中国近海8种石首鱼类的线粒体16S rRNA基因序列变异及其分子系统进化

通过PCR扩增出中国近海石首鱼科(Sciaenidae)6属8个代表种的线粒体16S rRNA基因,纯化后直接测序.利用多个生物软件对序列变异和碱基组成进行分析,计算Kimura 2-parameter遗传距离、平均核苷酸变异数、平均每位点核苷酸替代数等遗传信息指数,并结合GenBank上大斑石鲈(Pomadasys maculates)同源序列构建UPGMA,NJ,ME和MP系统树.结果表明,叫姑鱼(Johnius belengerii)为最早分化的一枝,其次为黄姑鱼(Nibea albiflora)和白姑鱼(Argyrosomus argentatus),而黄鱼亚科(包括大黄鱼(Pseudosciaena crocea)、小黄鱼(Pseudosciaena polyactis)、棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)、黑鳃梅童鱼(Collichthys niveatus)和鮸鱼(Miichthys miiuy))分化最晚,这支持了形态学得出的结论.在分子水平上明确了叫姑鱼亚科和黄鱼亚科的系统进化地位,并得出黄姑鱼比白姑鱼更早分化的新推论,但对于形态学上将白姑鱼和黄姑鱼归属于同一个亚科的结论还有待使用多个不同进化速率的基因加以分析考证.为探讨中国石首鱼类分子系统进化做了尝试,并就线粒体16S rRNA基因在该科鱼类系统进化研究的应用潜力进行了剖析.     

鲟形目线粒体16S rRNA的部分序列变异及系统发生

采用通用引物对3种鲟形目（Acipenseriformes）鱼类,中华鲟（Acipenser sinensis）、俄罗斯鲟（Acipenser gueldenstaedtii）和匙吻鲟（Polyodon spathula）的16S rRNA基因部分片段进行扩增,并与NCBI数据库中获得另外6种鲟形目鱼类相应的16S rRNA序列部分进行比较,探讨鲟形目2个科5个属共9个种之间的遗传变异和亲缘关系.数据合并后用于分析的序列共514 bp,变异位点29个,含简约信息位点16个,单一信息位点13个.以多鳍鱼目（Polypteriformes）多鳍鱼属Polypterus ornatipinnis为外群,采用部分16S rRNA序列基于Kimura双参数模型构建其系统发育关系,结果表明：MP法和NJ法得到系统树基本相同,其科、亚科和属的分化上基本与传统形态学分类相吻合,另外,欧鳇与鲟属鱼类的分化也并不明显.值得注意的是,鲟亚科6个种所划分出的3个分支恰恰分别归属于3个地理区域,欧鳇、闪光鲟和俄罗斯鲟主要集中于黑海和里海流域等地区;中华鲟和达氏鲟分布在西北太平洋,中国长江流域以及朝鲜;而高首鲟则分布于东太平洋.     

黄海带鱼、小带鱼RAPD和线粒体16S rRNA基因序列变异分析

对黄海带鱼、小带鱼各12个个体进行随机扩增多态DNA(RAPD)分析,对比多态位点比例、遗传多态度以及遗传距离,并构建Neighbor-joining系统树;通过PCR扩增出线粒体16SrRNA基因,纯化后直接测序,利用生物信息学方法进行序列分析和核苷酸变异比较,结合GenBank上大西洋叉尾带鱼同源序列构建UPGMA系统树.分析结果表明:(1)RAPD技术研究黄海带鱼和小带鱼的遗传多样性具有较高的灵敏度和检出率,带鱼的多态比例和遗传多态度均较小带鱼的低;(2)线粒体16S rRNA基因序列在分析这两物种遗传变异时表现出保守和变异的双重特性,种内变异极小而种间较大;(3)5个随机引物扩增出种特异的RAPD带,可作为种间分子鉴定标记;(4)研究证实带鱼和小带鱼是不同属的两个种,从而在基因水平上支持了Nelson分类系统的观点.     

四川黑熊线粒体12S和16S rRNA基因的克隆及序列分析

利用哺乳动物线粒体基因的保守序列设计引物,采用PCR方法,首次从亚洲黑熊四川亚种（Ursus thibetanus mupinensis）的肌肉组织总DNA中扩增出了线粒体12S rRNA和16S rRNA基因并进行了序列测定及分析.结果表明,四川黑熊12S rRNA基因长965 bp;16S rRNA基因长1 580 bp.通过进一步的序列分析表明,四川黑熊的12S rRNA和16S rRNA基因有较高的进化速率,与美洲黑熊、棕熊、北极熊、眼镜熊及大熊猫的相应基因相比较有较大差异,其中与美洲黑熊的同源性相对较高.     

基于形态特征及线粒体12S和16S rRNA基因序列的察隅棘蛙贡山种群的系统地位

察隅棘蛙贡山种群的分类地位一直存在争议．本文用线粒体12S,16S rRNA部分基因序列对察隅棘蛙（Paa chayuensis）地模标本以及贡山种群共5号棘蛙标本进行的分子系统发育分析表明,它们间平均遗传距离仅为0．002,而且镶嵌相聚,应为同一个物种,即察隅棘蛙．检视察隅棘蛙32号地模标本及贡山种群8号标本的外部形态以及29项量度性状,发现他们彼此在形态上差异较大,建议可分为2个不同亚种．     

重要海水养殖鱼斜带髭鲷和花尾胡椒鲷16S rRNA遗传变异研究

应用PCR技术扩增了我国南方重要养殖石鲈科鱼类斜带髭鲷(Hapalogenys nitens)和花尾胡椒鲷(Plectorhinchus cinctus)线粒体DNA(mtDNA)的16S rRNA基因片段,纯化后分别进行EcoRⅠ、MseⅠ、PstⅠ、SacⅠ和HindⅢ等5种限制性内切酶酶切和测序分析.酶切结果为:斜带髭鲷16S rRNA扩增片段被MseⅠ和SacⅠ两种内切酶酶切,花尾胡椒鲷16S rRNA扩增片段只被MseⅠ酶切.两者在MseⅠ和SacⅠ酶切图谱的差异可作为区分两者的遗传标记.16S rRNA序列分析结果表明,斜带髭鲷和花尾胡椒鲷的遗传相似度为86.94 %,遗传差异为13.06 %.进化上,两者分化年代大约为1.98×106年前.     

基于16S rRNA和POMC基因序列的中国北方林蛙属动物系统发生关系

基于16S rRNA和POMC基因部分序列研究了中国北方林蛙属动物的系统发生关系.利用ClustalX软件对序列进行对位排列后,长度为1148bp,内群变异位点259,简约位点110.利用MP法、ML法和BI法构建系统进化树,结果显示林蛙属物种构成单系群,其中东北种群聚为一支,中国林蛙聚为一支,支持东北林蛙为有效物种.桓仁林蛙和核型为2n=26的林蛙属物种聚为一支,因此不支持核型为2n=24的林蛙形成单系群.桓仁林蛙、昆嵛林蛙、黑龙江林蛙单独聚为一支,表明三者之间的亲缘关系较近.     

海洋产灵菌红素细菌的基因分析与鉴定

报道了从大亚湾表面海水中分离到的１株海洋产灵菌红素细菌的分子鉴定结果．通过对该菌株１６ＳｒＲＮＡ基因的测定与分析,并与Ｇｅｎｂａｎｋ的数据进行比较,认为该菌属于假单胞菌属而不是色杆菌属．对于该菌株种的确定尚需进一步实验研究．     

淡水豚类mtDNA 16S rRNA基因的系统发生

ｍｔＤＮＡ １６Ｓ ｒＲＮＡ基因我分析支持将现生淡水豚４个属归入不同的科,即白暨豚科（Ｌｉｐｏｔｉｉｄａｅ）、恒河豚科（Ｐｌａｔａｎｉｓｔｉｄａｅ）、亚河豚科（Ｉｎｉｉｄａｅ）和弗西豚科（Ｐｏｎｔｏｐｏｒｉｄａｅ）。基于邻接法的系统发生分析显示淡水豚类由白暨豚＋恒河豚和弗西豚＋亚河豚两个单系组成,但两个单系之间并无姊妹关系。淡水豚类是并系的。１６Ｓ ｒＲＮＡ基因的系统发生树与ｍｔＤＮＡ细胞色素ｂ基     

Mitochondrial 16S rRNA sequence variations and phylogeny of the Chinese sisorid catfishes

Partial sequences of mitochondrial 16S rRNA gene were obtained by PCR amplification for comparisons among nine species of glyptosternoid fishes and six species of non-glyptosternoids representing 10 sisorid genera. There are compositional biases in the A-rich unpaired regions and G-rich paired regions. A-G transitions are primarily responsible for the Ts/Tv bias in unpaired regions. The overall substitution rate in unpaired regions is almost two times higher than that in the paired regions. Saturation plots at comparable levels of sequence divergence demonstrate no saturation effects. Phylogenetic analyses using both maximum likelihood and Bayesian methods support the monophyly of Sisoridae. Chinese sisorid catfishes are composed of two majorlineages, one represented by (Gagata (Bagarius, Glyptothorax)) and the other by “glyptosternoids Pseudecheneis“. The glyptosternoids may not be a monophyletic group. A previous hypothesis referring to Pseudecheneis as the sister group of monophyletic glyptosternoids, based on morphological evidence, is not supported by the molecular data. Pseudecheneis is shown to be a sister taxon of Glaridoglanis. Pareuchiloglanis might be paraphyletic with Pseudexostoma and Euchiloglanis. Our results also support the hypothesis that Pareuchiloglanis anteanalis might be considered as the synonyms of Pareuchiloglanis sinensis, and genus Euchiloglanis might have only one valid species, Euchiloglanis davidi.     

中国沿海长蛸群体16S rRNA基因的遗传变异研究

采用线粒体16S rRNA基因序列测定技术,分析了我国沿海长蛸4个野生群体的遗传结构及其变异。经比对获得了1个长度为512 bp的核苷酸片段,检测到48个变异位点,占分析位点总数的9.4%,45个个体共检测到30个单倍型,单倍型多样性指数H为0.964 6,总体核苷酸多样性指数Pi为0.032 9,表现出较丰富的遗传多样性。AMOVA分析表明,4个长蛸群体间存在较高的遗传分化,82.07%的遗传差异存在于群体间,而仅有17.93%的遗传差异存在于群体内。聚类分析也表明4个群体可明显聚为2个类群,一个由大连、青岛和舟山群体组成,另一个由厦门群体组成;厦门群体与其它群体间的遗传距离达到0.094,遗传分化系数和基因流分别达到0.97和0.02,表明厦门群体与其它3个群体有着显著的遗传隔离,可能为亚种水平的分化。上述群体间的分化可能与长蛸自身的底栖生活方式、海区水文条件及地理历史因素等有关。     

Phylogeny and divergence time estimation of cheilostome bryozoans based on mitochodrial 16S rRNA sequences

The mitochondrial 16S rDNA sequences of 40 species of cheilostome bryozoans including those of 24 species newly determined were used to reconstruct the phylogenetic tree using neighboring-joining and maximum-parsimony methods. By applying molecular clock technique on the basis of the appropriate phylogeny and the fossil record, the divergence times of the two main cheilostome groups, Anasca and Ascophora sensu stricto, were estimated. The results show that the molecular phylogeny of the higher taxonomic groups (superfamilies and higher taxa) of cheilostome bryozoans is mostly in conflict with the morphology-based phylogenetic trees; the divergence of the extant groups of Anasca and those of Ascophora sensu stricto is estimated to have happened about 263 Ma (Permian Guadalupian Epoch) and 183 Ma (Early Jurassic), respectively.     

石油微生物16SrRNA基因PCR扩增研究

掌握石油微生物的16SrRNA基因保守区的扩增方法是先进分子水平鉴定微生物种类一种有效的实验方法。通过研究利用分子生物技术提高对石油微生物的了解,进行未来对石油的开采,摸索出石油微生物的DNA提取方法,16SrRNA基因的PCR扩增反应条件的研究进而初步鉴定菌种类型。本文是以大庆采油三厂分离纯化的石油微生物为实验材料,摸索合适的石油微生物基因组DNA的提取方法及合适的PCR扩增条件和反应体系,在本实验室后续开展石油微生物在分子水平方面的实践指导中有重要意义。