| 基于ISC-SVR方法预测Th细胞表位 |
| |
| 引用本文： | 于畅宇,刘伟,刘涛,宋哲,朱鸣华. 基于ISC-SVR方法预测Th细胞表位[J]. 化学学报, 2013, 71(4): 670-678. DOI: 10.6023/A12121059 |
| |
| 作者姓名： | 于畅宇 刘伟 刘涛 宋哲 朱鸣华 |
| |
| 作者单位： | 大连理工大学高科技研究院 大连 116023 |
| |
| 摘 要： | 外源性抗原蛋白被抗原提呈细胞(APC)摄取送入溶酶体中被降解为长度不一的肽段. 在HLA-DM分子辅助下, MHC II类分子相关恒定链多肽(class II-associated invariant chain peptide, CLIP)从MHC II类分子的肽结合槽解离, 使得外源性抗原降解的肽段进入MHC II类分子空的肽结合槽中, 形成稳定的抗原肽-MHC II类分子复合物. 之后再被提呈到APC细胞表面供CD4+Th细胞的TCR识别, 激活Th细胞分泌细胞因子, 促进CTL细胞特异性杀伤靶细胞或辅助B细胞产生抗体. Th细胞的活化对机体的细胞免疫和体液免疫功能都有重要的辅助作用. 本工作基于迭代自洽策略与支持向量回归机(ISC-SVR)方法建立了MHC II类分子与外源性抗原肽结合亲合力预测模型, 采用13mer扩展核心结合序列可以提高预测模型的性能, 分别按照均值法、最大值法、结合法、加权平均值法4种方法计算MHC II类分子与抗原肽的结合亲合力值. 对17种MHC II类分子配型进行了回归分析, 与其他预测模型相比较, 本工作模型都得到了最佳AUC值. 最后, 以HLA DRB1*0101分子为例, 分析讨论了MHC II类分子与抗原肽的结合特异性.
|
| 关 键 词： | T细胞 表位 外源性抗原 MHCII类分子 支持向量回归机 |
Prediction of Th Cell Epitopes Based on ISC-SVR Method |
| |
| Yu Changyu,Liu Wei,Liu Tao,Song Zhe,Zhu Minghua. Prediction of Th Cell Epitopes Based on ISC-SVR Method[J]. Acta Chimica Sinica, 2013, 71(4): 670-678. DOI: 10.6023/A12121059 |
| |
| Authors: | Yu Changyu Liu Wei Liu Tao Song Zhe Zhu Minghua |
| |
| Affiliation: | College of Advanced Science and Technology, Dalian University of Technology, Dalian 116023 |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | T cell epitope exogenous antigen MHC class II molecule support vector regression |
| 本文献已被 CNKI 万方数据 等数据库收录！ |
| 点击此处可从《化学学报》浏览原始摘要信息 |
|
点击此处可从《化学学报》下载全文 |
|
