盐透析体外组装核小体及检测方法

核小体是构成真核生物染色质的基本结构单位,体内研究核小体及染色质结构受到诸多因素限制,体外重构核小体结构是研究与核小体及染色质结构相关课题的一种重要的方法手段.实验将ES1,CS1以及601DNA序列克隆到载体中,通过PCR大量扩增回收得到目的DNA条带,表达纯化了4种组蛋白且装配成组蛋白八聚体,在盐透析的条件下组装形成核小体结构,利用EB染色以及Biotin标记的方法分析检测了形成核小体的效率.结果显示,在盐透析的条件下,可以有效的组装形成核小体结构,而且随着组蛋白八聚体与DNA的比例增加,核小体的形成效率显著提高.本实验为核小体定位、染色质重塑及组蛋白变体等表观遗传学以及结构生物学领域的研究奠定一定的基础.     

基于LSTM的核小体序列可分类性分析

核小体是染色体的基本结构单元。将核小体序列和非核小体序列预处理为时间序列数据,利用LSTM(long short-term memory network)进行迭代训练和长、短程特征学习,得到的LSTM模型可以实现核小体序列92.67%的识别准确率。研究表明,核小体序列与非核小体序列具有不同的特征,并且核小体序列具有高度可分类性。基于核小体序列的高度可分类性,可以实现核小体序列与非核小体序列的判断识别,这对于核小体定位及其动态性、基因转录调控、DNA复制与修复和DNA序列的功能及进化等的研究具有一定的生物学意义和价值。     

对于核小体定位检测方法的比较研究

在真核细胞中,核小体是组成染色质的基本结构单位,是由DNA紧密缠绕在组蛋白八聚体上所形成的一个复合体结构。而DNA与组蛋白的结合并不是固定不变的,没有核小体结合的DNA区域易于各种调节蛋白的接近与结合。因此人们怀疑核小体的定位与基因的转录调节之间存在某种内在联系。对现行的核小体定位的检测方法进行了归类,并对其优缺点进行了分析整理。对更深入的探索核小体定位检测方法的应用有一定意义。     

人类DNA序列TSS区域序列特征及±1核小体的位置分布

基于包含人类基因转录起始位点附近的58989条DNA序列,运用核小体特征量对序列做分类分析,发现±1核小体位于TSS区域两侧的第一类基因约占28%,TSS区域有核小体占据的第二类基因约占30%.用二阶信息冗余特征量分析了DNA序列的碱基关联分布,发现没有占据TSS区域的核小体对应的序列具有强碱基关联,占据TSS区域的核小体对应的序列具有弱碱基关联,弱关联是TSS区域的普适特征.表明占据TSS区域的核小体具有很强的序列适应性和位置的可变性.通常定义的含TSS的核小体缺失区域仅对第一类基因成立.推测第一类基因具有较高的转录效率.     

基于DNA局域结构和统计物理模型识别核小体定位

核小体是真核生物染色质的基本单位。核小体的精确定位影响了基因组序列对结合蛋白的可及性、转录、遗传复制和重组。了解核小体在基因组的准确位置对理解真核生物的生命活动过程有重要作用。本文基于核小体的序列和结构特征及统计物理理论,用统计物理模型预测了核小体的定位。利用统计物理和信息论原理计算了酿酒酵母(S.cerevisiae)、人类(H.sapiens)、秀丽隐杆线虫(C.elegans)和黑腹果蝇(D.melanogaster)数据集中序列片段的DNA局部结构的总能量,基于核小体序列与非核小体序列的总能量差异进行分类,通过10倍交叉验证进行了性能评估。结果显示该模型具有较好的识别效能。     

酵母核小体中心序列与连接序列的差异分析

基于Brogaard等2012年给出的酵母全基因组单碱基精度的核小体定位图谱,从中提取出酵母基因组全部的核小体中心序列和连接序列.计算k-mer(k取4、5、6和8)在两类序列中的相对频率,分析两类序列中k-mer的使用差异.按照k-mer相对使用频率对数增序的方式排列模体,得到两类序列k-mer相对频率对数比的分布.结果显示模体长度越长两类序列的使用差异越明显,当k>7以后差异分布逐渐稳定.按照中心序列8-mer相对频率增序的方式排列模体,发现在相对频率小于0.5的区域,两类序列的8-mer使用差异显著.分别计算了7个抽样点附近中心序列偏好的8-mer和连接序列偏好的8-mer的G+C含量和二核苷含量.结果显示两类序列模体的G+C含量随着相对频率的增大而逐步减小,中心序列更加偏好GC和CG二核苷,而连接序列更加偏好GG二核苷和CC二核苷.这些主要的差异特征与实验分析结果一致.     

烟草拟核小体组装蛋白cDNA的克隆、表达及其蛋白产物的纯化

从烟草BY2细胞cDNA文库中筛选到核小体组装蛋白1(Nucleosome assembly protein1,NAP1)的cDNA，序列分析发现该NAPI的cDNA编码374个氨基酸，与巳知植物来源的NAP1同源蛋白相比具有80%，以上的同源性，而且一些具有重要功能的结构域是相当保守的，如核定位信号，核输出信号，酸性结构域及异戊烯化修饰位点，重要功能结构域的存在预示了NAP1蛋白潜在多种功能，为了深入研究MAP1的功能，应用大肠杆菌表达体系高效表达了烟草NAP1蛋白，并以表达产物进行了分离纯化。     

人类染色体隔离子区域核小体占据情况的统计分析

计算了隔离子区的G和C占总碱基数的比例,统计分析了隔离子起始位点与终止位点上下游1000碱基对范围内核小体的平均占据,结果表明了隔离子区序列G和c占总碱基数的比例高。隔离子区域核小体的平均占据比两翼的核小体平均占据高,得出了以下结论：序列中G和C占总碱基数比例高的DNA序列易发生弯曲和组蛋白八聚体形成致密的核小体,而隔离子区核小体占据率高有利于序列中两个转录功能域的隔离。     

白血病细胞棒状小体检测的方法学研究及影响因素的探讨

Auer小体和Φ小体是急性髓性白血病诊断的形态学特征之一。本文采用瑞一姬氏染色法(W—G)、髓过氧化物酶(联苯胺)染色法(POX)和氢过氧化物酶(DAB)染色法(HPO)对93例AML病人的髓片进行研究,发现棒状小体的检出率以DAB法为最高。同时发现若在对急性白血病患者常规骨髓读片中计数至少500个细胞,并注意对不典型者的辨认,亦可大大提高小体的检出率。     

水稻温敏核不育系HD9802S不育基因的SSR标记定位

使用分子标记辅助选择可以获得目标性状的个体从而提高育种效率.以HD9802S/(HD9802S/R287) BC1群体为材料,利用BC1群体中随机选择的32个高度不育单株和32个高度可育单株,以及涵盖水稻12条染色体的22个SSR标记,通过连锁分析进行染色体定位,将温敏核不育基因(HDtms)定位于第2号染色体上;利用软件QTL Ici Mapping 3. 0进行染色体分群,HDtms被划分到第2号染色体上.在第2号染色体上覆盖筛选得到10个SSR标记,以回交群体中428个单株为材料绘制连锁图谱,图谱全长112. 21 cM,平均图距为11. 21 cM,HDtms在标记RM5897与RM12783之间.在此区间内筛选到与HDtms连锁紧密的SSR标记.其中RM12747是得到筛选率最高的分子标记,为90. 135%,且在HD9802S与R287间具有多态性.说明对温敏不育性的分子标记辅助选择可初步使用该分子标记.     

原核生物大肠杆菌基因组序列形成核小体能力的预测

以大肠杆菌基因组为研究对象,基于体外组装的核小体序列中k-mers频数信息,采用多样性增量结合二次判别算法对核心DNA和连接DNA进行分类预测,整体准确率和相关系数分别达到83.08%和0.619.对大肠杆菌、酵母和人类基因组中核小体定位序列与缺失序列中偏好的k-mers进行了比较,结果表明核小体缺失序列更为保守.     

基于核函数与卡尔曼滤波的室内定位方法

针对室内定位中存在的定位精度不高、定位稳定性较差的问题,提出了一种基于核函数与卡尔曼滤波结合的室内定位算法.首先利用核函数作为匹配算法进行初步定位,高斯核函数可以充分捕获参考点指纹与测试点RSS之间的非线性相关性,取得比K最近邻算法更好的匹配效果,再利用卡尔曼滤波对核函数的定位结果作滤波处理.实验结果表明,在真实无线局域网环境下,对核函数定位的结果作卡尔曼滤波处理后,均方根误差降低了25%,2m以内的定位准确度由75%提高到90%,定位稳定性提高了29%.     

Cdk1:CENP-A核小体组装“交响乐”的指挥(英文)

The inheritance of human genome through mitosis is precisely regulated by a series of tightly orchestrated events such as chromosome condensation,bi-orientated spindle formation,chromosome congression,segregation and cytokinesis.Chromosome movements during mitosis are governed by dynamic interactions of spindle microtubules with a specialized chromosome domain called centromere.     

植物组蛋白分子伴侣研究进展

染色质作为真核生物遗传信息的载体,其基本结构与功能单位是核小体．细胞核内与DNA相关的生理反应如DNA复制,需要核小体的去组装以利于各类细胞因子与DNA结合,再进行核小体的重新组装以重建有功能的染色质结构,这些过程需要组蛋白分子伴侣的介导．目前的研究结果显示,组蛋白分子伴侣对于染色质结构稳定和基因表达调控非常重要．文中对植物组蛋白分子伴侣的研究进展,及其在植物生长发育过程中所发挥的作用进行综述．     

斯坦尼小体提液对垂体体外跌卵和催产的影响

本文采用对蟾蜍进行体外跌卵和对团头鲂进行人工催产的试验方法,探讨了鲫鱼(♀)斯坦尼小体提取液对脑垂体提取液体外跌卵和人工催产的协同作用.结果表明,春季鲫鱼(♀)斯坦尼小体提取液对脑垂体提取液的体外跌卵和人工催产均有协同作用,主要表现为使跌卵率和产卵量明显提高.但这两方面的协同作用都必须在其含量达到一定程度时才能显示出来.     

硒盐对黑斑蛙蝌蚪红细胞微核及核异常的诱导

采用静态水质接触染毒法,研究硒酸钠和亚硒酸钠对黑斑蛙(Rana nigromaculata)蝌蚪红细胞微核及核异常的影响。结果显示,不同质量浓度的硒酸钠(1.25~20 mg/L)和亚硒酸钠(0.25~4 mg/L)染毒处理7 d后,黑斑蛙蝌蚪红细胞的微核细胞率,随染毒剂质量浓度的升高呈先增大后减小的趋势,核异常细胞率、总核异常细胞率均随染毒剂质量浓度的升高而增大。亚硒酸钠的毒害作用明显强于硒酸钠,对黑斑蛙蝌蚪红细胞均存在较强的细胞遗传毒性。     

棒状小体检测对AML诊断、疗效及预后意义的研究

本文通过对93例AML病人骨髓涂片中Auer小体进行观察,并对其中30例同时作了Φ小体染色。以比较两种棒状小体对AML诊断、疗效及预后的意义,结果表明:Φ小体在活动性AML病人的骨髓(血)涂片中比Auer小体更为易见,更具特异性。在光镜下对Φ小体进行监测,确有助于AML的诊断,活动期判断及用于指导治疗。     

趋磁螺菌AMB-1磁小体合成相关基因的克隆及功能分析

为了更清楚的了解趋磁螺菌产磁小体的合成机理和调节途径,用Tn5转座子诱变的方法筛选得到了2株磁小体合成降低的突变株,并克隆了突变株中被插入失活的基因,分别为编码ABC型Fe3+转移系统中的离子结合蛋白的amb3385基因和功能未知的锄b3672基因.互补实验表明携带amb3385和amb3672基因的广宿主载体可以不同程度地恢复突变株中磁小体的合成,证明了D.schuler关于磁小体合成假说的第一个步骤,即Fe3+从胞外向经由Fe3+转运蛋白运输至了胞内.由于amb3672基因比对时未发现特殊相似基因,其功能尚需进一步研究.     

中华大蟾蜍圆核定位及细胞形态的研究

用立体定位技术，对７２只中华大蟾蜍圆核进行阳极电解烧灼损毁，找出圆核三度空间座标，并通电损毁，电流１５０μＡ，电压１００Ｖ，持续时间８ｓ，再采用冰冻切片、亚甲基蓝梁色法将标本制片观察，结果表明：损毁部位准确，损毁直径为０．０５ｍｍ。用Ｇｏｌｇｉ－Ｃｏｘ浸染法观察中华大蟾蜍圆核神经元细胞形态，发现神经元体有梨形、梭形和星形等３种，其中以梭形为主。神经元体直径在３－１０μｍ不等，以６μｍ者为多，此外，     

一种基于核方法的无线传感器网络定位算法

无线传感器网络（WSN）作为一种新兴的分布式网络技术,被认为是21世纪改变世界的十大革新技术之一。定位是无线传感器网络的重要支撑技术之一,实现传感器节点自定位是提供监测目标位置信息的必要条件。而实现高效、可靠、准确的节点定位对目标跟踪具有重要意义。不幸的是,环境噪声使得节点的定位精度降低。基于此,该文提出一种基于核方法的无线传感器网络定位算法。实验表明,在WSN中通过采用卡尔曼滤波的核方法定位算法,一定程度上减少了随机噪声对节点定位精度的影响,有效的降低了系统定位误差,实现一定程度的抗干扰。