| 分子动力学研究抑制剂APV与HIV-1蛋白酶的作用机制 |
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| 引用本文： | 时术华,张少龙,张庆刚.分子动力学研究抑制剂APV与HIV-1蛋白酶的作用机制[J].原子与分子物理学报,2016,33(6). |
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| 作者姓名： | 时术华 张少龙 张庆刚 |
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| 作者单位： | 山东师范大学物理与电子科学学院,山东师范大学物理与电子科学学院 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金,省市自然科学基金 |
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| 摘 要： | 采用分子动力学模拟和结合自由能计算研究了抑制剂APV与HIV-1蛋白酶的作用机制. 研究结果表明范德瓦尔斯作用主控了APV与HIV-1蛋白酶的结合. 采用基于残基的自由能分解方法计算了抑制剂-残基相互作用，结果表明9个残基Gly27、Ile32、Val47、Ile50、Ile84、Ala28′、Gly49′、Ile50′和Arg87′与APV产生了大于1.0 kcal/mol的强相互作用，而且证明CH-π，CH-O相互作用和极性作用是其结合的主要形式. 期待该结果可以为以HIV-1蛋白酶为靶标的抗艾滋病药物设计提供理论上的指导.
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| 关 键 词： | 分子动力学 结合自由能 HIV-1蛋白酶 MM-PBSA |
| 修稿时间： | 3/2/2014 12:00:00 AM |
Molecular dynamics insights into binding mode of inhibitor APV to HIV-1 protease |
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| Keywords: | Molecular dynamics Binding free energy HIV-1 protease MM-PBSA |
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