诱导荧光检测(CE-LIF)结合单链构象多态性(SSCP)分析方法检测了人结直肠癌组织及癌旁正常组织中K-ras基因第12/13位密码子突变。所检测的76例结直肠癌患者中有30例患者存在基因突变,并对异常片段进行测序验证,测序证实以碱基G→A点突变为主。结果表明所建立的CE-LIF技术结合SSCP分析检测K-ras基因突变的方法高效、快速、灵敏、准确,适合于临床上大样本结直肠癌中K-ras基因突变分析,对选择抗结直肠癌药物有一定的指导作用。     

毛细管电泳DNA片段多态性分析

对毛细管筛分电泳在ＤＮＡ片段多态性分析中的应用作了较为详细的论述,还对ＤＮＡ片段多态性研究的意义和作用进行了讨论。     

变性高效液相色谱法在α-血红蛋白稳定蛋白基因检测中的应用

建立了采用变性高效液相色谱(DHPLC)对α-血红蛋白稳定蛋白(AHSP)基因进行基因分型和突变筛查的新方法。将AHSP基因序列分成6个片段,因第一、二、四、六个片段均含有1～2个常见单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点,需单个标本分别进行检测;第三、五个片段不含有常见SNP位点,采用DHPLC结合DNA(脱氧核糖核酸)池的方法进行检测。以基因测序为金标准对所建立的AHSP基因检测方法进行方法学评价,结果显示: 40个样品的DHPLC检测结果与测序结果之间完全吻合,说明所建立的检测方法能对AHSP基因6种常见SNP进行准确基因分型。应用DHPLC对365个样品的AHSP基因进行检测,发现2个罕见SNP(11810 G＞A和12802 C＞T);同时还发现2个错义突变(AHSP D29V和AHSP V56G), AHSP D29V突变为新突变,AHSP V56G为罕见突变。结果表明采用DHPLC法可有效地对AHSP基因进行基因分型和突变筛查。     

双链特异性核酸酶的生物学和医学应用

双链特异性核酸酶DSN是一种能高选择性地识别并酶切完全匹配的DNA双链或者DNA-RNA杂交双链中的DNA,而对单链DNA和RNA几乎没有作用的核酸酶.DSN酶的上述特点使其在生物和医学等领域广泛应用,主要包括全长cDNA文库的均一化、单核苷酸多态性(SNP)检测和高通量测序等.近年来,DSN酶在microRNAs(miRNAs)的检测领域得以长足发展和应用.miRNAs是一组内源性、非编码短序列RNAs,在生理和病理过程中具有重要作用,但由于其序列短、丰度低等特点, miRNAs的检测一直是临床难题.新近研究主要基于DSN酶信号放大的特点,相继建立了一系列生物传感技术,通过采用不同检测原理如比色法、荧光法、电化学法等实现痕量miRNAs检测.本文就DSN酶在miRNAs检测、SNP检测、全长cDNA文库均一化及高通量测序等方面的生物学应用进行了综述.