| 蛋白质折叠的非格子模型 |
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| 引用本文： | 谭晓超,何红波,李义兵.蛋白质折叠的非格子模型[J].计算物理,2007,24(2):234-238. |
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| 作者姓名： | 谭晓超 何红波 李义兵 |
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| 作者单位： | 中南大学物理科学与技术学院,湖南,长沙,410083 |
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| 摘 要： | 用粒子群算法对蛋白质的简化模型进行研究,体系中各原子间的相互作用由一物理势表示.通过全局优化体系的势函数得到蛋白质的结构数据,与实验测得的结构数据之间的均方根偏差RMSD为6.12(A).记录了能量最小值及回转半径随程序运行步骤的变化以及RMSD值与最低能量值的分布关系,这些结果反映了蛋白质折叠的一些基本特征.
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| 关 键 词： | 非格子模型 PSO算法 蛋白质折叠 蛋白质 格子模型 Protein Folding 基本特征 结果 分布关系 能量值 变化 运行步骤 程序 回转半径 最小值 记录 RMSD 均方根偏差 实验测 结构数据 势函数 全局优化 物理 |
| 文章编号： | 1001-246X（2007）02-0234-05 |
| 收稿时间： | 2005-12-08 |
| 修稿时间： | 2006-04-08 |
Off-lattice Model for Protein Folding |
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| TAN Xiaochao,HE Hongbo,LI Yibing.Off-lattice Model for Protein Folding[J].Chinese Journal of Computational Physics,2007,24(2):234-238. |
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| Authors: | TAN Xiaochao HE Hongbo LI Yibing |
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| Abstract: | A simplified off-lattice model of protein is studied with a PSO algorithm.Interaction between atoms is represented by a physical-based potential.The protein's RMSD value between computed and experimental structures is 6.12? in optimizing the potential in global space. The protein total energy and radius of gyration at PSO steps and the relation between minimum energy and corresponding RMSD value are investigated.It shows basic characteristics of protein folding. |
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| Keywords: | off-lattice model PSO algorithm protein folding |
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