| 抑制剂8Q9和8QC与bromodomain结构域蛋白4作用机理的分子动力学研究 |
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| 引用本文： | 吴世亮,孙海波,尹妍妍,李洪云,王青,王立飞.抑制剂8Q9和8QC与bromodomain结构域蛋白4作用机理的分子动力学研究[J].原子与分子物理学报,2021,38(3):031004. |
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| 作者姓名： | 吴世亮 孙海波 尹妍妍 李洪云 王青 王立飞 |
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| 作者单位： | 山东交通学院,山东交通学院理学院,山东交通学院理学院,山东交通学院理学院,山东交通学院理学院,山东交通学院理学院 |
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| 摘 要： | Bromodomain结构域蛋白4（bromodomain-containing protein 4，BRD4）已成为治疗多种疾病药物设计的重要靶标. 最近在实验上发现了几种有效的靶向BRD4的抑制剂，但具体的抑制机理尚不清楚．此工作采用分子动力学模拟，动态相关性分析和结合自由能计算研究抑制剂8Q9和8QC与BRD4(1)的结合模式．分子动力学分析表明抑制剂结合对BRD4(1)的结构柔性产生重大影响．同时动态相关性分析进一步表明抑制剂结合极大地改变了BRD4(1)的运动模式．结合自由能计算结果表明范德华相互作用是抑制剂与BRD4(1)结合的主要驱动力．采用基于残基的自由能分解方法评估了分离残基对抑制剂结合的贡献，数据表明氢键相互作用和疏水相互作用是影响抑制剂与BRD4(1)结合的关键因素．本研究有望为设计和开发靶向BRD4的抑制剂提供有意义的理论指导．
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| 关 键 词： | 分子动力学 bromodomain结构域蛋白4 结合自由能 抑制剂-残基相互作用 |
| 收稿时间： | 2020/5/13 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2020/6/19 0:00:00 |
Insight into interaction mechanism of inhibitor 8Q9 and 8QC to bromodomain-containing protein 4 by using molecular dynamics simulation |
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| Wu Shi-Liang,Sun Hai-Bo,Yin Yan-Yan,Li Hong-Yun,Wang Qing and Wang Li-Fei.Insight into interaction mechanism of inhibitor 8Q9 and 8QC to bromodomain-containing protein 4 by using molecular dynamics simulation[J].Journal of Atomic and Molecular Physics,2021,38(3):031004. |
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| Authors: | Wu Shi-Liang Sun Hai-Bo Yin Yan-Yan Li Hong-Yun Wang Qing and Wang Li-Fei |
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| Institution: | Shandong Jiaotong University,Shandong Jiaotong University,Shandong Jiaotong University,Shandong Jiaotong University,Shandong Jiaotong University,Shandong Jiaotong University |
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