翘嘴红鲌群体遗传多样性分析

基于RAPD方法对江西(鄱阳湖)、湖北(梁子湖)和江苏(太湖)3个群体的翘嘴红鲌遗传多样性进行分析,以评价它们的群体遗传结构和良种选育的可行性。结果显示从30个随机引物中筛选出了20个多态性较高的引物,既可扩增出3个群体共同的DNA条带,也可扩增出单个群体特有的特征条带。从3个群体实验鱼中共检测到119个扩增片段,长度在0.2~1.7kb之间。鄱阳湖群体多态位点数61个,多态位点比为51.26%,梁子湖群体多态位点数50个,多态位点比为42.02%,太湖群体多态位点数67个,多态位点比为56.30%。3个群体的Shannon多样性指数分别为0.429 2,0.382 8和0.443 1。群体间遗传相似系数依次为:最高是鄱阳湖与梁子湖,为0.8055,其次是鄱阳湖与太湖,为0.801 6,最低是梁子湖与太湖,为0.785 2。结果提示,鄱阳湖与梁子湖亲源关系较近,与太湖稍远;所筛选出的引物应用RAPD技术可以方便地分析不同群体翘嘴红鲌的遗传多样性,并可为良种选育的亲本选择提供依据。     

南美白对虾两养殖群体遗传多样性的比较分析

采用同工酶电泳技术和随机扩增DNA多态技术对浙江省养殖的普通南美白对虾（简称P群体,下同）和SPF南美白对虾子一代（简称S群体,下同）两个群体的遗传多样性进行比较分析．结果表明,编码南美白对虾肌肉7种同工酶的18个基因位点中,EST-1、EST-2、EST-3和MDH-1位点具有多态现象;P群体和S群体的多态位点比例均为22．22％,平均杂合度分别为0．0666和0．0542;两群体间的遗传相似系数为0．9968,Nei遗传距离为0．0032．而利用随机扩增多态DNA（RAPD）技术,共检测出110个RAPD位点,其中P群体的多态位点数56个,多态位点比例为50．91％,S群体的多态位点数52个,多态位点比例为47．27％;P群体和S群体内个体间平均遗传相似度分别为0．8623和0．8742;两群体间的遗传相似度为0．9815,遗传距离为0．0185．无论是同工酶电泳结果还是RAPD分析结果都表明浙江省养殖的SPF南美白对虾子一代的遗传多样性水平比普通南关白对虾要低．     

“东海1号”大黄鱼选育F_4代遗传多样性的AFLP分析

应用扩增片段长度多态性(AFLP)技术对以岱衢洋野生大黄鱼为亲本、通过群体选育方法获得的"东海1号"大黄鱼选育系F4代进行了遗传多样性分析.结果显示:16对AFLP选择性扩增引物组合在选育F4代的20尾个体中共扩增出736个位点,其中多态位点292个,多态率为39.67%;各引物对的Nei’s遗传多样性指数范围为0.090 4~0.203 7,平均值为0.139 9;Shannon多样性范围为0.132 0~0.304 7,平均值为0.209 9;其遗传多样性水平与原始亲本群体相当.表明若群体选育方法得当,多代选育后仍能维持较好的遗传多样性水平.     

濒危植物长叶榧群体不同年龄级遗传多样性的RAPD和ISSR分析

按胸径将浙江省桐庐县白云源森林公园长叶榧群体划分为成体、小树、幼苗3个年龄级,利用RAPD和ISSR分子标记对不同年龄级的遗传多样性及遗传分化进行分析.12个RAPD引物和12个ISSR引物分别扩增出199和180个条带,总多态位点百分率分别为44.72%和56.11%.RAPD和ISSR分析均显示3个年龄级的多态位点百分率、Shannon信息指数、Nei指数以成体最高,小树次之,幼苗最低,表明长叶榧群体遗传变异呈衰退趋势.分子方差分析(AMOVA)表明长叶榧群体不同年龄级内、年龄级间均存在遗传变异,但遗传变异主要存在于年龄级内.RAPD和ISSR分析显示,长叶榧群体不同年龄级间的遗传分化系数(Gst)分别为0.2869、0.3077,基因流(Nm)分别为1.2412、1.1231.长叶榧群体不同年龄级间的遗传相似度以幼苗与小树最高,遗传距离以幼苗与小树间最小.在长叶榧群体不同年龄级中,ISSR能检测到比RAPD更多的遗传变异,经Mantel检验,两种分子标记的分析结果相关性极显著.     

利用SRAP和ISSR标记分析五节芒(Miscanthus floridulus)的遗传多样性

对41个来自于梁子岛上4个居群的五节芒(Miscanthus floridulus)进行相关序列扩增多态性(se-quence-related amplified polymorphism,SRAP)和简单重复序列区间标记(inter simple sequence repeat,ISSR)分析.利用POPGENE32version1.32软件计算多样性指数,采用NTSYS.2.10e计算软件,得到相似性系数,并用UPG-MA法进行聚类分析.结果显示6条ISSR多态性引物,共扩增出103条DNA条带,其中98条为多态性条带,占95.15%,样品之间的相似系数为0.67～0.95.6对SRAP引物,共扩增出173条DNA条带,其中147条为多态性条带,占84.97%,样品之间的相似系数为0.75～1.00.两种标记均表明五节芒具有较高的遗传多样性.分别以个体为单位及以群体为单位进行聚类分析,2种标记分别得到了相似但并不完全相同的个体聚类图及群体聚类图.研究结果表明五节芒的遗传多样性水平较高.SRAP与ISSR标记均适用于五节芒的遗传多样性分析.     

菊花EST-SSR标记的开发与应用

从NCBI(National Center for Biotechnology Information)数据库下载7 259条菊花相关表达序列标签(EST)序列,经去除冗余序列拼接后得到3 784条Uni-ESTs,总长度为2 088.6kb.用MISA软件查找其简单重复序列(SSR)位点,共获得407个SSR位点,分布于355条EST上,出现的频率为10.76%.在搜索到的EST-SSR中,三核苷酸重复类型占主导地位,所占比例为47.42%.共观察到76种重复基元,出现最多的重复基元是A/T和ACC/GGT,其次为ATC/ATG,AAC/GTT,AC/GT,AAT/ATT.根据搜索结果随机设计了24对菊花EST-SSR引物,对14个菊花品种进行PCR扩增,发现有12对引物有较清晰且稳定的扩增产物(其中10对引物的产物存在多态性),共检出37个位点(其中多态性位点32个),平均每对引物可扩增出3.2条多态性片段.遗传相似性分析显示,14个品种的遗传相似系数在0.61～0.84之间,平均相似系数为0.67.     

长江鳙遗传多样性的研究

运用40 个10 碱基随机引物对长江中游鳙(Aristchthysnobilis)的遗传多样性进行了随机扩增多态DNA(RAPD)分析. 所用引物中,有10 个能对鳙不同个体扩增出多态DNA 带,占总引物数的25% . 据所取长江中游自然繁殖的18条鳙样品的RAPD谱带的分析结果表明,鳙任意两个体间的遗传相似度在0.938 6～0.985 7之间,平均值为0.966 1;遗传变异度则在0.014 3～0.061 4 之间,平均值为0.043 9;所分析样本的Shannon 表型多样性指数(Ho)为7.285 8,Shannon 多样性值(H)为0.053 2. 人工繁殖鳙的遗传变异度和Shannon 表型多样性指数均明显低于长江自然繁殖群体.     

新疆甜瓜AFLP反应体系的建立

以新疆甜瓜叶片为试验材料,通过对扩增片段长度多态性(AFLP)反应体系中的几个关键参数进行研究,建立了适合新疆甜瓜的AFLP技术体系.结果表明,采用改进CTAB法提取的基因组DNA质量好,符合AFLP反应要求;双酶切必须完全彻底,基因组DNA 300 ng用EcoR I和MseI各3 U,37℃酶切5 h;连接产物稀释10倍用于预扩增;预扩增产物的稀释以75倍为宜.本研究为构建新疆甜瓜的遗传图谱及分子标记辅助育种奠定了基础.     

云南南部5种魔芋属植物居群遗传结构的ISSR分析

采用9个ISSR(inter-simple sequence repeat)分子标记对云南南部魔芋属植物5个物种(花魔芋,疣柄魔芋,攸乐魔芋,勐海魔芋和屏边魔芋)105份材料进行了居群遗传多样性分析.通过PCR扩增,9个ISSR引物从5个物种105份样品中共获得95条条带,其中多态性条带占条带总数的100%.每个位点平均等位基因数2.00,有效等位基因数1.40,平均Nei’s基因多样性指数0.255 2,Shannon’s信息多样性指数为0.401 2.在这5个魔芋属植物物种中,花魔芋居群内遗传多样性水平相对较低.居群水平上的UPGMA聚类表明这5个物种可被分为明显的两大组,花魔芋为一组,其余4种构成一组,其中屏边魔芋与疣柄魔芋遗传距离最近.个体水平上的聚类则显示,花魔芋和疣柄魔芋的个体各自聚在一起,其余3种的个体较为分散.本研究结果还认为人工栽培利用的方式对魔芋属植物遗传多样性可能存在一定影响.     

浙江天台山不同海拔高度七子花种群遗传多样性及其与环境因子的相关性分析

采用RAPD技术对浙江天台山3个海拔高度的七子花(Hepatacodium miconioides)天然种群的遗传多样性、遗传分化以及与环境因子的相关性进行了研究.12种随机引物在60株个体中共检测到122个可重复的位点.3个种群多态位点百分率为18.85%～23.77%,平均为21.86%,表明各种群的遗传多样性水平比较低.3个种群Shannon和Nei指数平均为0.132 9、0.092 5,其值较低.虽然3个种群所分布的地理范围小,但种群间存在明显的遗传分化,Shannon指数所显示的总遗传多样性中,种群内占33.58%,种群间占66.42%.Nei指数显示的种群间遗传分化系数为0.654 6.种群间的基因流很小,仅为0.265 6.3个七子花种群间的遗传相似度平均为0.712 6,遗传距离平均为0.341 2.海拔990 m种群与海拔780 m种群的遗传相似度较高,海拔500 m种群与其它两种群的相似度较低.七子花种群内的遗传多样性与土壤总氮呈极显著的正相关.     

水藓科植物遗传多样性研究

利用ISSR分子标记方法对不同地区的13份水藓科植物进行遗传多样性分析,结果表明,稳定且重复性高的7条引物共扩增出526条清晰的条带,其中518条具有多态性,平均多态性位点比率为98.47%.运用PopGen-32软件分析发现,等位基因数Na=1.736 3,有效等位基因数Ne=1.306 2,Nei基因的多样性与Shannon信息的指数分别为0.201 5和0.321 1,说明水藓科植物的遗传多样性比较丰富.13份水藓科植物的遗传分化系数Gst、遗传距离D与遗传一致度I分别为0.025 3、0.007 1和0.054 7,对其进行计算得知,不同属种间存有基因交流,但与种间变异相比,种群内部的遗传变异较大.通过NTSYS2.1软件对13份样本的亲缘关系进行聚类,可将其分为3类,且样本的遗传距离与地理位置有一定的相关性.     

湖北大麦品种资源的RAPD分析

在对105份湖北栽培大麦酯酶同工酶研究的基础上,采用RAPD技术对分属于8种酶谱类型的10份湖北栽培大麦品种进行了研究.63个随机引物中有12个引物产生稳定多态性的带,共扩增出73条带,其中46条表现出多态性.将每一条带视为一个独立的性状,按其有无列出二元数据矩阵,计算Nei氏相似性系数(S)和遗传距离(D),列出遗传距离矩阵,采用PHYLIP3.5c软件包进行聚类.讨论了RAPD的稳定性以及RAPD标记与同工酶标记的异同.     

黄颡鱼RAPD标记及其遗传多样性的初步分析

以雌、雄黄颡鱼DNA池为模板,从422个引物中筛选出61个RAPD反应重复性好、带型清晰明亮的引物,这些引物可用于黄颡鱼的分子标记或鉴定.采用10～11个引物先后对两批黄颡鱼（简称群体A和群体B）进行群体RAPD多样性分析.在群体A（21尾）中共检测到95个位点,其中27个为多态位点占总位点数28.42%,其群体Nei&Li氏遗传相似率为90.67%,Shannon信息指数为0.0918比特;在群体B中共检出46个位点,其中多态位点12个占26.09%,其群体Nei&Li氏遗传相似率为93.27%,Shannon信息指数为0.0670比特.黄颡鱼的遗传多样性比已报道的普通鲫鱼和野生稀有鲫的低而高于长江鳙鱼.     

普通鲫鱼的RAPD标记及其遗传多样性

采用了387个引物对普通鲫鱼进行了RAPD(random amplified polymorphic DNA)分析,筛选出了31个重复性好、可用于普通鲫鱼RAPD标记的引物．另用8个引物对普通鲫鱼(20尾)进行了遗传多样性分析：这8个引物共检出45个位点,其中多态性位点数24个,占总位点数的53．33％;据个体间共有带数和Nei′s遗传相似率计算公式,计算出普通鲫鱼平均遗传相似率为88．68％．上述两项指标的初步分析表明,普通鲫鱼具有较为丰富的遗传多样性．     

珍稀植物日本荚蒾遗传多样性的ISSR分析

日本荚蒾是浙江省重点保护野生植物,种群数量极为稀少,仅零星分布于部分海岛。在野外调查的基础上,对8个居群共125份日本荚蒾样品进行了ISSR遗传多样性分析。从100条ISSR通用引物中筛选出7条引物用于ISSR-PCR,共扩增得到240个谱带,其中多态性谱带232个。在物种水平上,日本荚蒾的多态性位点百分比（PPB）达96.67%,Nei’s基因多样性指数（H）为0.227 3,Shannon’s信息指数（I）为0.358 1,具有较高的遗传多样性;在居群水平上,日本荚蒾的PPB为32.61%,H为0.073 1~0.136 3,均值为0.108 8;I为0.109 2~0.205 1,均值为0.164 2;居群间基因分化系数（Gst）为0.527 1,基因流（Nm）为0.448 7,遗传距离为0.098 2~0.254 0;聚类分析结果表明,同一地理来源的日本荚蒾大多聚为一类,呈一定的地域分布规律。日本荚蒾遗传多样性水平高,但主要存在于居群间,岛屿之间的地理隔离可能是遗传分化的主要原因。     

泽苔草居群内遗传多样性

采用RAPD分子标记对泽片学湖甲膈群10个家系共60个子代样品进行了家系间及家系内的遗传多样性分析，12个有效引物共广：生91条带，其中83条带表现出多态性，占91．21％．各个家系的基因多样性在0.1l～0.23之间（家系水平为0．27），Shannon指数在0．17～0.34之间（家系水半为0．41）．分子变异分析（AMOVA）结果显示家系间的基因分化系数（Gst）为0．277，说明家系问的遗传变异占27．7％，家系内的遗传变异占72．31％，家系间和家系内的变异均极显著（P〈0.001）．基于家系间的遗传分化系数（Gst）估测家系间的基因流（Nm）为0.65．采用UPGMA法埘所有子代聚类结果表明：同一家系的子代个体并不能完全聚在一起．     

水蕨的生境及其遗传多样性分析

对分布在中国的24个现存水蕨种群和历史记载曾经分布但现已绝迹的22个水蕨种群原产地进行了广泛调查，发现绝迹种群所在地的原生境已遭到严重破坏，其水体pH值和电导率的平均值都高于现存种群所在地（P〈0．05）．结果表明水蕨的濒危与水生生境破坏和丧失密切相关．用inter-简单重复序列（ISSR）标记分析了13个水蕨种群遗传多样性．总的多态位点百分率（PPB）为65．19％．分子变异分析（AMOVA）表明种群间的遗传变异为33．91％．结果显示水蕨在物种水平具有一个中间水平的遗传多样性和种群间低的遗传变异．孢子扩散引起的高的基因流可能是导致水蕨种群间低的遗传变异的主要原因．     

中国西藏与中东地区近缘野生大麦遗传多样性的SSR标记分析

应用简单重复序列（SSR）标记方法对90个近缘野生大麦样本进行了遗传多样性分析，其中包括45份中国西藏近缘野生大麦样本和45份中东地区近缘野生大麦样本．从大麦的7个连锁群中选取27对引物用于PCR扩增，结果有11对引物扩增出有效多态性片段．11对引物共检测到126个等位变异位点，每对引物检测到5～22个SSR等位变异位点，平均每对引物检测到11．45个等位变异位点．中国西藏近缘野生大麦比中东地区近缘野生大麦平均每对引物多检测出2个位点．SSR结果采用NTSYS软件进行相似性系数计算，POPGNEN32软件进行遗传多样性系数计算，算术平均的非加权成对分组法（UPGMA法）构建聚类树状图，结果表明中国西藏近缘野生大麦样本比中东地区近缘野生大麦样本具有更高的遗传多样性，这为大麦的东方起源学说提供了新的佐证．     

新疆五种蝗虫的生化遗传学研究

应用同工酶技术,对隶属于两科五属的五种蝗虫的乳酸脱氢酶(LDH)同工酶、酯酶(EST)同工酶和苹果酸脱氢酶(MDH)同工酶进行了生化遗传学研究,共分析了7个基因位点,采用Nei(1972)的公式,计算各位点上等位基因的频率,求出标准遗传距离(D)和物种分化时间(t),并进行了聚类分析,得出以三点结论:1.五种蝗虫种间LDH,EST和MDH在基因位点的表达,各位点上等位基因的分布以及同一位点上各等位基因的频率三方面均具有明显差异。2.这五种蝗虫及所分析的7个基因位点,都表现出较高程度的基因分化和遗传多态现象。3.初步确定了这五种蝗虫种间的亲疏关系及物种分化时间。