埃可病毒18型构象表位的生物信息学研究

埃可病毒18型(Echovirus 18,E18)可引起手足口病、病毒性脑膜炎和急性胃肠炎等疾病,近20年来开始在全球流行.本文首先使用前期研发的人肠道病毒构象表位的生物信息学预测算法,对肠道病毒B种的E18构象表位进行系统性预测,发现其表位分布模式呈三簇分布,其中VP1 BC环和C-端、VP2 EF环是E18表位的主要构成区域;其次基于E18的VP1和基因组序列的分子进化分析发现,进化分支的形成伴随表位处氨基酸突变,而VP1 C-端和VP2 EF环是突变热点区域;最后通过足迹图发现,大多数E18衣壳表面的分支突变都位于表位上或附近,受体结合位置处的突变罕见,提示表位处的突变产生了新的进化分支,但分支突变尽量避开受体结合位置,以免影响病毒与宿主细胞的结合能力.E18构象表位的生物信息学研究,为进一步通过实验鉴定表位、病毒的监测和预警以及抗病毒药物和疫苗的研发提供了重要支持.     

一类具有临时免疫的时滞蠕虫传播模型的Hopf分支

研究一类具有临时免疫的时滞SVEIR网络蠕虫传播模型的Hopf分支.首先,以蠕虫病毒的潜伏期时滞为分支参数,得到Hopf分支存在的充分条件.然后,借助于规范型理论和中心流形定理研究了模型Hopf分支的性质.最后,给出仿真示例,验证所得理论结果的正确性.仿真结果表明,延迟Hopf分支的产生可以有效控制蠕虫病毒在网络中的传播.     

宁波市2008~2012年手足口病时空聚集性分析

以街道/镇/乡为基本空间单位, 采用时空扫描统计量对宁波市2008~2012年手足口病的时空聚集性特征进行分析. 结果显示: 2009~2012年宁波均出现了有统计学意义的一级时空聚集区, 聚集区的相对风险介于3.76~5.37, 即聚集区内是聚集区外手足口病发病风险的约3~5倍. 时空聚集性出现的主要区域为宁海和象山的绝大多数街道/镇/乡. 宁海和象山是宁波市手足口病的发病热点地区, 需要采取针对性措施进行重点防控.     

华东地区分布的中国种子植物特有属的研究

华东分布的中国种子植物特有属共有67属,含98种,隶属于39科,其中有11属为华东特有属.在67属中,单种属39个,少种属14个,多种属14个.特有属的特征概括为:单种特有属的比例大,具有相对原始性或古老性、珍稀濒危性,生活型和分布型的多样性以及具有明显温带性质.华东的中国种子植物特有属主要集中分布于皖南、浙西北、赣西北和福建的北部地区,特别是浙江的西天目山与安徽的黄山是华东各省中国特有属分布中心.华东各省中国种子植物特有属分布多度序列为:浙江＞江西＞福建＞安徽＞江苏＞台湾.本区与华中和西南的关系最密切,其次是与华南和西北,而与华北和东北几乎很少有联系.     

丙型肝炎病毒非结构蛋白NS2在病毒包装中的作用

丙型肝炎病毒(HCV)是一种单股正链RNA病毒,是导致慢性肝炎的主要病原体之一.近年体外培养体系成功构建后HCV分子生物学的研究获得重要进展,HCV生活周期的各个步骤得到了深入研究.由于NS2蛋白既不是病毒粒子结构成分又不是病毒RNA复制必需成分,因此,近年有较多研究关注于NS2对病毒包装的影响.突变分析表明,NS2蛋白的N端保守位点及跨膜结构对病毒包装至关重要,C端蛋白酶蛋白酶结构域而非其蛋白酶活性为病毒包装所需.此外,NS2蛋白与病毒结构蛋白,非结构蛋白以及多种宿主因子存在相互作用,并在病毒包装过程中形成多种复合体,本文对这些研究进行了归纳总结.     

人肠道病毒71型和柯萨奇病毒A16型B细胞线性表位的生物信息学预测

发展了人肠道病毒B细胞线性表位(简称线性表位)的生物信息学预测算法,系统性地预测和比较了人肠道病毒71型(Enterovirus71,EV71)和柯萨奇病毒A16型(CoxsackievirusA16,CVA16)的线性表位.结果显示:EV71和CVA16结构蛋白(Viral Protein, VP)上都有16个线性表位,2种肠道病毒的线性表位的位置高度一致,但氨基酸序列保守性较低,大多数表位都存在至少3个氨基酸残基的差异,提示2种病毒的线性表位具有血清型特异性,这很可能是两者不能交叉反应的原因.线性表位主要分布在β链之间的环上和C-末端,分别有13个(81.3%)和2个(12.5%)表位.与文献报道相比较,16个线性表位中,分别有6个(37.5%) EV71和12个(75%) CVA16的表位已被实验验证.特别是实验研究重点关注的VP1,6个预测表位中,分别有4个(66.7%) EV71的预测表位和5个(83.3%)CVA16的预测表位已被实验所验证.说明算法具有较高的预测可靠度.线性表位的实验研究主要集中在VP1,预测结果提示VP2和VP3也能形成表位,应该加以重视.生物信息学算法通过预测和筛选潜在的线性表位,能够大大降低实验负荷,为包括EV71和CVA16在内的人肠道病毒的研究提供有力支持.对肠道病毒线性表位的预测,有助于更好地监测和预警手足口病疫情,辅助疫苗的研发和准备.     

低能离子注入介导的异常汉逊酵母菌基因组重复序列的突变研究

重复序列是真核生物基因组的重要组成部分,对生物的系统发育与进化、基因表达与调控有重要作用.为了进一步认识低能离子注入对酵母菌基因组结构的辐射效应,在全基因组de novo测序的基础上,本研究利用生物信息学方法,对低能离子注入前后异常汉逊酵母菌基因组中重复序列的突变特征进行了研究.在串联重复序列方面,离子注入导致异常汉逊酵母菌基因组中微卫星DNA序列和小卫星DNA序列的总长度分别缺失了147bp和5 487bp;多种类型的SSR的重复基序不仅发生了单碱基和多碱基突变,其数量和拷贝数也发生了不同程度的变化,其中优势三碱基重复基序AAC增加了2条,GAG和ATC分别突变为AGG和ATG,四碱基重复基序的GAAT和GTTG分别突变为GTTA和TTCA,五碱基和六碱基重复基序中分别有9种和28种发生了碱基突变;离子注入使高拷贝区的SSR数目增加了1倍,并导致重复单元为47bp和56bp的小卫星DNA序列缺失,同时新增了重复单元为35bp、58bp和59bp的三种小卫星DNA序列.在散在重复序列方面,离子注入导致LTR缺失5条、DNA转座子缺失19个、RC缺失1个,而LINE新增加12条,新增LINE总长度达1 568bp.研究结果为低能离子注入介导的酵母菌基因组突变与进化提供了分子证据,为异常汉逊酵母菌的分子育种和SSR分子标记的开发提供理论基础.     

新城疫病毒HB 92株M基因的克隆和序列分析

采用RT-PCR方法扩增了新城疫病毒(NDV)无毒耐热株(HB92株)M基因，将其克隆于pGEM-T载体，并进行了序列测定和分析．结果显示，测定的M基因长1223个核苷酸。包含一个1095个核苷酸的开放阅读框(ORF)，编码364个氨基酸．与已报道的10株NDVM基因比较，核苷酸同源性为88．4％～95．8％，氨基酸同源性为89．8％～95．3％。HB92株与V4株M基因核苷酸的同源性最高(达95．8％)．NDVM蛋白分子中有9对碱性氨基酸。在多肽的第117～120位有一个含4个氨基酸CKKS的特征性结构．这些结果为揭示NDV HB92株的分子生物学背景，了解NDV的分子进化和遗传变异机理，进而开发利用HB92株奠定了基础，也为将NDV另列为副粘病毒亚科的一个新属提供了理论支持．     

猪瘟病毒全长突变型cDNA克隆的构建及其在细胞水平的恢复

通过序列比对发现猪瘟病毒的强毒株和疫苗株在毒力基因Erns中存在两个差异氨基酸,据此在猪瘟病毒标准强毒sh im en株全长感染性cDNA克隆的基础上,(1)将疫苗株的Erns基因置换sh im en株的相应片段,构建嵌合型全长cDNA克隆;(2)对Erns基因进行定点突变,使293位和311位的丝氨酸和酪     

新疆石竹属（石竹科）植物分类研究

Dianthus L. 中国有20余种。1983年出版的《新疆植物检索表》第二册收载了9种;《新疆植物名录》收载了9种;《中国高等植物图鉴补编》(1:334,1982)收载了6种。本文按现行新疆维吾尔自治区的行政范围进行整理研究。共收载了14种,其中发现全国分布新记录1种——D. semenovii(Rgl. et Herd.)Vierh. 新疆分布新记录2种——D. orientalis Adams., D. barbatus L. 此外将D.turconlanleus schischk. 并入D. kuschakewcizii Rgl. et Schmalh., 将D. tetralepis Nevski并入D.orientalis Adams.     

莱茵衣藻(Chlammydomonas reinhardtii)野生型和不同突变株对NaCI抗性检测分析

莱茵衣藻(Chlammydomonas reinhardtii)两种野生型CC-124、CC-125和15个不同突变株品系对NaCI的抗性检测结果表明,野生型品系CC-124和CC-125对NaCI的抗性达到260 mM/L,其中缺乏叶绿素b的cbnl-48 mt+和cbnl-48 mt-基因突变株品系对NaCI最为敏感,即对100 mM/L以上浓度的NaCl显示敏感性.用紫外线照射诱变法,对野生型品系CC-124进行诱导,初步筛选获得对150 mM/L浓度的NaCl具有敏感性突变株6个,对350 mM/L浓度的NaCl具有抗性的突变株2个,其相关性质有待进一步实验分析.     

全球气候变暖下华东4省1市风速变化特征

季风与气温的关系是全球气候响应研究的重要内容.基于华东4省1市56个气象站点近53a的平均气温和平均风速资料,运用线性趋势分析、Kriging和IDW空间插值、Mann-Kendall突变检验以及Morlet小波分析等方法,分析了1961~2013年华东4省1市在全球气候变暖背景下平均风速的变化特征.结果表明:(1)1961~2013年华东4省1市平均风速减小了0.013 9m·s-1·a-1,其中,冬季下降快,夏季下降慢,(2)风速变化率在空间上整体呈条带状分布,并从中心条带向两边递减;(3)气温在1991年发生突变,突变后风速的递减速度加快.整体上风速与气温的变化趋势呈负相关;(4)华东4省1市风速在28a时间尺度上存在周期震荡.该研究对全面认识华东地区风能资源的发展以及风速与气温的关系有重要意义.     

猪瘟病毒RT-PCR产物的T载体克隆、测序及同源比较

利用ＴａｑＤＮＡ聚合酶的无模板延伸活性制备了可直接克隆ＰＣＲ产物的Ｔ载体，并成功地对猪瘟病毒ＨＣＬＶ株的ＲＴ－ＰＣＲ产物进行了克隆．ＤＮＡ序列测定和同源性分析表明该ＲＴ－ＰＣＲ产物是猪瘟病毒特异的，与已知序列的猪瘟病毒毒株的序列同源性均高达９６．７％～９８．７％．ＨＣＬＶ株与Ｃ株具有相同的起源，但序列比较发现它们既有共同的点突变，也有序列上的差异，表明这两株病毒在各自独立的传代过程中已发生了各不相同的遗传性变异，值得进一步比较研究．     

Rb-Rb光学碰撞精细结构分支比的实验研究

研究了在R b52P多重态与R b原子基态的光学碰撞中的精细结构分支比,激光频率调至R b共振跃迁的红翼,定义分支比为I(D1)/I(D2),I(D1)、I(D2)分别为R b的D1和D2线的荧光强度,测量了激光频率从R b5P3/2红翼15cm-1调至50cm-1的分支比,在5P3/2的近红翼,分支比与失谐量有很大的关系.同时测量了R b5PJ态的精细结构转移截面,截面值2σ1为3.2×1-0 15cm2.     

用P389ARG7转化和诱变菜茵衣藻(C.reinhardtii)CBN1基因的研究

用微玻璃珠研磨法将pARG7质粒转入到莱茵衣藻精氨酸依赖型、缺壁突变株品系CC-1618(arg7cw15mt-)和CC-1617(arg7cw15mt-)中,得到了一些不同的插入型突变转化子.CC-1617突变株品系的转化率为72个/μgDNA,CC-1618突变株品系的转化率为296个/μg DNA,即转化率比CC-1617突变株品系高.经多次转化共获得各种转化子3 900多个,对它们进行荧光检测后检测出缺乏叶绿素b的两个突变子ARGT3和ARGT4,并进一步用高效液相色谱法对其光合色素含量进行检测结果证实,这两个突变体的确丧失了叶绿素b合成能力.它们将可作为CBN1基因的克隆及其定位的有用的工具.     

文化传播模型中的非平衡相变

采用Monte Carlo数值模拟的方法研究了社会体系中文化突变对文化传播的作用.文化突变机制的引入,使得文化传播模型展示出丰富的相变行为.随着文化突变参量的变化,在一定条件下,体系出现从无序到有序和从有序到无序的相变.在相变点的邻域内,文化畴大小的概率分布函数p(s)与文化畴大小s成幂指数关系,p(s)～s-τ.此外,通过引入系统平均学习概率,研究了文化的突变机制和学习机制的联系.研究表明,个体文化突变可以增加整个体系文化交流的机会.     

1960～2012年气温突变下的两广地区干湿演变

分析了1960~2012年两广地区的气候变化及旱涝时空演变特征,进而揭示了其干湿演变特征,旨在为研究气候变化、灾害防治、农业生产及作物适应性等提供依据.基于两广地区45个气象台站1960~2012年气温及降水观察资料,采用标准化降水指数计算两广地区的季节性和年尺度旱涝指数,并应用Mann-Kendall突变检验计算气温突变年份,进而分析气温突变前后旱涝强度、频率及覆盖度等的时空变化特征.研究表明,广西壮族自治区旱涝高发于广东省,广东省极端旱涝事件高发于广西;气温突变后,两广地区由暖湿化逐渐向冷干化转变,旱涝强度和旱涝频率降低,旱涝覆盖度增加.     

NFLX抗原模拟表位的淘选及鉴定

从噬菌体随机肽库中淘选模拟NFLX(Norfloxacin)表位的噬菌体粒子并进行性质鉴定。以抗NFLX单克隆抗体为靶分子,对噬菌体环七肽库和十二肽库进行生物亲和淘选,以ELISA鉴定阳性克隆,进行DNA测序,采用生物信息学方法对淘选得到的模拟表位进行分析。分别得到了9个(环七肽)和8个(十二肽)能与靶分子特异性结合且能被NFLX标准品阻断的阳性克隆,其特有序列为(环七肽):X-X-X-X-X-脯氨酸-苯丙氨酸(X为任意氨基酸),以阻断效果最好的抗原模拟表位H3建立了竞争ELISA标准曲线,IC 50为:(48.07±6)ng·mL-1,检测线性范围为10~200ng·mL-1。噬菌体展示技术可淘选得到NFLX模拟表位,淘选到的噬菌体粒子可作为NFLX的替代品建立免疫学检测方法。     

华南沿海地区中生代岩石圈伸展的岩石制约：琼粤闽浙镁铁质岩时空分布与地球化学研究

系统总结了华南沿海琼、粤、闽、浙4省中生代镁铁质岩的时空分布与地球化学特征,分析讨论了华南中生代区域构造环境和地球动力学背景.区内主要发育6期镁铁质岩石,分别形成于早中生代和晚中生代,即245~230、180~175、165~142、130~115、110~101和95~85 Ma.早中生代印支期(245~230 Ma)镁铁质岩,出露在海南岛,伴有A型花岗岩和碱性正长岩产出,形成于印支运动后的伸展环境.在晚中生代(180~90 Ma)的镁铁质岩中,中侏罗世(180~175 Ma)的镁铁质岩石集中出露在粤北、闽西南一带,与湖南、赣南拉斑玄武岩/辉长岩 流纹岩/正长岩和A型花岗岩一起构成双峰式火成岩组合,具有裂谷型火成岩特征.晚侏罗世(165~142 Ma)镁铁质岩,主要有海南、广东一些小的辉长岩等,也与A型花岗岩、碱性正长岩等伴生.白垩纪的镁铁质岩广泛出露在福建、浙江和海南沿海地区.其中,早白垩世(130~115、110~101 Ma)的镁铁质岩常与高钾钙碱性花岗质岩混合,构成辉长岩/玄武岩 花岗岩/流纹岩等复合火成岩;晚白垩世(95~85 Ma)的镁铁质岩,在华南沿海地区形成壮观的镁铁质岩墙群,并伴有A型花岗岩产出.晚中生代镁铁质岩形成于古太平洋构造域伸展环境.华南中生代镁铁质岩石的形成,对应于华南岩石圈多期伸展事件,是华南岩石圈伸展的重要岩石学标志.     

用p389ARG7转化和诱变莱茵衣藻（C．reinhardtii）CBN1基因的研究

用微玻璃珠研磨法将 p ARG7质粒转入到莱茵衣藻精氨酸依赖型、缺壁突变株品系 CC-1 61 8( arg7cw1 5 mt-)和 CC-1 61 7( arg7cw1 5 mt-)中 ,得到了一些不同的插入型突变转化子 .CC-1 61 7突变株品系的转化率为 72个 /μg DNA,CC-1 61 8突变株品系的转化率为 2 96个 /μg DNA,即转化率比 CC-1 61 7突变株品系高 .经多次转化共获得各种转化子 3 90 0多个 ,对它们进行荧光检测后检测出缺乏叶绿素 b的两个突变子ARGT3和 ARGT4,并进一步用高效液相色谱法对其光合色素含量进行检测结果证实 ,这两个突变体的确丧失了叶绿素 b合成能力 .它们将可作为 CBN1基因的克隆及其定位的有用的工具