中国柏木属(Cupressus L.)植物的petG-trnP序列分析及其系统学意义

对中国柏科（Cupressaceae）柏木属（Cupressus L．）5个种及扁柏属4个种的cpDNA非编码区petG—trnP序列进行了分析,其片段的长度范围在417bp～479bp之间．以侧柏（Platycladus orientalis）作为功能性外类群,运用PAUP＊和MEGA软件分别对其进行聚类分析,应用最大似然法得到一棵最优系统树,其-Ln=2232．47．结果表明：用petG-trnP序列来分析柏木属和扁柏属的系统发育关系是可行的;中国柏木属植物是一个单系类群;Ctmmaecyparis nootkatensis与扁柏属其它植物关系较远．因此,柏木（Cupressus funebris）和Ch．nootkatensis均应并入柏木属．     

基于cox2-3 spacer序列的串珠藻属系统发育研究

对7种串珠藻属植物共13样本的cox2-3spacer序列进行了测定,并对其进行了系统发育分析.结果表明:cox2-3spacer序列片段长度为415bp,无插入或缺失,核苷酸变异位点238个,占序列长度的57%,其中178个简约信息位点,占序列长度的43%.A-T含量较多,进化上有碱基偏好性.胶串珠藻作为串珠藻属的模式种独立于其他串珠藻属植物,单独位于一个分支;长柄串珠藻、洪洞串珠藻和弧形串珠藻应该归入Sect.Helminthoidea;弯形串珠藻和绞扭串珠藻应归入新属Kumanoa.     

孔雀属孔雀线粒体细胞色素b基因全序列分析及其系统进化研究

测定了中国分布的野生绿孔雀和人工驯养的蓝孔雀、杂色孔雀、杂交孔雀以及白孔雀共5个种或亚种或变种的个体的线粒体细胞色素b基因的长为1 140bp的全序列.研究了其碱基组成及变异情况.结合GeneBank中真绿孔雀亚种、非洲孔雀、鸡以及鹑的线粒体细胞色素b(cytb)全序列,利用philip套件分别构建了系统进化树.结果显示:真绿孔雀和绿孔雀形成较接近的类群.蓝孔雀、杂色孔雀、杂交孔雀以及白孔雀形成较接近的类群.进化树结果显示白孔雀和杂色孔雀不能成为蓝孔雀的亚种.     

基于NCBI单基因ITS序列的散囊菌目系统发育学探讨

为了从分子水平探讨散囊菌目的系统发育关系,利用NCBI的Taxonomy,SIF等数据库中的散囊菌目物种信息及GenBank中已有的rDNA ITS序列,采用邻接法(Neighbor-Joining,NJ)构建散囊菌目属一级水平的系统发育树.结果表明:散囊菌目的4个科中的27个属聚为2大枝1小枝,单基因ITS序列的分析结果与散囊菌目的4个科的分类结果不完全一致.     

篮状菌属蓝状菌组的两个中国新记录种

在系统调查我国蓝状菌(Talaromyces)物种资源的工作中,我们从贵州麻江县、山东青岛沿海滩涂和湖北随州大洪山的土壤中分离得到的三株蓝状菌,即AS1-1=AS3.16070、QD4-1=AS3.16071和SZ1-1=AS3.16072,采用传统分类学和分子系统学方法分别鉴定为安妮索菲篮状菌(T.annesophi...     

四棱豆属7个栽培种ITS序列亲缘关系分析

对四棱豆属栽培品种nrDNA ITS序列进行克隆测序,并进行序列比较与品种间亲缘关系分析.结果表明:(1)供试品种间ITS序列的变异小,GC含量低,为51.4%～51.6%.(2)供试四棱豆品种间遗传变异范围在0.0000～0.0009,表明四棱属内nrDNA ITS区存在一定的遗传变异,但变异较低,表明供试材料间亲缘...     

不同地区大果沙枣nrDNA ITS比较及系统发育分析

对从GenBank搜取的12条大果沙枣nrDNA ITS序列变异进行了比较分析,发现大果沙枣的ITS长度在663～666bp之间,12条大果沙枣ITS序列共有23个变异位点,其中ITS1、ITS2变异位点多,分布为10个和11个,5.8S片段最为保守仅有2个突变位点.ITS全长及ITS1、5.8S、ITS2的GC含量都高于AT含量.分别采用邻接法（Neighbor-Joining）和最大简约法（Mini-mum Evolution）构建的ITS全长系统发育树显示,相同地区的大果沙枣并没有完全聚在一起,新疆和甘肃地区的聚类在一起,额济纳和外蒙古的相似性低,宁夏中卫大果沙枣位于系统树的基部,是最先分化的个体.     

基于膜盘菌属的两种系统发育研究方法的比较研究

以rDNA ITS1-5.8S-ITS2序列作为分子标记,采用直接优化和常规分析两种方法,探讨膜盘菌属内种间及其与相关属间的亲缘关系,并比较了两种建树方法在解决该属内种间关系的效果。以Lachnum spartinae为外群,选取31条序列构建了最小进化树、最大简约树和直接优化树。结果表明,Hymenoscyphus ericae复合种与其他膜盘菌属的成员关系较远,除了H.ericae外,其他膜盘菌形成一个单系群。模式种Hymenoscyphus fructigenus与H.caudatus,H.fucatus,H.scutulus等构成一个高支持率的分支,与另一分支(H.epiphyllus,H.lasiopodium)形成姐妹群。相对于常规的两步分析法,直接优化所产生的系统树与当前形态学特征基本相符合,因而更合理地反映膜盘菌属的分类地位和种间关系,表明该分析方法在真菌系统发育分析中具有较大的应用价值。     

基于mt16S rDNA的长蝽总科(异翅亚目:蝽次目)系统发育的研究

利用16S rDNA分子约540 bp的序列对长蝽总科9个科29个种进行系统发育分析.运用MP法、ML法和NJ法分析,结果表明:原来属于广义长蝽科的Pachygronthidae、Rhyparochromidae、Cymidae、Geocoridae、Blis-sidae、Oxycarenidae和狭义Lygaeidae并不形成一个单系的广义长蝽科;梭长蝽科Pachygronthidae的两个族Pachygronthini和Teracriini分成两支而形成多系;莎长蝽科Cymidae与梭长蝽科Pachygronthidae的Pachygronthi-ni族总是聚成一支形成姐妹群.研究说明广义长蝽科是多系,这与最近的形态学研究一致,从分子水平上支持Henry(1997)把广义长蝽科中的部分亚科提升为科的修订.与现有的形态分类系统有所不同的是,地长蝽科和狭义长蝽科都是多系群.     

贵州地区蜘蛛抱蛋属植物ITS1区序列分析及其亲缘关系研究

从贵州不同地区采集的5株蜘蛛抱蛋属植物,采用直接测序对其核糖体DNA内间隔区(ITS)序列进行测定,用于分析蜘蛛抱蛋属植物间的亲缘关系。测序结果提示该植物的ITS1区域的GC%在62.7%～68.85%之间,有121个变化位点,提示可用于对形状相似的蜘蛛抱蛋属植物进行分子生物学分类和用于系统发育分析。     

石耳目地衣内生菌的系统发育学分析

从采自中国和美国的13种石耳目地衣的21份标本中分离得到了33株黑化真菌。基于ITS序列的系统发育分析表明,这33株真菌全部是属于[WTBX]Capronia[WTBZ]属的成员,可能分别属于12个种。分析结果还发现,这些真菌可能是地衣体中广泛而稳定定植的内生菌,其与宿主菌之间存在着一定程度的选择性,同种内生菌的不同成员可能在同一地衣体中先后多次定植。这些内生菌株中的多数是自由生活的石生真菌的近亲,而不是植物内生菌在地衣体中的延伸者。     

亚洲香菇Lentinula edodes系统发育学地位的重新评估与遗传多样性分析

测定了60个中国野生香菇菌株的rDNA的内转录间区(ITS)序列,结合GenBank已有的48个其他地区不同种的菌株的序列数据,构建Lentinula属内的系统发育树.结果将该属分成了两大支共7个谱系,西半球一支2个谱系,东半球一支5个谱系,聚类结果与形态种的划分明显相关.亚洲菌株在东半球的5个谱系中占两席,系统发育关系分析表明这两大谱系所代表的种质资源的地位特殊,不可缺少.谱系V的菌株数量明显扩大,覆盖范围的地理空白也得以填补,成为了亚洲香菇的主流谱系之一;谱系I的菌株数量庞大,覆盖了绝大部分被研究区域,有进一步分化成两类的趋势.这表明中国(亚洲)是重要的香菇自然群体遗传多样性中心.将谱系I分成Ia和Ib两个亚类,与谱系V一起进行亚洲范围内香菇的遗传多样性分析,发现中国东部沿海、西北高原和中国西南及喜马拉雅地区的多样性最为丰富,是亚洲香菇的3个多样性重点保护区域.     

采自湖北省的粉褶菌属中国新记录种——石墨粉褶菌

在形态学研究和分子系统发育分析的基础上,报道了采自湖北省的粉褶菌属一个中国新记录种——石墨粉褶菌Entoloma graphitipes.该种的主要特征是子实体灰褐色,菌盖光滑或中心稍粗糙;菌褶短延生至深延生;菌柄光滑;孢子8.2～9.7×7.1～8.1 μm(平均9.0×7.6 μm),多角形,近等径.根据采集的材料对其进行了描述和绘图,并与相近种进行了比较和讨论.石墨粉褶菌的发现,不仅丰富了我国大型真菌的物种多样性,而且对粉褶菌属的系统分类与演化的深入研究具有重要意义.研究标本存放于汉江师范学院真菌标本室(HMHNU).     

亚洲香菇Lentinula edodes系统发育学地位的重新评估与遗传多样性分析

测定了60个中国野生香菇菌株的rDNA的内转录间区（ITS）序列，结合GenBank已有的48个其他地区不同种的菌株的序列数据，构建Lentinula属内的系统发育树. 结果将该属分成了两大支共7个谱系，西半球一支2个谱系，东半球一支5个谱系，聚类结果与形态种的划分明显相关. 亚洲菌株在东半球的5个谱系中占两席，系统发育关系分析表明这两大谱系所代表的种质资源的地位特殊，不可缺少. 谱系V的菌株数量明显扩大，覆盖范围的地理空白也得以填补，成为了亚洲香菇的主流谱系之一；谱系I的菌株数量庞大，覆盖了绝大部分被研究区域，有进一步分化成两类的趋势. 这表明中国（亚洲）是重要的香菇自然群体遗传多样性中心. 将谱系I分成Ia和Ib两个亚类，与谱系V一起进行亚洲范围内香菇的遗传多样性分析，发现中国东部沿海、西北高原和中国西南及喜马拉雅地区的多样性最为丰富，是亚洲香菇的3个多样性重点保护区域.     

青钱柳产黄酮类物质真菌的分离与鉴定

【目的】对青钱柳产黄酮内生真菌进行鉴定,探究提取黄酮类物质的新方法。【方法】采用组织分离对青钱柳枝、叶、根、皮的内生真菌进行分离,用不同培养基进行培养,观察其形态特征进行初步分类;通过显色反应、薄层层析(TLC)、高效液相色谱(HPLC)对内生真菌的发酵产物进行分析,筛选产黄酮类物质的内生真菌,并测定总黄酮产量。根据菌株的形态学特征,结合真菌rDNA的居间序列(internal transcribed spacer, ITS)的系统进化分析鉴定。【结果】分离得到67株内生真菌,通过菌落形态和显微形态观察,隶属于3纲、4目、6科、10属;最终确定4株产黄酮物质的内生真菌:PZ06、CY12、CP06、PP03,其中黄酮产量最多的是菌株PZ06,产量为3.61 mg/L。分子鉴定结合4种菌株的形态学鉴定结果表明,PZ06、CP06、PP03均属于链格孢属(Alternaria),CY12属于正青霉属(Eupenicillium)。【结论】青钱柳产黄酮的优势菌群为链格孢属(Alternaria)。该研究对植物内生菌的开发利用有着重要参考意义,产黄酮类物质的内生真菌的发现为活性物质的提取提供了新方法。     

滇藏地区8种鹅膏菌的ITS序列分析

 对滇藏地区8种鹅膏菌的核糖体DNA(rDNA)内转录间隔区(ITS)进行PCR扩增和测序,用ClustalX(version 1.81)软件对所测的ITS序列进行比对分析.结果表明,除5.8S rDNA(其长度为160 bp)比较保守外,8个不同种的ITS序列在长度和碱基位点上都存在较大差异,其中ITS1区间的片段长度为206～297 bp,ITS2区间的片段长度为191～238 bp.这说明鹅膏属的种间具有较高的遗传多样性.利用MEGA(version 3.1)软件进行聚类,8个鹅膏菌在D=0.14处分成3组,与传统分类有出入.这为鹅膏菌的进一步分类及研究提供了分子依据.     

系统发育分析在古DNA研究中的应用

介绍了系统发育分析的基本原理及各种构树方法的统计学基础,阐述了各种分析方法在古DNA数据分析中的具体应用,并对各种方法的优缺点进行了评价.分析了系统发育分析的局限性和发展趋势,以及古DNA研究的不断发展对其所提出的问题.     

一株胶原酶产生菌的筛选及系统发育分析

从所采集土样、水样中分离筛选到呈革兰氏染色阳性,柱状产芽孢编号为LY-t1的菌株.通过对此菌进行牛皮消化实验,并以Ⅰ型胶原为底物,测定该菌发酵培养液中胶原酶活性,确认此菌具有胶原酶活性.16S rDNA序列分析表明,分离菌株与Bacillus megaterium具有98%相似性.最后,用PHYLIP程序将该菌株与报道的相关胶原酶产生菌进行系统发育进化分析.     

内生真菌JSM 10的分离及鉴定

以蛇足石杉为材料,经过严格的表面消毒,分离纯化得到1株内生真菌JSM 10.对JSM 10进行培养特征、显微形态观察和基于ITS序列的系统发育分析.结果表明：菌株JSM 10和Fusarium属的 Fusarium oxysporum菌株系统发育关系最为密切,聚在同一个小枝上,相似程度为99%.因此,从系统发育分析来看,JSM 10应为Fusarium oxysporum菌株.