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分子动力学模拟和自由能计算研究孕酮和孕酮受体蛋白的结合模式
引用本文:扈国栋,张少龙,刘新国,张庆刚.分子动力学模拟和自由能计算研究孕酮和孕酮受体蛋白的结合模式[J].原子与分子物理学报,2010,27(2):333-339.
作者姓名:扈国栋  张少龙  刘新国  张庆刚
作者单位:山东师范大学物理与电子科学学院,济南,250014
基金项目:国家自然科学基金,省市自然科学基金,省青年人才基金
摘    要:孕酮在确立和维持妊娠中起到了关键的作用. 为了研究孕酮和孕酮受体蛋白的结合模式,进行了3.5纳秒的分子动力学模拟,用 MM-PBSA\GBSA方法计算了结合自由能. 自由能分解和丙氨酸扫描两种方法说明,残基 Leu718, Met756, Met759, Phe778 和 Tyr890 对于结合抑制剂作用明显,这些残基的主要作用能是范德瓦尔斯作用能. 这一研究结果可以指导孕酮受体蛋白抑制剂的优化

关 键 词:孕酮受体  分子动力学  MM-PBSA  氢键
收稿时间:5/4/2009 10:22:19 AM
修稿时间:5/22/2009 9:57:17 AM

Molecular dynamics and Free energy calculation study Progesterone binding to human Progesterone receptor ligand-binding domain
HU Guo-Dong,ZHANG Shao-Long,LIU Xin-Guo,ZHANG Qing-Gang.Molecular dynamics and Free energy calculation study Progesterone binding to human Progesterone receptor ligand-binding domain[J].Journal of Atomic and Molecular Physics,2010,27(2):333-339.
Authors:HU Guo-Dong  ZHANG Shao-Long  LIU Xin-Guo  ZHANG Qing-Gang
Institution:College of Physics and Electronics ,Shandong Normal University,,,
Abstract:Progesterone plays a crucial role in the establishment and maintenance of pregnancy. To study the binding model of PR LBD/progesterone complex, 3.5 ns molecules dynamics (MD) simulation followed by MM-PBSA/GBSA analyses have been carried out on the PR LBD/progesterone complex. The results provided by free energy decomposition and computational alanine scanning indicate that Leu718, Met756, Met759, Phe778 and Tyr890 are important residues for the bonding, and these residues contribute larger van der Waals interaction energies, indicating that these residues can be important for the selection based on the shape of the inhibitors. This study can be a guide for the optimization of PR LBD inhibitors.
Keywords:progesterone receptor  molecular dynamics  MM-PBSA  hydrogen bond
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