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| 多巴胺第三受体蛋白三维结构及其活性位点氨基酸残基 | |
| 引用本文： | 金毅,王悦,卞富永,史强,葛茂发,王树,张兴康,徐四川.多巴胺第三受体蛋白三维结构及其活性位点氨基酸残基[J].物理化学学报,2011,27(10):2432-2446. |
| 作者姓名： | 金毅 王悦 卞富永 史强 葛茂发 王树 张兴康 徐四川 |
| 作者单位： | 1. 云南大学化学科学与工程学院, 自然资源药物化学教育部重点实验室, 昆明 650091; 2. 中国科学院化学研究所, 北京分子科学国家实验室, 分子动态与稳态结构国家重点实验室, 北京 100190; 3. 中国科学院化学研究所有机固体重点实验室, 北京 100190 |
| 基金项目： | 中国科学院百人计划项目，云南省人才基金，国家自然科学基金 |
| 摘 要： | 基于牛视紫红质模板蛋白,同源模建多巴胺第三受体（D3R）蛋白三维结构,在1-棕榈酰-2-油酰-卵磷脂（POPC）膜-水模型环境,开展300 ns分子动力学模拟提炼优化其结构,取得稳定的D3R蛋白三维结构（2B08-D3R）.在该蛋白基础上,采用MP2/6-31G（d,p）方法,计算多巴胺（Dop）与氨基酸残基相互作用的结合能,确定五个残基（Asp117、Ser208、His272、Phe269和Thr276）为活性位点.五个活性位点残基分别位于D3R蛋白跨膜螺旋区TM3、TM5和TM6,组成活性空腔结构.多巴胺分子以其苯基平面与TM2-TM7包围的圆柱体空腔平行和非共价键结合方式保留在D3R蛋白中,与D3R蛋白结合能Eb为-97.8 kJ·mol-1基于3PBL D3R突变体晶体结构,构建了另外一个含有多巴胺分子的D3R蛋白结构（Dop-3PBL-D3R）,确定在该蛋白结构中,多巴胺的活性位点氨基酸是Asp83、His272、Phe269、Phe268和Trp265.在该蛋白结构中,多巴胺分子同样以其苯基平面与TM2-TM7包围的圆柱体空腔平行和非共价键方式结合,与该蛋白相互作用的结合能是-80.5 kJ·mol-1. |
| 关 键 词： | 从头计算 D3R 3PBL 活性位点 分子动力学模拟 同源模建 |
| 收稿时间： | 2011-05-26 |
| 修稿时间： | 2011-08-15 |
Three-Dimensional Structure of Dopamine 3-Subtype Receptor with the Active Site Residues for the Binding of Dopamine |
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| JIN Yi,WANG Yue,BIAN Fu-Yong,SHI Qiang,GE Mao-Fa,WANG Shu,ZHANG Xing-Kang,XU Si-Chuan.Three-Dimensional Structure of Dopamine 3-Subtype Receptor with the Active Site Residues for the Binding of Dopamine[J].Acta Physico-Chimica Sinica,2011,27(10):2432-2446. | |
| Authors: | JIN Yi WANG Yue BIAN Fu-Yong SHI Qiang GE Mao-Fa WANG Shu ZHANG Xing-Kang XU Si-Chuan |
| Institution: | JIN Yi~1 WANG Yue~1 BIAN Fu-Yong~1 SHI Qiang~2 GE Mao-Fa~2 WANG Shu~3 ZHANG Xing-Kang~2 XU Si-Chuan~(1,2,*) (1 Key Laboratory of Education Ministry for Medicinal Chemistry of Natural Resource,College of Chemical Science and Technology,Yunnan University,Kunming 650091,P.R.China,2 State Key Laboratory for Structural Chemistry of Unstable and Stable Species,Beijing National Laboratory for Molecular Science,Institute of Chemistry,Chinese Academy of Sciences,Beijing 100190,3 CAS Key Laboratory of Orga... |
| Abstract: | The dopamine 3-subtype receptor(D_3R) is a promising therapeutic target for the development of new drugs.Using rhodopsin as a template protein,we report homology modeling of a complete D_3R structure including dopamine(Dop) in an environment of a 1-palmitoyl-2-oleoylsn-glycero-3-phospha-tidyl- choline(POPC) explicit lipid bilayer and water.A 300 ns molecular dynamics(MD) simulation was performed to obtain a stable three-dimensional structure for D_3R(2B08-D_3R) based on five residues (Asp117,His272,Phe269,S... |
| Keywords: | Ab initio Dopamine 3-subtype receptor 3PBL Active site Molecular dynamics simulation Homology modeling |
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