正常组织和胰腺癌组织中差异表达蛋白的鉴定

采用双向凝胶电泳和生物质谱技术, 对12对胰腺癌组织和癌旁组织样品、3个胰腺良性疾病样品、3个正常胰腺组织样品的蛋白质进行了分离和鉴定, 获得了重复性较好的双向凝胶电泳图谱; 鉴定了胰腺癌和癌旁组织的差异表达蛋白质, 发现了30个差异表达蛋白质; 应用MALDI-TOF-MS/MS技术对差异表达蛋白质进行鉴定, 共有24个蛋白质得到鉴定, 其中15个蛋白质在胰腺癌组织中表达上调, 9个蛋白质表达下调. 这些蛋白质与胰腺癌的发生相关, 可能成为胰腺癌的分子标志物和药物治疗的靶蛋白.     

乙型肝炎病毒相关性肝癌患者的比较蛋白质组学研究

筛选并鉴定了乙型肝炎病毒(HBV)相关性肝癌的血清差异表达蛋白. 采用蛋白芯片及表面增强激光解吸电离飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)技术对正常人与乙型肝炎病毒相关性肝癌患者术前血清分别进行检测, 共发现了44个差异蛋白, 其中21个上调, 23个下调. 通过高效液相色谱技术分离纯化其中表达差异最明显的蛋白, 并进行质谱鉴定. 通过蛋白功能结果分析表明, 这些蛋白的差异表达可能与乙型肝炎病毒相关性肝癌的发生机制密切相关.     

蛋白质组学技术筛选与鉴定癫痫疾病的差异蛋白质

应用蛋白质组学双向凝胶电泳(Two-dimensional gel electrophoresis, 2DE)和质谱技术, 定量分析和鉴定了癫痫组(n=3)和正常组(n=3)脑组织的差异表达蛋白, 以从蛋白质水平上揭示癫痫病的发机制. 结果表明, 凝胶图谱可辨识2500~3000个蛋白点, 对21个显著差异表达蛋白点进行质谱鉴定和SwissProt数据库检索, 得到17个癫痫差异蛋白, 其中2个蛋白在癫痫组织中表达上调, 15个蛋白表达下调. 部分蛋白与癫痫的关系属首次报道. 这些蛋白与癫痫的发生发展相关, 可能成为癫痫的分子标志物和药物治疗的靶向蛋白.     

中枢神经系统血管母细胞瘤细胞与人脑神经元细胞差异蛋白质分析

以人工培养的中枢神经系统血管母细胞瘤(Central nervous system hemangioblastoma,HB)细胞为研究对象,发展了蛋白质组学分析方法,鉴定了HB细胞与人脑神经元细胞的差异蛋白质.采用在线HPLC串联LTQ-Orbitrap质谱鉴定样品的可溶性蛋白质,得到了HB细胞的蛋白质组表达谱.HB细胞鉴定得到674个蛋白质,神经元细胞鉴定获得531个蛋白质.根据基于肽段鉴定的蛋白质组半定量分析方法对质谱数据进行蛋白质的差异比较分析,发现了波形蛋白(Vimentin),14-3-3 epsilon蛋白和碳酸酐酶Ⅱ(Carbonic anhydrase Ⅱ,CA Ⅱ)等在HB细胞中表达量发生明显变化的蛋白质,并对其进行了免疫组织化学染色分析.结果显示,波形蛋白(Vimentin)、14-3-3 epsilon蛋白以及碳酸酐酶Ⅱ(CA Ⅱ)等蛋白质表达量的改变与HB的发病密切相关,对探索HB的起源有重要意义.     

应用蛋白质组学方法分析猪晶状体不同区域上皮细胞中蛋白质的表达差异

应用蛋白质组学方法分析比较猪晶状体中央和周边上皮细胞的蛋白质表达差异。将32个正常猪晶状体前囊膜所附着于的上皮细胞分为中央和周边两部分，经二维凝胶电泳分离和凝胶考马斯亮兰染色，质谱（MALDI—TOF—MS）鉴定差异蛋白质斑点，并对鉴定的蛋白质进行分类。结果显示来自中央与周边区域的猪晶体上皮细胞的蛋白在二维凝胶上分别有801和886个蛋白质斑点，鉴定出差异表达蛋白84个：差异表达的蛋白质在功能上有一定趋向性，主要涉及代谢、细胞骨架、信号转导／细胞周期／转录因子等。     

血清和血清外泌体的蛋白质组分析及其在肝内胆管癌中的应用

外泌体是由各种类型细胞在正常或非正常生理情况下分泌释放至细胞外且携带多种生物活性分子的细胞外囊泡,在细胞间通讯和免疫应答等生物过程中发挥着重要作用。肝内胆管癌是一种胆道上皮恶性肿瘤,早期无明显临床症状且生存率较低,目前常用的诊断手段包括依赖于影像设备的诊断方式和灵敏度及特异性较低的诊断标志物等,这些手段的不足对发展新的特异性标志物提出了需求。该文对血清中的外泌体进行了分离和表征,并采用液相色谱-质谱技术针对健康组与肝内胆管癌患者组的血清样本和血清外泌体样本进行了无标记定量蛋白质组学分析,分别从两种类型样本中鉴定并筛选到271和430种可信蛋白质。基于血清样本和血清外泌体样本的可信蛋白质定量表达值进行多维统计分析都能将健康组与肝内胆管癌患者组良好地区分开。对血清样本中鉴定到的蛋白质进行差异蛋白质筛选,肝内胆管癌患者组相对于健康组有15个上调和8个下调蛋白质;对血清外泌体样本中鉴定到的蛋白质进行差异蛋白质筛选,肝内胆管癌患者组相对于健康组有33个上调和18个下调蛋白质;基于两种样本筛选到的差异蛋白质中仅有4个是重复的,且基于血清外泌体样本的51个差异蛋白质中有35个蛋白质属于外泌体蛋白质数据库。针对差异蛋白质进行生物学信息分析,与差异蛋白质相关的分子功能、生物过程和信号通路主要涉及天然免疫反应、炎症反应和凝血等过程。该研究为发现肝内胆管癌的潜在生物标志物和探究肝内胆管癌的发生、发展和转移等过程提供了参考和借鉴价值。此外,通过比较研究发现血清外泌体样本能够获得较多的差异蛋白质和生物学信息,证明了外泌体作为组学分析样本的价值和应用潜力。     

鼠肝癌淋巴道转移细胞模型的蛋白质组学研究

对2株来源于同一亲本细胞但淋巴道转移力显著不同的小鼠肝癌腹水型细胞株Hca-F(淋巴结转移率75%)和Hca-P(淋巴结转移率25%), 采用荧光差异双向凝胶电泳(2D DIGE)和DeCyder定量分析软件及HPLC-nESI-MS/MS技术, 定量分析和鉴定了小鼠肝癌细胞Hca-F和Hca-P的差异表达蛋白. 结果显示, 有116个蛋白质点表达水平存在明显差异(p<0.05), 在Hca-F中表达上调蛋白质点62个, 下调蛋白质点54个. 对所有116个蛋白质点进行了电喷雾串联质谱鉴定, 共鉴定出109种单一(Unique)蛋白. 其中部分蛋白已被报道与不同类型肿瘤的发生、浸润和转移相关, 多数蛋白质被首次报道与肝癌的淋巴道转移过程直接相关.     

全二维微柱液相色谱-质谱鉴定人胃癌组织中的差异蛋白质

构建了以阳离子交换色谱-反相色谱(SCX-RPLC)为分离模式的新型全二维微柱液相色谱-质谱分离平台.采用了醋酸铵缓冲液梯度洗脱,实现了第一维肽段的分步洗脱,洗脱的肽段经富集除盐后通过接口进入反相色谱微柱,通过线性梯度实现第二维进一步分离,最后进入质谱进行检测.采用此平台分析了人胃癌组织与正常组织提取蛋白质信息,其中正常胃组织鉴定蛋白质数为537个,而癌症组织鉴定蛋白质数目为506个.对胃癌和正常组织两种提取蛋白质酶解产物的蛋白质检索结果进行比较分析,将鉴定的蛋白质按照物理性质进行分布,找出正常组织与癌症组织间蛋白质差异,筛选出一种可能发生变异的癌症特有蛋白.     

4-(2-苄氧基乙氧基羰基)氧杂环丁-2-酮的合成及表征

通过16例人肺鳞癌和小细胞肺癌组织中表达蛋白的二维电泳分离和质谱分析,经数据库检索鉴定了53个蛋白,其中24个蛋白与肺癌发病机制相关,4个蛋白在其它癌症中有报道,表达呈现差异的蛋白点有44个,其中34个在表达量上有差异,lO个蛋白在鳞癌和小细胞癌间表现为有和无的关系,蛋白功能分析提示人肺鳞癌与小细胞癌的蛋白质组表达存在差异,分析这些差异蛋白有利于肺癌分型及其生物标志物研究。     

肺鳞癌和小细胞肺癌组织比较蛋白质组学研究

通过16例人肺鳞癌和小细胞肺癌组织中表达蛋白的二维电泳分离和质谱分析,经数据库检索鉴定了53个蛋白,其中24个蛋白与肺癌发病机制相关,4个蛋白在其它癌症中有报道.表达呈现差异的蛋白点有44个,其中34个在表达量上有差异,10个蛋白在鳞癌和小细胞癌间表现为有和无的关系.蛋白功能分析提示人肺鳞癌与小细胞癌的蛋白质组表达存在差异,分析这些差异蛋白有利于肺癌分型及其生物标志物研究.     

液相等电聚焦技术结合液相色谱-质谱联用技术分析鼠肝全蛋白

利用液相等电聚焦预分离技术结合液相色谱-质谱(LTQ-Orbitrap)联用技术,研究了C57小鼠肝脏的蛋白质表达谱.质谱分析结果采用Max Quant1.4.1.2软件搜索数据库,共鉴定出3474个蛋白(2个以上唯一肽段).用DAVID在线工具、GO分类工具和IPA软件对鉴定蛋白进行生物信息学分析,单独发现832个新蛋白.研究结果表明,通过基于等电点和亲疏水性的两维分离,提高了质谱鉴定蛋白数,可以鉴定出更多低丰度蛋白.     

纳升电喷雾串联质谱鉴定重组人甲状旁腺素(1-34)

用先进的纳升电喷雾-四极杆-飞行时间串联质谱鉴定重组人PTH(1-34)。通过ESI-MS测定重组人PTH(1-34)分子量及MS/MS对其胰蛋白酶酶解后的肽段的序列和数据库查询进行结构鉴定。重组PTH(1-34)测定分子量为4115.21,与理论值相比测定相差0.06%。MS/MS测定出其中双电荷离子峰m/z728.4肽段序列为VSEIQLMHNLG,以及其他3个单电荷离子峰的序列。数据库检索后确定重组表达的PTH(1-34)一级结构完全正确,纳升电喷雾串联质谱以其灵敏、快速和准确为蛋白质鉴定提供了有效的手段。     

纳米颗粒预富集方法辅助质谱分析在蛋白质组学中的最新进展

由于生物样本中蛋白质含量的动态范围跨越多个数量级,快速、高效的蛋白质分离富集是低丰度蛋白质成功鉴定的关键.一些具有重要生物学意义的蛋白质的表达量通常很低,预富集就成了这些蛋白质获得成功质谱鉴定和分析的必备条件.富集的主要目的就是有选择性地从复杂生物样本中分离目标分子,从而达到降低样本复杂程度,辅助后续质谱高灵敏鉴定.近些年来,将纳米颗粒引入到这一领域大大促进了富集技术的发展.在本文中,我们集中介绍了近年来发展起来的,利用不同的纳米颗粒,富集低丰度和特定翻译后修饰的蛋白质或多肽并适合质谱鉴定的蛋白质预处理技术.     

用于相对和绝对定量的等量异位标签-二维液相色谱-串联质谱法分析雌二醇和血清剥夺对乳腺癌细胞内蛋白质含量的影响

雌激素和血清中的激素及各种生长因子在乳腺癌的发生、发展过程中发挥着重要的作用。研究雌激素和血清对乳腺癌细胞中蛋白质组成和含量的影响对于阐明雌激素和血清对乳腺癌细胞影响的分子机理具有重要的意义。利用四重用于相对和绝对定量的等量异位标签(isobaric tags for relative and absolute quantification, iTRAQ)标记结合二维液相色谱-串联质谱(two-dimensional liquid chromatography-tandem mass spectrometry, 2D-LC-MS/MS)对雌二醇(17β-oestradiol, E2)和血清各自以及共同作用对MCF7乳腺癌细胞内蛋白质表达的影响进行了比较,共鉴定到置信度在95%以上的蛋白质576种,其中各组相对于正常培养组的细胞共找到26种差异在1倍以上的蛋白质,其中10种上调,16种下调。研究发现E2和血清可显著影响细胞内与蛋白质合成相关的蛋白质的水平。实验结果表明: iTRAQ-LC-MS/MS是进行多个样品差异蛋白组比较的一种有效方法。     

人卵巢癌耐药细胞株的比较蛋白质组分析

本文采用高分辨二维凝胶电泳分离技术对人卵巢癌细胞株COC1及其耐药细胞株COC1/DDP中的蛋白质进行分离和差异表达分析, 应用基质辅助激光解吸电离-飞行时间质谱对酶解多肽进行测定[即测定蛋白质的肽质量指纹图(Peptide mass fingerprinting, PMF)], 并通过相应的数据库搜索来鉴定蛋白质. 为获得更准确的检索结果, 采用串联质谱技术对各肽段进行氨基酸测序, 并应用IPI-HUMAN数据库对上述检索结果进一步加以确认.      

血清磷酸化肽的分离富集和质谱定量及其作为潜在肿瘤标志物的评价

血清中磷酸化肽种类和浓度的变化既能反映人体内蛋白质水解酶活性的变化,又能反映蛋白质翻译后磷酸化的水平,业已成为肿瘤标志物寻找和发现的重要目标。因而,血清中磷酸化肽的鉴定及其定量分析在具有临床应用价值的肿瘤标志物的筛选与发现中起着重要作用。由于血清中的内源性磷酸化肽丰度极低,在质谱分析中的离子化效率不高,且受到来自高丰度非磷酸化肽和蛋白质的信号抑制及干扰,血清中磷酸化肽的质谱定量分析是分析化学研究中的一个巨大挑战。文章对血清磷酸化肽的分离富集、质谱定量分析及其作为肿瘤标志物的筛选和评价等3个方面的研究进展进行总结、评述,并展望该领域的未来研究趋势和应用前景。     

基于在线二维色谱的不同生长时期鹿茸的比较蛋白质组分析

建立了基于在线二维弱阴离子交换色谱-反相液相色谱(2D-WAX-RPLC)的蛋白质分离系统,并用于不同生长时期鹿茸的比较蛋白质组分析。以5种标准蛋白质的混合物为样品,考察了系统的重现性。通过改变标准蛋白质之间的浓度比,研究了该系统进行蛋白质相对定量的能力。在此基础上,针对4个不同生长时期的鹿茸样品,分别采用5种不同的方法进行蛋白质提取,经2D-WAX-RPLC分离后,收集各生长时期对应蛋白质的峰高最大比超过2的组分。酶解后,采用微柱反相液相色谱-串联质谱(μRPLC-MS/MS)进行肽段的分离鉴定;共从9个差异蛋白质峰中鉴定到了22个差异蛋白质。研究结果表明,利用基于蛋白质水平的在线二维液相色谱分离技术找寻差异蛋白质,具有重现性好、自动化程度高等优点,可用于开展比较蛋白质组学的研究。     

利用谱图校正提高色谱-质谱联用的分析效率

在使用对二甲基亚砜（DMSO）和NEDD8激活酶抑制剂（MLN4924,MLN）刺激的人脐静脉内皮细胞（HUVEC）内的蛋白质进行分析的过程中,利用Progenesis LC-MS软件对色谱图进行了保留时间的校正,并比较了同组分多次重复实验中的谱图相似率及两种刺激下细胞内蛋白质色谱图的相似度。样品经双酶切处理后,加入QconCAT标准蛋白质混合物作为参照,经高效液相色谱-串级质谱分离,后续又对谱图进行了校正与分析。经过谱图校正,将蛋白质鉴定结果从7000个左右提高到8000个以上,提高了蛋白质的鉴定效率。在利用谱图计数进行相对定量时,还分析了DMSO和MLN分别刺激HUVEC后细胞内的蛋白质差异在1000个左右,并给出了校正后的色谱总离子流图的相似度比较。相比其他方法更为简单快捷和流程化,具有高通量高灵敏度的优点。     

基于磁珠分离的生物质谱技术用于急性白血病疗效评价

基于磁珠分离的生物质谱技术,建立急性白血病疗效的血清评价方法。通过对质控血清的连续检测分析,日间及日内重复性均达国际标准,确保血清多肽分析体系的稳定性及可靠性。以30例初发急性白血病血清及其治疗缓解血清为研究对象,经金属铜鳌合磁珠分离和基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱仪(MAL-DI-TOF-MS)检测后获得血清多肽谱图。经过FlexAnalysis 2.4软件和Biosun_MS软件分析,在m/z1000～10000范围内,得到27个具有统计学意义(p<0.05)的差异峰,其中治疗缓解后表达上调峰10个,表达下调峰17个,利用上述差异峰建立的诊断模型获得了100%敏感性和90%的特异性。基于磁珠分离和MALDI-TOF-MS检测建立的诊断模型具有较高的敏感性和特异性,对差异峰进行测序鉴定将有助于急性白血病疗效评价和发病机理研究。     

用EM算法改进鸟枪法蛋白质鉴定中的无标记定量方法

蛋白质定量是探索疾病发生发展状况和寻找新药靶标的重要手段。在shotgun蛋白组学中,目前常用定量方法包括综合同位素标记后的质谱峰强度方法和无标记定量方法。根据数据类型无标记定量方法可以分为两类:基于鉴定蛋白的质谱数的方法和基于质谱峰强度的方法。本研究主要用EM算法改进基于鉴定蛋白质谱数的定量方法,并用免疫印迹实验获得的酵母全蛋白的丰度来验证EM算法改进后定量的有效性结果表明,改进后的质谱数和蛋白丰度的相关性比改进前有一定的提高。同时,利用这些数据对主要的几种基于鉴定蛋白的质谱数的模型进行了比较,发现PAI模型最好,SpS模型次之,emPAI模型最不适合于蛋白质定量。