基于网络药理学挖掘连翘治疗胆汁淤积的机制

本文首先利用中药系统药理学数据库分析平台TCMSP构建连翘成分-疾病靶点网络及靶蛋白互作网络,采用R语言包进行生物功能（GO）和通路（KEGG）富集分析,再根据网络药理学结果,结合文献资料,采用SYBYL 2.1.1进行分子对接,分析连翘活性成分与胆汁酸调节通路关键靶点的相互作用。网络药理学筛选得到活性成分17个,核心靶点8个,主要涉及胆汁酸代谢转运、核受体反馈调控、胆红素转化、炎症氧化损伤的细胞应答等,分子对接显示这些连翘活性成分与核受体有较好结合,木脂素类可能是连翘抗胆汁淤积的主要活性成分群。连翘显示出通过多成分、多靶点、多途径方式作用于胆汁淤积关键靶标的潜力,通过核受体调控胆汁酸代谢、抗炎抗氧化损伤等可能是其抗胆汁淤积的主要机制,这为连翘治疗肝胆疾病的研究和开发提供了依据和参考。     

基于网络药理学探讨连翘脂素减肥靶标及作用机制

文章利用网络药理学研究连翘脂素潜在减肥靶标及作用机制。首先通过PharmMapper筛选连翘脂素相关靶标,GnenCards筛选肥胖相关靶标,绘制venn图,共筛选到219个连翘脂素减肥相关靶标。其次通过String平台和Cytoscape 3.6.0构建靶标间相互作用网络图、进行可视化分析并筛选核心靶标,包括ALB、AKT1、MAPK1、EGFR、HRAS、CASP3、SRC、IGF-1、MAPK8、ESR1,其它靶标还包括JAK2、CDC42、NQO2、DHFR等。然后利用DAVID6.8进行GO功能富集分析和KEGG通路分析,GO功能富集涉及811个条目,KEGG通路分析得到111条信号通路,主要包括癌症通路、胰岛素信号通路、MAPK信号通路、ErbB信号通路、黏附斑等。最后利用分子模拟技术对连翘脂素减肥相关靶标进行验证,证明连翘脂素与ALB、AKT1、EGFR、HRAS、CASP3、SRC、IGF-1、MAPK8等都有较好的结合活性（结合能小于-5 kcal/mol）。研究通过对成分-靶标-疾病网络分析,从多靶标、多通路阐释了连翘脂素潜在减肥作用机制,为后续深入研究提供了理论依...     

基于网络药理学探究百合抗抑郁的作用机制

通过网络药理学的方法探究百合抗抑郁的作用机制.利用中药系统药理学技术平台(TCMSP)等数据库,以生物利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥0.18为条件筛选百合活性成分及抗抑郁的靶点,构建成分-靶点、关键靶点蛋白网互作图、靶点基因GO富集及KEGG通路分析.结果表明,通过筛选获得7个符合标准的活性成分、85个与抑郁相关的靶点,GO富集分析得到17个生物学功能,KEGG通路分析得到11条显著富集的通路.百合通过多靶点、多通路、多成分发挥抗抑郁的作用,可能是通过胆碱能突触、神经活性配体-受体、p53信号通路、钙信号通路等信号通路发挥复杂的调节作用.     

鸦胆子治疗卵巢癌作用机制的网络药理学研究

目的:通过网络药理学方法分析鸦胆子作用于卵巢癌的潜在基因靶点及信号通路,探讨其治疗卵巢癌潜在作用机制.方法:利用中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)检索出鸦胆子的有效成分并预测其潜在基因靶点,利用DRUGBANK、DisGeNET、OMIM等数据库检索出与卵巢癌相关的基因靶点,Cytoscape软件构建出成分-基因靶点-信号通路的网络关系图,应用DAVID及KEGG分析出鸦胆子治疗卵巢癌的潜在作用机制.结果:最终检索出鸦胆子有效成分12个,预测相关的基因靶点有124个;与卵巢癌作用机制有关的基因靶点有622个,其中二者有交集的关键基因靶点有33个;主要富集在mTOR、VEGF等14个信号通路,涉及细胞信号转导、基因表达调控及转录、翻译的调节等多个生物学过程.结论:应用生物信息学技术初步预测出鸦胆子治疗卵巢癌的潜在作用机制,为进一步深入研究提供了参考和依据.     

基于网络药理学和分子对接法研究芫花抗炎作用机制

通过网络药理学和分子对接的方法,对芫花中主要抗炎活性成分及其潜在抗炎作用机制进行探讨.首先,基于中药系统药理学技术平台(Traditional Chinese Medicine Sys-tems Pharmacology,TCMSP)建立小分子数据库,然后,借助Swiss Target Prediction在线进行反向...     

基于网络药理学技术的肉苁蓉治疗便秘的分子机制研究

运用网络药理学探讨肉苁蓉治疗便秘的作用机制.通过TCMSP数据库和文献挖掘获取肉苁蓉潜在活性成分,并结合Pharmmapper数据库、OMIM和GeneCards数据库分析其治疗便秘的作用靶点.采用String数据库得到靶点蛋白互作网络关系,运用R软件包clusterProfiler对靶点进行GO功能富集分析和KEGG...     

基于网络药理学和分子对接技术研究党参抗胃溃疡作用机制

基于网络药理学和分子对接技术探究党参治疗胃溃疡(gastric ulcer)的作用机制.利用TCMSP数据库,筛选党参治疗胃溃疡的活性成分和潜在靶点;结合Genecards数据库挖掘治疗胃溃疡的相关靶点,对党参与治疗胃溃疡的靶点进行PPI网络构建,交互处理得到党参治疗胃溃疡的关键靶点,并进行GO分析和KEGG通路富集分析;并采用分子对接技术将主要活性成分与EGFR、ESR1、CCND1、MDM2和CASP3进行分子对接.最后利用吲哚美辛损伤GES-1细胞模型进行体外实验验证,结果表明党参可能主要是通过其活性成分MOL000449实现其抗胃溃疡作用.     

基于网络药理学探讨瘤果黑种草子的抗炎机制

目的 运用网络药理学技术研究瘤果黑种草子抗炎作用机制。方法 通过文献检索及Swiss Target Prediction数据库进行成分靶标预测;采用OMIM、DrugBank、Genecard数据库进行疾病靶标搜集,使用Venny2.1.0分析共同靶标;构建蛋白互作网络,按照平均degree值筛选重要靶标;构建成分-共同靶标网络;对重要靶标进行基因本体和生物通路富集分析。结果 收集到化合物57个,预测到药物和疾病的重要交互靶标101个。生物功能富集得到细胞组分111条、分子功能139条,生物过程2 104条,信号通路165条。细胞组分以膜成分为主,分子功能排名靠前的多为G蛋白偶联受体,生物过程涉及激酶、转移酶活性调控、MAPK级联调控等。通路富集到以IL-6、STAT3等为关键基因的Th17细胞分化通路,与瘤果黑种草子的抗炎机制密切相关。结论 运用网络药理学分析技术,针对中药多组分、多靶标、多通路的特点,分析了瘤果黑种草子抗炎的潜在机制,为瘤果黑种草子的深入研究提供参考,然其核心靶标和具体的调控机制尚待进一步的实验验证。     

基于网络药理学探究小青龙汤治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制

基于网络药理学探究小青龙汤治疗新型冠状病毒感染(COVID-19)的作用机制。应用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)筛选小青龙汤8味中药的活性成分,运用PubChem、SwissTargetPrediction和TCMSP数据库获取中药的潜在作用靶点;运用OMIM、DisGeNET和GeneCards数据库筛选COVID-19和Delta variant of COVID-19相关靶点;利用Venny 2.1在线工具筛选出小青龙汤靶点和COVID-19靶点的交集并作维恩图;应用Cytoscape 3.7.2软件构建小青龙汤-成分-(COVID-19)-靶点网络;利用STRING数据库收集数据,并在线构建蛋白质-蛋白质相互作用网络;应用Metascape数据库进行基因本体(gene ontology, GO)和基于京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes...     

基于网络药理学探讨头花蓼治疗泌尿系统感染的作用机制

目的:利用网络药理学的方法探究头花蓼治疗泌尿系统感染的作用机制。方法:在知网上收集和整理头花蓼的有效成分;通过TCMSP数据库找到头花蓼活性化合物对应的靶标,并用Uniprot数据库添加基因的Symbol;通过GeneCards网站检索泌尿系统感染相关的靶标;利用R软件提取出头花蓼有效成分和疾病共同的靶基因,将共同基因用Cytoscape3.7.2软件构建药物-疾病-有效成分-基因的调控网络;利用STRING数据库构建蛋白互作网络;用R语言进行GO和KEGG富集分析。结果:得到头花蓼的化学成分42个;342个靶蛋白;与疾病的交集靶蛋白共254个;GO分析得到条目186条;KEGG分析得到194条。头花蓼的活性成分可以通过调控SRC、AKT1、STAT3、JUN、MAPK1、RELA等靶标,AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路、脂质和动脉粥样硬化通路、人类巨细胞病毒感染等通路发挥治疗泌尿系统感染的作用。结论:头花蓼可以治疗泌尿系统感染,其治疗机制与降低细胞通透性、激活自噬蛋白与PI3K-Akt通路有关。     

知母-黄柏配伍抗炎作用机制的网络药理学研究

知母-黄柏配伍是临床上常用的“相须”配伍药对,具有抗炎作用,但其机制研究不足。本研究采用网络药理学方法研究知母-黄柏药对的抗炎机制。结果表明,知母-黄柏药对有182个潜在抗炎靶点;知母、黄柏、炎症三者共有靶点受调控分大于等于2倍中位数的靶点有29个,如PTGS2、PTGS1、RXRA、ADRB2、AR、CHRM1、ADRA1B、CHRM3、F10、NOS3等,这些靶点都与炎症的生物过程密切相关。抗炎靶点GO(gene ontology)分析涉及RNA聚合酶II启动子转录的调控、细胞增殖调节、细胞凋亡的调节、一氧化氮生物合成调节等;KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路分析涉及TNF信号通路、HIF-1信号通路、PI3K-Akt信号通路、FOXO信号通路、VEGF信号通路、T细胞受体信号通路、Toll样受体信号通路、胰岛素抵抗等。研究提示知母-黄柏“相须”配伍的分子机制是通过共同调控信号通路发挥抗炎作用, 为其临床使用提供了科学依据。     

阔叶十大功劳抗炎作用机制的实验研究及网络药理学分析

基于网络药理学及动物实验研究苗药阔叶十大功劳抗炎的有效成分及作用机制。用二甲苯、角叉菜胶分别制作小鼠及大鼠的炎症模型,并灌胃阔叶十大功劳(小鼠剂量为1.950 mg/kg;大鼠剂量为1.350 mg/kg)。通过TCMSP、SymMap、SwisstargetPrediction、SEA、STICH等数据库,以口服生物利用度≥30%、类药性≥0.18获取阔叶十大功劳的活性成分及其相应靶点;通过GeneCards、DisGeNET、TTD、DrugBank、OMIM等数据库获取炎症相关靶点;通过Venny 2.1.0获取疾病和药物的交集靶点,通过Cytoscape的MCODE、CytoHubba插件得到10个关键靶点,并构建药物-成分-靶点网络图;对10个Hub gene进行KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)和GO (gene ontology)富集分析以及分子对接。动物实验结果表明,阔叶十大功劳能够减轻小鼠和大鼠的炎症症状。网络药理学分析获得28个阔叶十大功劳活性化合物,753个药物作用靶点,1 025个炎症靶点,阔叶十大功劳-炎...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨五味子治疗慢性咳嗽的机制研究

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨五味子治疗慢性咳嗽的关键成分和潜在作用机制.方法 通过TCMSP数据库筛选五味子的活性成分及相应靶点,运用TTD、DisGeNET和DrugBank数据库收集咳嗽靶点集,再通过Venny平台筛选五味子活性成分和咳嗽的相关交集靶点.利用String网络平台和Cytoscape 3.8.2软件构建相关网络图及直方图,并得到关键靶点,通过Webgestalt网站对关键靶点进行KEGG和GO的富集分析.利用AutoDock Tools和Autodock Vina软件将关键靶点和核心成分进行分子对接,再通过Pymol软件进行可视化分析.结果 共筛选出8种有效活性成分和877个与活性成分相关的作用靶点;与咳嗽交集的相关靶点有88个,其中Akt1和Tnf为关键靶点.KEGG通路富集分析筛选得到27条通路,包括FcεRI信号通路、脂肪细胞因子信号通路、Toll样受体信号通路等;GO功能富集分析得到205个GO条目,主要涉及阴离子跨膜转运的负调控、细胞表面蛋白质定位的正向调节等生物过程,还涉及吞噬杯、囊泡等细胞组成,一氧化氮合酶调节活性、GTP酶激活蛋白结合等分子功...     

基于网络药理学研究厚朴-杏仁治疗哮喘的潜在作用机制

本研究采用网络药理学方法分析厚朴-杏仁配伍治疗哮喘的潜在作用机制。通过BATMAN-TCM数据库检索厚朴、杏仁的中药化学成分及靶标信息,PALM-IST数据库搜索疾病靶标信息,string数据库构建靶标的蛋白质相互作用网络,利用Cytoscape v3.5.1对药物靶标相互作用进行可视化分析,DAVID数据库和Cytoscape v3.5.1的ClueGO+CluePedia插件对药物关键靶标进行GO生物功能富集分析和KEGG信号通路富集分析。共检索到厚朴-杏仁化合物51个,靶标435个,哮喘疾病相关靶标415个,进而分析得到药物治疗疾病关键靶标14个,包括肿瘤坏死因子、过氧化氢酶、白介素13、β2肾上腺素能受体等;GO基因功能分析主要涉及应激反应调控、先天性免疫反应调控、防御反应、急性炎症反应、刺激反应、凝血止血调节、自我内稳定、活性氧代谢过程等生物过程;KEGG分析主要参与NF-κB、IL-17、FcεRI、Toll受体及FoxO等信号通路。厚朴-杏仁能通过多个靶点、多种途径、多条通路对哮喘的气道慢性炎症、气道重塑和气道高反应起潜在治疗作用。     

基于网络药理学研究厚朴-杏仁治疗哮喘的潜在作用机制

本研究采用网络药理学方法分析厚朴-杏仁配伍治疗哮喘的潜在作用机制。通过BATMAN-TCM数据库检索厚朴、杏仁的中药化学成分及靶标信息,PALM-IST数据库搜索疾病靶标信息,string数据库构建靶标的蛋白质相互作用网络,利用Cytoscape v3.5.1对药物靶标相互作用进行可视化分析,DAVID数据库和Cytoscape v3.5.1的ClueGO+CluePedia插件对药物关键靶标进行GO生物功能富集分析和KEGG信号通路富集分析。共检索到厚朴-杏仁化合物51个,靶标435个,哮喘疾病相关靶标415个,进而分析得到药物治疗疾病关键靶标14个,包括肿瘤坏死因子、过氧化氢酶、白介素13、β2肾上腺素能受体等;GO基因功能分析主要涉及应激反应调控、先天性免疫反应调控、防御反应、急性炎症反应、刺激反应、凝血止血调节、自我内稳定、活性氧代谢过程等生物过程;KEGG分析主要参与NF-κB、IL-17、FcεRI、Toll受体及FoxO等信号通路。厚朴-杏仁能通过多个靶点、多种途径、多条通路对哮喘的气道慢性炎症、气道重塑和气道高反应起潜在治疗作用。     

药对丹参-当归作用阿尔茨海默病的网络药理学机制研究

为了研究药对丹参-当归作用于阿尔茨海默病的可能机制,通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选出丹参、当归的活性成分,寻找其相关的潜在靶点;并通过预测平台人工检索候选化合物的潜在靶点是否与阿尔茨海默病相关;将靶点信息通过DAVID数据库、KEGG数据库进行靶点和通路分析;构建化合物-靶点作用网络,靶点-通路网络图,化合物-靶点-通路图.结果表明:药对丹参-当归中具有潜在作用阿尔茨海默病活性的成分有β-谷甾醇,豆甾醇,丹参酮Ⅱ、丹参新酮、隐丹参酮、二氢丹参酮,其可能通过抗炎、抗氧化、免疫系统、细胞周期、钙信号通路、神经受体-配体相互作用等机制对阿尔茨海默病起作用.     

基于PI3K-AKT通路探讨连翘归尾煎抗乳腺癌作用机制研究

基于网络药理学,探讨连翘归尾煎(Lianqiao Guiwei Decoction,LGD)抗乳腺癌的作用机制.利用TCMSP(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform)数据库筛选LGD的有效活性成分...     

基于网络药理学和分子对接探讨蛹虫草对糖尿病作用机制研究

目的:以网络药理学和分子对接分析的方法,系统研究蛹虫草在治疗糖尿病中的机制,为开发治疗糖尿病的新药提供理论依据。方法:采用TCMSP数据库对蛹虫草的活性成分和治疗靶点进行预测和筛选。Cytoscape3.9.0绘制了活性组分和靶标网络,STRING数据库分析了蛋白-蛋白相互作用(PPI),利用DAVID数据库对交叉靶标进行了GO生物富集及KEGG富集分析。分子对接研究由SYBYL-X 2.0软件进行验证完成。结果:得到蛹虫草的活性成分有120个,取交集基因得到96个,蛋白互作分析发现IL6、TNF和TP53治疗糖尿病的作用,KEGG富集结果发现,蛹虫草治疗糖尿病主要通过Pathways in cancer、TNF signaling pathway、HIF-1 signaling pathway、African trypanosomiasis等信号通路进行调控。分子对接结果表明,蛹虫草中的活性成分Kushenol, t、Leachianone, g、Cis-Dihydroquercetin等成分与IL6、TNF和TP53具有较好的结合能力。结论:蛹虫草的活性成分Kushenol, t、...     

基于网络药理学探讨黄芪六君子汤治疗新冠肺炎恢复期的作用机制

基于网络药理学探讨黄芪六君子汤治疗新冠肺炎的作用机制。利用TCMSP、Pubchem、Swiss Target Prediction数据库挖掘黄芪六君子汤中的中药所含化学成分及作用靶点,并经Uniprot数据库标准化,通过GeneCards数据库获得新冠肺炎相关基因,将疾病与药物的靶点进行映射取交集,从STRING数据库下载蛋白-蛋白相互作用（PPI）数据,借助Cytoscape软件构建活性成分-靶点的可视化网络图、蛋白互作网络,筛选出核心靶点,利用R语言进行GO功能和KEGG通路富集分析,并通过Cytoscape软件构建靶点-通路网络。结果表明,筛选得到145个化合物及相应靶点1618个,关键成分包括木犀草素、山柰酚、川皮苷、柚皮素、黄芩素、金合欢素等,关键靶点包括丝裂原活化蛋白激酶1/3/8/14、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3/8、白介素6/1β、白蛋白,细胞凋亡调节蛋白、人前列腺素内过氧化物合酶2、原癌基因、RELA原癌基因等。GO功能富集分析显示生物学过程1421条,分子功能63条,细胞组成36条;KEGG通路富集分析显示41条通路,主要涉及PI3K-Akt信号通路、细胞凋亡、内分泌阻力、MAPK 信号通路、Toll样受体信号通路、破骨细胞分化等。研究认为黄芪六君子汤可能通过抗病毒、抗炎、免疫调节等作用机制对新冠肺炎发挥治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨猫爪草治疗肺腺癌的作用机制

应用网络药理学和分子对接探讨猫爪草多成分、多靶点、多通路治疗肺腺癌的作用机制。根据口服利用度和类药性的分析条件,采用中药系统药理学数据库与分析平台数据库筛选猫爪草主要活性成分及作用靶点;疾病靶点在GeneCards和OMIM数据库中获得;利用R软件绘制维恩图,获得活性成分和疾病的交集靶点,利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络;利用Bioconductor数据库对预测靶点进行GO(Gene ontology)功能富集分析和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)信号通路分析。结果表明:筛选出猫爪草的10个潜在活性成分和40个作用靶点,其中有36个靶点与肺腺癌相关;主要活性成分为β-谷甾醇、豆甾醇等,这些活性成分作用于PTGS2、BCL2、BAX、CASP9、CASP3、RXRA等靶点,通过调控神经变性的途径-多种疾病、神经活性配体-受体相互作用、小细胞肺腺癌、细胞凋亡、多细胞凋亡、铂类耐药、p53信号传导途径、大肠癌等通路发挥抗肿瘤作用。对猫爪草的有效成分和潜在靶点进行预测,为药物的应用和开发提供了新思路。