| 新型亲和去垢小柱净化-液相色谱-串联质谱法分析水稻叶片蛋白质组 |
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| 引用本文： | 曹晓林,巩佳第,陈铭学,于莎莎,卞英芳,曹赵云.新型亲和去垢小柱净化-液相色谱-串联质谱法分析水稻叶片蛋白质组[J].色谱,2014(11):1181-1186. |
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| 作者姓名： | 曹晓林 巩佳第 陈铭学 于莎莎 卞英芳 曹赵云 |
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| 作者单位： | 中国水稻研究所，农业部稻米及制品质量监督检验测试中心，农业部稻米产品质量安全风险评估实验室，浙江 杭州 310006 |
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| 基金项目： | 中央级公益性科研院所基本科研业务专项( CNRRI2012RG007-2)；国家粮油作物产品质量安全风险评估项目( GJFP2014006)． |
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| 摘 要： | 采用亲和去垢小柱净化,建立了水稻叶片蛋白质组的纳升液相色谱-串联质谱分析方法。水稻叶片蛋白质分别采用酚提取法结合十二烷基硫酸钠(sodium dodecyl sulfate,SDS)裂解,裂解液经亲和去垢小柱净化,酶解肽段用纳升液相色谱-线性离子阱/静电场轨道阱组合式高分辨质谱(nanoLC-LTQ/Orbitrap MS)分析,相关数据库检索鉴定。比较了超滤辅助样品制备法(FASP法)、亲和去垢小柱法和丙酮沉淀法对SDS去除效率及对蛋白质鉴定结果的影响。结果表明:3种方法均有较好的SDS去除效果(去除效率均大于95%);尽管3种方法鉴定的蛋白质种类具有一定的互补性,但以亲和去垢小柱法鉴定的蛋白质数目最多,为563种,远多于FASP法和丙酮沉淀法的196和306种;此外,亲和去垢小柱法适合于各种相对分子质量和不同pI值蛋白质的净化,而FASP法和丙酮沉淀法中不同相对分子质量和pI值蛋白质均有类似程度的损失。采用本文建立的方法,一次进样分析可鉴定出水稻叶片蛋白质多达588种;肽段匹配数≥2的296个蛋白质的生物学功能主要分为结合活性、酶活性、转移运输活性和结构组成等。该蛋白质分析方法可为开展水稻蛋白质组学研究提供技术参考。
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| 关 键 词： | 亲和去垢小柱 纳升液相色谱-线性离子阱/静电场轨道阱组合式高分辨质谱 鸟枪法 蛋白质组学 水稻叶片 十二烷基硫酸钠 |
Analysis of rice leaves proteomes by liquid chromatography-tandem mass spectrometry based on the purification using a novel affinity detergent removal spin column |
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| CAO Xiaolin,GONG Jiadi,CHEN Mingxue,YU Shasha,BIAN Yingfang,CAO Zhaoyun.Analysis of rice leaves proteomes by liquid chromatography-tandem mass spectrometry based on the purification using a novel affinity detergent removal spin column[J].Chinese Journal of Chromatography,2014(11):1181-1186. |
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| Authors: | CAO Xiaolin GONG Jiadi CHEN Mingxue YU Shasha BIAN Yingfang CAO Zhaoyun |
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| Institution: | CAO Xiaolin;GONG Jiadi;CHEN Mingxue;YU Shasha;BIAN Yingfang;CAO Zhaoyun;Rice Product Quality Inspection and Supervision Center of Ministry of Agriculture,Laboratory of Quality and Safety Risk Assessment for Rice,Ministry of Agriculture,China National Rice Research Institute; |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | affinity detergent removal spin column(DRSC) nanoflow liquid chromatography-hybrid linear trap quadrupole orbitrap mass spectrometry( nanoLC-LTQ/Orbitrap) shotgun proteomics rice leaves sodium dodecyl sulfate(SDS) |
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