| 基于几何约束的蛋白质-配体准确结合自由能计算 |
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| 引用本文： | 付浩浩,陈淏川,张宏,邵学广,蔡文生. 基于几何约束的蛋白质-配体准确结合自由能计算[J]. 化学学报, 2021, 79(4): 472-480. DOI: 10.6023/A20100489 |
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| 作者姓名： | 付浩浩 陈淏川 张宏 邵学广 蔡文生 |
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| 作者单位： | 南开大学化学学院分析科学研究中心天津市生物传感与分子识别重点实验室 天津300071;南开大学化学学院分析科学研究中心天津市生物传感与分子识别重点实验室 天津300071;南开大学药物化学生物学国家重点实验室 天津300071 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(22073050); 国家自然科学基金(21773125); 南开大学中央高校基本科研业务费专项资金(63191743); 南开大学中央高校基本科研业务费专项资金(63201015); 中国博士后科学基金(bs6619012) |
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| 摘 要： | ![]()
蛋白质-配体的结合过程伴随着复杂的结构变化,在分子模拟可及的时间尺度内难以完全捕获,这使得准确估计蛋白质-配体的结合自由能十分困难.一种有效的解决途径是采用几何约束减小需要采样的构象空间,再通过后处理方式扣除约束的影响.本文综述了三种几何约束策略——漏斗状约束、球形约束和七自由度约束与自由能计算算法结合准确计算结合自由能的原理和进展,重点概述理论严谨的七自由度约束的最新进展以及与Alchemistry或重要性采样方法的联用策略,最后,讨论了如何针对不同体系选择合适的计算策略以及蛋白质-配体准确结合自由能计算在药物设计等领域中的挑战和前景,并提出了将上述方法进一步运用于研究更复杂的蛋白质-蛋白质问题的可能性.
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| 关 键 词： | 蛋白质-配体 结合自由能 分子模拟 自由能微扰 重要性采样 |
Accurate Estimation of Protein-ligand Binding Free Energies Based on Geometric Restraints |
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| Haohao Fu,Haochuan Chen,Hong Zhang,Xueguang Shao,Wensheng Cai. Accurate Estimation of Protein-ligand Binding Free Energies Based on Geometric Restraints[J]. Acta Chimica Sinica, 2021, 79(4): 472-480. DOI: 10.6023/A20100489 |
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| Authors: | Haohao Fu Haochuan Chen Hong Zhang Xueguang Shao Wensheng Cai |
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| Affiliation: | a Tianjin Key Laboratory of Biosensing and Molecular Recognition, Research Center for Analytical Sciences, College of Chemistry, Nankai University, Tianjin 300071, Chinab State Key Laboratory of Medicinal Chemical Biology, Tianjin 300071, China |
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| Abstract: | ![]()
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| Keywords: | protein-ligand binding free energy molecular dynamics free-energy perturbation importance sampling |
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