动物MicroRNAs的研究进展

MicroRNAs（miRNAs）是一类小的、内源的、非编码的RNA家族,其在转录后水平上对基因表达进行调控。nfiRNAs是在研究秀丽新小杆线虫（Caenorhabditis elegans）发育转变过程中发现的,最初称为stRNAs（small temporal RNA,小时序RNA）,但stRNAs只是miRNAs家族的一部分,随后在线虫、植物和哺乳动物中发现了miRNAs家族的数百个成员。动物miRNAs不仅在发育调控中起重要作用,还参与许多重要的生理过程。本文综述了动物中miRNAs的发现历程、生物学起源、作用机制、生物学功能、研究方法,并对动植物miRNAs的特点进行了比较。     

microRNAs 的SNPs研究进展

miRNAs是一类重要的基因调节因子,已有的研究表明它在生物体发育、细胞增殖、凋亡、脂类代谢、激素分泌以及肿瘤发生等多种生理和病理过程中发挥重要作用。本文通过对pre-miRNAs、成熟miRNAs、miRNAs的靶基因以及畜禽miRNAs的SNP的研究情况进行综述,对miRNAs的SNP在未来可能的为人类疾病治疗、提高畜禽生产性能方面的作用进行思考。     

miRNAs在不同物种进化中序列保守性的研究

miRNAs在不同物种的进化中存在保守性,不仅单独在动物或是植物中存在保守性,而且在动植物之间也同样存在．本研究在人和动物的不同组织中克隆到了同源性很高的序列,将所得结果与已发表的成熟的miRNAs比对,发现克隆到的序列与植物中miRNA319家族的相似性较高,并且保守区靠近其5’端,推测新miRNAs可能与miRNA319扮演相似的角色,而这些序列的保守性跨越不同进化阶段的物种,也为miRNAs广泛的保守性增加新的证据,显示miRNAs在物种进化过程中发挥着重要的功能．     

基于序列结构的miRNAs的聚类分析

microRNAs(miRNAs)是一类高度保守的序列片段,能调控生物体的生长发育。至今对它的聚类研究,还处在基于传统遗传模型的分析阶段。本文根据miRNAs本身的结构特点,提出了一种基于序列结构的聚类分析算法。该算法通过借鉴组合数学中随机排列及稀疏矩阵的思想,利用序列的各个组成成分的相似性来表征miRNAs序列间的距离。本算法不仅大大减少了人为因素的影响,还有效的反映成熟miRNAs间在结构上的关联性,为进一步研究miRNAs的功能提供了便利。     

miRNAs基因的结构保守模式挖掘

miRNA前体（pre-miRNAs）是产生成熟miRNAs的基因表达产物,能够形成较为稳定的茎—环（stem-loop）结构.为了深入研究miRNAs,对miRNAs前体的二级结构建模,并采用关联规则识别miRNAs基因在进化过程中的结构模式.通过分析产生的结构—类别关系（structure-category relationships）来探索miRNAs的功能特征和调节机制.为了获得较好的实验结果,改进传统的关联规则挖掘算法,应用支持度约束和频繁项集的聚类来优化数据挖掘结果.     

植物miRNAs前体的生物信息分析

miRNAs前体（premiRNAs）是产生成熟miRNAs的基因表达产物,能形成较为稳定的发卡环结构,具有较低的最小折叠自由能（minimal folding free energy,MFE）。在对植物premiRNAs长度、不同碱基含量、MFE、熵分析基础上,重点比较不同RNAs序列之间MFE与其长度的比值（MFEL）。结果表明MFEL是区分植物premiRNAs的一个很有效的参数：premiRNAs的MFEL值平均为45.98 kcal/mol,明显低于mRNAs（23.08 kcal/     

前列腺癌的生物标记物——外分泌miRNAs

miRNAs是一类非编码RNAs,可以调节基因表达。现发现miRNAs的表达与癌症发生相关,可以作为一种癌症的生物标记物。在胞外液中miRNAs以不同形式存在:miRNAs与Ago2蛋白结合后进入细胞外囊泡中,或者进入高密度脂蛋白分子中。这些miRNAs被认为是潜在的,非入侵性的疾病诊断和检查工具。在本文中,我们主要讨论胞外miRNAs的生物学功能,以及这些胞外囊泡中miRNAs作为前列腺癌生物标记物的潜在作用。     

缺血性脑卒中外周血差异miRNA挖掘与生物信息学分析

目的 本研究旨在通过生物信息学方法筛选缺血性卒中的关键miRNA,探讨其下游靶基因及相关调控通路在缺血性中风中可能发挥的生物学作用.方法 利用R语言的Limma包分析大鼠缺血性卒中模型外周血miRNA表达谱数据,miRbase数据库鉴定差异miRNA保守性,miRDB数据库预测这些miRNA的靶基因.联合应用strin...     

基因药物的发现与我们将来要做的工作

早在１９８０年前,因缺乏对分子病理学的了解,药品工业一般被认为是一种寻求化学制品使用的高利润化学工业。随着我们进入分子药物发现的年代,这种工业很快成为一种寻找足够的、专一的、有关疾病的潜在分子靶的生物工程。现在,分子生物技术的发展提供了快速测定必要的所有相关基因组的方法,也提供了相关药物发现的作用靶的大量生物信息,因此带来了疾病治疗的新挑战。１靶蛋白的确证要寻找基因药物,最直接的任务是根据分子生物学所阐明的基因组序列去选择病理过程涉及的基因。产业上的任务是增加测定ＤＮＡ序列的生物构建上的投资。为了提高…     

小分子RNA家族中的新成员--microRNA

近来,人们在多种生物中发现了一类新的小分子RNA——microRNA(miRNA)．miRNA是20～24nt的单链RNA,在进化上具有高度的保守性,它通过与靶mRNA不完全互补配对,抑制蛋白翻译,调节内源基因表达,在基因调控中扮演了重要的角色．miRNA和siRNA(small interferenceRNA)在生成机制、作用途径等方面关系密切,它们既有区别又相互联系．小分子RNA的研究将是今后分子生物学的研究热点之一．     

探究CUL4B在结直肠癌患者来源的肿瘤类器官中调控miRNAs

目的 探究CUL4B在肿瘤患者来源的结直肠癌肿瘤类器官中调控miRNAs。方法 利用干扰CUL4B的和其对照的PDOs样本,进行miRNA-seq,对差异miRNAs的靶基因进行KEGG和GO等分析。利用TargetScan和miRDB 2个数据库分别预测可能受CUL4B调控的并且评分≥85分的miRNAs,结合miRNA-seq差异miRNAs进行韦恩分析。结果 miRNA-seq结果显示共有41个差异miRNAs。TargetScan和miRDB两个数据库和测序数据韦恩分析发现miR495-3p、miR381-3p和miR148b-5p 3个共同交集的miRNAs。KEGG结果显示代谢通路富集的基因个数最多,溶酶体富集基因Q值最小。GO分析结果显示单有机体过程、蛋白质结合和细胞质富集基因最多。流式细胞仪检测发现干扰CUL4B的表达并不影响PDOs的细胞周期。结论 CUL4B可能是通过代谢通路和溶酶体2个信号通路调控miR495-3p、miR381-3p和miR148b-5p。     

偏置判别SVM预测microRNA靶基因

针对靶基因样本数据不平衡导致阳性样本预测准确率较低的问题,提出基于SVM的靶基因预测算法,即偏置判别SVM。算法选取高质量的数据集和最优特征集作为输入,在经验特征空间中以偏置判别分析准则为核优化目标函数,使用核保角变换的方法逐步优化核矩阵,用最优核矩阵构造偏置判别SVM,以解决靶基因数据不平衡对预测造成的影响。对比实验分析表明,提出的偏置判别SVM算法具有更高的特异度、敏感度和预测精度。同时,偏置判别SVM具有更强的泛化能力,鲁棒性更好。     

p53基因调控网络研究进展

肿瘤抑制基因p53表达的p53蛋白是一个通用转录因子,与其上、下游功能相关基因组成了一个复杂的基因调控网络,在这个基因网络中p53基因起着关键作用;DNA损伤、缺氧、原癌基因的激活等均能刺激p53基因表达;p53表达升高后,可通过p53-MDM2反馈环路与泛素系统等对p53表达水平进行精确调节;p53通过调控多种下游/靶基因表达完成多种生物学功能,主要包括阻滞细胞周期、促进细胞凋亡、维持基因组稳定性等;认识p53基因调控网络的功能有助于理解p53及其下游/靶基因间的具体作用机制。     

MicroRNAs在皮肤生物学中的研究进展

microRNAs(miRNAs)是内源性转录后非编码小RNA分子,定向作用于靶基因,在细胞分化、组织发育等多个过程中发挥作用.皮肤是人类和动物身体最大的器官系统,miRNAs在动物皮肤形态发生和维持正常的生理生态功能等方面发挥重要作用.主要从miRNAs在皮肤形态发生、皮肤癌、皮肤伤口创伤愈合、色素形成等方面入手,对近期研究进展进行简要阐述和总结,为miRNAs在皮肤生物学研究上提供帮助.     

不同运动强度对急性心肌梗死大鼠心功能的影响及循环miRNAs差异表达

研究不同运动强度对急性心肌梗死大鼠心功能的影响, 分析循环微小RNA(microRNAs, miRNAs)的差异表达与靶基因及基因功能. 制作急性心肌梗死大鼠模型40只,分为4组, 每组10只, 分别为假手术组、单纯心肌梗死组、中等强度持续运动(continuous moderate training, CMT)组和间歇高强度运动(high intensity interval training, HIT)组, CMT组和HIT组大鼠接受运动治疗8周, 用超声心动图评估心功能, 用基因芯片技术测定4组大鼠模型循环miRNAs差异表达, 用生物信息学技术分析不同运动强度下循环miRNAs相关靶基因及基因功能. CMT组和HIT组的治疗显著改善了心肌梗死大鼠心功能和运动耐量, HIT组显著优于CMT组. 单纯心肌梗死组与假手术组相比, 明显上调的循环miRNAs有14个, 明显下调的循环miRNAs有4个. 与单纯心肌梗死组相比, CMT组明显上调的循环miRNAs有11个, 明显下调的循环miRNAs有2个; HIT组明显上调的循环miRNAs有53个, 明显下调的关键miRNAs有41个. 与假手术组相比, 单纯心肌梗死组心肌相关循环miRNAs的差异表达有miR-26a-5p, miR-92a-3p和miR-378a-3p; 与单纯心肌梗死组相比, CMT组有miR-92a-3p, HIT组有miR-34c-3p, miR-23a-3p, miR-98-3p, miR-208a-5p和miR-92-3p. 高强度间歇运动对心肌梗死大鼠心功能和运动耐量的改善作用优于中等强度持续运动, 其循环miRNAs及心肌相关循环miRNAs的差异表达数量明显高于中等强度持续运动, 循环miRNAs差异表达有望作为运动强度和运动效果判断的分子生物学标志物.     

P450酶的研究进展

肝是代谢药物的主要场所，而在代谢药物中起关键作用的酶是位于微粒体的细胞色素P-450系统，常称药酶或混合功能氧化酶，或单加氧酶。一般说来，许多药物经甘药酶代谢后生成低毒或无毒分子，随尿和胆汁排出，但亦有一些药物及其它化合物经肝药酶代谢激活成毒性更大的中间产物，引起毒性。因此，肝药酶代谢药物的分子机制及与毒理学的关系，是药理学基础理论研究的重要内容之一。     

非编码RNA研究进展

多年来,人们已经清楚的认识了一系列结构RNA和调节RNA。最近,由Tuschel,Bartel和Ambro实验室发表的一系列文章里,记述了这些结构RNA和调节RNA外,还包括有许多最近发现的仅由22个核苷酸组成的微小RNA(miRNA)的研究前景。由于这些RNA不编码蛋白质,所以统称为非编码RNA(ncRNA)。最近的研究表明,ncRNA比以前所想像的要丰富和重要的多,它们在转录调节,染色体复制,RNA加工、修饰,mRNA稳定性和翻译,甚至蛋白质降解和转运过程中都起作用。本文就对ncRNA的研究进展和最近发现的miRNA作一简要综述。     

小鼠囊胚发育阶段miRNA表达的研究

研究小鼠囊胚发育阶段miRNA的表达,探讨miRNA在着床前胚胎发育中的作用.采用miRNA芯片技术和RT-PCR方法,鉴定小鼠囊胚发育阶段miRNA的表达.在小鼠囊胚发育阶段共筛查到124个miRNA,其中包括与发育和细胞分化相关的miRNA let-7e、miR-125a和miR-181a.说明小鼠囊胚发育阶段表达大量的miRNA,有可能对着床前胚胎发育和分化过程起重要的调控作用.