家蚕新的非编码RNA功能初探

构建了家蚕50～500 nt非编码RNA的cDNA文库,发现了189个新的ncRNA,其中一个小RNA-Bm-86在家蚕幼虫和蛹中的表达量显著高于卵和成虫.利用生物信息学软件对该ncRNA的特性及其与上下游基因的关系进行了深入分析,并利用Northern杂交和半定量RT-PCR技术对该ncRNA与其宿主基因在家蚕不同组织的表达情况进行了研究.结果发现,该ncRNA属于H/ACA box snoRNA家族,是由家蚕eIF5A基因的第二个内含子转录产生的,且在家蚕中没有明显的靶标位点.分析其上下游基因结构发现,在其上游263 bp处存在着一个可能的启动子位点,表明其有独立转录的倾向.进一步分析Bm-86与其宿主基因eIF5A在家蚕不同组织部位的表达情况发现,二者在表达上存在着负相关的关系,且该现象在丝腺中尤其明显.推测Bm-86可能通过影响eIF5A基因的表达参与到家蚕丝腺发育调控过程中.     

伤寒沙门菌非编码RNA ArpH表达特征及功能初探

通过研究σ因子和RNase对伤寒沙门菌非编码RNA ArpH表达的影响,并结合全基因组芯片的结果,初步探讨ArpH对细菌侵袭力和胞内生存力的影响.应用qRT-PCR检测了rpoE和rpoS对ArpH转录的影响,以及RNase III、RNase G和RNase E分别对ArpH降解的影响.另外还利用全基因组芯片技术对ArpH高表达菌株在氧应激下的基因表达谱进行分析.最后观察了ArpH对伤寒沙门菌侵袭力的影响和对胞内生存力的作用.结果显示,rpoE在酸、氧及高渗应激下、rpoS在氧应激下调节ArpH的转录.细菌中RNase III主要参与了ArpH的降解.氧应激下高表达ArpH后,基因表达上调的有89个,基因表达下调的有24个.ArpH高表达可以减弱伤寒沙门菌对上皮细胞的侵袭力,并能增强细菌的胞内生存力.     

非编码RNA与心肌重构

非编码RNA(non-coding RNAs, ncRNAs) 是一类不编码蛋白质的RNA 分子. 相关研究表明, ncRNAs 不仅参与细胞的增殖、凋亡、分化、代谢等生理过程, 还参与疾病的病理过程. 心肌重构(myocardial remodeling)是多种心血管疾病最主要的病理基础. 已有多项研究表明, 心肌重构的发生发展与ncRNAs 的调控息息相关, 近年来针对ncRNAs 在心脏疾病方面的研究也得到了迅猛发展. 对ncRNAs 包括微小RNA(microRNAs, miRNAs)、长链非编码RNA(long non-coding RNAs, lncRNAs)和环形RNA(circular RNAs, circRNAs) 与心肌重构的最新研究进展以及作用机制进行介绍, 旨在寻找新的心脏疾病治疗靶点.     

伤寒沙门菌非编码RNA AsrC表达特性及功能初步研究

非编码RNA在细菌的各种生命活动中都发挥着重要的功能.针对伤寒沙门菌非编码RNA AsrC,对其转录和降解特性及其所具有的功能进行初步研究.首先使用Northern blot和qRT-PCR的方法检测了σ因子rpoE和rpoS对AsrC转录的影响,分析了使用利福平抑制细菌RNA合成的情况下,RNase E和RNase III对AsrC降解的影响.其次使用AsrC缺陷株和高表达菌株分析细菌在酸、氧、高渗应激条件下的生长情况.再者通过全基因组芯片技术,研究AsrC高表达菌株基因表达的变化.进一步研究AsrC在细菌侵袭和巨噬细胞胞内生存力中的作用.结果显示,rpoE在酸应激下、rpoS在高渗应激下调节AsrC的转录.细菌中RNase E主要参与了AsrC的降解.高表达AsrC后,有40个基因表达上调,23个基因表达下调.AsrC高表达可以增强伤寒沙门菌对于上皮细胞的侵袭力,并且可以减弱细菌的胞内生存和增殖力.     

利用eIF4E分离纯化非编码RNA的新方法

人翻译起始因子eIF4E是特异性识别并结合mRNA帽结构的蛋白质.该文通过克隆人源基因eIF4E,并利用原核细胞大肠杆菌BL21成功表达了具有帽结合功能的eIF4E蛋白,利用该蛋白亲和纯化分离得到了具有帽子结构的RNA.通过对比用oligo(dT)分离得到的非编码RNA,eIF4E法得到了更多种类的非编码RNA.本研究为非编码RNA的分离与发现提供了一个重要的工具.     

家猪基因组含有大量保守非编码区

用190万条家猪随机读序分别比对人和小鼠的基因组，除去已知基因的外显子和新预测的人的编码区，得到大量含有保守非编码区的家猪序列。11．05％的家猪读序含有“猪—人”保守的非编码区序列，3．13％的家猪读序含有“猪—鼠”保守的非编码区片段，1．86％的家猪读序包含“猪—人—鼠”三者保守的非编码区区域。三者保守的非编码区序列跟人的相似性明显高于跟小鼠的相似性。另外，很多人、小鼠的非编码RNA基因跟上述含有保守非编码片段的家猪序列至少比对上一次。     

细菌非编码小RNA的生物学特征及作用机制研究进展

细菌非编码小RNA(sRNA)是一类长度为50～500 nt、一般不编码蛋白质的具有调控功能的小RNA,主要通过与靶mRNA碱基配对或与靶蛋白质结合,在转录后水平发挥调控作用.sRNA参与细菌氨基酸代谢和转运、环境胁迫响应以及毒力作用等众多重要生理过程的调控,与传统的转录因子等构成多层级的调控网络,协同作用使细菌对环境变化做出快速且精细的响应.由于sRNA在细菌调控网络中的重要作用,发现新的sRNA并阐明它们的调控功能成为原核生物基因表达调控研究的一个热点.本综述对细菌sRNA的筛选、鉴定、作用机制以及生物学功能等方面取得的进展进行总结,希望给相关领域的研究者提供一个较为全面的视角.     

非编码RNA研究进展

多年来,人们已经清楚的认识了一系列结构RNA和调节RNA。最近,由Tuschel,Bartel和Ambro实验室发表的一系列文章里,记述了这些结构RNA和调节RNA外,还包括有许多最近发现的仅由22个核苷酸组成的微小RNA(miRNA)的研究前景。由于这些RNA不编码蛋白质,所以统称为非编码RNA(ncRNA)。最近的研究表明,ncRNA比以前所想像的要丰富和重要的多,它们在转录调节,染色体复制,RNA加工、修饰,mRNA稳定性和翻译,甚至蛋白质降解和转运过程中都起作用。本文就对ncRNA的研究进展和最近发现的miRNA作一简要综述。     

非编码RNA与表达调控作用

真核生物转录产生了大量的非编码RNA（ncRNA）,种类繁多？表达及调节模式复杂多样,且对细胞的生长是必须的,并非是转录的＂垃圾＂。根据功能,ncRNA可以大致分成＂持家RNA＂与＂调控RNA＂。ncRNA在遗传信息的载体（DNA和染色质）与表达产物（蛋白质）的相关生物过程中都有着极其重要的作用。     

病毒利用微RNA抑制免疫反应

微RNA（MicroRNA）多见于人体中不产生蛋白质的基因组——即所谓的“垃圾DNA”中,是一种极小的非编码RNA,通常会抑制基因的表达。据估计,人体内有三分之一的基因会受到微RNA调控。有科学家认为,微RNA会对人体先天免疫系统进行调节,但是一直没能证实这种调节会产生什么样的后果,也无法认定这会与病毒感染有关。     

家蚕促咽侧体素受体基因克隆及发育表达

文章克隆得到家蚕(Bombyx mori)神经肽促咽侧体素受体基因(Allatotropin receptor,BommoATR),开放阅读框全长为1 254 bp,编码416个氨基酸.Bommo-ATR氨基酸序列的二级结构预测为7次穿膜蛋白,符合GPCR家族成员的典型特征.实时荧光定量PCR结果表明,家蚕脑-咽下神经节复合体中的ATR mRNA在5龄幼虫期表达量最高,其次为蛹后期,蛹前期和成虫阶段表达量最低.其中5龄幼虫第2天表达量最高,1～5 d持续维持较高的表达水平,这可能与保幼激素的合成有关.     

家蚕核膜部分消失现象的电镜观察与研究

应用电镜技术，对重要经济昆虫——家蚕后部丝腺细胞中核膜的超微结构在5龄期间的变化，进行了连续观察与研究。结果发现，家蚕后部丝腺细胞除具有典型的真核细胞核膜的精细结构外，还在5龄48h至144h反复出现核膜部分消失的奇特现象，并认为这一现象与核内外特别旺盛的生物合成作用密切相关。     

Functional analysis of the larval serum protein gene promoter from silkworm <Emphasis Type="Italic">Bombyx mori.</Emphasis>

The regulation region of larval serum protein gene, Bombyx mori. (BmLSP), consisting of the first intron, the first exon, the central promoter region and 5′-upstream region, is cloned from genomic DNA from the silkworm va-riety of Suju譓inghu. Using PCR and restriction endonu-clease methods, a series of luciferase reporter plasmids, driven by different length of BmLSP promoters, are con-structed. Via the transient expression system in BmN cells, the effects of the regulation elements and foreign insect hor-mones on the BmLSP promoter activity are investigated. The results demonstrate that the promoter activity of BmLSP is 5.8- or 4.4-fold higher than that of BmLSPs whose first in-tron or the element in 5′-upstream region harboring the homologous sequence with the first intron of light-chain fib-roin gene (EHIF) is deleted, respectively, suggesting that both the first intron and EHIF contain the main positive cis-acting elements. However, the inactive mariner transposable ele-ment (MTE) in 5′-upstream region presents a negative effect. Furthermore, the effects of juvenile hormone analogue (JHA) on the BmLSP promoter activity show a typical dose-dependent manner, that is, low concentration treat-ments increase the BmLSP promoter activity and high con-centration treatments decrease it. Meanwhile, insect ecdy-sone (MH) treatments present no significant effect.     

家蚕卵蛋白的 SDS-PAGE 分析(动物科学)

本研究探讨了蛋白质提取方法、十二烷基磺酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)条件对家蚕卵蛋白分离效果的影响。分别用裂解液提取法、TCA沉淀法、冷丙酮沉淀法和TCA-丙酮沉淀法制备蛋白质样品,然后进行6%～12%、6%～15%两种梯度胶的SDS-PAGE,获得了不同提取方法和电泳条件下的电泳图谱用以比较家蚕卵蛋白分离效果。结果表明用TCA-丙酮沉淀法除盐,再用含9 mol.L-1尿素、4%CHAPS、1%DTT的裂解液重悬,最适合家蚕卵蛋白提取;6%～12%梯度胶对家蚕卵蛋白的分离较为适宜。利用这一优化方法对家蚕感染微孢子虫的蚕卵和正常蚕卵进行了比较研究,在分子量66 kD和85 kD处找到了与感染微孢子虫相关的蛋白,为进一步进行正常蚕卵和感染微孢子虫蚕卵的蛋白质组学研究奠定了基础。     

一个家蚕基因组MAR的克隆及其初步分析

家蚕（Ｂｏｍｂｙｘｍｏｒｉ）基因组大片段ＤＮＡ经ＢａｍＨＩ完全酶解后,克隆到质粒ｐＵＣ１８中而构建成一个家蚕基因组文库．通过与家蚕细胞核基质的体外结合,从该文库中筛选到一个包含ＭＡＲ的克隆ｐＣ１１ｅ,其中外源插入片段Ｃ１１ｅ长约２．３ｋｂ．Ｃ１１ｅ的限制性酶谱分析及其酶切片段的体外结合实验表明,ＭＡＲ位于Ｃ１１ｅ上的ＳｐｈＩ和ＨｉｎｃⅡ位点之间,长１．０ｋｂ．由于这是家蚕中发现的第一个ＭＡＲ,因此我们称之为ＢｍＭＡＲ１．进一步借助ＤＮａｓｅＩ敏感性分析和ＳｏｕｔｈｅｒｎＢｌｏｔ,对ＢｍＭＡＲ１在家蚕细胞内与核基质结合的情况以及它与人β干扰素（ｈｕＩＦＮ－β）基因５′上游ＭＡＲ之间的同源性进行了研究．