| 乙酰乳酸合成酶与抑制剂ZJ0777及CIE的分子对接和分子动力学模拟 |
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| 引用本文： | 汪冒君,宣南霞,吴 军.乙酰乳酸合成酶与抑制剂ZJ0777及CIE的分子对接和分子动力学模拟[J].浙江大学学报(理学版),2015,42(6):709-713. |
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| 作者姓名： | 汪冒君 宣南霞 吴 军 |
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| 摘 要： | 乙酰乳酸合成酶(Acetohydroxyacid synthase,AHAS)是植物和微生物体内3种支链氨基酸生物合成过程中影响第1阶段的关键性酶,已被广泛证实为除草剂的靶标.ZJ0777是一种新型的除草剂,具有与传统商业除草剂相当的除草活性,且具有低毒、低残留、高选择性等优点.使用分子对接方法研究了AHAS-ZJ0777复合物体系的作用模式,并与AHAS-CIE复合物晶体结构的作用模式作比较,发现二者的作用模式相似,对结合起关键作用的氨基酸均为Arg377,Trp574和Ser653.AHAS-CIE体系小分子蛋白质之间主要通过氢键相互作用,AHAS-ZJ0777体系中小分子蛋白质之间主要通过π-π堆积相互作用.对分子对接得到的复合物AHAS-ZJ0777及AHAS-CIE使用Amber程序进行1 135ps的MD模拟实验,随后使用MM-GBSA方法计算了抑制剂与蛋白质的结合能.结果表明,真空中的范德华力、静电作用和非极性溶剂化作用有利于抑制剂与AHAS的结合.本研究从理论上解释了新型ZJ0777分子的高效生物活性,为进一步设计和开发嘧啶苄胺类抑制剂提供了一定的理论指导.
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| 关 键 词： | 乙酰乳酸合成酶 ZJ0777 分子对接 分子动力学模拟 MM-GBSA |
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