黄颡鱼RAPD标记及其遗传多样性的初步分析

以雌、雄黄颡鱼DNA池为模板,从422个引物中筛选出61个RAPD反应重复性好、带型清晰明亮的引物,这些引物可用于黄颡鱼的分子标记或鉴定.采用10～11个引物先后对两批黄颡鱼（简称群体A和群体B）进行群体RAPD多样性分析.在群体A（21尾）中共检测到95个位点,其中27个为多态位点占总位点数28.42%,其群体Nei&Li氏遗传相似率为90.67%,Shannon信息指数为0.0918比特;在群体B中共检出46个位点,其中多态位点12个占26.09%,其群体Nei&Li氏遗传相似率为93.27%,Shannon信息指数为0.0670比特.黄颡鱼的遗传多样性比已报道的普通鲫鱼和野生稀有鲫的低而高于长江鳙鱼.     

黄颡鱼MyoD基因的克隆及其表达

采用RT-PCR和RACE(cDNA末端快速扩增)方法克隆黄颡鱼MyoD(myogenic differentiation antigen,成肌分化抗原)基因的cDNA全长序列,对其进行生物信息学和在雌雄个体组织中的表达差异分析.结果表明,黄颡鱼MyoD基因编码区由810个碱基组成,编码269个氨基酸,其中第1～89个氨基酸为Basic区,第90～141个氨基酸为bHLH结构;黄颡鱼的MyoD基因与斑点叉尾鮰的同源性最高为93%.在雌雄成体组织中的表达分析显示,雄性个体中肌肉和胃组织中的表达量极显著高于雌性个体(p<0.01),雌性个体的肾脏和鳃组织中的表达量显著高于雄性(p<0.05).通过MyoD基因在雌雄个体中表现出的组织表达差异,认为这可能是造成黄颡鱼雌雄生长差异的重要因素之一.     

黄颡鱼酶组织化学活性

黄颡鱼在江西境内五河中均有分布,对生态环境适应力强,具有很强的抗病能力。本文应用酶组织化学方法观察了江西省境内赣江不同河段(上、中下游)丰水期黄颡鱼肝、肠的Mg2+-ATPase、碱性磷酸酶(AKP)和酸性磷酸酶(ACP)的酶活性。并同时对取样这些河段的水质进行检测。在丰水期赣江流域重金属含量均呈现两端重,中间轻的特点,各河段含氧量几乎相同,没有明显的差异。结果显示:黄颡鱼肝、肠Mg2+-ATPase、碱性磷酸酶和酸性磷酸酶的酶活性存在地区差异性。在上游3种酶活性最高,中游3种酶活性最低,下游3种酶活性居中。 更多还原     

鮰爱德华氏菌灭活疫苗对黄颡鱼免疫效果

为建立一种环境友好型防治黄颡鱼鮰爱德华氏菌病的方法,利用从患病黄颡鱼脑部组织分离出的致病菌株JXHS制备黄颡鱼鮰爱德华氏菌的灭活疫苗。以平均体重为15~20g的健康黄颡鱼为实验对象,免疫组腹腔注射0.2mL浓度为3.0×109 CFU·mL-1的免疫原,对照组注射等量0.65%灭菌生理盐水,分别在注射7、14、21、28d后随机从两组各取30尾实验鱼,尾静脉采血,检测免疫鱼的血清凝集抗体效价、白细胞吞噬活性(PP)、吞噬指数(PI)、溶菌酶(LSZ)、碱性磷酸酶(AKP)、酸性磷酸酶(ACP)等免疫指标的变化。结果表明:鮰爱德华氏菌灭活疫苗对黄颡鱼具有较强的免疫原性,与对照组相比,血清凝集抗体效价在免疫14、21和28d显著升高;PP、PI和LSZ在所有采样时间点均显著上升;LSZ在免疫7、14、21和28d均显著上升;AKP在免疫14、21和28d活力显著上升;ACP在免疫7、14和21d活力显著上升。血清凝集抗体效价、PP、PI、LSZ和AKP均在21d达到峰值,而ACP在免疫7d后达到峰值。免疫30d后鮰爱德华氏菌攻毒结果表明,鮰爱德华氏菌灭活疫苗对黄颡鱼有较高的免疫保护作用,免疫保护率达到70.2%。由此可见,利用从病鱼体内分离的鮰爱德华氏菌菌株制备的灭活疫苗可提高黄颡鱼的免疫力并有效抵御鮰爱德华氏菌的攻击。     

中国西藏与中东地区近缘野生大麦遗传多样性的SSR标记分析

应用简单重复序列（SSR）标记方法对90个近缘野生大麦样本进行了遗传多样性分析，其中包括45份中国西藏近缘野生大麦样本和45份中东地区近缘野生大麦样本．从大麦的7个连锁群中选取27对引物用于PCR扩增，结果有11对引物扩增出有效多态性片段．11对引物共检测到126个等位变异位点，每对引物检测到5～22个SSR等位变异位点，平均每对引物检测到11．45个等位变异位点．中国西藏近缘野生大麦比中东地区近缘野生大麦平均每对引物多检测出2个位点．SSR结果采用NTSYS软件进行相似性系数计算，POPGNEN32软件进行遗传多样性系数计算，算术平均的非加权成对分组法（UPGMA法）构建聚类树状图，结果表明中国西藏近缘野生大麦样本比中东地区近缘野生大麦样本具有更高的遗传多样性，这为大麦的东方起源学说提供了新的佐证．     

云南南部5种魔芋属植物居群遗传结构的ISSR分析

采用9个ISSR(inter-simple sequence repeat)分子标记对云南南部魔芋属植物5个物种(花魔芋,疣柄魔芋,攸乐魔芋,勐海魔芋和屏边魔芋)105份材料进行了居群遗传多样性分析.通过PCR扩增,9个ISSR引物从5个物种105份样品中共获得95条条带,其中多态性条带占条带总数的100%.每个位点平均等位基因数2.00,有效等位基因数1.40,平均Nei’s基因多样性指数0.255 2,Shannon’s信息多样性指数为0.401 2.在这5个魔芋属植物物种中,花魔芋居群内遗传多样性水平相对较低.居群水平上的UPGMA聚类表明这5个物种可被分为明显的两大组,花魔芋为一组,其余4种构成一组,其中屏边魔芋与疣柄魔芋遗传距离最近.个体水平上的聚类则显示,花魔芋和疣柄魔芋的个体各自聚在一起,其余3种的个体较为分散.本研究结果还认为人工栽培利用的方式对魔芋属植物遗传多样性可能存在一定影响.     

水蕨的生境及其遗传多样性分析

对分布在中国的24个现存水蕨种群和历史记载曾经分布但现已绝迹的22个水蕨种群原产地进行了广泛调查，发现绝迹种群所在地的原生境已遭到严重破坏，其水体pH值和电导率的平均值都高于现存种群所在地（P〈0．05）．结果表明水蕨的濒危与水生生境破坏和丧失密切相关．用inter-简单重复序列（ISSR）标记分析了13个水蕨种群遗传多样性．总的多态位点百分率（PPB）为65．19％．分子变异分析（AMOVA）表明种群间的遗传变异为33．91％．结果显示水蕨在物种水平具有一个中间水平的遗传多样性和种群间低的遗传变异．孢子扩散引起的高的基因流可能是导致水蕨种群间低的遗传变异的主要原因．     

西藏近缘野生大麦RAPD和ISSR分子标记的遗传多样性

采用随机扩增多态性分析（RAPD）和简单序列重复区间分析（ISSR）分子标记对110份青藏高原近缘野生大麦材料进行了遗传多样性分析．分别选取30条RAPD引物和10条ISSR引物进行PCR分析．结果表明30条RAPD引物共扩增出195条带，其中多态性位点比率为93．33％；10条ISSR引物共扩增出93条带，其中多态性位点比率为98．92％；研究证明ISSR标记能检测出比RAPD标记更多的遗传多态性．利用POPGNEN32软件对RAPD和ISSR结果进行遗传一致性系数分析，表明各居群的遗传相似性较高．利用算术平均的非加权成对分组法（UPGMA法）对RAPD标记和ISSR标记结果构建西藏近缘野生大麦聚类树状图，可将7个供试大麦居群聚为2组：一组包含所有来自西藏的居群，在ISSR树状图中阿里地区除外；而青海地区的聚为另外一组．结果表明，西藏地区近缘野生大麦具有较高的遗传多样性，为进一步证明西藏是大麦的起源中心之一的理论积累了有益的资料．     

中国珍稀濒危特有蕨类植物--云贵水韭的遗传多样性

采用随机扩增的多态性DNA（RAPD）方法对云贵水韭现存于贵州平坝境内的惟一的自然居群46个样晶进行厂DNA多态性分析．从60个随机引物中l筛选出12个有效引物，共产生95条DNA片段，其巾59条具有遗传多忿性，多态化点百分率（PPB）为62．1％．与其他蕨类植物相比，云贵水韭居群内存仵较高水平的遗传多样性，较高水甲的遗传多样性，一方面可能足由丁遗传变异长期积累的结果，同时也可能是近期生境的破坏还没有较严晕地到使其遗传多样性丧失．随符居群规模的减小，云贵水韭的遗传多样性将会逐渐丧失，建议用现存于平坝居群的云贵水北材料对其居群进行了恢复重建．     

不同土层土壤细菌的遗传多样性及其与环境因子的相关性

利用RAPD技术分析了浙江省天台山次生灌丛群落不同土层（G1层土深0～5cm、G2层土深5～10cm。G3层土深10～15cm）土壤细菌的遗传多样性及遗传分化．结果显示11种随机引物在27个土壤样品中共检测到168个可重复的位点，G1和G2土层的多态位点百分率均为88．10％，G3土层的多态位点百分率为87．50％，总的多态位点百分率达100％．Shannon信息指数和Nei基因多样性指数估算的不同土层的遗传多样性的高低顺序均为G1〉G2〉G3．不同土层细菌的遗传多样性与可培养细菌数量呈极显著的正相关，与土壤pH值呈显著性正相关，与其它土壤因子的相关性不大．Shannon信息指数与Nei基因多样性指数估算的结果都说明不同土层细菌群落大部分的变异存在于土层内，土层间的遗传分化很低．Nei指数估算的土层问的基因分化系数（Gst）为0．0701，不同土层间具有很高的基因流（Nm=6．63）．AMOVA分子变异分析显示在总的遗传变异中，3．90％的变异发生在土层间。96.10％的变异发生于土层内，土层问的遗传分化不显著（Φst=0．039，P〈0．001）．从土层间的遗传相似度来看，G1与G2两土层的遗传相似度最高．根据土壤细菌不同土层群落间的遗传距离，采用uPGMA法进行聚类，G1土层与G2土层先聚在一起，再与G3土层聚在一起．     

大花无柱兰遗传多样性的SRAP标记分析

大花无柱兰是一种珍稀兰科植物,具有一定的观赏和药用价值,但数量十分稀少,该物种亟待保护。本研究采用SRAP分子标记技术,对10个居群的115份DNA样品进行PCR扩增,并开展遗传多样性分析。从81对引物中筛选出9个条带清晰、多态性好、重复性高的引物组合,共扩增得到305条谱带。在物种水平上,多态性比率（PPB）为100%,Nei’s基因多样性指数（H）为0.209 8,Shannon’s指数（I）为0.340 2;在居群水平上,PPB为24.59%～52.13%,H为0.079 6～0.165 5,I为0.120 9～0.252 3。居群水平上,基因分化度（Gst）为0.520 9,基因流（Nm）为0.459 9,遗传距离为0.091 9～0.198 4。UPGMA聚类结果表明,10个居群可分为3大类,地理距离相近的居群优先聚集。大花无柱兰的遗传多样性较为丰富,居群间存在一定的遗传分化和基因交流,可采用就地保护和人工栽培等方式加以保护。     

大花无柱兰遗传多样性的SRAP标记分析

大花无柱兰是一种珍稀兰科植物,具有一定的观赏和药用价值,但数量十分稀少,该物种亟待保护。本研究采用SRAP分子标记技术,对10个居群的115份DNA样品进行PCR扩增,并开展遗传多样性分析。从81对引物中筛选出9个条带清晰、多态性好、重复性高的引物组合,共扩增得到305条谱带。在物种水平上,多态性比率（PPB）为100%,Nei’s基因多样性指数（H）为0.209 8,Shannon’s指数（I）为0.340 2;在居群水平上,PPB为24.59%～52.13%,H为0.079 6～0.165 5,I为0.120 9～0.252 3。居群水平上,基因分化度（Gst）为0.520 9,基因流（Nm）为0.459 9,遗传距离为0.091 9～0.198 4。UPGMA聚类结果表明,10个居群可分为3大类,地理距离相近的居群优先聚集。大花无柱兰的遗传多样性较为丰富,居群间存在一定的遗传分化和基因交流,可采用就地保护和人工栽培等方式加以保护。     

濒危植物长叶榧群体不同年龄级遗传多样性的RAPD和ISSR分析

按胸径将浙江省桐庐县白云源森林公园长叶榧群体划分为成体、小树、幼苗3个年龄级,利用RAPD和ISSR分子标记对不同年龄级的遗传多样性及遗传分化进行分析.12个RAPD引物和12个ISSR引物分别扩增出199和180个条带,总多态位点百分率分别为44.72%和56.11%.RAPD和ISSR分析均显示3个年龄级的多态位点百分率、Shannon信息指数、Nei指数以成体最高,小树次之,幼苗最低,表明长叶榧群体遗传变异呈衰退趋势.分子方差分析(AMOVA)表明长叶榧群体不同年龄级内、年龄级间均存在遗传变异,但遗传变异主要存在于年龄级内.RAPD和ISSR分析显示,长叶榧群体不同年龄级间的遗传分化系数(Gst)分别为0.2869、0.3077,基因流(Nm)分别为1.2412、1.1231.长叶榧群体不同年龄级间的遗传相似度以幼苗与小树最高,遗传距离以幼苗与小树间最小.在长叶榧群体不同年龄级中,ISSR能检测到比RAPD更多的遗传变异,经Mantel检验,两种分子标记的分析结果相关性极显著.     

象山港黄墩支港菲律宾蛤仔种群COI和ITS1基因序列特征及遗传多样性分析

为了解象山港黄墩支港菲律宾蛤仔种质资源的遗传多样性现状, 采用COI和ITS1分子标记对该种群进行了基因序列特征和遗传多样性分析. 结果表明 在该种群30个个体中扩增得到的COI基因序列长度均为709bp, ITS1序列长度范围在693~729bp(共有746个位点). COI基因序列的位点中有670个保守位点(占94.50%)、39个变异位点(占5.50%); ITS1序列的位点中有保守位点671个(占89.95%)、变异位点62个(占8.31%)和缺失/插入位点13个(占1.74%). COI基因序列的保守性高于ITS1序列. 在COI基因序列中碱基(A+T)的占比(65.84%)高于(C+G), 而ITS1序列中则是碱基(A+T)占比(37.59%)低于(C+G). COI和ITS1序列的遗传距离分析均显示群体内遗传分化不明显. 基于COI基因序列和ITS1序列构建的遗传进化树显示 各科贝类分别相聚, 象山港菲律宾蛤仔位于帘蛤科的分支中, 其COI序列与杂色蛤进化关系最近. 遗传进化树中各种贝类的聚类关系与传统分类学结果相一致, 可作为分类的参考. COI和ITS1序列的平均核苷酸差异数分别为5.497和6.549, 核苷酸多样性指数分别为0.00775和0.00973, 单倍型数目分别为21和28, 单倍型多样性分别为0.963和0.993, 根据COI和ITS1两个序列计算得到的菲律宾蛤仔象山港群体单倍型多样性均大于0.5, 核苷酸多样性指数均大于0.005, 表明该种群遗传多样性丰富, 并处于稳定状态. 本研究结果补充了菲律宾蛤仔遗传多样性方面的研究资料, 并可为象山港菲律宾蛤仔种质资源保护和遗传育种提供理论基础.     

珍稀植物日本荚蒾遗传多样性的ISSR分析

日本荚蒾是浙江省重点保护野生植物,种群数量极为稀少,仅零星分布于部分海岛。在野外调查的基础上,对8个居群共125份日本荚蒾样品进行了ISSR遗传多样性分析。从100条ISSR通用引物中筛选出7条引物用于ISSR-PCR,共扩增得到240个谱带,其中多态性谱带232个。在物种水平上,日本荚蒾的多态性位点百分比（PPB）达96.67%,Nei’s基因多样性指数（H）为0.227 3,Shannon’s信息指数（I）为0.358 1,具有较高的遗传多样性;在居群水平上,日本荚蒾的PPB为32.61%,H为0.073 1~0.136 3,均值为0.108 8;I为0.109 2~0.205 1,均值为0.164 2;居群间基因分化系数（Gst）为0.527 1,基因流（Nm）为0.448 7,遗传距离为0.098 2~0.254 0;聚类分析结果表明,同一地理来源的日本荚蒾大多聚为一类,呈一定的地域分布规律。日本荚蒾遗传多样性水平高,但主要存在于居群间,岛屿之间的地理隔离可能是遗传分化的主要原因。     

凤阳山白豆杉各群落区系组成和物种多样性的比较研究

在对凤阳山白豆杉种群进行野外调查的基础上,分析了其群落的区系及物种多样性．结果表明：凤阳山白豆杉群落中共有维管植物59科104属160种（含变种）,其中蕨类植物5科6属8种,裸子植物4科7属8种,被子植物49科88属142种．区系成分复杂,大部分属于温带和热带分布类型,其中温带类型占总属数的58．95％,热带类型占36．84％．白豆杉分布的群落中常绿阔叶林的物种丰富度指数显著高于矮曲林和针阔叶混交林,优势度和多样性指数则是常绿阔叶林〉猴头矮曲林〉针阔叶混交林．在群落的垂直结构中,各多样性指数一般表现为灌木层〉乔木层〉草本层．     

一种基于整体退火遗传算法的动态IR Drop分析新方法

提出了一种基于整体退火遗传算法的动态IR drop分析方法.该方法在经典遗传算法基础上,引入父代竞争和适应函数模拟退火处理,优化了动态分析的输入向量,加快了分析速度.实验表明,与经典遗传算法相比,该方法提高了动态IR drop分析的准确性,提高了算法收敛速度,繁殖代数平均减少了35%,分析结果改进了10%左右.     

外来种黑荆树的群落特征及其对物种多样性的影响

以温州地区黑荆树(Acacia mearnsii)入侵群落为对象,采用样方法对10个样地进行了群落学调查,研究其群落的种类组成、区系特点、数量特征和物种多样性,探讨了黑荆树对群落物种多样性的影响.结果表明:①群落中共出现了225种维管束植物,分属于77科162属;②在种子植物属的分布区类型上,属于热带类型的有74属,占总属数的51.10%;温带类型50属,占总属数的34.48%;③群落可分为3种类型,其成层现象不明显,上木层中以黑荆树的优势度最大;下木层的物种丰富,各样地黑荆树的重要值有较大差异;草本层密度大,其中芒萁等蕨类植物占比较大的优势;④在常绿阔叶林样地中,群落的Simpson指数及Shannon-Wiener指数与黑荆树重要值成负相关,这与人为影响、其自身特性和自然恢复过程有关;⑤目前,温州的黑荆树群落在人工林部分砍伐后开始的次生演替还处在初级阶段,要自然恢复到近原生植被的面貌还需很长时间.