快速老化模型小鼠血清蛋白质组学分析比较

以6月及12月龄SAMP 8及同龄SAMR 1为研究对象, 应用双向凝胶电泳法, 分析比较了快速老化模型小鼠(Senescence accelerated mice, SAM)的快速老化亚系SAMP 8及抗快速老化亚系SAMR 1血清蛋白表达的差异. 与同龄SAMR 1比较, 6月龄SAMP 8血清中有15个蛋白点表达显著上调, 3个蛋白点表达显著下调, 7个蛋白点只在SAMP 8中有表达; 12月龄SAMP 8血清中有9个蛋白点表达显著上调, 7个蛋白点表达显著下调, 12个蛋白点只在SAMP 8中有表达. 应用质谱进行肽质量指纹图谱分析和数据库检索共鉴定了19种蛋白质. 其中6个蛋白只在6月龄SAMP 8中表达, 4个蛋白只在12月龄SAMP 8中表达. 此外, 在6月龄及12月龄SAMP 8血清差异蛋白中, 存在9个共同的差异蛋白, 按照功能可分为4类: (1) 免疫相关蛋白; (2) 老化相关蛋白; (3) 糖代谢及神经元凋亡相关蛋白; (4) 其它蛋白. 上述研究结果显示, SAMP 8和SAMR 1血清蛋白表达存在明显差异, 其中一些差异蛋白可能是SAMP 8老化进程中相关病理生理变化的重要原因.     

恐惧记忆相关蛋白的蛋白质组学研究

应用双向凝胶电泳结合质谱鉴定和数据库检索, 分析比较了CD1和C57BL/6J小鼠经条件性恐惧实验后海马蛋白表达的差异, 探讨了与恐惧记忆相关的蛋白质. CD1和C57BL/6J小鼠经条件性恐惧实验后, 海马蛋白表达存在明显差异, 29种蛋白(31个蛋白点)与恐惧记忆的形成显著相关. 其中24个蛋白点表达显著上调, 7个蛋白点显著下调. 与恐惧记忆相关的蛋白按功能可分为如下6类: (1) 能量代谢或线粒体功能相关蛋白; (2) 神经发育相关蛋白; (3) 信号转导相关蛋白; (4) 细胞骨架相关蛋白; (5) 氨基酸代谢和蛋白分解相关蛋白; (6) 伴侣蛋白. 这些恐惧记忆形成的相关蛋白深化了对恐惧记忆脑机制的认识, 为研究和治疗认知相关疾病提供了新靶标.     

蛋白质组学分析中蛋白质快速酶解方法的研究进展

蛋白质组学技术通过分析生物体内实现功能活动的蛋白质,帮助人们深入理解生物过程中的分子机制。基于生物质谱的自下而上鸟枪法蛋白质组学技术在鉴定深度和广度方面均显示出独特的优势,但其样品前处理流程复杂,过夜的蛋白质酶解反应步骤制约了样品前处理的效率。探索能够显著加快酶解反应速度的方法能够提高蛋白质组学分析的效率,以应对大规模、高通量的分析需求。文章综述了蛋白质快速酶解方法的研究进展,按照加速反应策略的不同,对引入额外能量、缩小反应体系体积和改变酶试剂形态三类工作分别展开介绍并总结其优缺点,展望了蛋白质组学快速样品前处理的发展前景。     

弹道明胶老化初级阶段的模型

用流变震荡模式研究了10 wt%浓度的弹道明胶在冷却和等温下的老化行为.对明胶从sol-gel点冷却到某个目标温度的过程,通过不同冷却速率的实验,建了一个弹性模量与温度的线性关系.不同温度下明胶的等温老化实验表明,弹性模量-时间曲线具有相似的形状.依据Normand提出的二级反应动力学模型,引入一个表征明胶老化行为的速率常数,构建了一个预测弹道明胶在老化初级阶段的弹性模量演化的模型.该模型中模量-温度关系在初始和无穷大时是直线,其他模量-温度线是近似直线,并交于sol-gel点.老化速率常数和过冷度之间符合Flory-Weaver方程.对弹性模量和老化时间进行归一化处理,可将不同温度下的老化曲线叠加成一条主曲线.     

差异蛋白质组学研究技术新进展

随着多项基因组计划的完成,人们越来越倾向于借助蛋白质组学手段在整体水平研究复杂蛋白质样品。差异蛋白质组学比较不同生物体在不同时刻,状态下蛋白质表达的变化,已广泛应用于各种研究。相关技术的建立成为蛋白质组学的一个核心技术问题。不同方法对蛋白质差异分析的能力和原理不同,可分为提供相对含量信息的定量差异分析技术和提供有,无信息的定性差异分析技术。此外。还有专门技术用于蛋白质修饰的差异分析。多种技术手段的结合应用以及自动化、高通量分析已成为趋势,修饰研究成为新的研究热点,这些均将促进相关技术的进一步发展。本文介绍了差异蛋白组学研究技术及其进展。     

快速多模型回归分析方法的研究

逐步回归[1]是变量选择的常用方法．由逐步回归法得到的数学表达式不一定是最优数学模型，所以有其局限性．假如有m个变量x；，x。，……，x。，我们希望得到分别包含1个变量、2个变量、……、直至m个变量的最优回归方程，可以采用组合算法C：，对每个子集的所有组合进行回归分析，然后从C：个回归方程中选出最优的数学模型．由于随着变量个数m的增加，总的回归次数以2”的形式倍增，运算量大，时间长．此时可采用快速多模型（LeaPsandbounds）回归分析［‘j．此法为一种快速多模型回归，据此可以得到一组含有不同变量个数的最优方程．该…     

中国小型猪心肌梗死模型的比较蛋白质组学研究

利用二维电泳(2DE)分离中国小型猪心肌梗死模型的正常与梗死心肌组织的蛋白提取液, 采用 PDQuest 软件对比分析了两种心肌组织在pH=5─8范围内的2DE谱图. 正常心肌组织检出851个蛋白点, 梗死组织检出1 032个蛋白点. 发现13个蛋白质点只在小型猪的正常心肌组织中表达, 而有14个蛋白质点只在梗死心肌组织中表达. 另外, 还有49个蛋白点在两种组织中表达量上有显著性变化(P<0.05), 选择进行质谱分析其中11个蛋白点, 成功地鉴定出7种蛋白, 蛋白功能分析结果表明, 这些蛋白的差异表达与心肌梗死过程相关.     

二维液相色谱接口的改进及其在蛋白质组学研究中的应用

随着蛋白质组学、本草物质组学等组学概念的提出,所需分析的样品的成分越来越复杂,因此具有强大分离能力的多维液相色谱技术受到人们越来越多的关注。二维液相色谱中第二维的分离性能和速度是整个分离系统性能的关键。基于捕集柱模式,我们采用经特殊设计的流路系统,使得双捕集柱型接口具有预分离的功能。样品从第一维流出以后被富集在捕集柱1的柱头,经过脱盐后,正冲捕集柱,捕集柱1与第二维色谱柱联用对富集的样品进行分离,增加了第二维分离效率。当捕集柱上的样品全部被洗脱到第二维色谱柱上时,捕集柱2已经完成对第一维洗脱液中样品的捕集和脱盐,此时将阀进行切换,捕集柱2与第二维色谱柱直接相连进行洗脱。循环切换捕集柱1和捕集柱2,维持较高的阀切换频率,实现了第二维色谱柱的连续洗脱。因此保证了第二维分离具有较快速度,同时具有较高的分离效率。使用35 mm长捕集柱和十通阀为接口,以弱阴离子交换(WAX)色谱为第一维分离模式,以反相(RP)色谱为第二维分离模式,构建了WAX-RP二维液相色谱系统(2D-LC system)。以小鼠血清为样品对系统进行了初步评价。色谱流出曲线出现了明显的界面现象,这是由于捕集柱流动相中含有的较多盐分流出时的背景吸收造成的。同时,由于界面两侧的流动相黏度不同产生了黏性指进(VF)现象。当第二维色谱柱长度为50 mm时,理论上可将第二维分离效能提高70%。该接口可以应用于多种二维液相色谱模式,适用于蛋白质组学和本草物质组学研究中对于复杂样品的分离分析。     

金属氧化物在蛋白质组学研究中的应用

本文对近年来金属氧化物在蛋白质组学研究中发挥的作用进行了综述。重点介绍了该类化合物在蛋白质样品富集、固定化酶反应器、生物传感器和生物移植材料等方面的应用,并展望了其在蛋白质组学研究中的发展前景。     

废旧橡胶改性沥青的老化研究现状

废旧橡胶改性沥青可显著延长路面寿命。本文综述了国内外废旧橡胶改性沥青的热氧老化、紫外老化和水老化行为,使用宏观性能和微观结构变化分析了橡胶改性沥青老化特点。橡胶改性沥青在热、氧、紫外、水的作用下发生老化,软化点升高,针入度降低,羰基含量增加。特别是光、氧老化对经过水老化后的橡胶改性沥青老化作用尤为明显,水溶解了部分老化产物促进了沥青的老化。目前对于橡胶改性沥青老化过程中胶粉、沥青的结构性能变化和其环境耦合因素对橡胶改性沥青的老化研究及分析手段还很少,在今后的研究中须引起重视。     

Carrier Ampholyte Isoelectric Focusing Based Two-Dimensional Electrophoresis in Preliminary Screening of Differential Proteomics Analysis

Two-dimensional electrophoresis is a current method for separating complex protein mixtures of a given sample in different states. In this study an improved carrier ampholyte isoelectric focusing method has been evaluated for its capacity for preliminary screening of expressional proteomics subjects. In comparison with current carrier ampholyte isoelectric focusing, this method showed enough resolution power to display major expressional changes in proteomic samples and demonstrated it can be used as a substitution for the immobiline based isoelectric focusing method.     

Proteomics Approach to Investigate Impact of aFGF Antagonist on Signal Transduction Pathway

Fibroblast growth factor(FGF) signal transduction pathway is correlated with many diseases,such as cancer,skeletal dysplasias,olfactory syndromes and so on.P(VYMSPF),a small peptide,is an antagonist of aFGF.In order to investigate the impact of the peptide P on aFGF signal transduction pathway,the proteomes of NIH3T3 cell stimulated under different conditions(aFGF+heparin sodium and aFGF+heparin sodium+P) were extracted and analyzed by 2DE,five differentially expressed protein spots were selected and identified via ESI-MS/MS.The result indicates that the peptide P has a great influence on the function of aFGF such as metabolism,protein translation and cytoskeleton formation;the target signal pathway of the peptide P may be MAPK pathway and the peptide P might also affect the PLCγ pathway.The article provides a new insight into the peptide P as a potential anticancer drug.     

非标记液相色谱-质谱联用蛋白组学并行分析策略研究

在双酶双碎裂条件下,建立了针对非标记液相色谱-质谱联用蛋白质组学的并行分析策略.应用拥有碰撞诱导解离(CID)和电子转移解离(ETD)两种碎裂方式的液相色谱-质谱联用对经胰蛋白酶和V8酶分别酶解的牛血清白蛋白(BSA)、大肠杆菌及复杂血清样品进行检测.与单酶酶解比较,双酶酶解的蛋白总发现率增加了11%,蛋白总覆盖率可增...     

Interbacterial Chemical Communication-Triggered Nascent Proteomics

Metabolic labeling with clickable noncanonical amino acids has enabled nascent proteome profiling, which can be performed in a cell-type-specific manner. However, nascent proteomics in an intercellular communication-dependent manner remains challenging. Here we develop communication-activated profiling of protein expression (CAPPEX), which integrates the LuxI/LuxR quorum sensing circuit with the cell-type-specific nascent proteomics method to enable selective click-labeling of newly synthesized proteins in a specific bacterium upon receiving chemical signals from another reporter bacterium. CAPPEX reveals that E. coli competes with Salmonella for tryptophan as the precursor for indole, and the resulting indole suppressed the expression of virulence factors in Salmonella. This tryptophan-indole axis confers attenuation of Salmonella invasion in host cells and living mice. The CAPPEX strategy should be widely applicable for investigating various interbacterial communication processes.     

铅对海马齿状回L—LTP和双脉冲反应的影响

应用在位电生理技术研究了发育过程中的铅暴露对成年大白鼠海马齿状回超长时程增强（Ｌ－ＬＴＰ）和双脉冲反应（ＰＰＦ）的影响。结果表明，铅使海马神经元ＥＰＳＰ和ＰＳ诱导的Ｌ－ＬＴＰ幅度降低，维持时间缩短，提示铅可能对形成长期记忆中起关键作用的新蛋白合成过程造成损伤。铅使双脉冲易化幅度降低，易化时间宽度变窄，提示铅主要使突触后ＮＭＤＡ受体造成损伤。     

Technological Advancements in Mass Spectrometry and Its Impact on Proteomics

Amalgamation of mass spectrometry (MS) and proteomics has led to the most awaited technological inventions such as discovery of clinically potential biomarkers and generation of effective drugs. This review focuses on the synergistic growth in MS instrumentation, proteomics and its impact on biomedical sciences. Novel ionization methods: surface enhanced laser desorption ionization, electrospray assisted laser desorption ionization, desorption electrospray ionization, laser diode thermal desorption are discussed. Different mass analyzers: ion trap, time-of-flight, Fourier transform ion cyclotron resonance and their applications are outlined. New ion fragmentation techniques: electron capture dissociation, electron transfer dissociation, infrared multiphoton dissociation and their attributes are described.     

基于质谱技术蛋白质定量方法的研究进展

质谱技术已经成为目前蛋白质鉴定的重要工具。定量分析细胞内蛋白质组的动态变化,是当前研究蛋白质功能、揭示细胞生物机理、寻找疾病蛋白标记物和药物靶标的迫切需要。本文综述了基于质谱技术蛋白质定量的策略、方法和应用等方面近年来的进展,评述了几种蛋白质质谱定量方法的特点和应用潜力。     

HCV全基因组培养细胞的比较蛋白组学研究

利用比较蛋白质组技术研究了转染丙型肝炎病毒(Hepatitis C virus, HCV)全基因组的人肝癌细胞系Huh7细胞模型中蛋白质表达谱的变化, 建立了Huh7-HCV的双向凝胶电泳蛋白质表达图谱和数据库. 通过双向凝胶电泳分离和图像分析, 对表达差异2倍以上蛋白质点进行了胶内酶解和MALDI-TOF MS鉴定. 得到包括与细胞骨架蛋白、细胞周期、凋亡和信号转导等相关的14个蛋白质, 并且用Western blot验证了热休克蛋白70的蛋白质组研究结果. 利用HCV全基因组培养系统, 采用蛋白质组学技术, 为研究HCV病毒和宿主细胞相互作用提供了新的实验数据, 为深入研究HCV病毒复制和分子致病机理奠定了基础.     

蛋白质组学质谱平台肽段可检测性预测研究进展

生物质谱是蛋白质组研究中的核心技术之一,可以实现大规模、高通量的蛋白质定性和定量分析。由于样品和实验过程自身的复杂性,质谱实验的重复性还存在一些问题,肽段鉴定和定量结果有很大的随机性,肽段的质谱检测概率问题在蛋白质组研究中,特别是定量蛋白质组研究中备受关注。本文总结了影响肽段可检测性的重要因素,分析了已经提出的计算预测方法,并对其在实验研究中的应用进行了综述。