| 力场/溶剂水模型对EGFRvⅢ抗原-MR1(scFv)抗体复合物的MM-PBSA计算精度的影响与实验验证 |
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| 引用本文： | 任家毅,杨志伟,郑念珏,李军旗,杨春龙,林淑健,杨冰,黄俊卿,廖化新,袁晓辉,欧仕益.力场/溶剂水模型对EGFRvⅢ抗原-MR1(scFv)抗体复合物的MM-PBSA计算精度的影响与实验验证[J].高等学校化学学报,2017,38(11). |
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| 作者姓名： | 任家毅 杨志伟 郑念珏 李军旗 杨春龙 林淑健 杨冰 黄俊卿 廖化新 袁晓辉 欧仕益 |
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| 作者单位： | 1. 暨南大学中医学院,广州,510632;2. 西安交通大学理学院,西安,710049;3. 暨南大学生物医药研究院,广州510632;广州中医药大学顺德医院,顺德528300;4. 暨南大学生物医药研究院,广州,510632;5. 广州中医药大学顺德医院,顺德,528300;6. 暨南大学生物医药研究院,广州510632;广东省生物工程药物重点实验室,广州510632;7. 暨南大学生物医药研究院,广州510632;广东省生物工程药物重点实验室,广州510632;基因工程药物国家工程研究中心,广州510632;8. 暨南大学食品科学与工程系,广州,510632 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金，广东省引进创新创业团队专项，广州市珠江科技新星专项，广东省计算科学重点实验室开放基金，广东省生物工程药物重点实验室运行经费(批准号:2014B030301050)资助.Supported by the National Natural Science Foundation of China，the Guangdong Innovative and Entrepreneurial Research Team Program |
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| 摘 要： | 以表皮生长因子Ⅲ型突变体(EGFRvⅢ)抗原多肽与其抗体(MR1)及其人源化突变体的复合物结构为出发点,采用分子动力学中的6种常用力场及3种常用溶剂水模型,分别对上述抗原-抗体复合物进行100ns的分子动力学模拟与分子力学和连续介质模型计算自由能(MM-PBSA),并在实验上利用等温滴定量热(ITC)仪测定了抗原和抗体相互作用的热力学参数.通过在结构变化、能量变化及野生型与突变体比较等几个方面进行综合分析,给出了最佳的计算模型.对不同力场及水模型计算精度等相关问题进行了探讨.
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| 关 键 词： | 单链抗体 分子动力学模拟 分子力学和连续介质模型的自由能计算 等温滴定量热 均方根偏差 |
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