| 基序B参与调控模板依赖的聚合酶抑制作用 |
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| 引用本文： | 罗雪莹,徐甜甜,高 欣,张 璐.基序B参与调控模板依赖的聚合酶抑制作用[J].化学物理学报,2022(3):407-412. |
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| 作者姓名： | 罗雪莹 徐甜甜 高 欣 张 璐 |
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| 作者单位： | 中国科学院福建物质结构研究所，福州 350002；中国科学院大学，北京 100049;阿卜杜拉国王科技大学计算机科学、电气和数学科学与工程部，沙特阿拉伯 23955-6900；阿卜杜拉国王科技大学计算生物科学研究中心，沙特阿拉伯 23955-6900;中国科学院福建物质结构研究所，福州 350002；中国科学院大学，北京 100049；福建省理论与计算化学重点实验室，厦门 361005 |
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| 摘 要： | RNA依赖的RNA聚合酶是参与新冠病毒进行RNA复制与转录的主要分子机器. 之前的实验研究表明瑞德西韦在模板链上时存在两次抑制作用，即不仅可以抑制与之互补的尿嘧啶核苷三磷酸的加成，还可以抑制下一位核苷三磷酸的加成. 然而，第二次抑制作用的分子机制尚未阐明. 本文运用了分子动力学模拟，发现瑞德西韦在模板链上的第二次抑制不是直接作用于核苷酸在活性位点的加成，而是源于瑞德西韦从+1位点到-1位点的迁移过程受到阻碍，这将导致活性位点无法空出，核苷三磷酸无法进入活性位点从而产物链的延长被终止. 首先，发现了基序B中G683会和瑞德西韦的1''-氰基相互作用，导致移位后态的RNA双链配对稳定性低于移位前态，从而使得瑞德西韦的移位在热力学上不易发生. 其次，由于瑞德西韦的1''-氰基在迁移过程中会与基序B的S682产生位阻，进一步从动力学上阻碍了瑞德西韦动态移位的发生. 本研究不仅揭示了基序B上两个相邻且高度保守的氨基酸可以调控瑞德西韦沿模板链的移位过程，同时，本文的发现也进一步完善了对瑞德西韦抑制新冠病毒RNA复制和转录的分子机制的理解.
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| 关 键 词： | 新冠病毒，RNA依赖RNA聚合酶，抑制机制，核苷酸类似物，分子动力学模拟 |
| 收稿时间： | 2022/3/29 0:00:00 |
Alternative Role of Motif B in Template Dependent Polymerase Inhibition |
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| Xueying Luo,Tiantian Xu,Xin Gao,Lu Zhang.Alternative Role of Motif B in Template Dependent Polymerase Inhibition[J].Chinese Journal of Chemical Physics,2022(3):407-412. |
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| Authors: | Xueying Luo Tiantian Xu Xin Gao Lu Zhang |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase Inhibitory mechanism Nucleotide analog Molecular dynamics simulation |
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